Star Trek: Discovery

Die Handlung setzt im Mai 2256 ein. Das Sternenflottenraumschiff U.S.S. Shenzhou, kommandiert von Captain Philippa Georgiou, stößt am Rande des Territoriums der Föderation auf ein unbekanntes Gebilde im All. Da man zwecks Erforschung des Objekts wegen eines Streufeldes mit dem Schiff nicht nahe genug herankommt, untersucht die erste Offizierin Michael Burnham das Gebilde in einem Raumanzug allein aus der Nähe. Dort tötet sie im Affekt einen plötzlich erschienenen Klingonen, zu dessen als kriegerisch bekannter Spezies die Föderation nun schon seit über 100 Jahren keinen Kontakt mehr hatte, und entgeht bei dem Einsatz nur knapp dem Tod. Das Gebilde erweist sich als klingonisches Kampfschiff und damit als Bedrohung für die Shenzhou. An Bord jenes Schiffs plädiert der Klingone T’Kuvma dafür, dass die 24 untereinander zerstrittenen klingonischen Häuser sich miteinander zu vereinen hätten, um erfolgreich gegen die Sternenflotte zu kämpfen, von der sie sich wegen vermeintlicher Expansionsbestrebungen bedroht fühlen. Burnham, vor sieben Jahren nach vulkanischer Ausbildung an Bord der Shenzhou gekommen, erhält von ihrem vulkanischen Mentor Sarek den Rat, mit einem sog. „Vulkanischen Hallo“ zu reagieren, das heißt, die Klingonen zuerst anzugreifen. Davon beeinflusst, hintergeht Burnham, deren Eltern einst von Klingonen getötet wurden, die Anordnungen ihres Captains und reißt das Kommando an sich. Indes erscheinen weitere klingonische Raumschiffe, die sich der Shenzhou entgegenstellen.

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Georgiou übernimmt auf der Shenzhou wieder das Kommando und lässt Burnham in einer Arrestzelle inhaftieren. Wegen des drohenden Kampfes gegen die klingonische Flotte erhält die Shenzhou Unterstützung durch andere Sternenflottenschiffe, darunter auch die U.S.S. Europa unter dem Kommando des Admirals Anderson. Nach Angriff durch die Klingonen kommt es zu einer Schlacht im All, bei der die Sternenflotte deutliche Verluste erleidet. Die Europa wird vernichtet, die Shenzhou schwer beschädigt. Burnham droht wegen Hüllenbrüchen der Tod. Sie flieht deshalb mit Hilfe des Bordcomputers aus ihrer Arrestzelle, wobei sie kurz das All durchquert. Die Klingonen betrachten sich als Sieger der Schlacht und beanspruchen diesen Teil des Raums für sich. Bis auf ihr Führungsschiff, auf dem sich auch T’Kuvma aufhält, verlassen die klingonischen Schiffe den Schauplatz. Georgiou und Burnham beamen auf das klingonische Schiff, um T’Kuvma als Geisel und damit als Druckmittel in den Friedensverhandlungen mit den Klingonen zu nehmen. Im direkten persönlichen Kampf werden T’Kuvma und Georgiou schwer verletzt und können, im Gegensatz zu Burnham, nicht auf die Shenzhou gebeamt werden. T’Kuvma und Georgiou sterben. Vor einem Militärgericht der Sternenflotte bekennt sich Burnham u. a. der Meuterei für schuldig, ehe sie zu lebenslanger Haft verurteilt wird und ihren Offiziersrang verliert.

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Sechs Monate nach ihrer Verurteilung ist Burnham als Teil eines Häftlingstransports in einem Shuttle unterwegs. Als es in einem Sturm in Gefahr gerät, wird es vom Sternenflottenraumschiff U.S.S. Discovery gerettet und an Bord geholt. Wegen Burnhams Fähigkeiten als Quantenphysikerin setzt Captain Lorca sie als Hilfswissenschaftlerin ein. Sie ist auch Teil eines Außenteams um Lt. Stamets, das die im All driftende U.S.S. Glen untersucht, das Schwesterschiff der Discovery. Dabei schützt Burnham ihre Kollegen vor den gewalttätigen Angriffen eines dort sein Unwesen treibenden, reptilienähnlichen Wesens. Zurück auf der Discovery, erkennt Burnham, dass Lorca sie absichtlich auf die Discovery geholt hat und er sie einer Prüfung ihrer Fähigkeiten unterziehen wollte. Lorca erklärt ihr, dass auf der Discovery ein experimentelles biologisches, auf Sporen basierendes Antriebssystem entwickelt wird, welches der Föderation helfen soll, den Krieg gegen die Klingonen zu gewinnen. Der Antrieb ermöglicht sekundenschnelle Raumsprünge über viele Lichtjahre hinweg und wurde auf der Glen erfolgreich getestet, ehe ein Experiment fehlschlug. Weil Lorca das Verhalten Burnhams während der Schlacht im Doppelsternsystem als taktisch klug beurteilt, überzeugt er sie davon, dauerhaft an Bord zu bleiben und in den Sternenflottendienst zurückzukehren.

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Eine Föderationskolonie auf dem entlegenen Planeten Korvan II wird von Klingonen angegriffen, dadurch sind die Kolonisten und Dilithiumvorräte in Gefahr. Um schnell dorthin zu gelangen und die Kolonie zu verteidigen, möchte Lorca den Sporenantrieb einsetzen, der trotz erfolgreicher Simulationen aber noch nicht zuverlässig genug funktioniert. Indes entdeckt Burnham bei ihren Untersuchungen des reptilienähnlichen, von Lorca für den Kampf gegen Klingonen vorgesehenen Wesens, dass es aversiv gegen Licht ist und nicht von Natur aus, sondern nur zur Selbstverteidigung andere Individuen angreift. Besonders nützlich ist die Entdeckung, dass die Kreatur – überwiegend als Tardigrade bezeichnet, von Burnham nur als „Ripper“ – im Stande ist, eine symbiotische Beziehung zu Sporen einzugehen und das Myzeliennetzwerk in der Galaxis zur Positionsbestimmung zu nutzen. Diese Erkenntnis ausnutzend, lässt man auf der Discovery das Wesen in Kontakt mit Sporen treten und verhilft so dem Sporenantrieb zur nötigen Zielgenauigkeit, um Korvan II zu erreichen. Die Discovery rettet dort die unter schwerem Beschuss liegenden Kolonisten. Unterdessen stehlen Klingonen den Dilithiumprozessor vom Wrack der Shenzhou. Der Klingone Kol, der nach T’Kuvmas Tod einen Führungsanspruch hegt, verfolgt einen anderen politischen Kurs als zuvor T’Kuvma. Der ungewöhnlich hellhäutige Klingone Voq steht bei Kol in Ungnade. Die Klingonin L’Rell unterstützt Voq und rät ihm dazu, gegen Kol vorzugehen und T’Kuvmas die 24 Häuser einigenden politischen Kurs fortzusetzen.

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Lorcas Vorgesetzte in der Sternenflotte möchten zum einen, dass auch andere Sternenflottenschiffe mit dem Sporenantrieb ausgerüstet werden, und zum anderen, dass die Discovery den Sporenantrieb bis auf weiteres nicht mehr einsetzt, damit die Klingonen nicht auf ihn aufmerksam werden. Während des Fluges mit einem Shuttle wird Lorca von Klingonen entführt. Auf einem klingonischen Raumschiff ist er zusammen mit dem Sternenflottenmann Ash Tyler und dem Glücksritter Harry Mudd gefangen. Lorca und Tyler werden von den Klingonen gefoltert und lassen Mudd bei ihrer gewaltsamen Flucht aus dem Gefängnis zurück, weil er sie durch geheime Informationsweitergabe an die Klingonen hintergangen hat. Indes entdeckt Burnham auf der Discovery, dass der Sporenantrieb, wenn er unter Zuhilfenahme des Tardigrade eingesetzt wird, zu einer deutlichen Verschlechterung der physischen Kondition des Tardigrade führt. Indem sich die Discovery mit Hilfe des Sporenantriebs in die Nähe von Lorcas Gefangenschaftsort transloziert, schrumpft bzw. dehydriert der Tardigrade erheblich. Die Discovery rettet die beiden Geflüchteten. Um den Tardigrade zu schonen, injiziert sich Stamets etwas von seiner DNS, wodurch er seinen eigenen Körper für den Betrieb des Sporenantriebs nutzen kann und damit die Flucht der Discovery vor den Klingonen ermöglicht. Um den Tardigrade zu retten, entlassen Burnham und Stamets ihn ins All und damit ins Myzeliennetzwerk.

Als Botschafter Sarek in einem vulkanischen Kleinraumschiff unterwegs zu einem geheimen Treffen mit zwei klingonischen Häusern ist, die zwecks Gewinn des Krieges eine Allianz schmieden wollen, wird es von einem Logik-Extremisten, der sich selbst in die Luft sprengt, schwer beschädigt. Sarek wird schwer verletzt und liegt bewusstlos an Bord des Kleinraumschiffs innerhalb des Iridia-Nebels. Burnham, die von Sarek einst ausgebildet wurde, spürt Sareks Schmerz, da sie imstande ist, sich mit Sareks Seele zu verbinden. Im Gegensatz zur Entscheidung seiner Vorgesetzten lässt Lorca die Suche nach Sarek starten und dazu Burnham mit Tilly und Tyler zu dem Nebel fliegen. Bei ihren Versuchen, ihre Gedanken mit denen Sareks zu verschmelzen, erfährt Burnham, dass Sareks einstige Entscheidung, nicht sie, sondern Spock zur Teilnahme an einer vulkanischen Expeditionsgruppe anzumelden, durch Spocks Entscheidung nachträglich hinfällig wurde, sich stattdessen der Sternenflotte anzuschließen. Burnham hilft Sarek, sein Bewusstsein zurückzuerlangen und sich durch ein Transpondersignal lokalisieren zu lassen, sodass er gerettet werden kann. Da Sarek nun außerstande ist, die Klingonen zu treffen, reist stattdessen Lorcas Geliebte, Admiral Cornwall, zu dem Treffen. Dieses stellt sich jedoch als Falle heraus, Cornwall wird gefangen genommen.

Der Kriminelle Harry Mudd hält die Discovery-Crew in einer Zeitschleife gefangen, von der jeder Durchlauf 30 Minuten dauert. Es ist sein Ziel, den Sporenantrieb zu kontrollieren und die Discovery aus Profit an die Klingonen zu verkaufen. Als Mudd am Ende jedes Schleifendurchlaufs von der Crew in die Enge getrieben wird, bringt er die Discovery zur Explosion. Der Sporenantrieb funktioniert nicht ohne Stamets; wegen dieses Zusammenhangs ist Stamets der Einzige in der Crew, der die Zeitschleife bemerkt. Mit diesem Wissen und mit seiner Hilfe arbeiten Burnham und Tyler daran, Mudds Treiben ein Ende zu setzen. Dazu stiehlt sie Mudd den Zeitkristall, den er zur Aufrechterhaltung der Zeitschleife benötigt. Mit diesem Druckmittel und dem Argument, dass sie selbst als Mörderin T’Kuvmas eine wertvollere Beute für die Klingonen sei, überredet sie ihn, die Zeitschleife abzubrechen.

Die Klingonen rüsten ihre Schiffe verstärkt mit Tarnvorrichtungen aus und fügen der Sternenflotte mit Überraschungsangriffen schwere Verluste zu. Daher möchte die Sternenflottenführung den Klingonen den taktischen Vorteil nehmen, den sie deshalb haben. Zur Erreichung dieses Ziels sind Burnham, Saru und Tyler auf dem Planeten Pahvo, wo sich ein turmhoher Kristall befindet, der den ganzen Planeten mit einer spezifischen Frequenz schwingen lässt und wie ein natürlicher Transmitter fungiert, auch in den Weltraum hinaus. Aufgabe des Teams ist es, die Frequenz des Transmitters so zu modifizieren, dass sie der Sternenflotte als Sonar dienen kann, mit dem sie getarnte klingonische Schiffe aufspüren kann. Auf dem Planeten einheimische Wesen namens Pahvaner, die in Konfliktfreiheit leben möchten, ergreifen von Saru Besitz, lassen ihn in ihrem Interesse handeln und wollen das Team am Verlassen des Planeten hindern. Burnham gelingt es mit Tylers Hilfe und gegen Sarus Widerstand, die Frequenz des Turms zu modifizieren und die Discovery zu verständigen, die die drei zurück an Bord beamt. Rasch stellt sich heraus, dass die Pahvaner wegen ihres Ziels, Zwietracht in Harmonie zu verwandeln, dafür sorgen, dass der Turm durch seine Signale nunmehr auch die Klingonen auf Pahvo aufmerksam macht. Das klingonische Schiff mit Kol an Bord nähert sich dadurch der Discovery. Zuvor hatte Kol den Versuch der Klingonin L’Rell als Täuschung verstanden, durch Erlangung von taktisch relevanten Informationen von der Gefangenen Cornwall seine Gunst zu ergattern.

