Star Trek: Enterprise

Als die Enterprise-Crew einen auf der Erde angeschossenen Klingonen zurück in dessen Heimatwelt bringen möchte, wird sie in Auseinandersetzungen mit den Suliban verwickelt, die sich im sogenannten „temporalen kalten Krieg“ befinden.

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Während Archer durch Reed die Zielausrichtungsscanner für die Torpedos kalibrieren lässt, entdeckt die Crew ein driftendes Raumschiff, das sie untersucht, indem sie sich an Bord begibt. Dort befinden sich 15 kopfüber an der Decke hängende Leichen der humanoiden Spezies Axanar. Nach T’Pols Hinweis, die Mörder der Toten könnten zurückkehren und auch der Enterprise gefährlich werden, lässt Archer die Enterprise wieder wegfliegen. Wegen seines schlechten Gewissens, die Ursache der Tode nicht aufgeklärt zu haben, lässt Archer aber alsbald wenden und Phlox eine Autopsie vornehmen. Dabei findet er heraus, dass den Körpern Triglomylin entzogen wird, einer Körperflüssigkeit ähnlich der Lymphflüssigkeit. Währenddessen erfüllt sich T’Pols Befürchtung und das Raumschiff der Mörder kehrt zurück; es schießt die Enterprise sodann flugunfähig und versucht sie in ihre Gewalt zu bringen. Ein weiteres, hinzugekommenes Raumschiff der Axanar zerstört schließlich das angreifende Schiff, nachdem sich Hoshi nach einigem Zögern dazu überwunden hat, die Axanar in deren ihr bislang fremder Sprache um Hilfe zu bitten.

Ein Außenteam, darunter T’Pol und Tucker, ist zur Erkundung auf einem Planeten eingetroffen, als plötzlich ein schwerer Sturm aufzieht. Nachdem das Team in einer Höhle Schutz gefunden hat, zeigen sich zumindest bei Tucker Halluzinationserscheinungen, bei denen er geheimnisvolle Steinwesen sieht und T’Pol verdächtigt, mit diesen zu kollaborieren, weswegen er T’Pol zu töten beabsichtigt. Nachdem die Enterprise eines der Teammitglieder an Bord gebeamt hat, stirbt es an den Folgen der Infektion, die auch Tucker befallen hat. Basierend auf dieser Erkenntnis halten Archer und Sato, auch auf Vulkanisch mit T’Pol kommunizierend, Tucker so lange mit Erklärungsversuchen für deren Verhalten hin, bis T’Pol die Gelegenheit wahrnimmt, Tucker zu überwältigen. Nachdem den infizierten Teammitgliedern die unterdessen von Dr. Phlox bereitgestellte Medizin verabreicht wurde und der Sturm abgeflaut ist, verlässt das Außenteam die Höhle.

Als Ursache für mehrfach auftretende Systemausfälle auf der Enterprise stellt sich ein xyrillianisches Raumschiff heraus, das den Plasmaausstoß der Enterprise wegen seines eigenen defekten Antriebs nutzt und zu diesem Zweck im Warpschatten der Enterprise fliegt. An Bord des fremden Schiffes leistet Tucker entscheidende Reparaturhilfe; während seines dortigen Aufenthaltes lernt er eine xyrillianische Ingenieurin näher kennen. Zurückgekehrt auf die Enterprise, beginnen an Tuckers Arm Brustwarzen zu wachsen, woraufhin Dr. Phlox herausfindet, dass Tucker durch einen Körperkontakt mit der Xyrillianerin schwanger ist. Um dieses für Tucker unangenehme Problem zu beheben, spürt die Enterprise das xyrillianische Schiff nach kurzer Suche auf. Da dieses durch ein ebenfalls anwesendes Klingonenschiff zerstört zu werden droht, macht Archer die Klingonen auf die Hologramm-Technologie der Xyrillianer neugierig. Dadurch kann Tucker schließlich an Bord des xyrillianischen Schiffes gehen und die Schwangerschaft beenden lassen: Der Fötus wird transferiert.

Die Enterprise untersucht die alte menschliche Kolonie Terra Nova auf einem Planeten. Mit einer Fähre dort gelandet, findet die Crew ein völlig verlassenes Dorf vor. Beim Verfolgen einer unbekannten Person wird Reed durch Unbekannte in einem Tunnelsystem gefangen genommen; sie leben dort seit 70 Jahren. Dorthin begaben sie sich einst, als die Oberfläche verstrahlt wurde. Da die Novaner genannten Menschen die Crew als Bedrohung empfinden, halten sie Reed weiter gefangen. Die Crew ermittelt, dass damals ein Asteroideneinschlag einen radioaktiven Niederschlag verursachte, der sie zur Flucht unter die Erde zwang, und dass sie als Kinder zunächst immun gegen die Strahlung waren – im Gegensatz zu ihren Eltern, die umkamen. Da sie durch das nun mehr und mehr kontaminierte Grundwasser auch zu sterben drohen, möchte Archer sie auf die Erde umsiedeln, wogegen sich die Novaner aber sträuben. Nachdem Archer einen abgestürzten Novaner vor dem Ertrinken rettet, lassen sich die Novaner davon überzeugen, Reed freizugeben und selbst in die Höhlen eines anderen, nicht kontaminierten Kontinents des Planeten umzuziehen.

Zu Erkundungszwecken besucht die Enterprise einen Planeten, auf dem sich das vulkanische Kloster P’Jem befindet. Das Kloster wird jedoch durch Andorianer belagert, die die Vulkanier verdächtigen, ihren Planeten mit geheimer Technologie auszuspionieren. Als Archer, T’Pol und Tucker im Kloster eintreffen, werden sie durch Andorianer gefangen genommen und mit den Mönchen eingesperrt. Alsbald schmieden die drei einen Ausbruchsplan und setzen ihn mit Hilfe der Enterprise-Crew um, mit der sie unbemerkt von den Andorianern kommunizieren. Während des Ausbruchs entdecken sie sehr zu ihrer Überraschung schließlich eine riesige vulkanische Überwachungsanlage, womit sich der Verdacht der Andorianer bestätigt. Mit dieser Erkenntnis lassen die Andorianer die Crew frei, und Archer lässt die Andorianer unbehelligt abziehen.

Die Enterprise untersucht einen über 80 km durchmessenden Kometen, um dort ein seltenes Mineral zu gewinnen. Alsbald nähert sich ein vulkanisches Raumschiff, dessen Captain, der die Menschen unter anderem als arrogant einschätzt, die Bemühungen der Enterprise überwacht. Reed und Mayweather untersuchen die vereiste Kometenoberfläche. Zugleich erlangt Tucker Kenntnis von T’Pols Problemen, ihre geplante arrangierte Ehe betreffend. Er versteht, dass sie lieber nicht heiraten würde, und berät sie entsprechend, aber sie fühlt sich verpflichtet, den vulkanischen Traditionen zu folgen. Nach der Sprengung eines Lochs in die Kometenoberfläche verletzt sich Mayweather am Bein. Dadurch schaffen es die beiden erst spät, auf dem unter der aufgehenden Sonne bröckelnden Eis ihre Fähre zu erreichen. Mit dieser stürzen sie beim Abheben in ein tiefes Loch. Da es Archer mit der Enterprise nicht schafft, die beiden zu retten, nimmt er die Hilfe der Vulkanier an, die Fähre mit dem Traktorstrahl von deren Schiff zu retten. Dies widerstrebte ihm zunächst wegen seines Misstrauens gegenüber den Vulkaniern. T’Pol nimmt Tuckers Ratschlag an und weigert sich zu heiraten.

Die Enterprise-Crew erkundet einen fremden Planeten, auf dem die scheinbar vorindustrielle Gesellschaft der Akali lebt, und versucht herauszufinden, wodurch Neutrino-Emissionen verursacht werden, die der Schiffscomputer auf der Oberfläche bemerkt hat. Dazu brechen Archer und Tucker in ein Geschäftsgebäude ein, in dem sich die Energiequelle befindet, die sich als Reaktor herausstellt. Dabei werden sie von einer einheimischen Frau überrascht, die gegen den Geschäftseigentümer wegen lokal gehäuft auftretender Vergiftungserscheinungen der Einwohner ermittelt. Zusammen ermitteln sie, dass der Eigentümer, der einer anderen Spezies angehört, unter dem Gebäude Waffenmaterial herstellen lässt und dieses mittels Raumschiffen abtransportieren lässt. Weil sich der Eigentümer durch die Crew gestört fühlt, lässt er Archer und die Frau auf dem Planeten verfolgen und die Enterprise im Orbit beschießen. Die Enterprise-Crew schafft es aber, den Reaktor aus dem Gebäude zu beamen und zu zerstören sowie das fremde Schiff kampfunfähig zu machen. Die Erkrankungsgefahr für die Akali kann somit gebannt werden.

Das mit menschlicher Besatzung reisende, aber nicht zur Sternenflotte gehörende Frachtraumschiff Fortunate wird von nausicaanischen Piraten angegriffen. Dabei wird der Captain schwer verletzt und ein Nausicaaner durch den 1. Offizier Ryan gefangen genommen. Ryan verhört den Gefangenen, um die anderen Nausicaaner aufzuspüren, die er vernichten will. Die Enterprise erhält vom Sternenflottenkommando den Auftrag, der Fortunate bei den Reparaturen zu helfen. Bei dem Schiff angekommen, erfährt Mayweather von Ryan, dass dessen Eltern einst durch Nausicaaner getötet wurden. Da Ryan gegenüber Archer nicht erklären möchte, warum er den Nausicaaner gefangen hält, überlistet er die Enterprise-Crew und flieht mit der Fortunate in Richtung des Standortes anderer nausicaanischer Schiffe, um diese anzugreifen. Dies versucht Archer aus moralischen Gründen zu verhindern, indem er das Schiff verfolgen lässt. Einer möglichen Zerstörung der Fortunate durch die sich verteidigenden Nausicaaner zuvor gekommen, möchte Archer die Beziehungen zu den Nausicaanern verbessern. Dazu lässt er Mayweather den rachsüchtigen Ryan davon überzeugen, aufzugeben.

Die Enterprise weilt, ebenso wie ein Raumschiff mit Pilgern an Bord, in der Nähe eines Sternentstehungsgebietes, um dort der Geburt eines Sterns beizuwohnen. Während einige der Pilger auf Einladung von Archer die Enterprise besichtigen, platziert einer davon unentdeckt etwas im Maschinenraum. Wenig später durchfliegt die Enterprise auf dem Weg zu dem Protostern einen Plasmasturm, der zu einer Antimaterie-Kaskade am Schiffsantrieb führt, die jedoch aus zunächst unerfindlichem Grunde endet, bevor sie das Schiff zerstört hätte. Kurz darauf enthüllt Archers Diener Daniels, dass er ein Zeitreisender aus einer 900 Jahre entfernten Zukunft ist und dass die Kaskade nur wegen des Eingriffs von Silik, einem Suliban, gestoppt worden sei. Es herrsche ein „Temporaler Kalter Krieg“ und er müsse Silik verhaften. Alsbald erscheint Silik in Archers Quartier und versichert diesem, dass Daniels ein Lügner sei. Nachdem Silik Archer betäubt hat, erschießt er Daniels. Archer verfolgt Silik daraufhin bis in den Fährenhangar, wo er ihm aber entwischt und in ein nahendes Suliban-Raumschiff flieht.

Mehrfach hat die Enterprise Kontakt mit einem fremden Raumschiff, dessen Besatzung sich aber jeglicher Kommunikation verweigert. Nachdem es die Enterprise beschossen hat und anschließend geflohen ist, beschließt Archer, mit der Enterprise zur Erde zu fliegen, um dort die neuen Phaserkanonen installieren zu lassen. Ehrgeizig machen sich Tucker und Reed daran, die Waffen schon während des Fluges zu installieren. Dies zahlt sich aus, als sie die Waffen nach einem zunächst unplanmäßig verlaufenen Test einsetzen können, um das erneut aufgetauchte fremde Schiff kampfunfähig zu schießen und damit in die Flucht zu schlagen. Unterdessen hat Archer Sato damit beauftragt, zu Reeds Geburtstag dessen Lieblingsessen zu ermitteln. So können sie Reed sehr zu dessen Freude schließlich mit einem Ananaskuchen überraschen.

Dr. Phlox diktiert einen Brief an einen befreundeten Arzt. Darin hält er auch seine gegenwärtigen beruflichen und privaten Eindrücke fest. Zu letzteren gehören die Annäherungsversuche seiner menschlichen Kollegin Cutler. Als die Enterprise zwei verletzte Walakianer aus einem driftenden Raumschiff an Bord nimmt, stellt sich heraus, dass die gegenwärtig 50 Millionen Individuen umfassende Spezies wegen einer Epidemie in den nächsten Jahren auszusterben droht. Die Krankheit ist, wie Phlox herausfindet, genetisch bedingt und betrifft im Gegensatz zu den Walakianern nicht die Wenk, die auf demselben Planeten leben und die gegen den Krankheitserreger resistent sind. Phlox rät Archer davon ab, das von ihm mittlerweile entwickelte Heilmittel einzusetzen. Er begründet das damit, dass sie sich dann auch in die Evolution der Wenk, die von der Krankheit der Walakianer profitieren, einmischen würden. Archer entscheidet schließlich entsprechend Phlox’ Meinung, da er nicht Gott spielen wolle. Dafür überlässt er den Walakianern aber ein Medikament, das die Symptome für etwa 10 Jahre lindert.

Um einem havarierten Raumschiff zu helfen, das in der Atmosphäre eines Gasplaneten festsitzt, fliegt ein aus T’Pol, Reed und Sato bestehendes Außenteam mit einer Fähre zu dem Schiff, das sie als klingonisch identifizieren. Dessen Besatzung finden sie bewusstlos vor, aber eine Klingonin überrumpelt sie und flieht mit der Fähre, die aber alsbald von der Enterprise aufgegriffen wird. Das klingonische Schiff droht zerstört zu werden, weil es immer weiter in die Atmosphäre sinkt. Um den Antrieb zu reaktivieren und sich so zu retten, versuchen die drei zunächst erfolglos, den defekten Fusionsreaktor zu reparieren. An Bord der Enterprise sträubt sich die Klingonin zunächst dagegen, bei der Reparatur ihres Schiffes zu helfen. Phlox ermittelt, dass die klingonische Crew durch Bier erkrankt ist, das sie bei ihrem letzten Raubzug erbeutet hat. Schließlich überzeugt Archer, nachdem er Aufzeichnungen über die klingonische Kultur studiert hat, die Frau davon, bei der Bergung ihres Schiffes zu helfen. Nachdem das Schiff die Atmosphäre wieder verlassen hat und seine Crew wieder bei Bewusstsein ist, scheitert sein Captain darin, die Enterprise anzugreifen.

Weil die Vulkanier Archer zu starke Einflussnahme bei seiner Intervention im vulkanischen Kloster P’Jem vorwerfen, wollen sie T’Pol dauerhaft versetzen. Entgegen Archers Ansicht akzeptiert T’Pol ihre Versetzung widerspruchslos. Um sie doch noch umzustimmen, nimmt Archer sie mit auf eine Außenmission auf dem Planeten Koridan, dessen Regierungschefin zu dem Besuch eingeladen hat. Bei ihrer Ankunft werden die beiden jedoch durch eine radikale koridanische Gruppe verhaftet und eingesperrt, weil diese in den beiden ihre Feinde und zugleich Sympathisanten der vulkanisch unterstützten Regierung sieht. Während Archer und T’Pol erfolglos zu fliehen versuchen, fordert der vulkanische Captain Sopek vom stellvertretenden Enterprise-Captain Tucker, die umgehende Rettung der beiden Gefangenen anzuführen. Dem widersetzt sich Tucker mit der Begründung, die Gefangenen dabei zu gefährden, und möchte sie zusammen mit Reed heimlich selbst befreien. Dabei erhalten Reed und Tucker unverhoffte Hilfe von zwei Andorianern, die Archer für die Entdeckung des Lauschpostens unter P’Jem noch einen Gefallen schuldig sind. Bei der Befreiung stoßen plötzlich Sopek und Gefolgschaft hinzu, die durch ihr auffälliges Vorgehen die Aufmerksamkeit der Wachen auf sich ziehen. Beim Versuch, Sopek zu schützen, wird T’Pol verletzt. Archers anschließender Versuch, Sopek wegen T’Pols Loyalität dazu zu bewegen, sich gegen T’Pols Versetzung auszusprechen, scheint erfolgreich.

Beim Andocken eines tessianischen Raumschiffes an die Enterprise kommt es zu einem Unfall, bei dem beide Schiffe miteinander kollidieren. Die zuvor zwecks Vermessungsarbeiten mit einer Raumfähre aufgebrochenen Reed und Tucker wollen wegen defekter Sensoren vorzeitig zum Treffpunkt mit der Enterprise zurückkehren und entdecken dabei Raumschifftrümmer, die sie glauben lassen, die Enterprise sei zerstört und ihre Besatzung tot. Sie schlagen deshalb mit der Fähre, die über keinen funktionierenden Warp-Antrieb verfügt, einen Kurs ein, auf dem sie sich Rettung erhoffen. Dabei bereitet sich Reed, sehr zu Tuckers Unmut, mit Abschiedsbriefen auf seinen baldigen Tod vor. Trotzdem werden die beiden Freunde. Als sie zu erfrieren und zu ersticken drohen, sprengen sie den Antrieb von der Fähre ab, um mit der Explosion auf sich aufmerksam zu machen. Dadurch werden sie schließlich von der Enterprise gerettet.

Die Enterprise-Crew leistet der Besatzung eines vulkanischen Raumschiffs Reparaturhilfe. Die Vulkanier lassen entgegen den Traditionen ihrer Spezies Gefühle auf Kosten der Logik zu; T’Pol zweifelt an dem Sinn einer solchen Lebensweise. Der Vulkanier Tolaris überzeugt T’Pol davon, zu Gunsten des Träumens auf ihre alltägliche Meditation zu verzichten. So kommt es, dass sie intensiv träumt, unter anderem vom gemeinsamen Liebesakt mit Tolaris. Damit T’Pol sich gegenüber Tolaris an ihre Träume erinnert, lässt sie eine Gedankenverschmelzung mit ihm zu. Als er sie darin zur Akzeptanz ihrer unterdrückten Emotionen zwingen möchte, bricht sie die Verschmelzung vorzeitig ab; daraufhin erkrankt sie. Als es Archer auf die Bitte des Sternenflottenkommandanten hin nicht schafft, den Vulkanier Coff zu einem Gespräch mit dessen sterbendem Vater zu bewegen, bittet er Tucker um Hilfe, der daraufhin erfolgreich an Coffs Reuegefühl appelliert. Da Archer in Tolaris’ Verhalten gegenüber T’Pol eine Bedrohung sieht, provoziert er ihn zu einem Gewaltausbruch. Dies nimmt Archer zum Anlass, die Vulkanier fortzuschicken.

Führungsoffiziere der Enterprise-Crew begeben sich auf einen zufällig entdeckten Planeten, auf dem sie zuvor ein unbekanntes Raumschiff geortet haben. Obwohl der Planet keinen Stern umkreist und seine Oberfläche dadurch völlig dunkel ist, besitzt er eine üppige Vegetation. Diese nutzen einige Vertreter der Spezies Eska, wie sie der Crew gegenüber vorgeben, zur Jagd auf wilde, schweinähnliche Tiere. Als sich die Offiziere aus Neugier an der Jagd beteiligen, erscheint Archer, sehr zum Unglauben seiner Kollegen, mehrfach eine junge Frau, die ihn um Hilfe bittet. Er identifiziert sie später als eine Erinnerung aus seiner Kindheit. Daraufhin geben die Eska gegenüber der Crew zu, dass es sich bei den Tieren und der Frau um phantomähnliche Gestaltwandler handelt, die sie aus Rache an von den Wesen einst getöteten eskanischen Artgenossen jagen, und dass sie zum Aufspüren der Wesen modifizierte Scanner benutzen. Da Archer die Wesen deshalb im Nachteil sieht, lässt er die Frau ein Tarnmittel an ihre Artgenossen verteilen, wodurch die Eska keinen Jagderfolg mehr haben.

Einige großohrige, raffgierige Außerirdische entern die Enterprise, um Waffen, Mobiliar und Computertechnik zu plündern und die Frauen zu entführen, die sie versklaven möchten. Zuvor haben sie die Besatzung betäubt – mit Ausnahme Tuckers, der sich in der Dekontaminationskammer befand. Die Aliens wecken Archer auf, um von ihm den Standort des erhofften Tresors zu erfragen. Nachdem Tucker T’Pol aufwecken konnte, arbeiten die beiden kooperativ mit Archer daran, sich der überaus profitgierigen und in Frauen vernarrten Aliens zu entledigen, und säen dazu auch Zwietracht unter ihnen. Schließlich gelingt es ihnen, drei der vier Räuber festzunehmen und sie das Diebesgut zurück auf die Enterprise tragen zu lassen. Den vierten, gegenüber seinen Artgenossen bislang unterwürfigen, Dieb kann Archer dazu überzeugen, mehr Eigeninitiative zu zeigen. Dadurch übernimmt dieser schließlich beim Wegflug das Kommando über ihr Raumschiff.

Die Enterprise-Crew geht dem Hinweis eines Händlers nach, wonach sich auf einem Planeten ein abgestürztes Raumschiff befindet, das nützliche Rohstoffe beherbergen soll. Bei dem offensichtlich notgelandeten Raumschiff eingetroffen, begegnet ein Außenteam bald einigen Humanoiden. Sie behaupten, als einstige Kolonisten mit ihrem Schiff vor drei Jahren angegriffen worden und hier abgestürzt zu sein. Das Angebot Archers, ihnen bei der Reparatur ihres Antriebes zu helfen, nehmen sie dankend an. Während Tucker viel Zeit mit Leanna verbringt, der Tochter des Ingenieurs, findet Reed heraus, dass die Kolonisten in Wahrheit schon vor 22 Jahren abgestürzt sein müssen und dafür kein Angriff, sondern eine Fehlfunktion verantwortlich sein müsse. Leanna wird durch ihren Vater gezwungen, nichts über ihr Geheimnis preiszugeben. Als das Außenteam den Kolonisten zu neugierig wird, sperren sie T’Pol ein und zwingen Tucker zur Reparatur von Speicherrelais. Tucker kann Leanna aber überzeugen, die Situation aufzuklären. Dazu entfernt sie ein Speicherrelais und alle Kolonisten mit Ausnahme Leannas und ihres Vaters verschwinden – sie waren lediglich Hologramme, die der Ingenieur nach dem von ihm mitverursachten Absturz ihres Schiffes erschuf, um Leanna in Gesellschaft aufwachsen zu lassen. Der Vater weigert sich schließlich, den Planeten zu verlassen, da er ihn mittlerweile als Zuhause lieb gewonnen hat.

Archer und Mayweather finden sich, nachdem ihre Fähre abgeschossen wurde, zu ihrer Verwunderung in einem Gefängnisgebäude auf dem Planeten Tendar Prime wieder. Dort werden sie durch die Tendaraner als Feinde angeklagt und Archer durch den Gefängnischef über die Suliban, die Kabale und den temporalen kalten Krieg ausgefragt. Sie sind zusammen mit mehreren Dutzend Suliban inhaftiert, die durch die Tendaraner sowohl vor der Kabale beschützt werden als auch als Risiko für eine mögliche Kollaboration mit der Kabale betrachtet werden. Archer und Mayweather versuchen alsbald, die Suliban von einer gemeinsamen Flucht zu überzeugen, und sind dabei mit Vorurteilen der Suliban konfrontiert, mit den Tendaranern zu kollaborieren. In Vorbereitung des Ausbruchs erhält Archer einen Kommunikator von der Enterprise. Als die Tendaraner den entdecken, kommt Archer in Einzelhaft. Unterstützt durch Reed, den Phlox chirurgisch in einen Suliban verwandelt hat, und den mit einer Fähre entgegenkommenden Tucker gelingt den Gefangenen schließlich die Flucht aus dem Lager.

Verärgert verlassen einige Kretasaner die Enterprise. Als sie mit ihrem Schiff ablegen, gelangt eine formwandelnde Kreatur in die Enterprise. Nachdem das Wesen für einige merkwürdige technische Probleme am Schiff gesorgt hat, wird es von zwei Crewmitgliedern im Frachtraum entdeckt, die es dort in ein schleimiges Spinnennetz einwebt. Das Gleiche geschieht mit Archer, Tucker und einem Kollegen, als diese den Eingeschlossenen zu Hilfe eilen. Ein Versuch, die Gefangenen durch Beschuss mit EM-Strahlen zu befreien, scheitert und führt dazu, dass das Wesen die fünf Menschen zunehmend assimiliert, indem es mit ihnen eine Symbiose eingeht. Schnell fällt der Verdacht für die Herkunft des Wesens auf die Kretasaner, die die Crew alsbald aufzuspüren beginnt. Ihre Sprache zu verstehen, gestaltet sich für Sato zunächst außerordentlich schwierig, später jedoch erfolgreich. So kann Mayweather von den Kretasanern, nachdem er das gemeinsame Kommunikationsproblem gelöst hat, Auskunft über den Herkunftsplaneten des Wesens erhalten. Als die Gefangenen nahezu vollständig assimiliert sind und zu sterben drohen, können Sato und T’Pol das Wesen zur Freigabe der Gefangenen bewegen, nachdem sie einen Weg zur Kommunikation gefunden haben und ihm versprochen haben, es an den von ihm genannten Koordinaten auf dem Planeten freizulassen. Schließlich setzt die Crew das Wesen auf dem Planeten ab.

Im Rahmen einer Hilfsleistung für die vulkanische Regierung beauftragt die Sternenflottenführung Archer damit, die vulkanische Botschafterin V’lar vom Planeten Masar abzuholen und zu dem vulkanischen Schiff Sheran zu bringen. Nachdem V’lar an Bord der Enterprise gekommen ist, fordern alsbald einige Masariten mit Waffengewalt, ihnen V’lar auszuliefern, die sie des Amtsmissbrauches und der Kriminalität beschuldigen. Daraufhin lässt Archer das masaritische Schiff manövrierunfähig schießen. Da Archer seine eigene Crew in Gefahr sieht, V’lar aber zugleich nicht enthüllen will, inwieweit die Anschuldigungen zutreffen, lässt Archer die Enterprise in Richtung Masar wenden. Nach einem Gespräch mit V’lar kann T’Pol, die V’lar von früher kennt und als unschuldig einschätzt, Archer aber davon überzeugen, V’lar nicht den Masariten auszuliefern. Erst als die Enterprise von drei masaritischen Schiffen, vor denen sie mit maximaler Warpgeschwindigkeit flieht, eingeholt zu werden droht, gibt V’lar gegenüber Archer preis, dass es sich bei diesen Masariten um eine kriminelle Splitterorganisation handelt, die die masaritische Regierung infiltriert hat, die deshalb V’lar um Hilfe gebeten hat. Schließlich kann Archer genügend Zeit schinden und V’lar vor dem Zugriff der kriminellen Masariten bewahren, bis das überlegene Schiff Sheran zu Hilfe gekommen ist.

Archer und Tucker sind von Sobral, einem Bewohner des Wüstenplaneten Zygnia, zum Dank für geleistete Reparaturhilfe an seinem Raumschiff zum Essen eingeladen. Als Sobrals Siedlung aber durch das Militär von Trelet, seinem politischen Feind, angegriffen wird, enthüllt Sobral den wahren Grund für die Einladung, indem er Archer um Waffenhilfe bittet. Da es wegen wiederholten Bombardements nicht möglich ist, mit der Fähre zur Enterprise zurückzufliegen, schlagen sich Archer und Tucker durch die überaus heiße Wüste und drohen dabei zu verdursten. T’Pol bittet Trelet von der Enterprise aus zunächst erfolglos darum, die beiden retten zu dürfen. Als Sobral aber Schutz suchend auf die Enterprise kommt, kann ihn T’Pol von seiner Mitverantwortung für ihr Schicksal überzeugen. Daraufhin hilft Sobral beim Überwinden des planetaren Verteidigungssystems und bei der Rettung.

Ein Teil der Crew verbringt zur Erholung zwei Tage und zwei Nächte auf dem Urlaubsplaneten Risa. Tucker und Reed lassen sich dabei durch zwei scheinbar sehr menschenähnliche Frauen verführen, die sich später aber als formwandelnde Räuber erweisen, sie fesseln und ihre Kleider stehlen. Sato verbringt eine Nacht mit einem Außerirdischen. Nachdem sich Mayweather beim Klettern verletzt hat, wecken T’Pol und Cutler Phlox aus dessen medikamentös hergestelltem Winterschlaf auf; er ist deshalb bei Mayweathers Behandlung noch desorientiert. Unterdessen lernt Archer eine Frau näher kennen, deren Eltern angeblich durch die Suliban getötet wurden. Als sie immer mehr Fragen über die Suliban und die Kabale stellt, enttarnt er sie als tendaranische Spionin; sie flieht daraufhin. Schließlich kehren die Crewmitglieder zur Enterprise zurück, wobei sie ihre jeweiligen Erlebnisse verschweigen.

Eine Fähre der Enterprise ist unterwegs zur Oberfläche eines von den Paraganern besiedelten Planeten, als Schiff und Planet plötzlich von einer gewaltigen, feurigen Schockwelle getroffen werden, durch die alle 3600 Siedler vernichtet werden. Es hat den Anschein, dass ein technisches Problem an der Fähre für das Unglück verantwortlich war. Daraufhin beschließt das Sternenflottenkommando, unter dem Druck der Vulkanier, dass die Menschheit noch nicht reif genug für die Raumfahrt sei und dass deshalb die Mission der Enterprise abgebrochen werden soll. Während das Schiff zur Erde zurückfliegt, wird Archer für zwei Stunden in das San Francisco der Vergangenheit versetzt und dabei durch den tot geglaubten Daniels darüber informiert, dass die Suliban für die Schockwelle verantwortlich sind, weil sie die Mission der Enterprise zu verhindern versuchen. Zurück auf der Enterprise und ausgestattet mit den von Daniels erhaltenen Informationen, lässt Archer das Schiff zum Planeten der Paraganer wenden, um den Unfall näher zu untersuchen. Dort eingetroffen, leitet er ein Außenteam, das aus einem zuvor von der Enterprise-Crew enttarnten Suliban-Raumschiff Informationen stiehlt. Diese beweisen, dass die Suliban die Schockwelle verursacht haben, indem sie die Enterprise-Fähre sabotierten. Die Suliban nähern sich und zwingen Archer dazu, sich an Bord eines ihrer Schiffe zu begeben. Dorthin unterwegs, verschwindet Archer plötzlich und die zahlreichen Suliban-Schiffe möchten die Enterprise zerstören. Archer findet sich im völlig zerstörten San Francisco wieder, wo er von Daniels erfährt, dass er sich im 31. Jahrhundert befindet und nicht zurückkehren kann.

Auf der Suche nach Archer übernehmen die Suliban die Kontrolle über die Enterprise, verhören T’Pol und sperren den Rest der Mannschaft in ihre Quartiere. Unterdessen sind Archer und Daniels in eine Bibliothek San Franciscos gelangt und versuchen dort mittels Archers Kommunikator mit der Enterprise in der Vergangenheit zu kommunizieren, damit Archer zurückkehren kann. Alsbald beginnen die eingesperrten Führungsoffiziere, unbemerkt von den Suliban miteinander zu kommunizieren, auszubrechen und die Suliban auszuschalten. Dabei entwenden sie – nachdem T’Pol durch Archer darüber instruiert worden ist – aus Daniels’ Quartier ein Gerät, mit dessen Hilfe Archer zurückzukehren hofft. Zwar wird ihnen dieses anschließend durch die Suliban abgenommen, jedoch kann Archer zurückkehren, als Silik das Gerät anwendet. Nachdem die Crew die Gewalt über die Enterprise zurückerlangt hat, wird das Schiff zunächst durch über 30 Suliban-Schiffe verfolgt und beschossen; der Angriff endet jedoch abrupt. Nachdem die Enterprise mit dem vulkanischen Raumschiff Sikir zusammengetroffen ist, teilen Sternenflotten- und vulkanisches Kommando den Führungsoffizieren mit, dass die Mission der Enterprise trotz Unschuldsbeweises bzgl. der Vernichtung der Paraganer beendet werden müsse, weil die Crew bereits in zu viele bewaffnete Konflikte involviert gewesen sei. Da sowohl Archer als auch T’Pol argumentieren, dass Menschen bzw. Vulkanier aus ihren Fehlern lernen können, macht ihnen Sternenflottenadmiral Forrest Hoffnung, dass ihre Mission dennoch fortgesetzt werde.

Beim gemeinsamen Essen mit Archer und Tucker erzählt T’Pol eine Geschichte von ihrer Urgroßmutter T’Mir, die in den 1950er Jahren als erste Offizierin auf einem vulkanischen Raumschiff tätig ist. Als dieses auf der Erde – in der Nähe der Bergwerks-Kleinstadt Carbon Creek, Pennsylvania – notlanden muss, ist sie zwecks Überleben zusammen mit ihren beiden überlebenden Mannschaftskollegen, darunter einer namens Mestral, dazu gezwungen, im Ort eine Arbeit aufzunehmen. Mestral widersetzt sich T’Mirs Anweisungen, sich nicht in die Geschichte einzumischen und unnötigen Kontakt mit den Einheimischen zu vermeiden, indem er eine Liebesbeziehung beginnt und eingeschlossene Bergleute befreit. Nach mehreren Monaten Wartezeit in Carbon Creek werden sie, ohne dass die Menschen sie als Außerirdische enttarnen konnten, durch ein vulkanisches Schiff abgeholt, das auf den Notruf aufmerksam geworden war; Mestral bleibt jedoch wegen eigener Neugierde auf der Erde. T’Pol enthüllt die Geschichte gegenüber Archer und Tucker zu deren Verwunderung zwar als erfunden, packt jedoch danach in ihrem Quartier die Handtasche aus, die T’Mir einst aus Carbon Creek mitnahm.

Als sich die Enterprise einem unbekannten Planeten nähert, reißt eine gewaltige Explosion ein Loch in den Schiffsrumpf, es gibt zahlreiche Verletzte. Schnell wird klar, dass das Schiff in ein Minenfeld geraten ist. Eine Mine haftet an der Außenhülle. Während Mayweather die von einem romulanischen Schiff zum Rückzug gedrängte Enterprise aus dem Minenfeld herausmanövriert, macht sich Reed im Raumanzug daran, die haftende Mine zu entschärfen. Dabei bohrt sich ein Minenstandfuß durch Reeds Bein und fixiert ihn somit. Deshalb beginnt Archer, auf Reeds Anleitung hin die Mine zu entschärfen. Dabei unterhalten sie sich über Reeds Freizeit. Als Archers Entschärfungsbemühungen scheitern und die Romulaner das Schiff zum weiteren Rückzug drängen, lässt er den Hüllenteil, auf dem sich Mine und Reed befinden, von der Schiffspanzerung absprengen. Es gelingt ihm, Reed von dem Standfuß zu trennen, bevor die Mine explodiert.