Angesichts der Gefahr durch das nahende klingonische Flaggschiff erhält Lorca von der Sternenflotte den Befehl, mit der Discovery in sicheres Gebiet zurückzukehren. Lorca jedoch missachtet den Befehl und lässt seine Crew eine Mission beginnen, durch die sich die Discovery der klingonischen Tarntechnologie bemächtigen kann: Nachdem Burnham und Tyler von den Klingonen unbemerkt auf das klingonische Schiff gebeamt sind und dort mit der Installation von Sensoren begonnen haben, lässt Lorca die Discovery über 100 Mikrosprünge rund um das klingonische Schiff durchführen und es so in Schach halten. Der mit dem Sporenantrieb verbundene Stamets verkraftet die Sprünge nur unter großen körperlichen Entbehrungen. Auf dem klingonischen Schiff ist Burnham ungeplant auf sich gestellt, da Tyler wegen Symptomen der posttraumatischen Belastungsstörung ausfällt, die er durch Folter in klingonischer Gefangenschaft erlitten hat. Burnham gelangt auf die klingonische Schiffsbrücke, duelliert sich mit Kol und verschafft der Discovery damit Zeitgewinn. Dieser ist hilfreich beim Kopieren von Daten über die Tarntechnologie. Burnham und Tyler beamen mit der verletzten Cornwall und einer klingonischen Geisel auf die Discovery zurück. Beim Versuch, mit dem Sporenantrieb den Schauplatz zu verlassen, gibt es einen technischen Fehler, durch den die Discovery in unbekanntem Gebiet im All strandet.

Die Discovery findet sich in einem Paralleluniversum wieder, in dem die Menschen, hier Terraner genannt, eine faschistoide Macht sind, und von nichtmenschlichen Rebellen bekämpft werden. Auf der Brücke erkennt man, dass die Discovery des Spiegeluniversums wahrscheinlich in das Ausgangsuniversum versetzt wurde. Während Lorca seine Crew nach einer Möglichkeit suchen lässt, diesem Universum wieder zu entfliehen, nähert sich der Discovery ein terranisches Raumschiff. Um nicht als Fremde aufzufallen bzw. die Leben auf der Discovery nicht zu riskieren, passt sich die Crew auf dem ganzen Schiff den Rollen an, die ihre Alter Egos des Spiegeluniversums bislang innehatten. Das beinhaltet, dass Fähnrich Tilly die Rolle der Schiffskommandantin einnimmt. Indes erkennt Dr. Culber in der Krankenstation, dass der posttraumatisch gestörte Tyler nicht er selbst ist und wohl durch die Klingonen verändert wurde. Daraufhin bricht Tyler dem Doktor das Genick. Anschließend beamt er mit Burnham und Lorca an Bord des näher gekommenen Schiffs. Burnham ist in der Rolle der Kommandantin jenes Schiffs und bringt Lorca als Gefangenen mit, der daraufhin gefoltert wird. Der erste Offizier des Schiffes versucht Burnham zu ermorden, aber sie tötet ihn und übernimmt das Kommando über das Schiff.

Saru lässt Burnham im Unwissen über den Tod Dr. Culbers. Indes spielt Burnham mit Tyler auf der ISS Shenzhou ihre Rolle als Captain des Schiffes, zu der der Kampf gegen die klingonisch angeführten Rebellen gehört. Burnham und Tyler begeben sich auf einen Planeten, auf dem sich die Anführer der Rebellen aufhalten. Es ist ihre offizielle terranische Mission, diese zu töten, insgeheim ergeben sie sich aber den Rebellen, um zu erfahren, wie die Klingonen des Spiegeluniversums gelernt haben, mit anderen Spezies zu kooperieren. Anführer der Rebellen ist der Voq des Spiegeluniversums, dessen Worte bei Tyler zu unerklärlichen Irritationen führen. Burnham sagt den Rebellen Zeit zur Flucht vor der Zerstörung ihrer Siedlungen durch die Shenzhou zu. Zurück auf der Shenzhou wird sich Tyler darüber klar, dass er einst Voq war, aber durch die Klingonen zu einem Menschen umoperiert wurde, um insgeheim die Sternenflotte zu infiltrieren. Seinen Versuch, Burnham aus Vergeltung für die Tötung T’Kuvmas zu töten, vereitelt der Saru des Spiegeluniversums in letzter Sekunde. Burnham exekutiert Tyler zum Schein der Shenzhou-Crew, beamt ihn aber insgeheim auf die Discovery, wo Saru ihn umgehend inhaftieren lässt. Die von Burnham gesammelten Geheimdienstinformationen über die Route des zuvor ins Spiegeluniversum gelangten Raumschiffs Defiant gelangen mit Tyler auf die Discovery. Zuvor hat Tilly auf der Discovery erfolglos versucht, Stamets mit Sporen zu heilen. Schließlich sorgt das Raumschiff der terranischen Imperatorin Georgiou für die Vernichtung der Rebellen auf dem Planeten.

Burnham und Lorca werden zu Georgious Raumschiff Charon gebracht. Während Georgiou ihren als Putschist gefangen genommenen Feind Lorca foltern lässt, nimmt sie ihr Abendessen zusammen mit Burnham ein. Stamets findet sich im Myzeliennetzwerk wieder und trifft dort auf das Bewusstsein seines Gegenübers aus dem Spiegeluniversum. Er erfährt dort, dass das Netzwerk durch die Experimente jenes Alter Egos unbrauchbar geworden ist. Er begegnet zudem einer Version von Dr. Culber, dessen Verlust er akzeptiert, ehe er aufwacht und seine Sporensammlung infiziert vorfindet. Georgiou bejammert, dass sie es zuließ, Lorca zu einer Vaterfigur für Burnham werden zu lassen, so dass diese Georgiou als Machthaberin stürzen wollten. Zur Strafe dafür plant sie, Burnham zu exekutieren. Diese jedoch enthüllt die Wahrheit über sich selbst, der zufolge sie aus dem anderen Universum stammt. Burnham erklärt, wie es dazu kam, dass sie in das Spiegeluniversum gelangten. Georgiou geht einen Deal ein und gibt Informationen über den Aufbau des Sporenantriebs als Gegenleistung für Informationen über alternative Wege für das Wechseln zwischen den Universen. In der Folge realisiert Burnham, dass der Lorca, den sie kennt, in Wirklichkeit aus dem Spiegeluniversum stammt und die Ereignisse mit dem Ziel manipuliert hat, sich ihr anzunähern und zurück ins Spiegeluniversum zu gelangen. Schließlich flieht Lorca aus der Agonie-Kammer, in der er gefoltert wurde.

Der Lorca des Spiegeluniversums befreit seine alte Crew. Mit deren Hilfe und der des Stamets aus dem Spiegeluniversum tötet er Georgious Gefolgsleute und beansprucht den Herrscherposten für sich. Georgiou versteckt sich vor Lorca, auch Burnham entgeht der Gefangenschaft durch Lorca und kontaktiert die Discovery-Crew, mit der sie einen Plan bespricht. Demzufolge muss Burnham das Eindämmungsfeld rund um die große, aus dem Myzeliennetzwerk stammende Energiequelle senken, sodass die Discovery diese zerstören und bei der dadurch ausgelösten Explosion in das Myzeliennetzwerk fliegen kann, durch das der Stamets des ursprünglichen Universums sie navigieren kann. Georgiou willigt ein, Burnham zu helfen, und gemeinsam attackieren sie Lorcas Gruppe. Von Burnham zurückgewiesen und geschlagen, wird Lorca durch Georgiou getötet. Letztere bietet an, sich zugunsten von Burnhams Flucht selbst zu opfern. Burnham jedoch nimmt Georgiou mit auf die Discovery, während Georgious Flaggschiff Charon zerstört wird. Die Discovery-Crew setzt ihren Plan in die Tat um und gelangt durch das Myzeliennetzwerk in ihr ursprüngliches Universum zurück. Allerdings kommt die Discovery ungeplant neun Monate später als zu dem Zeitpunkt an, zu dem sie ins Spiegeluniversum verschlagen worden war. Zur Überraschung der Crew scheinen die Klingonen mittlerweile den Krieg gewonnen zu haben.

Die 24 klingonischen Häuser sind nicht mehr miteinander vereint und kämpfen deshalb unabhängig voneinander gegen die Föderation, die wegen fehlender Informationen über die klingonische Tarntechnologie einen wichtigen Nachteil hat. Admiral Cornwall und Sarek kommen an Bord der Discovery, überzeugen sich von der Echtheit der Besatzung und planen alsbald, mit Hilfe der Discovery und ihres Sporenantriebs den Klingonen einen Schlag zu versetzen, der den Krieg zu Gunsten der Föderation wenden soll. Der Plan basiert auf Georgious Erfahrung im Spiegeluniversum und sieht vor, mit dem Sporenantrieb bis zur klingonischen Heimatwelt Qo’noS zu springen, wo die Crew auf der Planetenoberfläche Schwachstellen für einen möglichen Überraschungsangriff finden soll. Da die letzte Reise alle verfügbaren Sporen verbraucht hat, sorgt die Discovery mit einer besonders schnellen Art von Terraforming auf einem Mond für den Wuchs neuer Sporen. Indes versucht sich Tyler, den die gefangene Klingonin geheilt hat, wieder in die Mannschaft zu integrieren. Lorca gilt als tot, als Captain fungieren zunächst wechselnd Cornwall und Saru. Schließlich beginnt die Discovery mit der Umsetzung des Plans, wofür Cornwall und Saru nach Georgious Aussage, sie hätte wichtige Informationen, Georgiou als Captain einsetzen.

Tyler teilt mit, dass zum Kartografieren und zum Ermitteln von Angriffszielen eine Drohne in das ruhende Vulkansystem unter der Planetenoberfläche von Qo’noS eindringen sollte. Die Discovery springt mit dem Sporenantrieb zu einer nahen Höhle, und ein Außenteam, bestehend aus Georgiou, Burnham, Tilly und Tyler, gibt sich als Händler aus. Tilly entdeckt, dass das vulkanische System aktiv ist und dass die Drohne, die Georgiou dabei hat, in Wirklichkeit eine Wasserstoffbombe ist. Mit dieser Erkenntnis konfrontiert Burnham Admiral Cornwell, welche zugibt, dass die Detonation der Bombe in dem aktiven Vulkan sämtliches Leben auf Qo’noS auslöschen soll, damit die Föderation so den Krieg gewinnt. Burnham insistiert darauf, dass die Sternenflotte keinen Genozid anrichten sollte und zwingt Georgiou dazu, die Bombe im Tausch für ihre Freiheit zurückzugeben. Jedoch überreichen sie die Bombe an die Klingonin L’Rell, die die Bedrohung mit der Massenvernichtungswaffe dazu nutzt, unter ihrer Führerschaft die klingonischen Häuser zu vereinen und den Krieg zu beenden. Die Mitglieder der Discovery-Besatzung werden als Helden gefeiert. Burnham erhält offiziell eine Rehabilitation und ihren früheren Rang eines Commanders zurück. Tyler beschließt, bei L’Rell zu bleiben. Als die Discovery mit Warpgeschwindigkeit zum Planeten Vulkan fliegt, empfängt sie einen Notruf von der U.S.S. Enterprise.

Eine Rückblende auf Burnhams Kindheit zeigt, wie Sarek sie mit dem jungen Spock bekannt macht, der ihr dabei aber wortlos die Tür vor dem Kopf zuschlägt. In der Gegenwart übernimmt der von der Enterprise kommende Captain Pike das Kommando über die Discovery, um ein Signal ähnlich einer Energieverzerrung zu untersuchen, das kürzlich zeitgleich mit sechs anderen, zehntausende Lichtjahre voneinander entfernt, in der Milchstraße erschienen ist. Stamets plant, die Discovery dauerhaft zu verlassen, da er Culber vermisst. In der Nähe des Ausgangsorts des Signals angelangt, entdeckt die Discovery-Crew ein beschädigtes medizinisches Sternenflottenraumschiff auf einem Asteroiden, der in wenigen Stunden mit einem Pulsar kollidieren wird. Nachdem ein Außenteam um Pike und Burnham in Pods genannten Einzelraumschiffen durch ein Asteroidenfeld bis zu dem betreffenden Asteroiden geflogen ist, entdeckt es die Ingenieurin Reno, die seit einem Unfall ihres Schiffes vor über zehn Monaten mehrere Schwerverletzte künstlich am Leben erhält. Ehe der Asteroid vaporisiert wird, kann das Außenteam die Verletzten auf die Discovery bringen und kann die Discovery-Crew eine Gesteinsprobe des Asteroiden nehmen, den Tilly verdächtigt, aus dunkler Materie zu bestehen. Obwohl die Mission nun für Pike abgeschlossen ist, verbleibt er auf seinem Posten, auch weil die Enterprise zu schwer beschädigt ist. Burnham rätselt, warum ihr Adoptivbruder Spock, der schon seit einiger Zeit eine unbegrenzte Auszeit von seinem Dienst genommen hat, den Kontakt mit ihr meidet, und untersucht zu dem Zweck Spocks Quartier auf der Enterprise, wo sie rätselhafte Energiesignale entdeckt.

Burnham entdeckt in Spocks Habseligkeiten bestimmte Computerdaten, die darauf hindeuten, dass er schon seit längerem etwas über die sieben Signale weiß. Daraufhin enthüllt ihr Pike, dass Spock seit einiger Zeit und auf eigenen Wunsch hin in psychiatrischer Therapie ist. Stamets glaubt, Culber kürzlich im Myzeliennetzwerk gesehen zu haben. Zur Erforschung des zweiten Signals springt die Discovery mit dem Sporenantrieb bis in die Nähe eines Planeten im Beta-Quadranten, von dem ein menschlicher Notruf ausgeht, der seit ca. 200 Jahren gesendet wird und damit aus einer Prä-Warp-Zeit stammt. Das Außenteam um Burnham und Pike erfährt, dass die Personen auf dem Planeten die Nachfahren von Menschen sind, die 2053 vor dem Dritten Weltkrieg hierher flohen und die Kolonie „New Eden“ nannten. Die Menschen glauben an eine Vermischung aller großen Weltreligionen und dass die Erde nicht mehr existiert. Die Discovery-Brückencrew entdeckt indes die von den radioaktiven Planetenringen ausgehende Gefahr, dass die Planetenoberfläche in Kürze in einen nuklearen Winter verfällt, und beseitigt die Gefahr in letzter Minute durch das Aussetzen des beim ersten Signal sichergestellten Asteroidenteils und dessen Gravitationskraft. Nach der Rückkehr des Außenteams auf die Discovery enthüllt Burnham gegenüber Pike, dass ihr auf dem Planeten die gleiche Engel-ähnliche Gestalt erschienen ist wie zuvor auf dem Asteroiden. Die gleiche Gestalt sieht Pike auf einem Video, das er von dem Planeten geholt hat, und das zum Grund für den Glauben der dortigen Bewohner wurde.

Spocks Mutter Amanda, zugleich Burnhams Adoptivmutter, erfährt, dass Spock aus der psychiatrischen Anstalt entflohen ist und wegen des Mordes an drei Ärzten gesucht wird. Sie stiehlt seine Krankenakte und bringt sie zwecks Entschlüsselung mit an Bord der Discovery, wobei ihr eine Zeichnung aus Spocks Kindheit auffällt, die er „Roter Engel“ nannte – die gleiche Figur, die Burnham schon bei der Untersuchung des ersten Signals erschienen ist. Burnham gibt daraufhin zu, dass sie Spock, als sie noch Kinder waren, emotional verletzt hat, um ihn vor den vulkanischen Logik-Extremisten zu schützen. Auf Qo’noS bedroht Kol-Sha, Führer eines der klingonischen Häuser, den Sternenflottenoffizier Ash Tyler – der früher der Klingone Voq war – und die klingonische Kanzlerin L’Rell, weil sie insgeheim Eltern eines Kindes sind. Kol-Sha fordert von L’Rell, ihm ihr Amt zu übergeben. Stattdessen töten Tyler und L’Rell ihn mit der Hilfe von Philippa Georgiou, ehemalige Herrscherin des Terranischen Imperiums im Spiegeluniversum und nun Agentin der Sternenflottensektion 31. Gemeinsam überlisten sie Kol-Sha und sichern L’Rells Macht, indem sie den Hohen Rat Glauben machen, dass Tyler und das Kind tot sind. Georgiou bringt das Kind in ein Kloster und rekrutiert Tyler als Mitglied der Sektion 31. Burnham und Stamets benutzen Dunkle Materie, um einen Parasiten aus Fähnrich Tilly zu entfernen, der ihre Halluzinationen von einer alten Schulfreundin erzeugt hat.

Pike erhält von der ersten Offizierin der Enterprise Informationen über die Flugroute Spocks. Als die Discovery dieser Route folgt, reißt eine lebende, intelligente und planetoidengroße Sphäre das Schiff aus der Warpgeschwindigkeit und macht es bewegungsunfähig. Die Crew vermutet, dass die Sphäre gute Absichten hegt und riesige Mengen an Daten aus der ganzen Galaxis gesammelt hat, die sie nicht verlieren möchte, bevor sie stirbt. Die Gefangenschaft der Discovery bei der Sphäre löst in Saru das Vahar’ai aus, einen gewöhnlich tödlich endenden Lebensabschnitt in seiner Spezies, den Kelpianern. Die Sphäre übermittelt ihre Informationen an die Crew und stirbt, aber nicht ohne die Discovery freizugeben, damit sie nicht von der anschließenden Explosion betroffen ist. Saru bittet Burnham um Hilfe bei der Vorbereitung für seinen Tod, indem sie seine Nervenknoten entfernt, die bei ihm für das Gefühl von Gefahr sorgen. Allerdings fallen diese von selbst aus und lassen Saru gesund und ohne überwältigende Angst weiterleben. Währenddessen ergreift der Parasit von Tilly erneut Besitz, und zwar einmal mehr, indem er auf ihre Erinnerungen zugreift, um als eine Halluzination ihrer einstigen Schulfreundin May zu kommunizieren. Der Parasit behauptet, dass die Discovery beinahe sein Ökosystem zerstört hat, indem sie das Myzeliennetzwerk seiner Spezies für Raumsprünge mit dem Sporenantrieb benutzt hat. Anschließend zehrt er Tilly komplett auf, ohne eine Spur von ihr zu hinterlassen.

Stamets und Burnham entdecken, dass Tilly in das Myzeliennetzwerk geholt wurde. Tilly erwacht dort in Gegenwart des von May verkörperten Parasiten, der ihre Hilfe beim Aufhalten eines Monsters will, welches ihre Welt verwüstet. Die Discovery entdeckt das Shuttle, das Spock für seine Flucht aus der Psychiatrie genutzt hat, jedoch ist nicht er an Bord, sondern Georgiou. Captain Leland von der Sektion 31 weist Ash Tyler der Discovery als Verbindungsoffizier zu, um sicherzustellen, dass die Discovery die eigenen Anstrengungen der Sektion 31 zum Auffinden von Spock nicht behindert. Die Discovery führt einen unvollständigen Sprung in das Myzeliennetzwerk durch, um Stamets und Burnham begrenzte Zeit zum Auffinden von Tilly zu geben, ehe das Netzwerk das Schiff aufgezehrt hat. Burnham und Stamets entdecken das Monster als Stamets’ Ehemann Hugh Culber, den früheren Arzt der Discovery, der während des Krieges durch Voq ermordet worden war. Stamets war zum Zeitpunkt von Culbers Tod mit dem Netzwerk verbunden, wodurch seine Energie durch die Sporen wieder erschaffen wurde. Burnham überzeugt May davon, den Parasiten-Kokon, mittels dem Tilly in das Netzwerk gebracht worden ist, auf der Discovery zu verwenden, um Culbers Körper im normalen Raum wiederzuerschaffen.

Ein weiteres der mysteriösen Signale führt die Discovery zum Planeten Kaminar, der Heimatwelt von Saru. Dort fordern die mit den Kelpianern verfeindeten Ba’ul von Pike, auf Saru zu verzichten, weil die Sternenflotte eingewilligt hat, sich aus dem Konflikt zwischen Ba’ul und Kelpianern herauszuhalten. Pike lehnt das ab, aber Saru liefert sich aus, um einen Kampf zu verhindern und um seine Schwester Siranna zu retten. Indes arbeitet Tilly mit der technologisch verbesserten Sternenflottenoffizierin Airiam, um die Informationen der Sphäre über Kaminar zu durchsuchen. Dabei erfahren sie, dass die nach dem Vahar’ai geborenen Kelpianer einst Kaminars dominante Spezies waren und beinahe die Ba’ul auslöschten. Diese überlebten nur, indem sie ihre überlegene Technologie dazu benutzten, Kelpianer zu selektieren, ehe sie ihre angstsignalisierenden Nervenknoten verlieren. Saru benutzt die Technologie der Ba’ul, um das Vahar’ai in allen Kelpianern auszulösen und hofft darauf, dass die beiden Spezies stattdessen auf eine friedliche Lösung hinarbeiten, sobald die Kelpianer befreit sind und die Wahrheit über ihre Vergangenheit von Siranna lernen, einer Priesterin. Die Ba’ul rächen sich für die Handlungen der Sternenflotte, indem sie Genozid versuchen; sie werden aber durch den Roten Engel gestoppt, der entsprechend Sarus optischer Wahrnehmung humanoid ist und einen hochfortschrittlichen Anzug trägt.

Die Discovery trifft auf eine Zeitanomalie, während sie ein Signal des Roten Engels beim Planeten Kaminar untersucht. Pike und Tyler untersuchen die Anomalie in einem Shuttle und schießen eine Sonde hinein. Bald darauf werden sie von derselben Sonde angegriffen, die nunmehr mit einer Technologie aus der Zukunft aufgerüstet ist, die das Computersystem des Shuttles nutzt, um insgeheim Airiam zu infizieren. Sie können das Shuttle und die Sonde mit der Hilfe von Stamets zerstören, dessen Verbindung zum Myzeliennetzwerk es ihm erlaubt, die zeitlichen Diskrepanzen in der Anomalie zu ignorieren. Währenddessen besucht Burnham auf der Suche nach Spock den Planeten Vulkan. Indem sie Amanda Grayson zur Rede stellt, erfährt sie, dass diese Spock versteckt hält, welcher sich in psychologischer Not befindet und verschiedene Sätze und eine Reihe von Zahlen wiederholt. Spocks Vater Sarek weist Burnham an, der Sternenflotte zu glauben und Spock zur Sektion 31 zu bringen, um Hilfe bei der Heilung seines Gehirns zu erhalten. Die Ärzte der Sektion behaupten, dass sie ihm helfen können, aber Georgiou warnt sie, dass Spock den von der Sektion geplanten Einsatz des Erinnerungsextraktors nicht überleben wird. Georgiou erlaubt Burnham, sie anzugreifen und so eine Flucht zu inszenieren, bei der Burnham und Spock von dem Schiff entkommen.

Das Raumschiff Enterprise hatte einst den Planeten Talos IV besucht, wo Pike und Spock den Talosianern begegneten – Wesen, die unvorstellbare Illusionen erzeugen können. Pike verliebte sich damals in Vina, eine von den Talosianern gepflegte, verletzte Föderationsangehörige, aber sie konnte den Planeten nicht verlassen und überleben, während Pike sich entschloss, zur Enterprise zurückzukehren. Die Sternenflotte hatte in der Folge den Zutritt zu Talos IV verboten. In der Gegenwart reisen Burnham und Spock insgeheim nach Talos IV, wo die Talosianer Spocks Gehirn heilen, als Gegenleistung für Burnhams Erinnerungen an ihre emotionalen Schädigungen von Spock. Dieser enthüllt, dass er eine Gedankenverschmelzung mit dem Roten Engel hatte, der ein Zeitreisender ist und eine galaktische Katastrophe in der Zukunft verhindern möchte. Stamets versucht, erneut eine Verbindung mit Culber aufzubauen, der eine Identitätskrise durchlebt. Culber schlägt sich mit Tyler, begreift jedoch, dass sie beide eine ähnliche Krise durchleben. Die Discovery nimmt Spock und Burnham wieder auf, nachdem die Talosianer Vina dabei geholfen haben, Pike telepathisch zu kontaktieren, und gegenüber der Sektion 31 Illusionen von Spock und Burnham erzeugt haben, die als Ablenkung dienen. Die Discovery flüchtet nun vor der Sternenflotte.

Admiral Cornwell kommt inoffiziell an Bord der Discovery, um Spock zu befragen, und bringt Videoaufnahmen mit, die Spock beim Töten der drei Ärzte zeigen sollen. Saru entdeckt, dass Sektion 31 die Aufnahmen unter Verwendung von Hologrammen gefälscht hat, und Cornwall schickt die Discovery zum Hauptquartier von Sektion 31, wo sich die „Control“ befindet, die Zentrale der künstlichen Intelligenz der Sternenflotte. Control steckt hinter der Fälschung und hat die Sektion 31 so gesteuert, dass sie Spock verfolgt. Burnham, Sicherheitsoffizierin Nhan und Airiam beamen in das Hauptquartier. Dort finden sie das Personal einschließlich der Führungspersonen der Sektion tot auf, nachdem Control die Lebenserhaltungssysteme abgeschaltet hat. Airiam hat die Aufgabe, Control zum geplanten Nutzen der Sternenflotte wiederherzustellen, aber der Virus aus der Zukunft, den Airiam bewahrt, ist Control selbst, und versucht stattdessen, das Wissen der Sphäre über die komplette künstliche Intelligenz in die Datenbank von Control zu laden. Airiam fordert von Burnham, sie ins Vakuum auszustoßen, ehe Control das erwünschte Wissen erlangt, da sie sich dessen Anweisungen nicht widersetzen kann. Burnham weigert sich, die Schleuse zu öffnen, aber das macht Nhan, ehe es zu spät ist. Airiam stirbt und durchlebt dabei ihre Lieblingserinnerungen aus der Zeit, bevor sie technologisch erweitert worden war.