Zur Reparatur der bei der Minenexplosion entstandenen Schäden nimmt die Enterprise die Hilfe einer autarken, computergesteuerten Raumstation in Anspruch und dockt an ihr an. Archer misstraut aber der entgegenkommenden Haltung der Station, auch, weil diese mit 200 Litern Warpplasma nur eine geringe Gegenleistung fordert. Nachdem Mayweather auf der Enterprise durch eine unbekannte Kraft offensichtlich getötet wurde, findet Phlox bei der Obduktion heraus, dass es sich bei der Leiche nur um ein Faksimile Mayweathers handelt und der originale Körper sich nur auf der Station befinden kann. Daraufhin gewaltsam in den Datenkern der Station eingedrungen, entführen Archer und Tucker Mayweathers Körper auf die Enterprise. Da die Station das Schiff wegen des Diebstahls nicht freiwillig freigibt, lässt Archer die Enterprise mit Waffengewalt abfliegen. Offensichtlich nutzte die Station die Gehirne Mayweathers und anderer dort eingesperrter Humanoider als Computerprozessor. Wenig später zerstört diese sich selbst, beginnt jedoch schließlich, sich selbst zu reparieren.

Nach einem Aufenthalt Archers und seines Hundes Porthos auf dem Planeten der Kretasaner verlangen letztere eine Entschuldigung Archers für einen von Porthos begangenen Verstoß gegen kretasanische Sitten. Solange Archer sich nicht entschuldigt hat, verweigern sie der Enterprise die Herausgabe eines dringend benötigten Plasmainjektors. Da sich Porthos dabei außerdem mit einem fremden Erreger infiziert hat, befindet er sich in der Behandlung von Phlox. Seinem Hund treu, übernachtet Archer mit auf der Krankenstation, wird dabei aber durch Phlox beim Schlafen gestört. Während Phlox den Hund mit einer noch nicht erprobten Transplantation zu heilen versucht, spricht er mit Archer über seine Familie und über dessen persönliche Beziehung zu T’Pol. Schließlich gelingt es Archer, die Kretasaner mit der Durchführung eines ihrer traditionellen Riten zufriedenzustellen, sodass diese den Injektor herausgeben. Phlox’ Behandlung von Porthos stellt sich als erfolgreich heraus.

Auf einem Planeten gelandet, erbittet die Enterprise-Crew von den Inhabern einer Arbeiterkolonie Deuterium, das dort raffiniert wird, und bietet im Gegenzug Reparatur- und medizinische Hilfe an. Technische Probleme an den Förderanlagen verhindern zunächst die Bereitstellung einer ausreichenden Menge Deuterium. Zudem wird die Kolonie schon seit längerem durch Klingonen terrorisiert. Um die Siedler nicht im Stich zu lassen, bietet Archer ihnen die Hilfe der Enterprise an. Die Crew schult die Kolonisten im Umgang mit Waffen und gibt taktische Hinweise. Indem sie zusammen die Siedlung um einige Meter versetzen, um so die Bohrlöcher vor Explosionen zu schützen, stellen sie den Klingonen eine Falle, in die diese wie erwartet hineintappen. Dankbar für die Hilfe überlassen die Kolonisten der Enterprise ein Vielfaches an Deuterium.

T’Pol erhält vom vulkanischen Oberkommando den Auftrag, den vulkanischen abtrünnigen Agenten und Schmuggler Menos aufzugreifen, den sie im Rahmen ihrer früheren Tätigkeit als Agentin nicht finden konnte. Unter dem Vorwand, der Auftrag stamme auch vom Föderationskommando, und ohne Näheres über ihre Beweggründe preiszugeben, überredet T’Pol Archer dazu, sie zu begleiten. Nachdem die beiden zusammen mit Mayweather in einer heruntergekommenen Kneipe auf einem Planeten angekommen sind, können sie Menos nach kurzem Widerstand verhaften. Die vermuteten Toxine kann T’Pol in Menos’ Raumschiff aber nicht finden. Nach einem Gespräch mit Menos, der sich als unschuldig betrachtet, gerät T’Pol in Selbstzweifel und enthüllt gegenüber Archer, dass ihr einst nicht nur Menos, sondern auch dessen Kollege Jossen entwischt sei, den sie auf der Flucht aber erschießen musste. Ihre Erinnerungen an die Jagd auf Jossen wurden von anderen Vulkaniern im Rahmen des Fullara-Rituals einst unterdrückt und kommen erst jetzt nach und nach zurück. Bei einem Brand in der Kneipe kann Menos entfliehen, jedoch nach kurzem Intermezzo durch Archer, T’Pol und Mayweather in seinem Raumschiff wieder gestellt werden. Dort finden sie schließlich auch die vermuteten Toxinbehälter.

Chirurgisch-kosmetisch verändert, kehren Archer und Reed auf den eben von ihnen besuchten Planeten einer Prä-Warp-Kultur zurück, um Reeds dort vergessenen Kommunikator mitzunehmen und so zu verhindern, dass die Kultur durch fremde Technologie kontaminiert wird. Sie erregen jedoch Aufsehen und werden durch das Militär verhaftet und gewaltsam verhört, das sie – vor allem angesichts ihrer Phaserwaffen – als Spione der sog. Allianz verdächtigt und eines geplanten Attentats beschuldigt. Als die Einheimischen zudem entdecken, dass Archer und Reed einer fremden Spezies angehören, versuchen die beiden, ihre wahre Herkunft durch Lügen zu verschleiern, sie seien genetisch veränderte, prototypische Supersoldaten der Allianz. Um ihre Biologie näher zu untersuchen, möchte das Militär den beiden ihre Organe entnehmen; zu dem Zweck werden sie zum Tode durch den Strang verurteilt. Bereits mit der Schlinge um den Hals, werden sie während eines intensiven Feuergefechts durch T’Pol, Tucker und Mayweather gerettet, die zuvor mit einem nicht immer getarnten und deshalb auch aufgefallenen Suliban-Raumschiff herbeigeeilt waren. Nachdem sie mit der auf den Planeten mitgebrachten Technologie auf die Enterprise zurückgekehrt sind, würdigt T’Pol Archers Bereitschaft, lieber zu sterben, als den Planetenbewohnern seine wahre Herkunft preiszugeben.

Als die Enterprise zu Forschungszwecken ein trinäres Sternensystem durchfliegt, beginnen die Crewmitglieder mit Ausnahme T’Pols, sich merkwürdig zu verhalten: Sie sind überaus stark auf triviale Dinge fixiert. Archer hat Konzentrationsschwierigkeiten, Tucker ist streitsüchtig, Reed agiert paranoisch. Phlox will Mayweather zur Behandlung von dessen Kopfschmerzen einer Gehirnoperation unterziehen. T’Pol erkennt als Ursache die Strahlung des Sternensystems und schafft es schließlich, mit der schwierigen Hilfe Archers, das Schiff durch Asteroidentrümmer aus dem System zu manövrieren, woraufhin alle wieder gesunden.

Bei der Rückkehr von einem Planeten zur Enterprise lassen sich Tucker und Sato einzeln heraufbeamen, da Stürme das Fliegen unmöglich machen. Danach klagt Sato über Unwohlsein und wird von Archer, nachdem sie bei der Kommunikation in einer bislang fremden Sprache kläglich gescheitert ist, vorerst vom Dienst freigestellt. Nachdem sie außerdem ihr Spiegelbild als transparent erkennt und Wasser durch ihre Hand laufen sieht, wird sie völlig unsichtbar für ihre Mannschaftskollegen. Während Phlox und Tucker als Ursache für Satos Verschwinden einen Transporterfehler identifizieren und nach subzellulären Rückständen Satos suchen, bemerkt diese, wie blauhäutige Außerirdische Bomben in der Enterprise anbringen und scharf machen. Ihre anschließenden Versuche, Archer durch das Morsen von SOS auf ihre Lage und die Bedrohung aufmerksam zu machen, bleiben erfolglos. Als Sato im Maschinenraum die Transporterplattform der Außerirdischen benutzt, findet sie sich plötzlich rematerialisiert im Transporterraum wieder, wo sie erfährt, dass nur acht Sekunden vergangen sind, seitdem sie auf dem Planeten dematerialisierte.

Tucker leistet auf dem an die Enterprise angedockten Raumschiff zweier Außerirdischer Reparaturhilfe an einer Stasiskammer. Als die darin befindliche, humanoide Frau Kaitaama plötzlich erwacht und mit Tuckers Hilfe freikommt, lässt der Raumschiffkommandeur sein Schiff gewaltsam abdocken und wegfliegen und hindert die Enterprise an der Verfolgung, indem er deren Warpantrieb mit einer List außer Betrieb setzt. Nachdem Tucker seinen Universalübersetzer aktiviert hat, findet er heraus, dass Kaitaama die zukünftige Monarchin von Krios Prime ist und als Geisel gehalten wird, um Lösegeld zu erhalten. Mit ihr flieht er in einer engen Rettungskapsel, die sie gemeinsam auf einer sumpfigen, bewaldeten Insel eines Planeten landen. Dort geraten sie abermals wegen Missverständnissen in Streit, küssen sich aber schließlich. Unterdessen haben Archer und T’Pol den auf der Enterprise verbliebenen Außerirdischen durch die Drohung mit Hinrichtung dazu bewogen, bei der Verfolgung seines Artgenossen zu helfen, sodass sie Tucker und Kaitaama schließlich retten können. Kaitaama kehrt letztlich auf ein Raumschiff ihrer Spezies zurück.

Drei Schutz suchende Fremde warnen die Enterprise-Crew vor einer neutronischen Wellenfront, die sich mit Warp 7 auf die Enterprise zubewegt und zwar keine Gefahr für das Schiff, wohl aber eine ernste Lebensgefahr für die Besatzung darstellt. Daher lässt Archer die Crew zusammen mit den Fremden in den nur bei deaktiviertem Warpantrieb sicheren Laufsteg evakuieren, die röhrenförmige Verbindung zwischen den Antriebsgondeln des Schiffes. Während die Crew dort über Tage hinweg ein Dasein auf engstem Raum fristet und das Schiff von der Welle geschüttelt wird, versuchen einige, unbemerkt auf das Schiff gelangte, fremde Milizionäre, die Kontrolle über die Enterprise zu übernehmen und dazu den Warpantrieb zu starten. Sie beschuldigen die Crew zudem der kriminellen Konspiration mit den drei Fremden, bei denen es sich aus ihrer Sicht um Deserteure handelt. Bei stark zunehmender Hitze infolge der anfahrenden Antriebsreaktoren schaffen es Archer und Kollegen, die Milizionäre und deren angedocktes Schiff zu vertreiben, indem sie in Raumanzügen im Maschinenraum deren Bemühungen sabotieren. Tage später verlässt der Sturm die Position der Enterprise, woraufhin die Crew den Laufsteg wieder verlässt.

Während Tucker allein den Autopiloten seiner Fähre testet, wird diese von einem aconianischen Raumschiff beschossen, woraufhin er auf der nächtlichen Oberfläche eines Mondes notlanden muss. Wegen Interferenzen und der Vielzahl der Monde in diesem Sternensystem ist kein Kontakt zwischen Fähre und Enterprise möglich. Auch der Angreifer ist mit seinem Raumschiff nahe Tuckers Landestelle notgelandet. Er entwendet kurz darauf den Transceiver aus Tuckers Fähre. Um wieder in den Besitz des Gerätes zu gelangen, stellt Tucker dem Aconianer eine Falle, wird dabei aber von diesem gefangen genommen und zur Reparatur von dessen Raumschiff gezwungen, später kann er sich aber aus der Gewalt des Aconianers befreien. Durch ihre völlig verschiedenen Sprachen ist das Verhältnis zunächst von großem Misstrauen geprägt, ein deswegen ausgetragener, martialischer Zweikampf hat keinen klaren Sieger. Die Rettungsversuche der Enterprise werden durch das historisch bedingte Misstrauen der Aconianer gegenüber Vulkaniern behindert. Während des Aufgangs mehrerer Sonnen über der sich rasch erwärmenden Planetenoberfläche können Tucker und der Aconianer, der Sokan heißt, den Transceiver reparieren und dadurch von der Enterprise lokalisiert werden. Durch fortschreitende Dehydration in ein Delirium geraten, werden sie kurz vor ihrem wahrscheinlichen Tod durch eine Fähre gerettet. Auf der Enterprise sprechen Tucker und Sokan schließlich freundschaftlich miteinander.

Auf dem Planeten Dekendi III möchte Dr. Phlox von einer, dort auf einer Medizinerkonferenz anwesenden vulkanischen Delegation die neuesten Forschungsergebnisse für die Behandlung des Panara-Syndroms erhalten. Dabei handelt es sich um eine auch tödlich verlaufende Krankheit, die sich Vulkanier bei der Gedankenverschmelzung mit Artgenossen zuziehen können und die T’Pol schon seit einem Jahr hat. Da Gedankenverschmelzungen, bei denen auch Emotionen übertragen werden, unter dem größten Teil der Vulkanier gemeinhin geächtet sind, lehnt es die Delegation ab, Phlox zu helfen – auch, nachdem sie herausgefunden hat, dass T’Pol die Patientin ist, der deshalb – sehr zu Archers Unmut – die baldige Abberufung von der Enterprise droht. Obwohl T’Pol zu der Gedankenverschmelzung einst gegen ihren Willen gezwungen wurde, lehnt sie zunächst Archers Vorschlag ab, gegen das Vorgehen der Delegation zu protestieren. Juris, eines der Delegationsmitglieder, übergibt T’Pol heimlich die neuesten Forschungsergebnisse, durch die sie geheilt würde, und teilt ihr dabei mit, dass er zum Kreise derer gehört, die Gedankenverschmelzungen praktizieren, es aber aus Angst vor Stigmatisierung nicht enthüllen möchten. Als Archer, sich um T’Pol bemühend, einer Anhörung T’Pols vor der Delegation beiwohnt, rettet Juris T’Pol mit der nicht vereinbarten Enthüllung von T’Pols einstiger gedanklicher Vergewaltigung, belastet sich allerdings damit und mit seiner ebenfalls verkündeten Befürwortung von Gedankenverschmelzungen so schwer, dass nun er mit seiner eigenen Abberufung rechnen muss.

Einen Planeten im vulkanisch-andorianischen Grenzgebiet beanspruchen beide Seiten für sich, weswegen sie sich auf seiner Oberfläche bekriegen. Shran, der Anführer der andorianischen Seite, bittet daraufhin seinen Bekannten Archer um Vermittlung in dem Streit. Dort eingetroffen, kann Archer die Freilassung einer vulkanischen Geisel aus Shrans Gewalt erreichen und den vulkanischen Botschafter Soval als Gegenleistung davon überzeugen, mit Shran zu einem persönlichen Gespräch zusammenzukommen. Während Archer und T’Pol mit Soval in einer Fähre zu Shran unterwegs sind, werden sie jedoch abgeschossen und müssen notlanden. Ihre Bemühungen, zu Fuß zu Shran vorzudringen, versucht Shrans Adjutantin Tara, die gegen Shran opponiert, mit Waffengewalt zu verhindern. Schließlich können aber Archer und Soval gegenüber Shran Taras wahre Rolle enthüllen und damit deren Verhaftung erreichen. Auf der Enterprise stoßen die Vertreter beider Lager schließlich auf den Fortschritt hinsichtlich eines Waffenstillstandes an.

Nachdem die Enterprise-Crew ein kleines, fremdes, driftendes Raumschiff an Bord genommen hat, entdeckt sie darin die Leiche eines Menschen, der auch vulkanische Vorfahren hatte. Zudem ist das Schiff innen größer als außen; dem darin befindlichen Schacht gefolgt, entdecken Reed und Tucker eine Kammer mit einem funktionierenden Apparat. Während die Enterprise unterwegs ist, um das Schiff den Vulkaniern zu überbringen, erheben nacheinander einige angreifende Suliban und Tholianer Bergungsanspruch auf das Schiff. In Daniels’ versiegeltem Quartier entdecken Archer und T’Pol, dass das Schiff aus dem 31. Jahrhundert stammt. Der Aufenthalt in der Nähe des geborgenen Schiffes verursacht Déjà-vus bei der Crew. Archer ist gegen T’Pols Vorschlag, das Schiff zu zerstören, da er Näheres über den Temporalen Kalten Krieg erfahren möchte. Während Suliban- und tholianische Raumschiffe sowohl gegeneinander als auch auf die Enterprise feuernd diese verfolgen, schafft es Tucker, den Apparat zu aktivieren, woraufhin das Schiff, die Leiche und die Suliban-Schiffe verschwinden und sich die tholianischen Raumschiffe zurückziehen.

Aufgrund eines Missverständnisses werden Archer und Tucker, während sie in einer Fähre unterwegs sind, von Änolianern verhaftet und auf einem Gefangenenschiff eingesperrt, das die Strafkolonie Canamar anfliegt. Dabei jedoch revoltieren zwei Häftlinge, bei denen es sich um den Änolianer Kuroda und einen mitunter sadistischen Nausicaaner handelt, und setzen Kurs auf den Handelsaußenposten Tamal, wo sie unterzutauchen hoffen. Nachdem sich Archer erfolgreich als Pilot angeboten hat, kann er unbemerkt von den beiden Gangstern einen Notruf an die Enterprise absetzen und – unter Kurodas Gewalt – zwei änolianische Schiffe mit einem Trick an der Verfolgung hindern. Während die Enterprise-Crew mit der änolianischen Regierung an der Verfolgung des Häftlingsschiffes arbeitet und Tucker mit einem geschwätzigen Mithäftling konfrontiert ist, möchten Kuroda und der Nausicaaner das Schiff in der Atmosphäre eines Planeten verglühen lassen und dabei die Chance zur unbemerkten Flucht nutzen. Doch Archer, Tucker und die Enterprise-Crew schaffen es, die Gefangenen mit einer änolianischen Fähre auf die Enterprise zu retten, bevor das Gefangenenschiff mit Kuroda, den Archer in einem martialischen Zweikampf besiegen konnte, an Bord abstürzt.

Die Enterprise wird von einem übergroßen und überschnellen Raumschiff gefangengenommen. Bei der Untersuchung des Raumschiffsinneren ergreift ein energiewolkenähnliches Wesen zweimal vorübergehend Besitz von Tucker. Danach erklärt dieser, dass es sich bei den Wesen um Subraumwesen handelt, die ihre körperliche Existenz längst hinter sich gelassen haben und nun erfahren möchten, wie ihre Vorfahren lebten. Daraufhin kann die Enterprise das fremde Schiff wieder verlassen. Alsbald befallen die Wesen jedoch weitere Mitglieder der Enterprise-Crew. Deshalb lässt Archer diese in ihren Quartieren isolieren und den gesunden Rest der Mannschaft in den vor den Wesen sicheren Laufsteg evakuieren. Indem T’Pol absichtlich zulässt, dass die Wesen Besitz von ihr ergreifen, erfährt sie, dass deren Schiff zerfällt und sie durch die Inbesitznahme der Crew, das heißt deren Übergang in eine neue Existenz, nur überleben möchten. Der erneut besessene Tucker kann Phlox schließlich nicht an dessen von Archer erteiltem Auftrag hindern, Kohlendioxid in der Enterprise freizusetzen, um die Wesen zum Verlassen der humanoiden Körper zu zwingen.

Archer ist vor einem klingonischen Tribunal der Verschwörung mit Rebellen angeklagt und soll daher als Staatsfeind exekutiert werden. Im folgenden Gerichtsprozess lässt der Ankläger Orak den Kommandanten des klingonischen Schiffes als Zeugen aussagen, das von der Enterprise die Herausgabe einiger Flüchtlinge forderte und dafür von der Enterprise beschossen wurde. Seine Erinnerungen sind jedoch insofern falsch, als dass sie Archer als Kriegstreiber darstellen. Archer kann daraufhin Koloth, seinen Verteidiger, davon überzeugen, entgegen dem gegenwärtigen Brauch Archer als Zeugen zu vernehmen, wodurch Archer seine – wahre – Version der Geschichte darlegen kann, in der es ihm lediglich darum ging, die Flüchtlinge vor dem Verhungern zu retten. Trotzdem wird Archer der Gesetzesverletzung für schuldig befunden, wegen der von Koloth vorgetragenen früheren Verdienste Archers um das klingonische Reich wird seine Todesstrafe jedoch umgewandelt in lebenslangen Aufenthalt in einer Strafkolonie auf einem Eisplaneten. Dort eingetroffen, wird er, nachdem T’Pol einige Klingonen bestochen hat, von der Enterprise befreit. Der wegen Einspruches ebenfalls dort gelandete Koloth verbleibt auf eigenen Wunsch hin dort, da er außerhalb ohnehin nicht mehr als ehrenvoller Bürger anerkannt würde.

Travis Mayweather begibt sich an Bord des Frachtraumschiffs Horizon, seines früheren Dienstortes, um seine Familie zu besuchen. Der Besuch wird jedoch überschattet durch den plötzlichen Tod seines Vaters, lange Zeit der Captain des Schiffes. Alsbald wird die Horizon durch Piraten angegriffen, die zwecks Vorbereitung der Plünderung der Fracht eine Bombe an der Außenhülle platzieren. Über das weitere Vorgehen zur Vermeidung des Diebstahles sowie über Travis’ einstigen Weggang von der Horizon geraten Travis und sein Bruder Paul, der amtierende Captain, in Streit miteinander. Als sie zum Bekämpfen der Piraten aber zur Zusammenarbeit gezwungen sind, beginnen sie sich wieder zu vertragen. Unterdessen kommt T’Pol bei der Teilnahme am Filmabend auf der Enterprise die Idee, den Film Frankenstein ihren Artgenossen zu empfehlen, damit sie verstehen, wie die Menschen sie sehen. Zudem ist die Enterprise Zeuge des verstärkten Vulkanismus auf einem Planeten, dessen Umlaufbahn sich zwischen zwei Sterne verlagert hat.

Auf ein Hilfsgesuch des denobulanischen Wissenschaftsrates reagierend, beginnt ein Außenteam der Enterprise, auf einem Planeten nach drei Denobulanern zu suchen, da diesen durch Xantoraner die baldige Verhaftung droht. In einem Höhlensystem zu ihnen unterwegs, stürzen Tucker, Mayweather und Reed in einem Abgrund ab, wobei sich Mayweather ein Bein bricht. Tucker und Reed müssen die Denobulaner schließlich zum Verlassen ihrer Forschungsstätte zwingen und schaffen es zusammen mit Mayweather unter einsetzendem xantoranischen Bombardement in letzter Sekunde bis an Bord der Enterprise. Gleichzeitig behandelt Phlox einen von einem verunfallten Raumschiff geretteten, verletzten Antaraner. Beider Völker sind, seitdem die Denobulaner einst 20 Millionen Antaraner töteten, isoliert und hegen eine starke Abneigung gegeneinander. Deshalb verweigert der Verletzte zunächst die Hilfe von Phlox und nimmt sogar seinen Tod in Kauf. Phlox andererseits verweigert Archers Befehl, den Verletzten gegen dessen Willen zu behandeln. Nach einem Gespräch mit T’Pol beginnt sich Phlox’ Meinung über die Antaraner aber zu ändern. Um seinem eigenen Sohn ein Vorbild zu sein, überzeugt Phlox schließlich den Verletzten davon, sich behandeln zu lassen.

Während Archer zusammen mit einem visianischen Captain in dessen Stratokapsel die Atmosphäre eines Riesensterns erforscht, beginnt sich Tucker für ein Cogenitor zu interessieren, ein Individuum des dritten Geschlechts der Visianer, von denen einige gerade zu Besuch auf der Enterprise sind. Cogenitoren dienen visianischen Pärchen ausschließlich zur Befruchtung; sie werden nicht als gleichwertige Individuen angesehen, erhalten keine Bildung und tragen keine Namen. Da Tucker deshalb die Individuenrechte des Cogenitors beeinträchtigt sieht, bringt er ihm – entgegen Archers Befehl, sich nicht in die Entwicklung fremder Rassen einzumischen – das Lesen bei und führt es durch die Enterprise. Nachdem das Cogenitor auf der Enterprise Asyl beansprucht hat, erregt Tucker den Zorn der Visianer und von Archer. Daraufhin verlassen die Visianer mitsamt dem Cogenitor die Enterprise und teilen später – sehr zu Tuckers Bestürzung – mit, dass das Cogenitor sich das Leben genommen hat.

Am nördlichen Polarkreis auf der Erde entdeckt ein menschliches Wissenschaftlerteam die Absturzstelle eines fremden Raumschiffes und untersucht die zunächst eingefrorenen Verletzten, bei denen es sich um kybernetische Organismen handelt. Nachdem diese sich mittels Nanotechnologie regeneriert haben, überwältigen und entführen sie die Wissenschaftler und entwenden deren Frachtraumschiff. Mit dem Zurückholen des Teams beauftragt, verfolgt die Enterprise das Schiff und rettet unterwegs zwei verletzte Takalianer von deren Raumschiff, das von dem Frachter angegriffen wurde. Diese wurden von den kybernetischen Wesen infiziert und werden nun – ebenfalls mit Nanotechnologie – in kybernetische Organismen transformiert. Nachdem die beiden ausgebrochen sind und dabei auch Phlox infiziert haben, beginnen sie, die Enterprise zu modifizieren, sodass Archer keine andere Wahl bleibt, als sie zu ihrer Unschädlichmachung in den Weltraum zu befördern. Während die Enterprise den Frachter weiter verfolgt, kann Phlox letztlich erfolgreich seine Infektion heilen. Bei dem Schiff eingetroffen, beginnen die kybernetischen Wesen, die Enterprise zu assimilieren. Die Crew hat keine Hoffnung mehr, die Wissenschaftler unbeschadet zurückzuholen, da diese höchstwahrscheinlich auch assimiliert wurden. Nachdem Archer und Reed in dem Frachter eine Bombe zur Explosion gebracht haben, ziehen sich die Wesen von der Enterprise zurück. Als sich der Frachter zu regenerieren beginnt, lässt ihn Archer durch Beschuss zerstören. Messungen des Kommunikationsverkehrs ergeben, dass die kybernetischen Wesen in den Delta-Quadranten kommunizierten und dorthin zurückkehren wollten.

Während Archer und T’Pol von einer Fähre aus einen Nebel aus dunkler Materie sichtbar zu machen versuchen, erzählt Archer von seinen Erlebnissen mit A. G. Robinson, seinem früheren Arbeitskollegen und Freund, der kürzlich tödlich verunglückte: Als A. G. als Pilot den von Archers Vater entwickelten Warpantrieb erstmals testet, missachtet er Befehle und der Testflug scheitert. Die Sternenflottenführung möchte in der Folge ihr Warpentwicklungsprogramm einstellen, wofür Archer, auch verbittert über seine Nichtberücksichtigung als Pilot, in einer Kneipenschlägerei A. G. verantwortlich macht. Um die Einstellung des Programms doch noch zu verhindern, stehlen sie – unterstützt von Archers dort neu kennengelerntem Freund Tucker – heimlich das zweite Testraumschiff und absolvieren damit den Testflug erfolgreich, indem sie das Schiff bis auf Warp 2,5 beschleunigen. – Während Archer in der Fähre die Geschichte zu Ende erzählt, gelingt es ihm und T’Pol, den Nebel sichtbar zu machen. T’Pol schlägt vor, den Nebel nach Robinson zu benennen.

Unter einem Vorwand entführt der Tellarite Skalaar Captain Archer von Bord der Enterprise, um ihn den Klingonen auszuliefern und so Kopfgeld zu kassieren, das er für den Rückkauf seines von den Klingonen einst beschlagnahmten Raumschiffes Tezra benötigt. Während sie zum Treffpunkt fliegen, lernt Archer Skalaars Absichten kennen und hilft ihm bei der Flucht vor einem konkurrierenden Kopfgeldjäger. Auf einer Raumstation übergibt Skalaar Archer den Klingonen. Dort erfährt er zuvor, dass die Tezra mittlerweile zerstört wurde. Daher lässt er sich von Archer dazu überzeugen, diesem zur Flucht zu verhelfen, gibt ihm dazu heimlich einen Dietrich mit und verständigt die Enterprise. Mit dem Werkzeug befreit sich Archer und wird, mit einer Rettungskapsel geflohen, von der Enterprise aufgenommen. – Zugleich befinden sich Phlox und T’Pol zur Desinfektion in der Dekontaminationskammer. In der Enge der Kammer kann T’Pol alsbald ihre Emotionen nicht mehr unterdrücken und erkennt, dass sie verfrüht in das Pon Farr eingetreten ist, den vulkanischen Paarungszyklus. Da Phlox sich nicht mit ihr paaren möchte, flieht sie schließlich aus der Kammer, wird aber alsbald aufgegriffen und bis zu ihrer vollständigen Genesung erneut eingesperrt.

Beim Angriff eines aus der Zukunft angereisten Xindi-Raumschiffes auf die Erde sterben über 7 Millionen Menschen. Durch eine Warnung des zeitreisenden Anführers der Suliban-Kabale, wonach der Erde sogar die gänzliche Zerstörung durch die Xindi drohe, lässt sich die Sternenflottenführung davon überzeugen, dass die Enterprise das zerstörerische Vorhaben der Xindi verhindert. Zu diesem Zweck bricht die Enterprise in die „Delphische Ausdehnung“ auf, eine weit entfernte, gefährliche und wenig erforschte Gegend des Weltraums.

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Die Enterprise befindet sich seit sechs Wochen in der Ausdehnung, um die Xindi zu finden, die für den Angriff auf die Erde verantwortlich sein sollen. Aus diesem Grund ist nun auch ein militärisches Angriffskommando (MAKOs) an Bord. Der Tipp eines Frachtercaptains führt die Enterprise zu einem Planeten, auf dem Archer und Tucker durch das Eintauschen flüssigen Platins Kontakt zu einem dort gefangen gehaltenen humanoiden Xindi aufnehmen können. Als sie diesen in einer unterirdischen Gefängnismine treffen, erkennen sie, dass sie nun ebenfalls dort gefangen sind. Der Xindi verspricht den beiden, ihnen die Koordinaten der Heimatwelt der Xindi zu nennen, wenn sie ihm bei der Flucht helfen. Als ihr gemeinsamer Fluchtversuch von den Gefängniswärtern vereitelt wird, stellt sich heraus, dass der Xindi von den Wärtern instrumentalisiert wurde, um Archer und Tucker in eine Falle zu locken. In dem Moment werden die drei von einem MAKO-Kommando unter Reeds Führung befreit und können vor den feindlichen Schiffen fliehen. Bei der Befreiung wird der Xindi schwer verletzt, verrät Phlox kurz vor seinem Tode aber noch die versprochenen Koordinaten. Dort findet die Crew jedoch nur ein 80 Millionen Kilometer langes Trümmerfeld eines vor 120 Jahren zerstörten Planeten vor. Um die Xindi zu finden, begeben sie sich auf einen Kurs, der sie noch tiefer in die Ausdehnung hinein führt. Das Vorhaben der Crew bleibt einem weit entfernten Rat aus Außerirdischen nicht verborgen. – Tucker, nach dem Tod seiner Schwester traumatisiert und kaum in der Lage durchzuschlafen, wird unter Phlox’ Mitwirkung von T’Pol zu einer vulkanischen Neuropressur überredet.

Die Enterprise-Crew findet ein im All treibendes Raumschiff mit den Leichen von 17 Humanoiden vor, die dort vor weniger als zwei Tagen getötet wurden. Plötzlich wird die Enterprise von den osaarianischen Piraten überfallen, die auch das vorgefundene Schiff überfallen haben. Sie entwenden neben Waffen und Nahrungsmitteln auch Antimaterievorräte, die der Enterprise als Antriebsmittel dienen. Da die verbliebenen Vorräte höchstens für einen Monat ausreichen, beginnt die Crew mit der Suche nach dem Diebesgut. Bei dem Überfall wurden ein Besatzungsmitglied getötet und weitere verletzt, allerdings konnte die Crew einen Piraten gefangen nehmen. Die Spur des Piratenschiffes verfolgend, stößt die Enterprise nach der Durchquerung eines Tarnfeldes auf eine 19 km durchmessende Sphäre im All, in der sie die meisten Frachtgegenstände findet. Um vom gefangenen Osaarianer Informationen über die Xindi zu erpressen, foltert ihn Archer durch rasche Dekompression in einer Luftschleuse. Dadurch erfährt er, dass die Osaarianer über eine Datenbank der Xindi verfügen. Einen Teil der Datenbank kann die Crew von einem weiteren, hinzugekommenen osaarianischen Schiff kopieren, als sie dieses mit der Enterprise kurzzeitig in das Tarnfeld verfolgt. Sie setzt den gefangenen Osaarianer in der Sphäre ab.

Dank der Xindi-Datenbank kann die Enterprise einige Xindi bis zu einem Planeten verfolgen. Dort finden Archer, T’Pol, Reed und Sato neben einer Xindi-Fähre einige verbrannte Leichen. Archer, Reed und Sato verwandeln sich unter dem Einfluss des Planeten schnell in animalische Kreaturen, nehmen T’Pol gefangen und erklären, auf der Suche nach einem Ort namens Urquat zu sein. Es gelingt einem Rettungsteam, Reed auf die Enterprise zurückzubringen, wo Phlox ein Virus als wahrscheinliche Ursache für die Mutationen ermittelt. Der Anführer zweier fremder Schiffe, die sich dem Planeten nähern, fordert die sofortige Dekontamination der Enterprise, also die Tötung Reeds, und droht ansonsten mit Gewaltanwendung. Er erklärt zudem, dass seine Gesellschaft das Virus bereits seit 60 Jahren untersucht und es einst von der Spezies Loque’eque hergestellt wurde, die sich damit vor dem Aussterben retten wollte. Seine Gesellschaft hat bereits 10 Millionen Infizierte umgebracht, um die Ausbreitung des Virus zu verhindern. Um auch die infizierten Mitglieder der Enterprise-Besatzung zu töten, schickt er einen Stoßtrupp auf die Planetenoberfläche. Bevor dieser seinen Auftrag ausführen kann, werden Archer, Sato und T’Pol durch ein Außenteam der Enterprise gerettet. Diese flieht daraufhin vor den beiden Schiffen und Phlox gelingt es, ein Gegenmittel zu entwickeln. Archer, der sich schnell in einen Menschen zurückverwandelt, bietet es den Verfolgern an und kann sie so von weiteren Angriffen abhalten.