Bei der Vorbereitung auf Airiams Bestattung wird ihr Computersystem durch den Control-Virus gereinigt, zusammen mit allen anderen Control-Systemen in der Sternenflotte. Dabei bemerkt Tilly einen bioneuralen Scan des Roten Engels in Airiams Code, der zu Burnham passt. Captain Leland von der Sektion 31 enthüllt, dass die Sektion den Zeitreiseanzug des Roten Engels vor 20 Jahren gebaut hat, als es bzgl. temporaler Waffen einen Wettlauf mit den Klingonen gab, und, dass Burnhams Eltern Teil dieses Programms waren, wobei Lelands selbstbekundete, damalige Sorglosigkeit zum Tod der Eltern geführt habe. Nun plant man auf der Discovery, Burnham als Köder für den Roten Engel zu nutzen. Die Discovery reist dazu zum Planeten Essof IV, wo es genügend Energie gibt, um die Falle mit Strom zu versorgen. Burnham lässt sich in der Atmosphäre des Planeten, in der man nicht atmen kann, aussetzen, bis der Rote Engel erscheint. Lelands Raumschiff gelingt es, das Wurmloch hinter dem Roten Engel zu schließen und so künftige Control-KI davon abzuhalten, ihm hindurch zu folgen, auch wenn Leland von der im Schiff nach wie vor aktiven Control-KI der Gegenwart attackiert wird. Der Rote Engel wird in der Falle gefangen und belebt die inzwischen gestorbene Burnham neu, welche die Figur als ihre Mutter wiedererkennt.

Als das Labor der Burnhams vor Jahren durch Klingonen angegriffen wurde, zog sich Michaels Mutter Dr. Burnham den Zeitreiseanzug an, um damit eine Stunde in der Zeit zurückzureisen und sie vor dem Angriff zu warnen. Stattdessen kam sie 950 Jahre in der Zukunft an, wo sie alle empfindungsfähigen Wesen durch „Control“ zerstört vorfand. Indem sie sich selbst an einen nahen Planeten band, versuchte Dr. Burnham über 840-mal, die Zukunft zu ändern, und schickte dazu auch Menschen auf ihren Planeten Terralysium, um zu testen, wie sie die Geschichte ändern kann. Indem sie versuchte, „Control“ davon abzuhalten, die Daten der Sphäre abzugreifen, kreuzten sich ihre Wege mit denen der Discovery. In der Gegenwart plant die Crew der Discovery, die Daten in den Zeitreiseanzug zu laden und ihn in die Zukunft zu schicken, damit „Control“ darauf nicht zugreifen kann, während Dr. Burnham in der Gegenwart bleibt. Allerdings veranlasst der von „Control“ übernommene Leland insgeheim den Download der Daten auf sein Schiff. Georgiou und Tyler versuchen Leland daran zu hindern, wobei Tyler schwer verletzt wird, aber mit letzter Kraft die Discovery warnen kann. Der Crew gelingt es, die Übertragung nach etwas mehr als der Hälfte der Daten abzubrechen und Dr. Burnham wieder in die Zukunft zu entlassen, während der Anzug nun beschädigt ist. Der von „Control“ besessene Leland flüchtet.

Ein neues Signal, nunmehr das vierte von sieben, erscheint über dem Planeten Boreth, einem für Klingonen heiligen Ort, wo sich ein klingonisches Kloster befindet und Mönche die Zeitkristalle bewachen. Tyler und L’Rell hatten einst ihren Sohn bei den Mönchen gelassen, damit er dort erzogen wird. Pike besucht das Kloster, um einen Zeitkristall zu bekommen, und entdeckt, dass der Sohn nun ein Erwachsener namens Tenavik ist. Dieser erklärt, dass das Leben auf Boreth durch die Kristalle bestimmt wird und dass Pike – sofern er einen Kristall haben möchte – nicht im Stande sein wird, die Zukunft zu ändern, die der Kristall ihm zeigt. Pike sieht eine Zukunft, in der er bei einem Unfall schwer verletzt wird, entscheidet sich aber dazu, den Kristall zu nehmen, um dem größeren Ganzen zu dienen. Währenddessen untersuchen Burnham und Spock ein Schiff der Sektion 31, das zehn Minuten später als gewöhnlich eingecheckt hat, und finden alle Crewmitglieder tot vor – mit einer Ausnahme, nämlich Kamran Gant. Dieser ist ein ehemaliger Kollege Burnhams, der von „Control“ besessen ist und versucht, auch Burnham zu übernehmen. Spock kann „Control“ mit Magnetismus aufhalten, danach fliehen er und Burnham zurück auf die Discovery. Die Flotte der Sektion 31 erscheint rasch, wodurch sich Pike dazu gezwungen sieht, die Selbstzerstörung der Discovery anzuordnen, um die Daten der Sphäre von „Control“ fernzuhalten.

Die Discovery flieht vor der sich nähernden Flotte der Sektion 31, trifft sich mit der Enterprise und evakuiert alle Personen dorthin. Von der Enterprise aus initiieren Pike und Saru die Selbstzerstörungssequenz der Discovery, aber die Sphärendaten übernehmen die Kontrolle der Discovery-Computersysteme, wodurch die Zerstörung verhindert wird. Zudem verteidigt sich die Discovery nun selbst gegen Torpedo-Beschuss von der Enterprise. Burnham schlägt vor, den Zeitkristall zu benutzen, um die Discovery in die Zukunft zu schicken, wo „Control“ nicht auf sie zugreifen könnte. Dazu plant Burnham, eine Kopie des Zeitreiseanzugs ihrer Mutter zu tragen und so das Schiff durch die Zeit zu führen. Pike willigt ein und übernimmt wieder das Kommando über die Enterprise, um „Control“ abgelenkt zu lassen. Ein neues Signal erscheint und führt die Discovery und die Enterprise zum Planeten Xahea, der von der Königin Me Hani Ika Hali Ka Po beherrscht wird, einer Freundin von Tilly. Diese Freundschaft wurde in der ersten Episode von Short Treks vorgestellt und dadurch die beiden Serien verbunden. Als Ingenieurin hilft Po Stamets, Tilly und Reno dabei, den Anzug und den Zeitkristall für die Reise vorzubereiten. Einige der Discovery-Crewmitglieder entscheiden sich, bei Burnham zu bleiben, so auch Georgiou, während Saru durch Pike zum amtierenden Captain ernannt wird. Als die Flotte der Sektion 31 ankommt, bereiten sich die Discovery und die Enterprise auf eine Schlacht vor, während Zeitreiseanzug und Zeitkristall fertiggestellt werden.

Tyler erreicht, dass die klingonische Flotte der Discovery und der Enterprise in der Raumschlacht hilft, während Siranna mit Ba’ul-Kämpfern ankommt, nachdem sie von Saru eine Abschiedsnachricht erhalten hat. Stamets wird ernsthaft verletzt und von Culber behandelt. Ein Photonentorpedo der Sektion 31 schlägt in der Untertassensektion der Enterprise ein, zunächst aber, ohne zu detonieren. Nachdem Admiral Cornwell zum Schutze des Schiffes die Umgebung des Einschlagsortes hermetisch verschlossen hat, explodiert der Torpedo aber und tötet sie. Im Zeitreiseanzug reist Burnham in die Vergangenheit und setzt die fünf Signale ab, die sie bis zu diesem Punkt geführt hatten. Danach setzt sie ein sechstes Signal fest, damit die Discovery ihr bei ihrer Reise in das Terralysium der Zukunft folgen kann, und verspricht, ein siebentes bei ihrer Ankunft abzusetzen. Der von „Control“ besessene Leland kommt an Bord der Discovery und wird besiegt, als Georgiou die Naniten in seinem Körper magnetisiert, wodurch die Flotte der Sektion 31 zerstört wird. Die Crew der Enterprise übermittelt an die Sternenflotte, dass die Discovery in der Schlacht zerstört worden sei, und erhält den Befehl, nie wieder über die Discovery oder ihre Crew zu sprechen – auf Spocks Empfehlung hin aus dem Grund, um einen weiteren Zwischenfall wie den mit „Control“ zu vermeiden. Tyler erhält das Kommando über die Sektion 31. Monate später spürt die Enterprise das siebente Signal auf.

Nachdem Michael Burnham in die Zukunft gereist ist, um sensible Informationen vor Control zu schützen, einer künstlichen Intelligenz, die dazu bestimmt ist, alles Leben zu vernichten, kommt sie im Jahr 3188 an und erfährt, dass sie erfolgreich war – das Leben existiert in dieser Zukunft. Burnham stößt auf das Schiff von Cleveland „Book“ Booker, einem Kurier, der gestohlene Fracht transportiert. Er erklärt, dass bei einem Ereignis namens „Der Brand“ das meiste Dilithium der Galaxie explodiert ist und viele Raumschiffe, darunter auch der Großteil der Sternenflotte, zerstört wurden. Nun ist die Galaxie von der Vereinigten Föderation der Planeten getrennt und wird nicht mehr von ihr regiert. Burnham hilft Book, seine Fracht, einen gefährdeten Trance-Wurm, den er in ein Heiligtum bringen will, vor anderen Kurieren zu schützen. Im Gegenzug bringt Book sie zu einer scheinbar verlassenen Raumstation der Föderation, wo sie Aditya Sahil finden, einen „Verbindungsmann der Föderation“, der darauf wartet, dass eines Tages ein Sternenflottenoffizier auf die Station kommt. Burnham gibt ihm den Auftrag, als stellvertretender Kommunikationschef zu fungieren. Er ist jedoch nicht in der Lage, die USS Discovery zu lokalisieren, die mit Burnham in die Zukunft gereist ist.

Die USS Discovery macht eine Bruchlandung auf einem Gletscher. Das Schiff ist beschädigt und viele Besatzungsmitglieder sind verwundet, darunter die Steueroffizierin Keyla Detmer. Der amtierende Kapitän Saru beschließt das Schiff zu reparieren, bevor er die Außenwelt erkundet, aber er erfährt, dass ihm die Ressourcen fehlen, die er für die Reparaturen benötigt. Saru und Fähnrich Silvia Tilly begeben sich zu einer nahe gelegenen Siedlung, um die notwendigen Ressourcen zu beschaffen, und treffen dort auf eine Gruppe armer Bergleute, die von einem Kurier namens Zareh unterdrückt werden. Die Bergleute helfen der Discovery mit programmierbarer Materie und sollen im Tausch dafür einen Teil des Dilithiums des Schiffes erhalten, um den Planeten verlassen und Zareh entkommen zu können. Zuvor trifft jedoch Zareh ein, tötet einen der Bergleute und plant das gesamte Dilithium der Discovery an sich zu nehmen. Als Phillipa Georgiou entgegen Sarus Anweisung eintrifft, können mit ihrer Hilfe Zareh und seine Männer überwältigt werden. Die Besatzung kehrt mit den benötigten Ressourcen zur Discovery zurück, aber das parasitäre Eis des Gletschers hat das Schiff eingeschlossen. Es ist nicht in der Lage abzuheben, bis Burnham eintrifft und sie mit Books Schiff befreit.

Da Sahil nicht in der Lage ist, die Discovery im Jahr 3188 zu lokalisieren, wird Burnham Kurier und arbeitet mit Book zusammen, um nach Hinweisen auf das Schicksal der Föderation zu suchen. Sie findet einen Funkspruch von Admiral Senna Tal auf der Erde, kann aber mit ihrem begrenzten Dilithiumvorrat nicht dorthin gelangen. Nach einem Jahr trifft die Discovery endlich ebenfalls in der Zukunft ein und Burnham spürt sie auf. Saru wird neuer Captain, und das Dilithium der Discovery wird zur Sicherheit auf Books getarntem Schiff gelagert, das er in ihrer Andockbucht parkt. Dank des fortschrittlichen Sporenantriebs der Discovery reisen sie zur Erde und stellen fest, dass diese nicht mehr zur Föderation gehört. Ermittler der United Earth Defense Force gehen an Bord der Discovery und erklären, dass Tal tot ist. Sie werden alle von Dilithium-Banditen angegriffen, die die EDF zu vernichten versuchen, bis Burnham und Book die Banditen austricksen und ihren Anführer Wen gefangen nehmen. In Verhandlungen zwischen Wen und EDF-Captain Ndoye erkennen beide Seiten, dass sie sich gegenseitig helfen und weitere Kämpfe verhindern können. Eine junge Ermittlerin namens Adira enthüllt, dass sie der Wirt von Tals Trill-Symbiont ist, aber nicht auf alle seiner Erinnerungen zugreifen kann, da sie ein Mensch und kein Trill ist.

Adira kann sich nicht daran erinnern, wie sie zum Wirt des Tal-Symbionten wurde und hat keinen Zugriff auf die Erinnerungen früherer Wirte wie Senna. Burnham bringt sie zur Heimatwelt der Trill, in der Hoffnung, dass die Trill ihnen bei der Entschlüsselung der Erinnerungen helfen können. Die Trill sind ebenfalls nicht mehr Teil der Föderation, begrüßen aber die Discovery, da sie neue Symbiontenwirte brauchen. Viele Trill weigern sich jedoch zu glauben, dass ein Nicht-Trill einen Symbionten aufnehmen könnte und Adira wird abgewiesen. Eine Gruppe von Trill versucht sie zu töten und den Symbionten an sich zu nehmen, aber Burnham hält sie auf und ein befreundeter Trill, Guardian Xi, bietet seine Hilfe an. In den heiligen Höhlen von Mak’ala helfen Xi und Burnham Adira, sich mit Tal zu verbinden und ihre Erinnerungen freizusetzen. Der Grund für die Erinnerungsblockade ist folgender: Als Senna starb, wurde Tal auf Gray, Adiras Trill-Freund, übertragen. Gray wurde jedoch kurz darauf getötet und Adira bot sich an, der neue Wirt zu werden, um Tal und die Erinnerungen aller früheren Wirte zu retten. Nachdem sie nun ihre Erinnerungen freigelegt hat, kann Adira mit Gray kommunizieren. In der Zwischenzeit versucht Saru, mit Hilfe von Dr. Hugh Culber die Moral der Besatzung zu verbessern.

Mithilfe von Sennas Erinnerungen führt Adira die Discovery zum Hauptquartier der Sternenflotte. Der aktuelle Oberbefehlshaber der Sternenflotte, Charles Vance, lässt Burnham, Saru und Adira zur Zentrale beamen, wo Adira für medizinische Tests abgeholt wird. Vance teilt Saru und Burnham mit, dass die Besatzung verhört und neu eingeteilt, sowie ihr Schiff untersucht wird. Saru gibt hierzu sein Einverständnis, um das Vertrauen der Sternenflotte zu gewinnen. Burnham erkennt, dass die Sternenflotte mit einer Gesundheitskrise zu kämpfen hat, die durch die Samenarchive an Bord der USS Tikhov gelöst werden könnte. Sie erwirkt von Vance die Erlaubnis, die Crew der Discovery mit dem Sporenantrieb dorthin zu bringen und die Samen zu bergen. Sie finden die Insassen der Tikhov tot vor bis auf einen Mann, der nur noch kurze Zeit leben kann. Er gehört der gleichen Spezies an wie die Sicherheitsoffizierin Nhan, die beschließt, bei der Tikhov zu bleiben, um sicherzustellen, dass die Samenarchive erhalten bleiben, und um ihren Heimatplaneten wiederzusehen. Die Discovery kehrt mit den Samen zur Sternenflotte zurück, und es wird ein Gegenmittel für die Gesundheitskrise synthetisiert. Vance stimmt zu, dass die Besatzung der Discovery zusammenbleiben darf, aber sie habe sich streng an seine Anweisungen zu halten.

Die Discovery wird aufgerüstet, um auch die Technologien der Zukunft, einschließlich programmierbarer Materie, nutzen zu können. Vance schickt andere Schiffe der Sternenflotte auf verschiedene Missionen in den verbleibenden Raum der Föderation, befiehlt aber der Discovery, für schnelle Einsätze in Bereitschaft zu bleiben. Das Schiff von Book trifft mit einer drei Wochen alten Nachricht ein, in der es um eine neue Entdeckung geht, die er gemacht hat: der Blackbox eines Sternenflottenschiffs, das bei dem Brand zerstört wurde. Burnham glaubt, dass sie mit dieser Blackbox den Ursprung des Brandes zurückverfolgen kann, aber Saru befiehlt ihr auf der Discovery zu bleiben, falls sie von Vance gebraucht werden. Burnham stimmt zu, missachtet dann aber diesen Befehl, indem sie Georgiou und Books Schiff nimmt, um ihn zu suchen. Auf dem Bergungsplaneten Hunhau gibt sich Georgiou als Käufer aus, der nach seltenen Schiffsteilen sucht, während Burnham Book findet. Sie inszenieren einen Gefängnisausbruch für die Bediensteten der Bergungswerften und können so mit Book und der Blackbox entkommen. Als sie zurückkehren, wird Burnham von Vance wegen Befehlsverweigerung getadelt. Saru degradiert Burnham von ihrem Posten als Erster Offizier.

Nach der Untersuchung mehrerer Blackboxen glaubt Burnham, die Ursache des Brandes mit Hilfe von Daten aus dem Projekt SB-19 finden zu können. Dieses Projekt hatte zum Ziel, eine mögliche Alternative zum stets knappen Dilithium für die Raumfahrt zu entwickeln. Die Forschungseinrichtung, die von den vereinigten Vulkaniern und Romulanern betrieben wird, befindet sich auf Ni’Var (dem früheren Planeten Vulkan). Sie glauben, dass SB-19 den Brand verursacht hat und wollen die Daten nicht an die Föderation weitergeben, die sie nach der Katastrophe verlassen haben. Vance glaubt, dass Burnham sie vom Gegenteil überzeugen kann, da ihr Bruder Spock den Prozess der Vereinigung der Vulkanier und Romulaner eingeleitet hat. Auf Ni’Var beruft sich Burnham auf das T’Kal-in-ket, ein vulkanisches Verfahren, das ihren wissenschaftlichen Anspruch auf die SB-19-Daten bestätigen soll. Sie wird von ihrer Mutter Gabrielle vertreten, die früher in der Zukunft gefangen war und sich inzwischen den Qowat Milat, einer Sekte romulanischer Kriegsnonnen, angeschlossen hat. Gabrielle bringt Burnham dazu, sich mit ihren eigenen Absichten und ihrer Verwirrung über ihr Schicksal auseinanderzusetzen, was dazu führt, dass Burnham sich von der Verhandlung zurückzieht. Beeindruckt davon übergibt die Ni’Var-Präsidentin T’Rina Burnham die SB-19-Daten. Währenddessen ernennt Saru Tilly zu seinem Ersten Offizier.

Book empfängt ein Notsignal von seinem Bruder Kyheem, das besagt, dass ihr Heimatplanet Kwejian von der Smaragdkette bedroht wird, einem Syndikat aus Andorianern und Orionern unter der Führung von Osyraa. Die Ernten auf Kwejian wurden durch eine Seeschreckenplage vernichtet, die auf die durch den Brand verursachten Klimaveränderungen zurückzuführen ist. Kyheem schloss mit Osyraa einen Pakt, um die Seeschrecken im Austausch gegen die Trance-Würmer von Kwejian zu vertreiben. Dies führte zu einem Zerwürfnis zwischen Book und Kyheem. Zivilisationen, die Hilfe von der Smaragdkette erhalten, brechen oft zusammen, also reist die Discovery nach Kwejian. Kyheem offenbart Book und Burnham, dass Osyraa Ryn will, einen andorianischen Diener, der auf Hunhau befreit wurde. Nach einem Streit erklärt sich Kyheem bereit, Osyraa nicht zu gehorchen, wenn die Discovery ihm hilft, die Seeschrecken abzuwehren. Während dieser Zeit hält die Discovery Osyraa davon ab, Ryn zu entführen, indem sie sie mit Books Schiff angreift, aber die durchschaut die List und verspricht Vergeltung an der Föderation, bevor sie sich zurückzieht. In der Zwischenzeit untersucht Culber Georgiou, die krank zu sein scheint und unter Blackouts und Flashbacks leidet.

Culber wird von Kovich, einem mysteriösen Sternenflottenmitarbeiter, aufgesucht. Dieser erklärt, dass Georgiou sowohl durch die Zeit gereist ist als auch aus einem anderen Universum, dem Spiegeluniversum, stammt und sich ihre Moleküle zu weit von ihrem Ursprung entfernt haben, so dass sie nun wahrscheinlich sterben wird. Nach Rücksprache mit dem Computer der Discovery, der mit den Daten der intelligenten Sphäre erweitert wurde, glaubt Culber, dass Georgiou gerettet werden könnte, indem sie zu einem unbewohnten Planeten, Dannus V, reist. Stamets und Adira verwenden die SB-19-Daten, um die Quelle des Brandes zum Verubin-Nebel zurückzuverfolgen und entdecken ein Notsignal von einem Kelpianer-Raumschiff. Auf Dannus V treffen Georgiou und Burnham auf ein seltsames Wesen namens Carl, das Georgiou zu einer Tür führt. Auf der anderen Seite findet sie sich im Spiegeluniversum wieder, in der Zeit als sie Imperatorin des Terranischen Reiches war. Georgiou stellt fest, dass ihre Zeit bei der Discovery sie verändert hat und sie nutzt ihr Wissen über die Vergangenheit, um bestimmte Ereignisse zu verändern, darunter die Rettung des Sklaven Saru und die Verschonung des Lebens der verräterischen Michael Burnham.

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Georgiou hofft, mit Burnham an ihrer Seite ein verbessertes terranisches Imperium anführen zu können, und lässt sie foltern, bis sie ihr die Treue schwört. Georgiou offenbart Saru, dass die biologische Veränderung der Kelpianer, die als Vahar’ai bekannt ist, nicht bedeutet, dass es für ihn an der Zeit ist, getötet zu werden, sondern dass es sich um einen natürlichen Prozess handelt, der ihn stärker macht, wenn er es zulässt. Burnham und Georgiou arbeiten zusammen, um Burnhams ehemaligen Liebhaber Gabriel Lorca zu jagen, aber das ist eine List Burnhams, die sich gegen Georgiou richtet. Nach einem Kampf tötet Georgiou Burnham, bevor sie selbst in den Armen von Saru stirbt. Sie kehrt nach Dannus V zurück, wo Carl sich als der Wächter der Ewigkeit zu erkennen gibt. Er erklärt, dass er Georgiou in eine andere Zeit und an einen anderen Ort schicken kann, wo sie überleben wird, aber er musste sie erst testen und war froh, als sie versuchte, das Schicksal des Terranischen Reiches zu ändern. Georgiou verabschiedet sich von Burnham, bevor sie durch das Portal des Wächters reist. Auf der Discovery will Book seinen Wert beweisen und nutzt Smaragdkettentechnologie, um der Besatzung zu helfen, sich mit den Systemen des Kelpianer-Raumschiffs zu verbinden.

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Die Discovery entdeckt ein Lebenszeichen auf dem Raumschiff im radioaktiven Verubin-Nebel und Saru vermutet, dass es sich um das Kind eines der Wissenschaftler des Raumschiffs handeln könnte. Sie springen hin, um das zu untersuchen und finden im Inneren des Nebels einen Planeten, der hauptsächlich aus Dilithium besteht. Saru, Burnham und Culber begeben sich zu dem Planeten und überlassen Tilly das Kommando über die Discovery. Auf dem Planeten findet sich das Außenteam in einer komplexen holografischen Simulation wieder, die von den Wissenschaftlern entwickelt wurde, um das Kind aufzuziehen und zu schützen. Sie finden das Kind, Su’Kal, und entdecken, dass es mit einer an den Planeten und den radioaktiven Nebel angepassten Biologie geboren wurde, während das Außenteam an einer Strahlenvergiftung leidet. Su’Kal ist nicht darauf vorbereitet, mit der Realität außerhalb der Simulation umzugehen, und wenn er sich aufregt, erzeugt er einen Energiestoß, der dem Brand ähnelt. Ein Schiff der Smaragdkette unter dem Kommando von Osyraa trifft ein. Book fliegt in den Nebel, um das Außenteam zu holen. Er holt Burnham, aber Adira bringt Medikamente zu Saru und Burnham und bleibt mit ihnen bei Su’Kal. Osyraa nimmt die Discovery gefangen und lässt sie zum Hauptquartier der Föderation springen.

Osyraa gibt sich als angegriffene Discovery aus, deren Kommunikation blockiert ist, und Vance beschließt das Schiff durch die Schilde der Föderation zu lassen. Burnham und Book nutzen das gefährliche Transwarp-Netzwerk, um das Hauptquartier der Föderation rechtzeitig zu erreichen und auf der Discovery zu landen, bevor die Schilde geschlossen werden. Osyraa schickt Zareh los, um nachzuforschen, und er nimmt Book gefangen, während Burnham ungesehen entkommt. Book wird zusammen mit der Brückenbesatzung und Ryn als Geisel festgehalten. Stamets wird von dem Wissenschaftler Aurellio verhört, der plant den Sporenantrieb der Discovery zu replizieren, und der Rest der Besatzung der Discovery wird in Shuttles freigelassen. Osyraa schlägt Vance einen Friedensvertrag zwischen der Föderation und der Smaragdkette vor. Er erwägt den Vertrag, besteht aber darauf, dass Osyraa für ihre Verbrechen vor Gericht gestellt wird, was für sie inakzeptabel ist. Die Brückenbesatzung flieht mit Hilfe von Book und Ryn, die erneut gefangen genommen werden. Burnham befreit Stamets und wirft ihn sicher vom Schiff, um seine Gefangennahme zu verhindern, obwohl er Culber, Adira und Saru sofort retten will. Aurellio ist entsetzt, als Osyraa den Gefangenen Ryn tötet.