Zur sichereren Passage der Ausdehnung benötigt die Enterprise-Crew die Substanz Trellium-D, deren Herstellungsformel ihr bislang aber unbekannt ist. Als ein Außenteam die Formel auf einem Marktplatz auf einem Planeten erwirbt, rettet Archer die offensichtlich vor einem Händler fliehende, humanoide Konkubine Rajiin und nimmt sie mit an Bord. Ein erster Synthetisierungsversuch mit Hilfe der Formel scheitert. Alsbald stellt sich heraus, dass Rajiin in der Lage ist, die Besatzung, darunter Archer, zu manipulieren, um sich ihr nähern und sie biometrisch scannen zu können. Nachdem Rajiin dabei T’Pol verletzt hat, ist sie als Spionin enttarnt, woraufhin sie vor der Crew erfolglos zu fliehen versucht. Während sich zwei Xindi-Raumschiffe der Enterprise nähern, erfährt Archer von Rajiin, dass sie von den Xindi hergeschickt wurde, weil diese zum Bau einer neuen Biowaffe Informationen über die Menschen brauchen. Einige der Reptilianer entern die Enterprise und nehmen Rajiin mit, wobei einige Enterprise-Crewmitglieder und ein Xindi sterben, den Archer anschließend von Phlox obduzieren lässt. Der Xindi-Versammlung, die den Bau der Waffe plant, gibt Rajiin schließlich die Informationen über die Enterprise-Besatzung preis.

Die Enterprise empfängt einen Notruf vom vulkanischen Raumschiff Seleya, das seit neun Monaten in der Ausdehnung verschollen ist. Archer und T’Pol fliegen daraufhin mit einem Außenteam zur Seleya, die sie in einem Asteroidenfeld, das große Mengen Trellium-D enthält, treibend aufgespürt haben. An Bord treffen sie auf die vulkanische Besatzung, die sich in gewalttätige, angriffslustige und äußerlich entstellte Wesen verwandelt hat und ihnen nun den Rückweg zur Raumfähre versperrt. Auch T’Pol beginnt sich zu verändern und reagiert zunehmend emotional und paranoisch. Da Tucker und Mayweather die zweite Enterprise-Fähre unterdessen bei der Gewinnung von Trellium-D – das die Enterprise vor Anomalien in der Ausdehnung schützen soll – beschädigt haben, können sie den Eingeschlossenen zunächst nicht helfen. Phlox’ Auswertung der Daten, die das Außenteam gesammelt hat, ergibt, dass Trellium-D giftig für Vulkanier ist und sie in mordlüsterne Kreaturen verwandelt. Da die Besatzung der Seleya dem Gift bereits zu lange ausgesetzt ist, kann Phlox sie nicht mehr heilen. Dem Außenteam gelingt es schließlich, von der Seleya auf die Enterprise zu fliehen, wobei sie notgedrungen den Reaktor der Seleya überladen, so dass das Schiff zerstört wird. Tucker und Mayweather haben über 60 kg Trellium-D gewonnen, das so an Bord gelagert wird, dass T’Pol, die sich wieder erholt hat, davor geschützt ist.

Während die Enterprise auf dem Weg zu einer neu entdeckten, zweiten Xindi-Sphäre ist, nimmt der Telepath Tarquin, der aufgrund seiner Fähigkeiten allein auf einem Planeten im Exil lebt, Kontakt zu Sato auf. Archer und Sato willigen in Tarquins Forderung ein, dass Sato eine Zeitlang in seinem Anwesen bleibt. Im Gegenzug möchte er der Crew neue Informationen über die Xindi-Waffe geben. Sato stellt fest, dass Tarquin sehr genau über ihre Vergangenheit informiert ist und dass er sehr einsam ist. Sie stellt außerdem fest, dass er bereits früher einige Gefährtinnen hatte, die mittlerweile gestorben sind, da er sehr langlebig ist. Tarquin gibt zu, dass er Sato für immer bei sich behalten und nicht auf die Enterprise zurückkehren lassen will. In der Nähe der auch visuell getarnten Xindi-Sphäre wird die Enterprise durch massive gravimetrische Verzerrungen schwer beschädigt. Um die Sphäre zu erforschen, fliegen Archer und Tucker daher in einer Fähre dorthin, die sie mit Trellium-D, das vor den Anomalien schützt, ausgekleidet haben, und sammeln wertvolle Informationen. Die Auswertung der Daten über die Sphäre ergibt, dass die Anomalien von mindestens 50 ähnlichen Sphären verursacht werden, die eventuell die Ausdehnung erst erzeugt haben. Sato kann sich aus der Gewalt von Tarquin befreien und auf die zum Planeten zurückgekehrte Enterprise retten. Sie erhält dadurch aber zunächst keine neuen Informationen über die Xindi. Tarquin erscheint ihr jedoch erneut auf telepathischem Weg und informiert sie doch über eine Xindi-Kolonie, in der angeblich ein Teil der Xindi-Waffe gebaut wird.

Im Rat der Xindi berichtet Bauleiter Degra, dass die geplante Waffe in wenigen Wochen einsatzbereit sein werde. Mit Hilfe der Koordinaten, die die Enterprise-Crew von Tarquin erhalten hat, entdecken sie einen Planeten und einen Gebäudekomplex der Xindi. Darin findet das aus Archer, Reed und Hayes bestehende Außenteam eine große Menge der Substanz Kemocite. Sie beamen einen Kanister davon zur Analyse an Bord. Dann folgen sie Gralik, einem der drei Xindi, die sie in dem Gebäude entdeckt haben, zu seinem Wohnhaus und konfrontieren ihn mit der Wahrheit, dass das Kemocite zum Bau einer Waffe benutzt werden soll. Gralik bestreitet jedoch, etwas von der Waffe zu wissen. An Bord der Enterprise findet Tucker heraus, dass das Kemocite alle Xindi-Waffen antreibt. Er löst versehentlich einen Selbstzerstörungsmechanismus bei einer Xindi-Handwaffe aus, kann sie aber im letzten Moment von Bord beamen. Archer entscheidet sich gegen die Zerstörung der Kemocite-Anlage, um nicht als Aggressor zu wirken, und informiert Gralik über den Angriff auf die Erde. Gralik wiederum erklärt, Degra habe ihn im Glauben gelassen, das Kemocite sei nur für Forschungszwecke gedacht. Ein Raumschiff der Xindi-Spezies Reptilianer erscheint, um die letzte Ladung Kemocite abzuholen. T’Pol modifiziert den Kanister, sodass er nachverfolgt werden kann, und beamt ihn wieder zu Archer. Dieser kann ihn in das Reptilianer-Schiff schmuggeln, während ihm Gralik dabei hilft, unentdeckt zu bleiben. Zurück auf der Enterprise bestätigt Sato, dass sie das Schiff der Xindi verfolgen kann.

Auf der Enterprise wird Archer von einer Anomalie getroffen und dabei mit Parasiten infiziert, die ihn dauerhaft sein Langzeitgedächtnis verlieren lassen. Zwölf Jahre später ist er nach wie vor krank und wird von T’Pol über die Ereignisse seit dem Vorfall informiert: Einige Zeit nach seiner Infektion erhielt T’Pol von der Sternenflotte das Kommando über die Enterprise. Auf dem Weg zur Waffenfabrik der Xindi wurde die Enterprise von Xindi-Raumschiffen angegriffen und dabei durch T’Pols Einsatz zwar vor der Vernichtung bewahrt, aber erheblich beschädigt. Die Crew erreichte die Waffenfabrik zu spät; die Xindi konnten mit der Waffe nicht nur die Erde, sondern auch etliche menschliche Kolonien zerstören, sodass nur wenige Menschen überlebten. Daraufhin legte T’Pol ihr Kommando nieder. Zwölf Jahre nach Archers Infektion wird er von Phlox aufgesucht, der beabsichtigt ihn zu heilen. Dazu begeben sich Archer, T’Pol und Phlox auf die mittlerweile von Tucker kommandierte Enterprise, wo Phlox mit der Heilungsprozedur beginnt und dabei mit T’Pol erkennt, dass dadurch nicht nur die gegenwärtig in Archers Körper befindlichen Parasiten eliminiert werden, sondern dass die Parasiten auch in der Vergangenheit verschwinden und somit die Geschichte neu geschrieben werden kann. Während der Heilungsprozedur wird die Enterprise jedoch erneut von den Xindi angegriffen und schwer beschossen. Kurz bevor die Enterprise zerstört wird, kann Archer die Prozedur vollenden, wodurch die Zeitlinie korrigiert wird und Archer gesund wieder in der Gegenwart erwacht.

Die Enterprise-Crew hat auf einem Planeten menschliches Leben entdeckt. Ein Außenteam begibt sich undercover in ein Dorf, das den Siedlungen im Wilden Westen der Erde ähnelt. Das Team stellt fest, dass die menschlichen Bewohner die außerirdischen Skagaraner unterdrücken. Deren Vorfahren hatten 300 Jahre zuvor einige Menschen als Sklaven auf den Planeten geholt, die ihnen beim Aufbau von Kolonien dienen sollten. Die Menschen begannen jedoch, sich gegen die Skagaraner aufzulehnen. In Folge der Auseinandersetzungen blieben nur noch circa 1000 Skagaraner am Leben, die nun von den etwa 6000 Menschen ausgegrenzt werden. Als die menschliche Lehrerin Bethany gesetzeswidrig einige Skagaraner-Kinder unterrichtet, wird sie verhaftet. Der dabei anwesende und deshalb ebenfalls festgenommene Archer kommt als Fremder alsbald aus der Haft frei. Nachdem er Bethany aus dem Gefängnis befreit hat, wird sie bei der gemeinsamen Flucht angeschossen und von Archer zur Behandlung ihrer Verletzungen mit auf die Enterprise gebeamt. Damit die Menschen auf dem Planeten ihre Ressentiments überwinden, versucht ihnen Archer mit seiner Crew zu vermitteln, dass die Erde sie nicht aufgegeben hat. Dazu landen er und einige Besatzungsmitglieder mit einer Fähre mitten im Dorf. Sie werden aber von Bennings, dem Deputy des Sheriffs, und seinen Männern angegriffen, die glauben, dass Archer den Skagaranern wieder zur alten Macht verhelfen möchte. Bennings hat damit jedoch keinen Erfolg. Bethany darf schließlich Skagaraner-Kinder unterrichten. Archer verspricht, dass die Erde Raumschiffe schicken wird, um die Menschen zu holen.

Bei einem Experiment, bei dem die Enterprise auf Warp 4,9 beschleunigt, kommt es zu technischen Problemen, zu deren Behebung Tucker den Warpantrieb abstellt, dabei aber schwer verletzt ins Koma fällt. Durch das abrupte Beenden des Warpfluges strandet die Enterprise manövrierunfähig in einer Gegend des Weltraums, in der die Außenhülle der Enterprise mit einer dichter werdenden Kruste aus nukleonischen Partikeln überzogen wird. Um Tucker mit einer Transplantation zu retten, klont Phlox ihn mit Archers Einverständnis. Der Sim genannte Klon wächst innerhalb weniger Tage zu einem Mann heran, der Tucker physisch gleicht und auch dessen Erinnerungen besitzt. Durch die dicker werdende Kruste auf der Außenhülle droht innerhalb weniger Tage ein schiffsweites Systemversagen und damit der Tod aller. Auf Sims Vorschlag hin wird die Enterprise mit den beiden Fähren aus dem Nebel gezogen und so gerettet. Phlox entdeckt entgegen seiner anfänglichen Überzeugung, dass Sim die bevorstehende Transplantation nicht überleben wird. Getrieben von der Angst vor dem eigenen Tod möchte Sim im Rahmen einer experimentellen Behandlung seinen raschen Alterungsprozess mit einem Enzym verlangsamen lassen. Da dieses aber wahrscheinlich nicht vor dem letztmöglichen Transplantationstermin verfügbar sein wird, verbietet Archer diese Behandlung. Sims Versuch, auf einer Fähre von Bord zu fliehen, bricht er ab, als ihm bewusst wird, dass nur Tuckers Überleben eine Chance bietet, dass weitere Ereignisse wie der Tod von Tuckers Schwester verhindert werden können. Während Tucker nach der Transplantation gesundet, wird Sim von der Crew im All bestattet.

Vom Zeitreisenden Daniels erfährt Archer, dass drei reptilianische Xindi in das Jahr 2004 und nach Detroit gereist sind. Archer und T’Pol folgen ihnen dorthin, um hinter ihre Pläne zu kommen. Sie verfolgen einen Mann namens Loomis von einem Fabrikgebäude, in dem die Xindi sich aufhalten, zu seiner Wohnung. Er hält sie für Kriminalpolizisten und gibt zu, dass er einem ihm Unbekannten, bei dem es sich um einen der Xindi handelt, gegen Geld sechs menschliche Probanden gebracht hat, die verschiedene Blutgruppen besitzen. Von Loomis lässt sich Archer als vermeintlicher weiterer Proband in das Fabrikgebäude in der Carpenter Street einschleusen, in dem die Xindi auch die anderen festhalten, um ihnen Blut abzunehmen. Dort entdeckt er die Xindi, als diese gerade mit einem Bioreaktor und dem gewonnenen Blut Viren synthetisieren, um sie gegen die Menschheit einzusetzen. Archer überwältigt mit T’Pols Hilfe die Xindi und kann auch die Freisetzung der Viren in einem öffentlichen Gebäude in letzter Sekunde verhindern. Nachdem Archer und T’Pol mit den toten Xindi, dem Virenbehälter und dem Bioreaktor in das Jahr 2153 und auf die Enterprise zurückgekehrt sind, wird Loomis in Detroit von der Polizei festgenommen.

Einige streng religiöse Triannoner gelangen unter einem Vorwand auf die Enterprise und übernehmen die Kontrolle, nachdem sie mit Selbstmordanschlägen gedroht haben. Sie betrachten die Ausdehnung als das auserwählte Reich und die Sphären als Heiligtümer, die von göttlichen Wesen erschaffen worden seien, um deren Rückkehr vorzubereiten. Da ihr Anführer D’Jamat davon überzeugt ist, dass die Enterprise-Crew die Sphären entweiht habe, und da er wissenschaftliche Forschung ablehnt, löscht er sämtliche über die Ausdehnung und die Sphären gesammelten Informationen aus dem Enterprise-Computer. Zusammen mit seinen Gefolgsleuten fliegt er die Enterprise nach Triannon, um sie im dortigen Krieg gegen diejenigen Bewohner einzusetzen, die seinen Glauben nicht teilen. Nachdem er von Archer eine Entscheidung darüber verlangt hat, welches Besatzungsmitglied stellvertretend für die „Verbrechen“ der Enterprise-Crew sterben solle, lässt sich Archer vorgeblich töten, tatsächlich jedoch an eine andere Stelle auf der Enterprise beamen. Mit der Hilfe von D’Jamats bisherigem Unterstützer Yarrick, dem Zweifel an D’Jamats Vorgehen gekommen sind, und seiner nach und nach befreiten Besatzung erlangt Archer schrittweise die Kontrolle über das Schiff zurück, das von D’Jamat währenddessen dazu eingesetzt wird, einige Raumschiffe der gegnerischen Triannoner anzugreifen. Die Enterprise bringt die gefangenen Triannoner schließlich zu ihrem Heimatplaneten zurück, der mittlerweile durch den Krieg großflächig verwüstet wurde. Dadurch macht Archer D’Jamat die Auswirkungen seines Fanatismus klar.

Vor dem Xindi-Rat verkündet Bauleiter Degra, dass die Waffe, mit der die Xindi die Erde zerstören wollen, in etwa einem Monat einsatzbereit sein werde. Einen Prototyp lässt Degra nun in einem Testgebiet erproben, zu dem mehrere Monde gehören. Durch das Peilgerät, das Archer vor einiger Zeit auf einem Xindi-Schiff verstecken konnte, wird die Enterprise in dieses System geführt, gerät aber in eine Anomalie und wird gestoppt. Aus der Anomalie wird das Schiff kurz darauf durch ein von Shran geführtes andorianisches Raumschiff gerettet. Shran gibt vor, die Sternenflotte als Gegenleistung für deren frühere Hilfe unterstützen zu wollen. Die Enterprise und das andorianische Schiff fliegen daraufhin zum Testgebiet, wo Archer den Prototyp stehlen will, um von der Sternenflotte eine Abwehr entwickeln zu lassen. Da die Waffe verstrahlt ist, erlaubt er Shran, sie für ihn zu bergen, was diesem auch gelingt. Shran erklärt allerdings, gemäß seinen eigenen Befehlen die Waffe behalten zu wollen, um damit die vulkanische Bedrohung seines Volkes abwehren zu können. Weil Archer damit nicht einverstanden ist und weil die Enterprise-Crew bereits im Besitz der Aktivierungscodes ist, droht Archer Shran damit, die Waffe an Bord von dessen Schiff zu zünden. Shran gibt die von der Enterprise-Besatzung aktivierte Waffe gezwungenermaßen frei, die wenig später explodiert. Er übermittelt der Enterprise heimlich alle Daten, die seine Crew über die Waffe gesammelt hat.