Da sie nicht in der Lage ist, ohne Stamets zu springen, kämpft sich Osyraa aus dem Hauptquartier der Föderation heraus und schaltet die Lebenserhaltung der Brückencrew ab. Da die Sphärendaten sich in bewegliche Mini-Roboter heruntergeladen haben, gelingt es Tilly und der Brückencrew mit deren Unterstützung, eine Bombe in einer der Gondeln des Schiffes zu platzieren, nach deren Explosion die Discovery unter Warp geht. Burnham macht sich auf den Weg zum Datenkern des Schiffes, tötet Osyraa im Kampf und setzt die Computersysteme zurück. Sie schaltet die Lebenserhaltung wieder ein und beamt alle Smaragdketten-Jäger vom Schiff. Aurellio, der sich zuvor geweigert hatte, für Osyraa zu foltern, und auf der Discovery verblieben ist, schlägt vor, dass Book den Sporenantrieb mit seinen empathischen Fähigkeiten benutzen könnte. Dies gelingt, und sie springen zum Nebel. Saru überzeugt Su’Kal, die Simulation abzuschalten. Dessen wütende Reaktion auf den Tod seiner Mutter war die Ursache für den Brand. Als die Discovery den Dilithium-Planeten erreicht, können die dort verbliebenen Besatzungsmitglieder und Su’Kal im letzten Moment aus dem zerfallenden Habitat gerettet werden. Saru begleitet Su’Kal nach Kaminar, um ihn dort zu unterstützen. Burnham wird zum Captain befördert. Die Smaragdkette bricht nach Osyraas Tod zusammen. Die bisher vom Syndikat kontrollierten Planeten beginnen, sich wieder der Föderation anzuschließen. Die Discovery macht sich auf den Weg, um Dilithium aus dem Nebel zu Planeten zu bringen, die durch den Brand abgeschnitten sind.

Captain Michael Burnham von der USS Discovery und ihr Partner Cleveland „Book“ Booker laden das Volk von Alshain IV ein, der Vereinigten Föderation der Planeten wieder beizutreten. Sie stellen die Absichten der Föderation unter Beweis, indem sie helfen, die seit langem kaputte Technologie von Alshain zu reparieren. Book reist dann zu seinem Heimatplaneten Kwejian, um an der Volljährigkeitsfeier seines Neffen Leto teilzunehmen. Burnham und die Crew der Discovery nehmen an der offiziellen Wiedereröffnung der Sternenflottenakademie teil, wo sie die neue Föderationspräsidentin Laira Rillak treffen. Die Sternenflotte empfängt einen Notruf von einer Raumstation in der Nähe von Kwejian, und Rillak begleitet die Discovery, um der Sache nachzugehen. Die Raumstation wurde durch eine unbekannte Gravitationsverzerrung unkontrolliert ins Trudeln gebracht und Burnham beschließt, selbst bei der Evakuierung des Personals zu helfen. Rillak stellt Burnhams Entscheidungen in Frage und enthüllt später, dass sie Burnham als potenzielle Kandidatin für einen neuen Auftrag beobachtet hat, aber Bedenken bezüglich ihrer Vorgehensweise hat. Sie thematisieren in ihrem Gespräch den Kobayashi-Maru-Test. Auf Kwejian wird Book Zeuge seltsamer Vogelaktivitäten und fliegt weg, um sie zu untersuchen, gerade als die Gravitationsverzerrung den gesamten Planeten zerstört.

Book ist nach dem Verlust seines Planeten und seiner Familie vor Trauer wie betäubt und wird von Halluzinationen über Leto heimgesucht. Wissenschaftsoffizier Paul Stamets erklärt Rillak und dem Sternenflottenkommando, dass die Zerstörung von Kwejian durch eine noch nie dagewesene Gravitationsanomalie verursacht wurde, die weitere Untersuchungen erfordert. Der ehemalige Discovery-Captain Saru kehrt zurück, um als Burnhams Erster Offizier zu dienen. Die Discovery springt in sichere Entfernung außerhalb der Anomalie, um sie genauer zu untersuchen und um den Kurs der Anomalie berechnen zu können. Die ersten Daten widerlegen bisherige Theorien und Book meldet sich freiwillig, um mit seinem Schiff und mit Unterstützung durch Paul Stamets’ Hologramm in die Anomalie zu fliegen für weitere Aufzeichnungen. Burnham wird überzeugt, Book die Mission durchführen zu lassen. Dort treten Schwierigkeiten auf, aber schließlich kann Book durch ein geschicktes Manöver aus der Anomalie entkommen. Während dieser Zeit ändert die Anomalie auf unerklärliche Weise ihre Richtung und beschädigt die Discovery. Es stellt sich heraus, dass ihre Bewegung und ihre weitere Wirkung auf andere Planeten nicht berechnet werden können. Book beginnt danach, Burnham seinen Kummer mitzuteilen. In der Zwischenzeit planen Dr. Hugh Culber und Fähnrich Adira Tal, das Bewusstsein von Adiras verstorbenem Freund Gray in einen synthetischen Körper zu übertragen, wobei eine ungewöhnliche Technologie zum Einsatz kommen soll, die bereits bei Admiral Jean-Luc Picard erprobt wurde. Die Methode wurde aber damals aufgrund einer geringen Erfolgsrate eingestellt.

J’Vini, eine romulanische Bürgerin von Ni’Var und Nonne des Ordens der Qowat Milat, überfällt mehrere Schiffe der Sternenflotte, um seltene Dilithiumkristalle zu stehlen. Bei einem Überfall tötet sie einen Offizier. Sternenflottenadmiral Charles Vance enthüllt dies Burnham, Ni’Var-Präsidentin T’Rina und Burnhams Mutter Gabrielle, die Mitglied der Qowat Milat ist. Rillak will J’Vini nicht ohne T’Rinas Hilfe verfolgen, da Ni’Var kurz davor steht, über seinen Wiedereintritt in die Föderation zu verhandeln. Gabrielle glaubt, dass J’Vini eine aussichtslose Sache gefunden hat, für die sie kämpfen kann, und schließt sich Burnham, begleitet von Lieutenant Tilly, an, um J’Vini zu verhaften. Sie finden J’Vini auf einem scheinbar kargen Mond, der in Wirklichkeit ein riesiges Raumschiff ist, in dem fremde Wesen (Abronianer genannt) in Kryostase gehalten werden. J’Vini hatte vergeblich versucht, sie zu wecken, und schließlich das Dilithium gestohlen, um damit das Schiff aus dem Pfad der Anomalie zu bewegen und die Wesen vor Grabräubern zu schützen. Ihre Biomasse enthält Latinum (eine wertvolle Substanz). Burnham verhaftet J’Vini, hilft aber zuvor dabei, die Flüchtlinge zu wecken. In der Zwischenzeit reisen Stamets und Book nach Ni’Var, um die Daten über die Anomalie zu analysieren, die Stamets als DMA (Dunkle Materie Anomalie) bezeichnet. Sie finden zwar nicht heraus, worum es sich handelt, aber T’Rina hilft Book, Erinnerungen an Leto wachzurufen, was ihm etwas Trost spendet. Zudem wird das Bewusstsein von Adiras verstorbenem Freund Gray in einen synthetischen Körper übertragen. Nach einer länger andauernden kritischen Phase erwacht er und hat auch sein Bewusstsein behalten.

Ni’Var beschleunigt seine Verhandlungen mit der Föderation und Rillak bittet Burnham und Saru, vertretungsweise teilzunehmen, da Sternenflottenadmiral Charles Vance angeblich erkrankt ist. Culber schlägt vor, dass Silvia Tilly, die sich unsicher über ihren Platz auf dem Schiff fühlt, eine Gruppe neuer Kadetten der Sternenflottenakademie bei einer Teambildungsübung begleitet. Auch Adira nimmt an der Mission teil, bei der die Kadetten zusammenarbeiten müssen, um einen Planeten zu untersuchen. Sie kommen zunächst nicht miteinander aus, müssen sich aber zusammenraufen, nachdem sie auf einem gefährlichen Mond notgelandet sind. Gemeinsam gelingt es ihnen, ein Sternenflottenschiff zu kontaktieren, das sie rettet und zum Hauptquartier der Föderation zurückbringt. Dort bietet der geheimnisvolle Dr. Kovich Tilly einen Lehrauftrag an der Akademie an. Die Gespräche zwischen Ni’Var und der Föderation scheinen zu scheitern, aber Burnham und Saru sprechen mit beiden Seiten und schlagen einen Kompromiss vor, dem alle zustimmen: Ein von der Föderationsführung unabhängiges Komitee wird die Vereinigung regelmäßig überprüfen. Burnham bietet an, als Bürgerin sowohl der Föderation als auch von Ni’Var in dieses Komitee einzutreten. Tilly nimmt den Lehrauftrag an und verlässt das Schiff.

Die DMA verschwindet und taucht Sekunden später 1000 Lichtjahre entfernt wieder auf, was beweist, dass es sich nicht um eine natürlich vorkommende Anomalie handelt. Der Wissenschaftler Ruon Tarka schließt sich der Discovery an, um herauszufinden, wer die DMA geschaffen hat. Er ist in der Lage, ein Modell der DMA zu erstellen, das mehr Energie benötigt, als die Discovery zur Verfügung stellen kann. Als die Discovery erfährt, dass der Asteroidengürtel Radvek in der neuen Bahn der DMA liegt, wird sie beauftragt, seine Bewohner zu evakuieren. Der Magistrat des Gürtels ist dankbar für ihre Hilfe und beginnt damit, seine Leute an Bord zu beamen, aber er weigert sich, seine Gefangenen freizulassen, die er als „Exempel“ bezeichnet. Burnham und Book machen sich auf den Weg, um die Gefangenen selbst zu retten. Diese behaupten, zu Unrecht inhaftiert worden zu sein. Burnham überzeugt sie davon, sie zu begleiten, indem sie ihnen Asyl auf der Discovery anbietet. Ein Gefangener namens Felix beschließt zurückzubleiben. Er berichtet, dass er unter anderem eine Kugel gestohlen hat, auf der das Erbe einer Familie aufgezeichnet ist, und den Besitzer im darauf folgenden Kampf ermordet hat. Book will ihn dennoch retten, aber Burnham respektiert Felix’ Wunsch und lässt ihn sterben, als der Asteroidengürtel von der DMA zerstört wird. Burnham gibt die Kugel später der Tochter des Mannes, den Felix getötet hat.

Die Discovery dringt in einen von der DMA geschaffenen Subraumspalt ein, um ihn zu untersuchen, und stößt auf eine Leere, aus der sie nicht herausnavigieren kann. Ein DOT-Roboter verlässt das Schiff und löst sich auf. Book und Stamets versuchen, mit dem Sporenantrieb aus der gefährlichen Leere zu springen, was misslingt. Book bekommt Halluzinationen von seinem verstorbenen Vater, der an diesem Tag Geburtstag hat. Stamets erkennt, dass die Halluzinationen durch die Interaktion mit Partikeln aus der Barriere am Rande der Galaxie verursacht wurden. Zora, der fortschrittliche Computer des Schiffes, versucht ihre üblichen Aufgaben zu erfüllen, während sie dabei hilft, einen Weg aus dem Spalt zu finden. Dabei fühlt sie sich von den Daten aus dem Schiff überflutet. Gray bietet Zora an, ihr bei der Bewältigung ihrer Aufgaben zu helfen, indem er mit ihr ein Spiel spielt. Daraufhin erkennt Zora Mikroabweichungen auf den externen Sensoren, mittels derer sie aus dem Spalt entkommen könnten. Um die Besatzung vor der Auflösung durch die Leere zu schützen, veranlasst Burnham, dass alle in den „Musterpuffer“ geladen werden (wo Materie für den Transport in Energie umgewandelt wird). Nur sie bleibt auf der Brücke und fliegt das Schiff allein mit Zora, bis sie wegen der zunehmenden Hitze das Bewusstsein verliert. Burnham erwacht auf der Krankenstation und erfährt, dass das Schiff den Spalt erfolgreich verlassen hat und alle Besatzungsmitglieder zurückkehren konnten.

Der Schiffscomputer Zora bestimmt den Standort des Schöpfers der DMA, der als „Unbekannte Spezies 10-C“ bezeichnet wird, weigert sich aber, ihn der Besatzung mitzuteilen, da sie sich um deren Sicherheit sorgt. Dr. Kovich merkt an, dass die Vorschriften der Sternenflotte die Integration von empfindungsfähigen Systemen in Raumschiffe verbieten. Einige Besatzungsmitglieder setzen sich für Zora ein, aber andere, insbesondere Stamets, befürchten aufgrund ihrer Befehlsverweigerung negative Auswirkungen auf die Kontrolle über die Schiffssysteme. Nach der Untersuchung ihrer weiterentwickelten Programmierung kommt Kovich zu dem Schluss, dass Zora eine neue Lebensform ist und auf dem Schiff bleiben kann. Es stehe ihr frei, sich der Sternenflotte als Spezialistin anzuschließen. Dann müsse sie aber auch die Befehle ihrer Vorgesetzten befolgen. Zora willigt ein und gibt die Koordinaten preis. In der Zwischenzeit nehmen Burnham und Book an einer Versammlung von Vertretern der Föderation und ihrer Partner teil, um die DMA-Strategie zu besprechen. Rillak und Burnham wollen mit 10-C Kontakt aufnehmen und eine Eskalation des Konflikts vermeiden. Book hingegen unterstützt Tarka, der eine Waffe entwickelt hat, um die DMA zu zerstören, bevor sie anderen Welten Schaden zufügt. Die Versammlung stimmt für den friedlichen Erstkontakt. Tarka und Book fliehen mit dem Prototyp der neuen Sporenantriebstechnologie.