Die Enterprise-Besatzung kann ein Xindi-Raumschiff, auf dem sich Degra aufhält, in ihre Gewalt bringen. Um von Degra zu erfahren, wo die Waffe gebaut wird, lässt Archer dessen Kurzzeitgedächtnis durch Phlox löschen. Archer spielt Degra vor, dass sie beide zusammen in einem Raumschiff auf der Flucht seien, und gewinnt so sein Vertrauen. Der Flug ist allerdings nur eine Simulation; das „Schiff“ befindet sich in einem Frachtraum der Enterprise. Degra verrät die Koordinaten eines Roten Riesen und des ihn umkreisenden Planeten Azati Prime. Alsbald schöpft er aber Verdacht, sodass die Crew den Täuschungsversuch beendet. Da der Flug bis zum Roten Riesen drei Wochen dauert, versucht die Crew die Information vorher zu bestätigen und täuscht Degra erneut. Der gibt daraufhin preis, dass die Gegend rund um den Riesenstern durch die Xindi verteidigt wird; somit ist sie ein wahrscheinlicher Produktionsort der Waffe. Archer lässt die Enterprise daraufhin Kurs auf dieses System setzen und bringt Degra und dessen Mannschaft mit gelöschten Erinnerungen auf ihr Schiff zurück.

Die Enterprise ist unterwegs zum Roten Riesen, dessen Koordinaten man von Degra erhalten hat. Am Rande einer gravimetrischen Raumstörung entdeckt die Besatzung eine Raumkapsel mit einem sterbenden Humanoiden, dessen Lebenssignale durch die Kapsel an einen unbekannten Empfänger übertragen werden. Untersuchungen der Kapsel ergeben, dass diese aus dem gleichen Material wie die Sphären besteht. Archer verhört den Sterbenden unter Missachtung von Phlox’ ethischen Bedenken. – Nachdem T’Pol erfährt, dass Tucker Amanda Cole, ein Mitglied der MAKOs, mit vulkanischer Neuropressur behandelt, wird sie eifersüchtig und verführt ihn schließlich. Am nächsten Tag bezeichnet sie den Sex als Forschung. Tucker reagiert verärgert, und sie kommen überein, den Vorfall nicht mehr zu erwähnen. – Auf Archers Anweisung hin trainieren seine Offiziere zusammen mit den von Hayes geleiteten MAKOs, um sich auf Kämpfe gegen die Xindi vorzubereiten. Dabei entwickelt sich ein Machtkampf zwischen Reed und Hayes, den Reed verdächtigt, die Leitung der Sicherheit auf dem Schiff übernehmen zu wollen. Während die beiden zunächst miteinander trainieren, sich dann aber in aller Härte prügeln, flieht der Fremde, der sich problemlos durch Wände bewegen kann und dem Phaserschüsse nichts anhaben können, in den Maschinenraum. Als er dort den Antrieb beeinträchtigt, wird er von Reed und Hayes überwältigt. Die beiden erhalten wegen ihrer Prügelei eine Standpauke von Archer. Kurz vor seinem Verschwinden kündigt der Fremde, bei dem es sich um ein transdimensionales Wesen handelt, gegenüber Archer selbstgefällig an, dass sein Volk die Oberhand gewinnen werde, wenn die Xindi die Erde zerstören.

Auf dem Weg nach Azati Prime muss die Enterprise eine Region des Weltraums durchqueren, die menschliche Gehirnfunktionen stören und Menschen sogar töten kann. Aus diesem Grund folgt Archer Phlox’ Vorschlag, die Crew mit Ausnahme von Phlox für die Zeit der Passage zu sedieren. Weil bedingt durch die Anomalie auch die Benutzung des Warpantriebs zu gefährlich wäre, wird das Schiff mit Impulsantrieb hindurch geflogen. Dadurch für voraussichtlich vier Tage als einziger Humanoider an Bord bei Bewusstsein, nimmt Phlox alsbald merkwürdige Geräusche aus dem Schiff wahr und trifft, als er deren Ursache ergründen möchte, auf T’Pol, die anscheinend ebenso wie er immun gegen die Auswirkungen der Anomalie ist und wie er nicht sediert werden musste. Weiterhin nimmt Phlox Geräusche wahr und sieht sich sogar dem Angriff eines insektoiden Xindi ausgesetzt. T’Pol glaubt ihm das jedoch nicht und geht davon aus, dass Phlox halluziniert. Nach anfänglichen Zweifeln erkennt Phlox, dass T’Pol Recht hat. Als die beiden bemerken, dass die Enterprise entgegen der ursprünglichen Annahme die gefährliche All-Region noch nicht verlassen hat, ermitteln sie als Ursache, dass sich die Region während ihres Durchfluges ausgedehnt hat, sodass die weitere Durchquerung ohne Warpantrieb weitere zehn Wochen dauern würde. Daher setzt Phlox entgegen Tuckers ursprünglichem Rat den Warpantrieb in Gang, sodass die Enterprise die Region unverzüglich verlässt. Beim Aufwecken der Führungsoffiziere wird sich Phlox bewusst, dass auch T’Pol die ganze Zeit über sediert war und er sich die Interaktionen mit ihr nur eingebildet hat.

Auf dem Flug nach Azati Prime entdeckt die Crew auf einem Planeten ein abgestürztes Raumschiff der insektoiden Xindi, dessen Besatzung tot ist. Während ein Außenteam darin einen Raum mit über 30 Eiern der Insektoiden untersucht, wird Archer von einem der Gelege mit einer Substanz besprüht, die Phlox zunächst als gefahrlos deutet. Um den Xindi zu beweisen, dass die Menschen – entgegen der Auffassung der Xindi – empfindungsfähig und nicht angriffslustig sind, möchte Archer sicherstellen, dass die Brut überlebt und nicht durch den bevorstehenden Mangel an Energie für die Brutstätte stirbt. Mit dieser Absicht trifft er aber auf die Abneigung seiner Führungsoffiziere, die die Meinung vertreten, dass man den Xindi nicht helfen dürfe zu überleben, weil man sie wegen ihres Angriffs auf die Erde bekämpfen müsse. In diesem Zusammenhang wird T’Pol durch Archer suspendiert und unter Arrest gestellt, Gleiches geschieht wenig später mit Reed. Als Archer den Auftrag gibt, zwecks Rettung der Eier einen Notruf an die Xindi zu schicken, werden die Meuterer in ihrem Widerstand gegen Archer und die ihn unterstützenden Mitglieder des militärischen Angriffskommandos bestärkt. Nachdem sie T’Pol befreit haben, erlangen einige von ihnen gewaltsam die Kontrolle über das Schiff, während Tucker im Raumschiffwrack Archer überwältigt. Phlox entdeckt schließlich, dass die Substanz, mit der Archer besprüht wurde, ihn auf die Eier prägte, die er dadurch wie seinen Nachwuchs behandelte und um jeden Preis schützte. Die restlichen Eier auf dem Planeten zurücklassend, setzt die Enterprise ihren Flug nach Azati Prime fort.

Die Enterprise erreicht das Planetensystem, zu dem der Rote Riese und der Planet Azati Prime gehören. Da man mit der Enterprise das Sicherheitsgitter des Systems nicht überwinden kann, erkunden Tucker und Mayweather mit einer einst von den Insektoiden erbeuteten Fähre Azati Prime, unter dessen Meeresoberfläche sie eine Kommandozentrale entdecken und die Waffe lokalisieren. Aufgrund ihrer Größe lässt sich die Waffe nicht mit herkömmlichen Mitteln zerstören, deshalb muss ein Raumschiff als Zündmittel dienen. Archer entschließt sich, sich dazu selbst zu opfern. Der Zeitreisende Daniels versucht jedoch, ihn davon zu überzeugen, dass die Sternenflotte stattdessen mit den Xindi Frieden schließen müsse: 400 Jahre in der Zukunft werde die Menschheit mit den Xindi in der Föderation vereint sein und es werde ihnen nur gemeinsam gelingen, die transdimensionalen Wesen zu besiegen, die mit den Sphären die Ausdehnung zu dem Zweck zu rekonfigurieren versuchen, diese für sich bewohnbar zu machen. Archer missachtet Daniels’ Argumente zunächst und begibt sich mit der Insektoiden-Fähre nach Azati Prime. Ihm gelingt die Umsetzung seines Planes jedoch nicht, da er von den Xindi gefangen genommen wird. Mit Hilfe der von Daniels erhaltenen Informationen kann er aber erreichen, dass Degra und einige andere nicht-reptilianische Ratsmitglieder an der Zweckhaftigkeit des Einsatzes der Waffe zu zweifeln beginnen: Wenn die Xindi die Menschheit vernichteten, dann würde auch die Xindi-Spezies eliminiert. Die Reptilianer glauben Archer jedoch nicht und greifen unterdessen mit mehreren Raumschiffen die Enterprise an, wobei diese schwerst beschädigt wird und etliche Crewmitglieder sterben.

Der Xindi-Rat, dem Degra angehört, kommt zu der Überzeugung, dass die Enterprise keine so große Bedrohung darstellt wie von den Reptilianern angenommen. Daher lässt er den Angriff auf die Enterprise einstellen und Archer in einer Raumkapsel dorthin zurückkehren. In der Kapsel entdeckt die Crew eine geheime Botschaft von Degra mit dem Hinweis, ihn in drei Tagen an einem vier Lichtjahre entfernten Ort zu treffen. Da der Warpantrieb der Enterprise defekt ist, würde man den Treffpunkt zu spät erreichen. Der Captain eines plötzlich erschienenen Raumschiffs mit einigen Fremden an Bord, die technische Hilfe benötigen, erteilt Archer eine Absage auf dessen Bitte, ihm seine Warpspule zu überlassen. Archer fasst daher schweren Herzens den Entschluss, die Warpspule von dem Raumschiff der Hilfesuchenden zu rauben. Trotz Einsprüchen von Archers Kollegen setzt dieser den Entschluss in die Tat um und einem von ihm geführten Enterkommando gelingt der Raub, wodurch die Enterprise auf den Treffpunkt Kurs setzt und ihn aller Voraussicht nach pünktlich erreichen wird. – Vor dem intern uneinigen Xindi-Rat erscheint ein transdimensionales Wesen und fordert die Ratsmitglieder zur Geschlossenheit und dazu auf, die Waffe wie geplant gegen die Erde einzusetzen. Degra zweifelt nach wie vor, da er von den transdimensionalen Wesen keine Beweise für die Feindlichkeit der Menschheit hat. – T’Pol offenbart unterdessen gegenüber Phlox, dass sie nach der Substanz Trellium-D süchtig geworden ist, und begibt sich bei ihm in die Behandlung ihrer Entzugserscheinungen, zu denen ausgeprägtes emotionales Verhalten gehört.

Die Enterprise fliegt zu einem Treffen mit Degra. Derweilen kümmert sich die Crew um ihre mittlerweile 18 Toten, die Verletzten und um die Beschädigungen am Schiff. T’Pol erfährt von Phlox, dass ihre Nerven durch die Einnahme des Trellium-D erheblich geschädigt sind und sie deshalb wohl dauerhaft ihre Emotionen nicht mehr unterdrücken können wird. Während Tucker ein Kondolenzschreiben an die Eltern einer getöteten Ingenieurin seines Teams verfasst, erlebt er Albträume und trauert um seine tote Schwester, was ihn gegenüber Degra rachsüchtig werden lässt. Dieser kommt, nachdem die Enterprise den vor den anderen Xindi geheim gehaltenen Treffpunkt nahe einer Sphäre erreicht hat, an Bord der Enterprise. Dort lässt er sich durch Archer Beweise für die von den transdimensionalen Wesen und den Reptilianern ausgehende Bedrohung zeigen; im Gegensatz zu Degra bleibt dessen Begleiter aber zunächst misstrauisch. Den Angriff eines reptilianischen Schiffes kann die Enterprise durch die entscheidende Hilfe Degras abwehren. Bei der Reparatur eines Plasmalecks an der Enterprise-Außenhülle fällt Reed wegen Überhitzung in Ohnmacht. Degra gibt Archer die Koordinaten des Xindi-Rates und informiert ihn auch über eine Abkürzung durch einen Subraumkorridor. Archer und Degra begeben sich auf den Weg zum Rat und planen eine Allianz gegen die Reptilianer.

Die Enterprise-Crew trifft auf dem Flug zum Subraumkorridor auf eine deutlich älter aussehende Kopie ihres Schiffes. Zu ihrer Besatzung gehören auch Nachkommen der aktuellen Enterprise-Crew, darunter Lorian, der Commander, der Sohn von T’Pol und Tucker. Die zweite Enterprise wurde bedingt durch ein temporales Phänomen 117 Jahre in die Vergangenheit geschleudert, versuchte vergeblich, die erste Xindi-Waffe zu zerstören, und wartete seitdem in der Ausdehnung auf das Eintreffen der aktuellen Enterprise, um diese davon abzuhalten, sich in den Korridor zu begeben. T’Pol erhält Berechnungen ihres älteren Ichs, das mittlerweile Greisin ist. Ihnen zufolge kann die von Archer kommandierte Enterprise sich womöglich doch gefahrlos in den Korridor begeben. Da Lorian diese Einschätzung nicht teilt und stattdessen seinen Plan umsetzen will, benötigt er funktionierende Warpplasma-Injektoren für sein Schiff, die er von Archers Enterprise stiehlt. Um Lorians Enterprise am Abflug zu hindern, lässt Archer den Antrieb des anderen Schiffes zerstören und Ausrüstungsgegenstände herüberbeamen und zwingt Lorian so dazu, seinen Plan aufzugeben. Während Archer sein Schiff in den Korridor fliegen lässt, erhält er Waffenhilfe durch Lorians Enterprise, die die Angriffe dreier fremder Raumschiffe abwehrt. Nach dem Flug durch den Korridor ist Lorians Schiff verschwunden und Archers Enterprise trifft Degra an den vereinbarten Koordinaten.

Die transdimensionalen Wesen versuchen die reptilianischen und insektoiden Xindi-Ratsmitglieder in ihrem Sinne zu beeinflussen und dadurch die Menschen davon abzuhalten, die Waffe zu zerstören. Die Enterprise trifft bei dem Planeten ein, auf dem der Rat tagt, und wird dabei von Degra sowie anderen humanoiden und arboralen Xindi eskortiert. Zuvor hat sich ein von T’Pol geleitetes Außenteam in einer Fähre zu einer Sphäre begeben, um aus deren Datenkern Informationen zu gewinnen. Im Inneren der Sphäre stößt das Team auf einen Verteidigungsmechanismus, der ein Teammitglied tötet. Vor den Rat treten Degra und Archer, begleitet von Sato als Übersetzerin, persönlich. Sie präsentieren dem Rat Beweise dafür, dass die transdimensionalen Wesen die Xindi benutzen und dass die Ausdehnung für die Xindi nicht mehr kompatibel wäre, wenn die Wesen Erfolg damit hätten, sie für sich selbst bewohnbar zu machen. Beeinflusst von den transdimensionalen Wesen, die den Reptilianern die langfristige Dominanz innerhalb der Xindi garantieren, überlistet der reptilianische Anführer Dolim seinen Kontrahenten Degra und ersticht ihn für seinen Verrat an den Xindi. Da Reptilianer und Insektoiden der Enterprise-Crew und den anderen Ratsmitgliedern nicht glauben, spalten sie sich vom Rat ab. Dolim lässt die Waffe vom Planeten starten und fliegt damit unter schwerem Beschuss durch die Allianz aus Enterprise, humanoiden und arboralen Xindi in einen Raumwirbel. Kurz vor dem Verschwinden im Wirbel lässt er Sato entführen.

Im Inneren der Waffe lässt Dolim Sato Parasiten injizieren, damit sie den Reptilianern den letzten Aktivierungscode für die Waffe entschlüsselt. Sie wehrt sich zunächst und fügt eine Verschlüsselungsebene hinzu, aber schließlich machen die Parasiten sie gefügig. – Da die Enterprise und die Raumschiffe der humanoiden und arboralen Xindi zu schwach bewaffnet sind, um die reptilianischen Schiffe zu bekämpfen, bittet Archer die Aquarianer um Hilfe. Diese lassen sich erst überzeugen, als ihnen Archer seine Hilfe bei der Deaktivierung der Sphären anbietet, wofür T’Pol und Tucker, basierend auf den neu gewonnenen Daten, mittlerweile eine Möglichkeit gefunden zu haben glauben. – T’Pol bittet Tucker um Hilfe bei der Bewältigung ihrer Emotionen. – Geschützt von hinzugekommenen aquarianischen Raumschiffen lässt Archer die Enterprise in die Nähe der Waffe fliegen, die von zahlreichen reptilianischen und insektoiden Schiffen verteidigt wird. Diese werden von der Enterprise und den mit ihr verbündeten Xindi-Raumschiffen unter schweren Beschuss genommen. Um die Waffe sowie die reptilianischen und insektoiden Schiffe zu beschützen, erzeugen die transdimensionalen Wesen eine riesige Raumanomalie. – Einem von Hayes geführten Außenteam gelingt es, Sato lebend auf die Enterprise zurückzuholen; dabei wird Hayes allerdings angeschossen, sodass er wenig später stirbt. – Reptilianische und insektoide Raumschiffe begeben sich, Kurs auf die Erde setzend, mit der Waffe in einen Raumwirbel, der ihnen zur schnelleren Beförderung dient. Während des Fluges trennt sich Dolim von den mittlerweile gegen ihn opponierenden Insektoiden. Um die Zerstörung der Erde zu verhindern, verfolgt Archer mit einem Außenteam auf Degras Schiff, das als einziges schnell genug fliegen kann, die Waffe.

Während sich die Enterprise einer Sphäre nähert, um das Sphärennetz zu zerstören, erzeugen die transdimensionalen Wesen zu deren Schutz eine riesige Raumanomalie. Während die Enterprise die Sphäre beschießt, entern einige der Wesen das Schiff und sabotieren dessen Systeme. Damit haben sie jedoch keinen Erfolg; die Sphäre und mit ihr andere Sphären werden durch den Beschuss zerstört, die von den Wesen transformierte Ausdehnung kollabiert vollständig. – Unterdessen verfolgt das Außenteam mit einigen verbündeten Xindi auf Degras Schiff die Waffe. Archer ignoriert die Bitte des Zeitreisenden Daniels, sich zur Zerstörung der Waffe nicht selbst zu opfern, weil er bei der Gründung der Föderation eine entscheidende Rolle spielen werde. Mit der Hilfe des hinzugekommenen Raumschiffs von Shran kann sich das Außenteam der Waffe nähern. Nachdem Sato trotz ihres Nerventraumas die Baupläne der Waffe entschlüsselt hat, leitet sie Archer bei der Deaktivierung des Waffenreaktors an. In einem erbitterten Duell gelingt es Archer zwar, Dolim zu töten, jedoch schafft er es scheinbar nicht, sich rechtzeitig vor der in Erdnähe erfolgenden Explosion der Waffe zurück auf Degras Schiff beamen zu lassen. Das Außenteam kehrt ohne Archer zum Treffpunkt mit der Enterprise zurück, die sodann zur Erde fliegt. Die Crew erfährt, dass der Xindi-Rat wieder zusammentritt. Nach erfolglosem Kontaktaufnahmeversuch die Erde untersuchend, wird eine Fähre mit Tucker und Mayweather an Bord beim Anflug auf San Francisco von Kampfflugzeugen beschossen. Der schwer verletzte Archer wird in einem Lazarett voller Deutscher von einem Außerirdischen in Nazi-Offiziersuniform begutachtet.

Den Nazis ist es gelungen, die Vereinigten Staaten teilweise zu erobern; 1944 halten sie die nordamerikanische Ostküste besetzt. Zu den Nazis in Amerika gehören auch einige Außerirdische, deren Anführer Vosk ist. Archer wird von einigen Widerstandskämpfern aus der Nazi-Gefangenschaft befreit und arbeitet in New York City mit ihnen zusammen. Mit ihrer Hilfe macht er einen der Nazi-Aliens ausfindig. Die Crew der im Erdorbit befindlichen Enterprise wird von Daniels aufgesucht, der sterbenskrank ist. Er berichtet, dass die von Vosk geführte Fraktion aus temporalen Agenten eine verdeckte Form des Zeitreisens erfunden hat und in der Zeit zurückgereist ist, wodurch die Zeitlinie verändert wurde. Um in seine Zeit zurückzukehren, lässt Vosk auf der Erde einen riesigen Apparat bauen. Dazu nimmt er die Hilfe der menschlichen Nazis in Anspruch und täuscht ihnen gegenüber vor, es handele sich dabei um eine Waffe, die den Nazis die arische Herrschaft sichere. Daniels fordert die Enterprise-Crew dazu auf, Vosk aufzuhalten, weil dies nur zu dieser Zeit möglich sei. Daniels’ Bemühungen werden durch den ebenfalls plötzlich auf der Enterprise erschienenen Silik torpediert, der dazu mit einer gestohlenen Fähre nach New York flieht. Bei dessen Verfolgung werden Tucker und Mayweather von den Nazis gefangen genommen. Archer beamt auf der Flucht vor den Nazis auf die Enterprise zurück.

Die Enterprise-Crew findet heraus, dass die Zeitlinie ab 1916 einen abweichenden Verlauf nahm. In dem Jahr wurde Lenin durch einen Unbekannten ermordet; die Nazis sahen Russland in der Folge nicht als Bedrohung an, sodass sie ihren Eroberungsfeldzug auf den Westen konzentrierten und schließlich auch die US-Ostküste besetzten. Vosks Ziel mit der Zeitreisetechnologie ist es, seine Spezies zu perfektionieren, indem sie die Zeit beherrscht und so die Geschichte nach ihrem eigenen Willen formen kann. Daniels will Vosk aufhalten und schickte die Enterprise dafür zurück durch die Zeit. Silik überlistet Archer und gelangt so wieder auf die Enterprise, wo er gefangen genommen wird. Da auch er Vosk bekämpft, dringt Archer mit ihm zusammen, unterstützt durch die nordamerikanischen Widerstandskämpfer, in die Anlage ein, in der Vosk den Zeitreiseapparat bauen lässt, den er alsbald zu benutzen gedenkt. Silik wird dabei getötet. Unterstützt durch die Waffenhilfe der in die Erdatmosphäre geflogenen Enterprise kann Archer zur Zerstörung des Zeitreiseapparats beitragen. Dadurch werden Vosk und seine Begleiter getötet und der Temporale Kalte Krieg beendet, zudem wird die normale Zeitlinie wiederhergestellt und die Enterprise samt Crew zurück in ihre Ursprungszeit versetzt. In der Nähe der Erde wird die Enterprise von Dutzenden Erdraumschiffen empfangen.

Die Enterprise-Crew wird anlässlich ihrer Rückkehr von der erfolgreichen Mission unter großem Beifall in San Francisco empfangen. Archer begegnet seiner Ex-Freundin Erica Hernandez, die gerade das Kommando über Columbia, das Schwesterschiff der Enterprise, übernommen hat, und unternimmt eine Klettertour mit ihr. In ihrer Gegenwart fühlt er sich an sein früheres Selbst erinnert und angesichts von Folterhandlungen und anderen ihm unangenehmen und in der Ausdehnung von ihm begangenen Taten ungerechtfertigt als Held verehrt. Durch ihren Zuspruch findet er seinen inneren Frieden wieder, und sie nehmen ihre Beziehung wieder auf. – Begleitet von Tucker besucht T’Pol ihr Zuhause und ihre Mutter auf Vulkan. Dort wird T’Pol alsbald von ihrem ehemaligen Verlobten Koss aufgesucht. Sie befolgt die vulkanischen Traditionen und heiratet ihn auf seinen Wunsch hin, damit ihre wegen der Zerstörung des Klosters P’Jem zum Rücktritt gezwungene Mutter in ihr Amt zurückkehren darf. Tucker, der T’Pol liebt, wohnt der Hochzeit dennoch bei. – Phlox sieht sich in einer Bar auf der Erde einer feindseligen Haltung von Menschen gegenüber Außerirdischen ausgesetzt und entscheidet sich deswegen gegen weitere Landgänge, die er ursprünglich unternehmen wollte.

Im Borderland, einer von Kriminalität geprägten Region an der Grenze zum klingonischen Reich, entführen sogenannte Augments ein klingonisches Raumschiff. Die Augments sind Menschen, die einst vom Wissenschaftler Dr. Soong gentechnisch verändert und für die Kampfführung in den eugenischen Kriegen optimiert wurden. Archer nimmt die Hilfe des in menschlicher Gefangenschaft lebenden Soong in Anspruch, um die Augments zur Erde zurückzuholen und zu verhindern, dass es zu einem Krieg mit den auf Vergeltung drängenden Klingonen kommt. Raakin, der Anführer der Augments, wird von seinem gegen ihn opponierenden „Bruder“ Malik getötet. Mitglieder des Orion-Syndikats entführen neun Enterprise-Besatzungsmitglieder, um sie zu versklaven. Mit Soongs Hilfe holen Archer und seine Crew die Entführten auf die Enterprise zurück. Weil Soong bei der Befreiungsaktion zu fliehen versuchte, wird Archer klar, dass er die Entführungsaktion mitgeplant hatte. Wenig später befreien Malik und seine Gefolgsleute Soong von Bord der Enterprise. Der von ihnen als Vater und Erschaffer bewunderte Soong beabsichtigt, weitere Augment-Embryonen ausbrüten zu lassen und mit ihnen eine neue Welt aufzubauen.

Soong, Malik und die anderen Augments fliegen zur Cold Station 12, einer Raumstation, auf der sich Hunderte weiterer Augment-Embryonen befinden, die Soong ausbrüten lassen will. Von Dr. Lucas, dem Leiter des dortigen Forscherteams, und seinen Kollegen versuchen Soong und Malik – auch mittels Folter – die Codes zu erpressen, die den Zugang zu den Embryonen ermöglichen. Der Spur Soongs folgend ist die Enterprise zur Station gelangt und wird bei ihrer Ankunft durch Soongs Drohung, Geiseln zu ermorden, zur Umkehr gezwungen. In letzter Minute gelingt es einem von Archer – der das Ausbrüten der Embryonen verhindern will – geführten Außenteam, sich auf die Station zu beamen. Dort wird das Team alsbald von Soongs Gefolgschaft gefangen genommen. Malik opponiert wiederholt gegen Soong. Dieser bemächtigt sich der Embryonen, nachdem beide Lucas mit dessen Freund Phlox erpresst haben und an die Codes gelangt sind. Als sich Soong von der Station entfernt, wird das Außenteam durch Malik auf der Station eingesperrt und droht durch tödliche Erreger zu sterben, die in fünf Minuten freigesetzt werden.

Durch selbstlosen Einsatz verhindert Archer, dass das Außenteam und die Wissenschaftler auf der Cold Station 12 durch die Krankheitserreger sterben. Soong ist mit den Augments unterwegs zu zwei abgelegenen Planeten, um dort die Augment-Embryonen geschützt reifen zu lassen. Nachdem Malik erfahren hat, dass Soong das Genom der Embryonen ändert, um sie weniger aggressiv zu machen, sieht er die Natur der Augments gefährdet und übernimmt mit den anderen Augments das Kommando über ihr Raumschiff. Mit diesem fliegt er zu einem klingonischen Planeten, dessen Bevölkerung er mit aus Sternenflottenbeständen stammenden Toxinen töten will, um die Sternenflotte in einen Krieg gegen die Klingonen zu zwingen und davon abzulenken, die Augments gefangenzunehmen. Maliks Geliebte Persis, die mittlerweile gegen ihn opponiert, ermöglicht Soongs Flucht von Bord des Schiffes und wird deshalb von Malik getötet. In seiner Rettungskapsel durch die Enterprise-Crew aufgegriffen, kann Soong Archer davon überzeugen, ihm zu erlauben, der Crew beim Vereiteln von Maliks Plan zu helfen. Dies gelingt den Verbündeten in letzter Sekunde, ehe Malik, um seine Gefangennahme zu verhindern, die Selbstzerstörung seines Raumschiffs auslöst. Im selben Moment beamt er sich auf die Enterprise, um Soong zu töten, wird aber stattdessen von Archer erschossen. Soong setzt in Sternenflotten-Gefangenschaft seine Forschungen fort und will sich dabei auf künstliches Leben konzentrieren.

Bei einem Bombenanschlag auf die Botschaft der Erde auf Vulkan sterben 12 Vulkanier, Admiral Forrest, der dabei dem vulkanischen Botschafter Soval das Leben rettet, und 30 weitere Menschen. Das vulkanische Oberkommando verdächtigt die Syrranniten und ermittelt gleichzeitig mit Archer und dessen Crew. Die Syrranniten sind vulkanische Anhänger der wahren Lehre von Surak, einem vulkanischen Vordenker, der vor 1800 Jahren lebte. T’Pol wird von ihrem Ehemann Koss informiert, dass ihre Mutter, ebenfalls Syrrannitin, untergetaucht ist, um ihrer Verhaftung zu entgehen. Sie hat eine Spur hinterlassen, der T’Pol folgen soll. Weil die Spur wahrscheinlich auch zu T’Pau führt, der möglichen Attentäterin, beschreitet T’Pol mit Archer Suraks Pilgerpfad auf Vulkan. Unterwegs treffen sie den Vulkanier Arev, der Archer vor seinem blitzschlagbedingten Tod in einer Gedankenverschmelzung einen entscheidenden Hinweis auf den Aufenthaltsort der Syrranniten gibt, eine Höhle. Dort angelangt, werden Archer und T’Pol mit Waffen bedroht. – Auf der Enterprise haben Phlox und Tucker indes Beweise für eine mögliche Verschwörung in der vulkanischen Regierung gefunden. Weil Soval ihnen beim Erlangen dieser Beweise auch mit einer – im Übrigen als Beweismittel unzulässigen – Gedankenverschmelzung half, wird er vom Regierungschef V’Las beschuldigt, Schande über sein Volk gebracht zu haben.

Archer und T’Pol finden sich in der Gewalt der Syrranniten wieder, zu denen T’Pols Mutter ihnen eine Spur hinterließ, und erfahren, dass Arev eigentlich Syrran hieß und Anführer der Syrranniten war. Kurz vor seinem Tod transferierte er Suraks Katra, d. h. dessen Geist, in Archer. Dadurch erscheint Archer Surak, der ihn dazu auffordert, die Vulkanier zurück auf den rechten Weg der Gewaltlosigkeit zu bringen und dazu ein Artefakt namens Kir’Shara zu suchen. Nachdem es gefunden ist, wird der Aufenthaltsort der Syrranniten in V’Las’ Auftrag bombardiert. Beim Bombardement stirbt T’Pols Mutter. Die Schuld für den Bombenanschlag auf die Botschaft der Erde auf Vulkan weist V’Las den Syrranniten zu, obwohl er selbst dafür verantwortlich ist. Da Soval dies herausgefunden hat und V’Las ihn als Bedrohung empfindet, wird Soval von V’Las seines Amtes enthoben. Soval unterstützt die Enterprise-Crew und enthüllt schließlich gegenüber Tucker, dass V’Las die Syrranniten vernichten will, weil sie als Pazifisten gegen jede Gewaltanwendung opponieren. V’Las plant aber in Kürze einen so genannten Präventivschlag gegen Andoria durchzuführen, angeblich weil er Vulkan durch eine auf Xindi-Technologie basierende, andorianische Waffe bedroht sieht. Da der „Präventivschlag“ auch eine Gefahr für die Erde darstellt, bricht Tucker mit der Enterprise nach Andoria auf, um ihn zu verhindern.

Um die Andorianer von V’Las’ Angriffsabsichten zu unterrichten, suchen Tucker und Soval Shran auf. Der ist misstrauisch und hält eine List für möglich. Um sich der Wahrheit von Sovals Angaben über den Aufenthaltsort der vulkanischen Flotte zu versichern, entführt er diesen und foltert ihn. Unterdessen sind Archer, T’Pol und T’Pau unterwegs in die vulkanische Hauptstadt, um das Kir’Shara dorthin zu bringen. Dieses gilt seit langem als verschollen und enthält die einzigen Aufzeichnungen von Suraks wahren Lehren. Mit einer Gedankenverschmelzung heilt T’Pau T’Pols Pa’nar-Syndrom. Unterwegs werden sie von V’Las’ Anhängern überfallen, die T’Pol entführen. V’Las lässt vulkanische Schiffe die andorianische Flotte und die Enterprise angreifen. Archer und T’Pau gelingt es mit Koss’ Hilfe, bis in das Oberkommando vorzudringen. Vor anderen Regierungsvertretern enthüllen sie, dass V’Las der Bombenanschlag als Vorwand dazu diente, sicherzustellen, dass die Syrranniten das Kir’Shara nie finden. Daraufhin stellen sich die anderen Regierungsvertreter gegen V’Las, lassen den Angriff auf Andorianer und Enterprise abbrechen und V’Las aus seinem Amt entfernen. Ein Vulkanier übernimmt Suraks Katra von Archer. Da Koss weiß, dass T’Pol ihn nur geheiratet hat, um ihrer Mutter wieder zu ihrem Amt zu verhelfen, die nun nicht mehr lebt, löst er die Ehe auf. V’Las trifft sich schließlich mit einem Romulaner, in dessen Auftrag er bezüglich der Syrranniten und im Rahmen eines romulanischen Plans handelte, der die romulanisch-vulkanische Wiedervereinigung beinhaltet.

Der Wissenschaftler Emory Erickson, ein alter Freund der Familie Archer, kommt mit seiner Tochter Danica an Bord der Enterprise, vorgeblich für ein Experiment zum Testen seiner Erfindung, bei der es sich um das Beamen über besonders lange Distanz handelt. Alsbald findet die Crew aber heraus, dass das Experiment Emory nur als Vorwand zum Verschleiern seiner wahren Absicht dient, seinen vor 15 Jahren bei einem Beam-Experiment verlorenen Sohn Quinn zurückzuholen. Weil bei Emorys Versuchen auf der Enterprise auch ein Crewmitglied stirbt, ist vor allem Tucker nicht mit Archers Entscheidung einverstanden, Emory die nur noch jetzt bestehende Möglichkeit zu gewähren, seinen Sohn zurückzuholen. Zwar gelingt es schließlich, Quinn auf der Enterprise zu rematerialisieren, aber wegen Energiemangels beim Beamen und dadurch eingetretenen zellulären Verfalls stirbt er kurz darauf. – Phlox diagnostiziert, dass T’Pol nun nicht mehr am Pa’nar-Syndrom leidet.