Tarka braucht Isolynium, um seine Waffe zu vervollständigen, und Burnham weiß, von welchem Schwarzmarkthändler Book versuchen wird, es zu bekommen. Rillak verweigert Burnham, Book zu verfolgen, und Vance stimmt öffentlich zu, aber er gibt Burnham insgeheim andere Befehle: Daten über die Spezies 10-C zu sammeln, aber gleichzeitig zu versuchen, das Isolynium vor Book und Tarka zu bekommen. Diese beiden kommen in einem Casino auf Porathia an und treffen sich mit Haz Mazaro, der sich bereiterklärt, ihnen das Isolynium zu verkaufen, wenn Book hilft, einen Betrüger im Casino zu finden. Burnham und die Einsatzoffizierin Joann Owosekun treffen kurz darauf ein und wollen von Mazaro außergalaktische Sternaufnahmen von den zuvor ermittelten Koordinaten der Spezies 10-C kaufen. Sie sind nicht in der Lage, Book und Tarka für das Isolynium zu überbieten. Owosekun nimmt an einem Ringkampf teil, um ihnen mehr Geld zu verschaffen. Sie nähern sich Mazaro mit dem Geld, gerade als Tarka einen Betrüger (Gestaltwandler) gefangen nimmt. Der Händler beschließt, das Unentschieden der Bieterparteien durch ein leonisches Pokerspiel entscheiden zu lassen. Book gewinnt das Spiel und holt sich das Isolynium, aber Burnham gelingt es zuvor, einen Peilsender anzubringen. Die Sternaufnahmen zeigen ein großes, künstliches „Hyperfeld“ (mit möglicherweise einem eingeschlossenen Wirtsstern und 2 oder 3 umkreisenden Planeten) jenseits der galaktischen Barriere. Die Daten deuten darauf hin, dass es mit seltenem Boronit betrieben wird, das die DMA von den zerstörten Planeten abgebaut hat.

Die ehemalige Discovery-Sicherheitsoffizierin Nhan kommt auf die Discovery, während diese Burnhams Peilsender folgt. Nhan soll sicherstellen, dass Burnhams persönliche Gefühle zu Book nicht die Mission gefährden. Sie springen zu einer Position in der Nähe von Books Schiff, während Book und Tarka die Waffe fertigstellen. Saru führt ein getarntes Shuttle an, um sich auf Books Schiff zu schleichen und die Waffe zu deaktivieren. Das Shuttle wird jedoch von einem neuen automatischen Sicherheitssystem angegriffen, das Tarka auf Books Schiff installiert hat. Book ermöglicht der Shuttle-Besatzung die Flucht zurück zur Discovery. Er findet den Peilsender und deaktiviert ihn, so dass sein Schiff nach dem Sprung in die DMA von der Discovery nicht mehr lokalisiert werden kann. Nhan hat einen Weg gefunden, wie Books Schiff zerstört werden kann und ist bereit, dies anzuordnen, bevor es den Controller im Zentrum der DMA zerstören kann. Beide Schiffe finden den Controller, und es kommt zu einem Patt, bei dem Burnham sowohl Nhan als auch Book davon überzeugen kann, sich zurückzuhalten. Hinter dem Rücken von Book beamt Tarka jedoch die Waffe in den Controller und zerstört damit die DMA. Die Discovery sowie Book und Tarka fliehen vor der Explosion. Tarka kann jedoch keine Energiequelle der DMA entdecken, wie er sich erhofft hatte. Kurz darauf erscheint eine neue DMA am gleichen Ort.

Aus Angst vor Vergeltungsmaßnahmen von Spezies 10-C verlegt Rillak den Zeitpunkt des Erstkontakts vor. Sie, T’Rina und mehrere Diplomaten gehen an Bord der Discovery, die zur galaktischen Barriere springt und den gefährlichen Flug durch sie beginnt. Bevor sie den Kontakt mit der Föderation verlieren, werden sie von Vance kontaktiert, der ihnen mitteilt, dass die DMA kurz davor steht, die Erde und Ni’Var zu zerstören. Burnham überzeugt Rillak davon, diese Information auch an die Crew weiterzugeben. In der Zwischenzeit benötigen Book und Tarka programmierbare Antimaterie, um selbst durch die Barriere zu gelangen und reisen zu einem Vorrat davon, den Tarka in einem verlassenen Arbeitslager der Smaragdkette weiß, in dem er einst gefangen gehalten wurde. Tarka erklärt, dass er sich mit dem Mitgefangenen Oros angefreundet hat, den er erst ausspionieren sollte. Dieser hat heimlich eine Maschine gebaut, um sie in ein friedliches Paralleluniversum zu bringen. Sie wurden getrennt und Tarka weiß nicht, ob Oros erfolgreich war, aber er hofft es und hat seine eigene Maschine gebaut, damit er auch dorthin reisen kann. Sie benötigt eine große Menge an Energie und Tarka hatte geplant die Energiequelle der DMA zu nutzen, bevor er feststellte, dass sie sich nicht in der DMA selbst, sondern auf der anderen Seite des Wurmloches bei 10-C befindet. Nach einem schwierigen Flug mit Hilfe sogenannter Raumzellen taucht die Discovery aus der galaktischen Barriere auf und beginnt ihre Reise in Richtung der Koordinaten von 10-C.

Die Discovery fliegt zu einem toten Planeten in der Nähe des Hyperfelds, der möglicherweise die Heimatwelt von Spezies 10-C ist. Erdgeneral Diatta Ndoye hält dies für Zeitverschwendung, aber andere Diplomaten unterstützen die Entscheidung, wenn sie zu nützlichen Informationen führt. Burnham reist mit Saru, Culber und der Pilotin Keyla Detmer zu dem Planeten, wo sie ein großes Skelett der Spezies finden, die einst in den ehemaligen Gasschichten des Planeten lebte. Unter dem Einfluss von Kohlenwasserstoffverbindungen halluzinieren mehrere Mitglieder des Landungsteams, was starke Gefühle auslöst, wie Angst und Zuneigung. Das Team schlussfolgert, dass 10-C aufgrund eines Meteoriteneinschlags, der das Gas verbrannte und einige Mitglieder der Spezies tötete, vom Planeten floh. Die komplexen Kohlenwasserstoffverbindungen, die das Landungsteam auf dem Planeten beeinflussten, verwendet 10-C offenbar, um Emotionen zu kommunizieren. Die Besatzung will diese Kohlenwasserstoffe benutzen, um mit 10-C zu kommunizieren, so wie einstmals der „Rosettastein“ bei der Entschlüsselung der ägyptischen Schriften half. In der Zwischenzeit folgen Book und Tarka der Discovery zu dem Planeten und schleichen sich an Bord. Tarka umgeht die Sensoren von Zora, damit ihr Schiff unbemerkt an die Discovery angekoppelt werden kann, und nimmt dabei die Ingenieurin Jett Reno als Geisel. Book überredet Ndoye, ihnen bei der Zerstörung der DMA zu helfen.

Die Discovery setzt den Kohlenwasserstoff, der den Frieden repräsentiert, mittels DOT-Roboter auf der Oberfläche des Hyperfeldes frei, da sie denken das die Spezies 10-C das als Kommunikation auffasst. Bald wird die Discovery und Books Schiff in die Struktur gezogen und von einem Orb (einer Art Sphäre) aus einer unbekannten Substanz umgeben. Mitglieder der Spezies 10-C antworten mit weiteren Kohlenwasserstoffen und einem Lichtmuster, das die Besatzung als eine „Brückensprache“ entschlüsselt, die Lincos ähnelt und mathematische Gleichungen verwendet. 10-C nutzt die Sprache, um zu fragen warum die DMA durch Tarkas Waffe zerstört wurde und die Besatzung kann ihre Angst vor der DMA mitteilen. Auf Books Schiff plant Tarka mit Ndoye einen Plasmastrom von der Discovery aus zu zünden, der es ihnen ermöglicht dem Orb zu entkommen und direkt zur Energiequelle der DMA zu fliegen. Reno erkennt, wenn Tarka die Energiequelle jetzt an sich nimmt, dass er das Hyperfeld und alles was sich darin befindet zerstören und wahrscheinlich auch die Erde und Ni’Var vernichten wird. Book stellt Tarka deswegen zur Rede, aber Tarka nutzt seine Upgrades für das Schiff, um Book zurückzuhalten. Als die Besatzung der Discovery versucht, 10-C zu bitten, die DMA zurückzuziehen, setzt Ndoye Tarkas Plan in die Tat um und Books Schiff entkommt. Die Mitglieder von 10-C hören auf zu kommunizieren. Reno gelingt es Burnham eine Nachricht zukommen zu lassen, in der sie Tarkas Plan erklärt.

Die Föderation versucht viele Bewohner von der Erde und Ni’Var zu evakuieren, bevor die DMA diese zerstören wird. Tarka steuert Books Schiff zur DMA-Energiequelle, um das Gerät mit einem gravimetrischen Strahl zu treffen. T’Rina erfährt, dass die Gehirne der 10-C miteinander verbunden sind und sie nicht verstehen, dass Tarka unabhängig von der Discovery handelt. Die Besatzung opfert den Sporenantrieb der Discovery, um dem Orb zu entkommen, kann sich aber Books Schiff wegen des Plasmas nicht nähern. Ndoye bietet eine Wiedergutmachung an, indem sie Books Schiff mit einem Shuttle rammt. Ndoye und Reno werden in Sicherheit gebeamt, aber Book stirbt beim Beamen scheinbar. Die Besatzung der Discovery trifft Mitglieder der 10-C auf einem Planeten innerhalb des Hyperfelds und erklärt, dass Tarka allein gearbeitet hat und warum. Die 10-C schalten die DMA aus, verschonen die Erde und Ni’Var und enthüllen, dass sie Book gerettet haben. Book spricht über seinen Kummer und nutzt seine empathischen Fähigkeiten, um 10-C davon zu überzeugen, die DMA nicht mehr zu benutzen, das Hyperfeld abzuschalten und mit anderen zusammenzuarbeiten, um den durch die DMA verursachten Schaden wiedergutzumachen. 10-C nutzt ein Wurmloch, um die Discovery zur Erde zu schicken, die sich entschließt, der Föderation wieder beizutreten. Book wird für seine Taten bestraft, indem er denen helfen muss, die durch die DMA geschädigt wurden.

Im 32. Jahrhundert erhalten Captain Michael Burnham und die Besatzung der USS Discovery von dem mysteriösen Dr. Kovich den streng geheimen Auftrag („Rote Direktive“), ein 800 Jahre altes romulanisches Wissenschaftsschiff im Beta-Quadranten zu untersuchen. Als sie dort ankommen, sind die Kuriere Moll und L’ak gerade dabei etwas vom Schiff zu entwenden und diese entkommen mit ihrem Schiff. Kovich bittet Cleveland „Book“ Booker – ehemals ein Kurier und Burnhams romantischer Partner, der wegen Verbrechen gegen die Vereinigte Föderation der Planeten im Gefängnis sitzt – um Hilfe bei der Suche nach Moll und L’ak. Er führt die Discovery und die USS Antares zum Planeten Q’mau. Dort treffen Moll und L’ak auf einen alten Androiden namens Fred, der ihnen verrät, dass es sich bei dem Objekt um eine traditionelle romulanische Rätselbox mit einem enthaltenen Tagebuch handelt. Sie töten Fred und fliehen mit dem Tagebuch. Burnham, Book und Antares-Captain Rayner verfolgen die Kuriere und Rayner löst versehentlich eine große Lawine aus, die eine nahe gelegene Stadt bedroht. Burnham setzt die Schilde der Discovery und der Antares ein, um die Stadt zu retten, Moll und L’ak entkommen derweil. Später enthüllt Kovich, dass das Tagebuch einem Dr. Vellek gehörte, der zu einem Team von Wissenschaftlern aus dem 24. Jahrhundert gehörte, die die Technologie fanden, mit der die Urhumanoiden, auch Progenitoren genannt, die Galaxie mit humanoidem Leben besiedelt haben.

Nach seinen risikobehafteten Aktionen auf Q’mau wird Rayner von Föderationspräsidentin Laira Rillak vor ein Disziplinarverfahren gestellt, da sie der Meinung ist, dass Rayners Rücksichtslosigkeit für die Sternenflotte in Friedenszeiten nicht geeignet ist. Mit Hilfe von Bildern des Tagebuchs, das sie aus Freds Gedächtnis geholt haben, reisen Burnham und die Discovery zu dem unbewohnten Begräbnisplaneten Lyrek, wo sie die Progenitor-Technologie oder einen Hinweis darauf vermuten. Burnham und ihr Erster Offizier Saru – er ist auf seiner letzten Mission mit der Discovery, bevor er Botschafter der Föderation wird, um seiner Verlobten, der Ni’Var-Präsidentin T’Rina, näher zu sein – begeben sich nach Lyrek und deaktivieren ein automatisches Verteidigungssystem mit einem elektromagnetischen Impuls. Book kontaktiert Moll und L’ak, indem er sich als ein anderer Kurier ausgibt, und erfährt, dass Moll Malinne ist, die Tochter seines Mentors und Namensvetters Cleveland Booker IV. Burnham und Saru finden ein Stück einer Karte und stellen fest, dass die beiden Kuriere auf dem Weg nach Betazed sind, obwohl der nächste Hinweis tatsächlich auf Trill liegt. Als Burnham erfährt, dass Rayner aufgefordert wurde, aus der Sternenflotte auszutreten, bietet sie ihm eine zweite Chance als ihr neuer Erster Offizier an.