Sato und Tucker sind von einer Außenmission auf einem Planeten zurückgekehrt und befinden sich, weil sie mit einem gefährlichen Erreger infiziert sind, in einer Dekontaminationskammer und unter Quarantäne. Es wird deutlich, dass die Körper von Reed und Mayweather von Vertretern einer körperlosen Spezies namens Organier bewohnt werden. Diese wollen die Reaktionen der Menschen auf das Unerwartete zu dem Zweck studieren, eines Tages mit den Menschen einen ersten Kontakt herzustellen. Vorübergehend werden auch Phlox, T’Pol und Archer durch die Wesen bewohnt. Nachdem sich Sato und Tucker, als menschliche Körper offensichtlich an den Erregern gestorben, als von den Organiern bewohnt zu erkennen gegeben haben, versucht Archer ihnen klarzumachen, dass es für das Erforschen der Menschen nicht ausreiche, diese lediglich zu beobachten, weil so nicht die viel wichtigere Notwendigkeit erkannt werde, Mitgefühl zu erfahren. Die Organier machen alle Auswirkungen des Erregers rückgängig und löschen Archers Gedächtnis. Damit andere Raumfahrer nicht ebenfalls infiziert werden, lässt Archer in der Nähe des Planeten eine Warnboje aussetzen. Reeds und Mayweathers Körper werden ein letztes Mal von den Organiern bewohnt, die nun einen zukünftigen ersten Kontakt für realistisch halten.

Die Enterprise befördert einige Tellariten zu dem neutralen Planeten Babel, wo Botschafter der Erde einen lange währenden Streit zwischen Tellariten und Andorianern schlichten wollen. Der Kurs führt die Enterprise durch andorianisches Territorium. Darin rettet sie Shran und weitere 19 Besatzungsmitglieder, die von Shrans Raumschiff geflohen waren, ehe dieses mit über 60 weiteren Crewmitgliedern infolge von scheinbar tellaritischem Beschuss vernichtet wurde. Alsbald wird die Enterprise von einem scheinbar andorianischen Schiff beschossen, das schließlich flieht. T’Pol entdeckt Hinweise darauf, dass es sich um ein und denselben Angreifer handelt. Archer lässt ihn verfolgen und findet das Schiff, das offenbar über ein Tarnsystem verfügt, mit dem sich fremde Technologie simulieren lässt. Nachdem Reed und Tucker an Bord gebeamt sind, greift das ferngesteuerte Schiff die Enterprise an, die flieht. Die Enterprise-Crew kann nur vermuten, dass Romulaner das feindliche Schiff kontrollieren. – In dem Glauben, die Tellariten seien die wahren Angreifer, will Shran den tellaritischen Botschafter Gral ermorden. Zwar hält ihn Archer in letzter Sekunde davon ab, jedoch werden Gral und Shrans Geliebte Talas in der vorübergehend eskalierenden Situation verletzt.

Das romulanische Raumschiff ist ein Prototyp, der ferngesteuert und im Auftrag der romulanischen Regierung getestet wird. Dazu simulieren die Romulaner mit dem Schiff die Enterprise und lassen es ein rigelianisches Schiff zerstören, wodurch von rigelianischer Seite Forderungen nach Archers Verhaftung laut werden. Tucker und Reed gelingt es unter Lebensgefahr und trotz romulanischen Widerstands, die Fernsteuerungsfunktion des prototypischen Schiffs vorübergehend außer Kraft zu setzen. Derweil versucht Archer auf der Enterprise, das Vertrauen der Andorianer und der Tellariten zu dem Zweck zu gewinnen, zusammen mit den Vulkaniern und den Menschen eine Allianz gegen die romulanische Bedrohung zu schmieden. Shran sagt seine Unterstützung zu, stellt die Allianz aber – getrieben von tiefer Rachsucht wegen des Todes seiner Crewkameraden und Talas, die ihren Verletzungen mittlerweile erlegen ist – wieder in Frage, indem er Gral zu einem Duell auf Leben und Tod herausfordert. Archer begibt sich als Stellvertreter Grals in den Kampf und schafft es deshalb, den Tod Shrans durch geschicktes Ausnutzen der Kampfregeln zu verhindern. Dadurch kommt die Allianz schließlich zustande. Eine Raumschiffflotte der Allianz schlägt das romulanische Schiff in die Flucht, von dem zuvor Tucker und Reed auf die Enterprise gebeamt werden konnten.

Der Einsatz des prototypischen, ferngesteuerten Raumschiffs ist Teil eines romulanischen Vorhabens, Differenzen zwischen Andorianern und Tellariten zu verursachen. Weil die Menschen den Widerstand gegen die romulanische Bedrohung organisieren, schickt die romulanische Regierung nun zwei derartige Raumschiffe gegen die Enterprise aus. Sie werden mittels einer Telepräsenz-Einheit durch einen Aenar gesteuert, den die Romulaner wegen dessen telepathischer Fähigkeit dazu ausnutzen. Die Aenar sind eine friedliebende, weißhäutige, blinde, zurückgezogen lebende und telepathisch begabte Subspezies der Andorianer. Um mehr über die Beweggründe des Aenar zu erfahren, der für die Romulaner tätig ist, begeben sich Archer und Shran in die Heimat der Aenar, ein Eishöhlensystem auf Andoria. Von dort kehren sie mit Jhamel zurück, der Schwester des einst spurlos verschwundenen Aenars Gareb, der die Fernsteuerung bedient. Jhamel kann die Telepräsenz-Einheit bedienen, die die Enterprise-Crew unter Nutzung der von Tucker und Reed gewonnenen Erkenntnisse mittlerweile nachgebaut hat. Nach einem gescheiterten Verwendungsversuch schafft sie es, Gareb zu kontaktieren, der eines der romulanischen Schiffe das andere zerstören lässt; die Enterprise zerstört das zweite. Die Romulaner töten Gareb. – Archer akzeptiert widerwillig Tuckers Versetzungsgesuch auf die Columbia, das Schwesterschiff der Enterprise. Tucker hat sich sehr um T’Pol gesorgt, die unter hohem persönlichem Risiko die Telepräsenz-Einheit getestet hat, und möchte lieber auf einem Schiff dienen, auf dem er für niemanden starke Gefühle hegt.

Während die Enterprise anlässlich der Fertigstellung ihres Schwesterschiffes Columbia bei der Erde ist und Tucker seinen Posten auf dem neuen Schiff antritt, lassen Klingonen Phlox zu einer ihrer Kolonien entführen. Er wird dort unter Androhung seiner Ermordung dazu gezwungen, ihnen beim Erschaffen eines Mittels gegen eine Seuche zu helfen, die einen Teil der Klingonen in der Kolonie befallen hat. Die Seuche existiert, weil ein klingonisches Experiment mit Augment-Embyronen gescheitert ist, und droht alle Klingonen zu töten. Einige der bei diesem Experiment geschaffenen Augments entern kurzzeitig die Enterprise und sabotieren dabei deren Computer so, dass er von einem klingonischen Unterprogramm infiltriert wird, durch das die Enterprise dazu gezwungen ist, ihr Flugtempo bis zum Äußersten zu erhöhen, um keinen Schaden zu nehmen. Reed ist unterdessen für die geheime Sternenflottenorganisation Sektion 31 tätig und behindert die Verfolgung von Phlox’ Spur durch das Verschweigen von Informationen. Nachdem die Crew sein doppeltes Spiel entdeckt hat, wird er von Archer suspendiert und unter Arrest gestellt.

Phlox wird dazu gezwungen, zum Stoppen der Seuche die unvollkommenen klingonischen Augments zu perfektionieren. Insgeheim arbeitet er jedoch an einem Antivirus. Die Enterprise holt sich die Hilfe der Columbia und Tuckers, um ihren Warpkernbruch zu verhindern; die klingonischen Subroutinen können dadurch aus dem Computer gelöscht werden. Archer spricht mit Harris, Reeds Kontakt bei der Sektion 31, und zweifelt an dessen Aussage, der zufolge es der Sektion um die Stabilisierung des klingonischen Reiches gehe. Reed nennt, geplagt von Gewissensbissen, Archer die Koordinaten der klingonischen Kolonie, sodass die Enterprise dorthin fliegt. Es stellt sich heraus, dass Harris mit einem klingonischen General kooperiert, der die Kolonie zum Verhindern der Ausbreitung der Seuche zerstören möchte. Die Enterprise kann, unterstützt durch die Columbia, aber den klingonischen Beschuss der Ziele stoppen. Phlox gelingt es trotz des Beschusses, den Antivirus herzustellen. Damit werden die infizierten Klingonen geheilt. Tucker bleibt vorerst auf der Enterprise, um bei den Reparaturen zu helfen.

Vorgeblich zur Verbesserung der Beziehungen zwischen der Sternenflotte und dem Orion-Syndikat verkauft das Syndikatsmitglied Harrad-Sar die Koordinaten eines Planeten mit umfangreichen Rohstoffvorkommen an Archer und schenkt ihm dazu noch drei attraktive Frauen. Während die Enterprise zwecks Prüfung der Koordinaten zum Planeten unterwegs ist, verführen die Frauen zunehmend die männlichen Crewmitglieder und instrumentalisieren Kelby, den vor Tuckers Rückkehr leitenden Ingenieur. Mit seiner Hilfe sabotieren sie den Warpantrieb, sodass dieser ausfällt und der baldige Angriff Harrad-Sars droht. Phlox diagnostiziert, dass ein Pheromon der Frauen bei den Männern zu einer starken Erhöhung des Adrenalinspiegels führt und diese dadurch wahnsinnig und draufgängerisch werden, während die weiblichen Besatzungsmitglieder Kopfschmerzen bekommen und antriebslos werden. Tucker wegen seiner Beziehung zu T’Pol und diese wegen ihrer vulkanischen Spezieszugehörigkeit sind nicht von der körperlichen Veränderung betroffen. So können sie die Bemühungen Harrad-Sars und der Frauen stoppen, die Enterprise zu Orion-Marodeuren zu schleppen, die Archer nach dem Leben trachten. Die Frauen verlassen das Schiff. – Als T’Pol Tucker mit einem Kuss zu überreden versucht, auf der Enterprise zu bleiben, verrät der, dass er seine Rückversetzung von der Columbia schon beantragt hat.

Beim ersten Kontakt der Menschen mit den Vulkaniern 2063 überfallen Cochrane und seine Anhänger die Vulkanier, sodass die Geschichte einen abweichenden, kriegerischeren Verlauf nimmt. Im 22. Jahrhundert möchte sich Archer mit der Crew der Enterprise tholianische Technologie aneignen. Weil der Enterprise-Captain Forrest anderer Meinung ist, zettelt Archer als erster Offizier eine Meuterei gegen ihn an, in deren Folge er das Kommando übernimmt. Durch das Foltern eines gefangen genommenen Tholianers gewinnt er die Koordinaten des Standortes eines in tholianischer Hand befindlichen Schiffes, das aus einem Paralleluniversum stammt. Dorthin unterwegs, befreit ein von T’Pol geführtes Team Forrest aus dem Gefängnis; Forrest übernimmt wieder das Kommando. Nachdem Forrest vom Sternenflottenkommando erfahren hat, dass dieses Archers Plan unterstützt, stellt er Archer wieder als seinen ersten Offizier ein. Die Enterprise trifft bei der Raumstation ein, die sich an den genannten Koordinaten befindet. Während ein von Archer geführtes Außenteam das daran angedockte Raumschiff untersucht, bei dem es sich um die ca. 100 Jahre aus der Zukunft und dem Paralleluniversum stammende USS Defiant handelt, wird die Enterprise von Tholianern in einem Gitternetz gefangen genommen, beschossen und mit Forrest an Bord zerstört.

Archer lässt die Defiant aus der Raumstation fliegen und Kurs zur Angriffsflotte des Imperiums setzen, um diese im Krieg gegen die Rebellen zu unterstützen. Die Crew gelangt nach einem Katz-und-Maus-Spiel im Defiant-Inneren wieder an die von einem feindlichen Reptil gestohlenen Plasmaregler. Weil Archer ehrgeizig ist und die Führer des Imperiums für korrupt und zu schwach im Kampf gegen die Rebellen hält, beansprucht er die Rolle des Imperators für sich. Zudem will er das Imperium von fremden Spezies säubern und vernichtet dazu andorianische, tellaritische und vulkanische Rebellenschiffe. Er tötet Admiral Black, der das Sternenflottenschiff Avenger kommandiert hat und ihm die Defiant nehmen wollte. T’Pol führt einen Aufstand der vom Imperium unterdrückten Spezies zusammen mit dem Vulkanier Soval und später auch Phlox an. Dazu retten sie sich auf die Avenger. Nachdem T’Pol daraufhin durch Archers Gefolgschaft verhaftet wurde, lässt dieser die Avenger zerstören. Während des Weiterfluges der Defiant wird Archer durch seine Geliebte Sato ermordet, die sich sodann zur neuen Imperatorin erklärt.

Die Enterprise-Führungsoffiziere wohnen in San Francisco der Bekanntgabe der Absicht von Menschen, Vulkaniern, Tellariten und Andorianern bei, eine interplanetare Koalition zu bilden. Plötzlich stürzt eine Frau namens Susan Khouri herein und übergibt kurz vor ihrem Tod T’Pol eine Ampulle mit einem Haar, das von einem bislang unbekannten Baby T’Pols und Tuckers stammt. Einem Tipp der Sektion 31 folgend, verfolgt die Enterprise-Crew die Spur des Kindes zurück bis zu der auf dem Mond gelegenen Bergbaustation Orpheus, die zugleich Hauptquartier der isolationistischen, fremdenfeindlichen Menschengruppierung Terra Prime ist. Von dort war Khouri kürzlich geflohen, nachdem sie entgegen der Absicht des Terra-Prime-Anführers Paxton Gefühle für das Baby entwickelt hatte. T’Pol und Tucker lassen sich in die Station einschleusen und geraten dort in die Gefangenschaft Paxtons. In ihrem Beisein lässt er die Station vom Mond bis auf den Mars fliegen und die dortige Verteron-Phalanx einnehmen. Mit der Gewalt über die Phalanx verkündet er seine Forderung, dass alle nichtmenschlichen Wesen das Sonnensystem verlassen. – Auf der Enterprise konfrontiert Archer die vorgeblich als Journalistin tätige Gannet Brooks, die eine frühere Beziehung mit Mayweather wieder aufgenommen hat, mit dem Vorwurf, Terra-Prime-Spionin zu sein.

In seinem Rundruf präsentiert Paxton das Hybrid-Baby als Beispiel für die von ihm abgelehnte „Mischung“ der menschlichen Rasse mit außerirdischen Rassen; damit spricht er sich auch gegen die angestrebte Koalition der Planeten aus. Das Kind hatte Paxton in seiner Klinik einst klonen lassen. Ein von Archer geführtes Außenteam der Enterprise begibt sich mit einer Fähre im Schutz des Schweifs eines Kometen auf den Mars und gelangt in die Verteron-Phalanx, die Paxton nach Ablauf seines Ultimatums zur Zerstörung des Sternenflottenhauptquartiers einzusetzen plant. Zwar schafft es das Team mit Tuckers Hilfe, Paxton zu überwältigen, jedoch kann dieser den Beschuss starten. Tucker hat die Zieleinrichtung allerdings noch geringfügig stören können, so dass der Beschuss den Pazifik vor San Francisco trifft und keinen Schaden anrichtet. Durch diese Ereignisse wird die Konferenz zur Schaffung der interplanetaren Koalition zunächst auf unbestimmte Zeit verschoben, aber nach einer mitreißenden Rede Archers wieder aufgenommen. – Wegen eines technischen Fehlers beim Klonen stirbt T’Pols und Tuckers Baby. – Es stellt sich heraus, dass Brooks keine Spionin ist, sondern dem Geheimdienst der Sternenflotte angehört. Ein Enterprise-Fähnrich hatte im Auftrag Terra Primes die Fähre des Außenteams sabotiert. Nach seiner Enttarnung tötet er sich selbst.

Etwa im Jahr 2370 lässt Commander Riker auf der Enterprise D ein Holodeckprogramm ablaufen, das die letzte Reise der Enterprise NX-01 zeigt. Das Programm dient Riker im Rahmen einer Konsultation bei Troi zur Entscheidungsfindung, ob er Captain Picard über den von Sternenflottenmitgliedern einst vertuschten Tod von 71 Crewmitgliedern des Raumschiffs Pegasus informieren sollte. Im Jahr 2161 ist die Enterprise unter Captain Archer unterwegs zur Erde, wo er bei der Gründungszeremonie der Vereinten Föderation der Planeten als wichtiger Redner vorgesehen ist. Archer kann dem mittlerweile als kriminell geltenden Shran die Erfüllung eines Gefallens nicht verwehren, der die Rettung seiner entführten jungen Tochter beinhaltet. Ein Außenteam um Shran und Archer rettet die Tochter aus der Hand der Entführer, jedoch betrügt Shran die Entführer, indem er mit einem gefälschten Edelstein bezahlt. Nachdem das Außenteam zur Enterprise NX-01 zurückgekehrt ist, entern die einstigen Entführer das Schiff, um sich an Shran zu rächen. Tucker vereitelt den Racheakt, indem er eine Explosion auslöst, die die Enterer und ihn selbst tötet. Damit verhindert er auch, dass Archer von den Enterern getötet wird, damit dieser wie geplant an der Zeremonie teilnehmen kann. Archer hält schließlich seine Rede und Riker entscheidet sich dafür, Picard zu informieren.