Saru hat mit seiner neuen Aufgabe der Politik zu kämpfen, Rayner lernt widerwillig die Crew der Discovery kennen und Burnham reist mit Book, Dr. Hugh Culber und Fähnrich Adira Tal, die ihren Freund Gray wiedertrifft, nach Trill. Adira und Gray beschließen, sich zu trennen, da ihr Leben in unterschiedliche Richtungen verläuft. Das Team trifft auf den Wirt des Trill-Symbionten Bix, dessen früherer Wirt Jinaal ein Mitglied des Wissenschaftlerteams des 24. Jahrhunderts war. Culber bietet an, Jinaals Bewusstsein vorübergehend in seinen Körper zu übertragen, damit Jinaal Burnham und Book zum nächsten Anhaltspunkt führen kann. Er führt sie in die Wildnis, wo sie von mehreren großen Kreaturen angegriffen werden. Book erkennt, dass die Kreaturen ihr Nest verteidigen, und setzt seine empathischen Fähigkeiten ein, um sie zu beruhigen. Er erklärt, dass die Wissenschaftler die Technologie und die Teile der Karte versteckt haben, damit sie erst gefunden werden, wenn sich jemand, der dieser Macht würdig ist, auf die Suche danach macht. Er gibt ihnen sein Stück der Karte und die Koordinaten für das nächste Stück. Culber ist erschüttert von dieser Erfahrung, die er am eigenen Leib erfahren hat. Moll verfolgte die Discovery heimlich nach Trill und platziert dort eine Zeitspinne, ein Überbleibsel aus den Temporalen Kriegen, auf Adira.

Als die Discovery bei den Koordinaten des nächsten Hinweises ankommt, wird die Zeitspinne aktiviert und hält sie in einem Zyklus von Zeitsprüngen gefangen. Burnham und Rayner beamten gerade, als die Zeitspinne aktiviert wurde und sind sich deshalb der Geschehnisse bewusst, während Chefingenieur Paul Stamets aufgrund seiner einzigartigen DNA ebenfalls weiß, was geschieht. Die drei springen durch verschiedene Perioden in der Geschichte des Raumschiffes, einschließlich der Zeit, in der es sich im Bau befand, dem Kampf gegen die bösartige KI Control, der Reise vom 23. ins 32. Jahrhundert, der Entführung durch Osyraa und einer möglichen Zukunft, in der Moll und L’ak die Technologie der Progenitoren gefunden haben und sie von den Breen benutzt wurde, um die Föderation zu vernichten. Sie überredet die Besatzung, ihr, Rayner und Stamets zu helfen, den Zyklus zu durchbrechen und in die richtige Zeit zurückzukehren, wobei sie mit ihrem meuternden jüngeren Ich konfrontiert wird. Dadurch, dass sie im Zeitzyklus festsitzen, haben Moll und L’ak einen Vorsprung von sechs Stunden auf den nächsten Hinweis.

Moll und L’ak sind in ein instabiles Wurmloch geraten. Burnham und Book fliegen mit einem Shuttle hinein und finden die Trümmer von Molls und L’aks Schiff neben der ISS Enterprise, einer alternativen Version der USS Enterprise aus dem Spiegeluniversum. Das Schiff wurde von Flüchtlingen in dieses Universum gebracht, die vor dem rücksichtslosen Terranischen Imperium geflohen waren. Einer der Flüchtlinge schloss sich dem Wissenschaftlerteam des 24. Jahrhunderts an. Sie hat ihr Stück der Karte auf dem Schiff versteckt, das Burnham zusammen mit dem nächsten Hinweis wiederfindet. Book versucht, Moll mit seiner Verbindung zu ihrem Vater zur Vernunft zu bringen, aber sie ist nicht überzeugt, weil ihr Vater sie als Kind verlassen hat. Burnham und Book appellieren an die Liebe von Moll und L’ak zueinander, aber L’ak enthüllt, dass ein „Erigah“-Kopfgeld auf sie ausgesetzt ist, weil er sein Volk, die Breen, verraten hat, um mit Moll zusammen zu sein. Sie hoffen, die Technologie der Progenitoren zu verkaufen, um dem Kopfgeld zu entgehen und in eine friedliche Kolonie im Gamma-Quadranten zu ziehen. Moll koppelt versehentlich das Shuttle ab und zwingt Burnham und Book, die Enterprise mit Hilfe von Rayner und der Crew der Discovery aus dem Wurmloch zu steuern. Moll und L’ak entkommen in einem terranischen Kriegspod.

Kovich identifiziert die fünf Wissenschaftler (Jinnal Bix, Carmen Cho, Marina Derex, Hitoroshi Kreel und Vellek), die die Kartenteile versteckt haben, so dass die Discovery feststellen kann, dass der nächste Hinweis auf einen denobulanischen Wetterturm auf Halem’no verweist, der tödliche Sandstürme abhält und für Regen sorgt. Der Turm ist als Berg getarnt, um die fortschrittliche Technologie vor den Halem’niten zu verbergen, einer Prä-Warp-Gesellschaft, in die man sich gemäß der Obersten Direktive der Sternenflotte nicht einmischen sollte. Diese besitzen auch eine besondere Pfeifsprache, um über größere Distanzen zu kommunizieren. Burnham und Sylvia Tilly schließen sich den Halem’niten an. Mit Hilfe von Adira repariert Burnham die defekte Schalttafel des Turms, während Tilly an einem Wettrennen teilnimmt, um Zugang zum Turm zu erhalten. Sie und eine Halem’nitenfrau, Ravah, gewinnen das Rennen und werden als Opfer für die Götter der Halem’niten in den Turm gesperrt. Burnham verstößt gegen die Oberste Direktive, um sie zu befreien und den Halem’niten zu offenbaren, dass der Turm eine fortschrittliche Technologie ist, die keine Opfer erfordert. Sie holen sich das Kartenstück und den nächsten Hinweis, bevor sie erfahren, dass Moll und L’ak gefunden wurden. In der Zwischenzeit erhält Culber Hilfe von Stamets und Book, während er darum kämpft, die Auswirkungen der Erfahrung des geteilten Körpers auf seine Spiritualität zu bewältigen.

Culber versucht, den bei der Konfrontation mit der ISS Enterprise verletzten L’ak zu behandeln, ist aber mit der Physiologie der Breen nicht vertraut. Primarch Ruhn, der Anführer einer Breen-Fraktion, trifft am Hauptquartier der Föderation ein, um L’ak abzuholen, der sich als Ruhns Neffe und direkter Nachfahre des ehemaligen Breen-Imperators zu erkennen gibt; Ruhn möchte L’ak benutzen, um seinen eigenen Anspruch auf den Thron zu legitimieren. Rayner enthüllt seine Vergangenheit als Überlebender einer Breen-Besetzung seines Heimatplaneten, bei der seine gesamte Familie ums Leben kam. Burnham nutzt diese Informationen, um Ruhn davon zu überzeugen, dass die Entführung von L’ak zu weiteren Konflikten mit anderen Breen-Fraktionen führen würde. L’ak verpasst sich in der Krankenstation eine Überdosis bei einem gescheiterten Versuch, Moll aus dem Gewahrsam zu befreien. Breen-Mediziner helfen ihm auf Burnhams Bitte hin, aber L’ak stirbt und Ruhn erklärt der Föderation den Krieg. Moll offenbart ihm ihre Suche nach der Technologie der Progenitoren, von der sie hofft, dass sie zur Wiederbelebung von L’ak verwendet werden kann. Ruhn nimmt sie mit und bringt die Discovery in einen Wettlauf mit den Breen, um die Technologie zu finden. Stamets, Book, Tilly, Adira und der Ingenieur Jett Reno finden heraus, dass der nächste Hinweis sich auf dem „Ewigen Fundus und Archiv“ in der Region der Badlands befindet.

Bei der Ankunft der Discovery im Fundus und Archiv führt die geschworene Wächterin Hy’Rell Burnham zu dem Manuskript, das angeblich das letzte Kartenstück enthält. Sie gibt Book auch einen Ableger der kwejianischen Weltwurzel, ein unschätzbares Stück seiner Kultur nach der Zerstörung seines Planeten. Burnham wird in eine Gedankenlandschaftssimulation transportiert, wo sie von einer KI in Form von Book auf ihre Eignung geprüft wird, die Technologie der Progenitoren zu finden, während Book und Rayner angreifende Breen-Truppen abwehren. Burnham gibt schließlich zu, dass sie von ihren Ängsten vor Versagen und Verlust getrieben wird, besteht den Test der KI damit und erfährt so, wo sich das letzte Kartenstück befindet. Sie erhält auch zusätzliche Informationen darüber, wie man auf die Technologie zugreifen kann, wenn man am Zielort der Karte angekommen ist. Nachdem die Discovery die fertige Karte kopiert hat, gibt Burnham sie Ruhn im Austausch für das Versprechen, das Archiv nicht zu zerstören. Die Breen beschießen die Discovery und Burnham täuscht die Zerstörung des Schiffes vor. Ruhn beschließt, das Archiv trotzdem zu zerstören, was einige seiner Anhänger missbilligen. Moll nutzt diese Unzufriedenheit aus und inszeniert eine Meuterei, bei der sie Ruhn tötet und die restlichen Breen hinter ihrem Plan zur Wiederauferstehung von L’ak vereint.

Die Discovery trifft am Standort der Technologie der Vorfahren ein und findet ein Behältnis am Lagrange-Punkt zwischen zwei urzeitlichen schwarzen Löchern. Moll und die Breen treffen ebenfalls ein und holen sich das Behältnis vor der Discovery. Burnham plant einen Spezialeinsatz, um das Behältnis aus Molls Dreadnaught zu befreien, während die Breen ein Portal im Inneren des Behältnis entdecken. Nachdem sie von Ruhns Tod erfahren hat, macht sich Primarchin Tahal – eine weitere Anführerin der Breen, die für den Tod von Rayners Familie verantwortlich ist – auf den Weg, um Ruhns Streitkräfte für sich zu beanspruchen; Saru meldet sich freiwillig, um Tahals Streitkräfte abzufangen, in der Hoffnung, sie aufzuhalten und der Discovery Zeit zu verschaffen, die Technologie zu bergen. Burnham geht heimlich mit Book, Adira und dem taktischen Offizier Gen Rhys an Bord des Dreadnoughts. Rhys beschützt Adira, während sie die Schilde des Dreadnoughts ausschalten, während Burnham und Book das Behältnis sichern und über ihre Beziehung sprechen. Als sie entdeckt werden, lässt Burnham die Discovery die Shuttlerampe des Breen-Schiffes rammen, woraufhin alles ins All gezogen wird. Moll, die L’aks Leiche in einem tragbaren Musterpuffer mit sich führt, und Burnham betreten das Portal, bevor es in den Weltraum gezogen und von dem Behältnis gelöst wird.

Das Portal bringt Burnham und Moll zu einer höherdimensionalen Struktur, wo Burnham Moll nach einem Kampf davon überzeugt, zusammenzuarbeiten. Book und Culber halten das Portal mit dem Traktorstrahl eines Shuttles auf, indem sie das Wissen nutzen, das Culber von Jinaal geerbt hat. Saru überzeugt Tahal, sich fernzuhalten, obwohl sie ein getarntes Aufklärungsschiff zur Untersuchung schickt. Burnham verschafft sich Zugang zu der Technologie und verbindet sich mit dem Bewusstsein eines Progenitors, der ihr erklärt, dass es ihr freisteht, die Technologie zu benutzen, dass sie aber L’ak nicht wieder zum Leben erwecken kann. Burnham verlässt mit Moll das Portal, während die Crew der Discovery ihr einzigartiges, auf Sporen basierendes Antriebssystem nutzt, um den Breen-Dreadnought und Tahals Aufklärungsschiff an den Rand der Galaxie zu schicken. Burnham beschließt, dass niemand die Technologie der Progenitoren kontrollieren sollte und transferiert das Portal hinter den Ereignishorizont eines der schwarzen Löcher. Wochen später nimmt die Besatzung an der Hochzeit von Saru und T’Rina teil, wo Burnham und Book ihre Liebe zueinander bekräftigen und einen neuen Auftrag von Kovich annehmen, der sich als der zeitreisende Agent Daniels entpuppt; er will auch Moll einen Job anbieten. Jahre später haben Burnham und Book einen Sohn, Leto, der ein neuer Sternenflotten-Captain ist. Burnham, jetzt Admiral, bringt die Discovery, die ihr Aussehen aus dem 23. Jahrhundert wiedererlangt hat, an einen bestimmten Ort, wo ihr empfindungsfähiger Computer Zora im Rahmen einer neuen Mission der Roten Direktive lange Zeit warten wird.