Star Trek: Voyager

Das Föderationsraumschiff USS Voyager ist in den Badlands, im Grenzbereich zwischen der Föderation und der Cardassianischen Union, auf der Suche nach einem Raumschiff der Widerstandsgruppe Maquis. Hier werden beide Raumschiffe von einem Wesen, welches sich selbst als der Fürsorger bezeichnet, in nur wenigen Sekunden in den 70.000 Lichtjahre entfernten Delta-Quadranten entführt. Beide Crews werden dort auf dessen Phalanx teleportiert und nach medizinischen Untersuchungen wieder auf ihre Raumschiffe gebracht. Der Fürsorger hat allerdings keine Zeit, sie auch wieder in den Alpha-Quadranten zu bringen, denn er liegt im Sterben und versucht mit letzter Kraft das Volk der Ocampa mit der für deren Überleben unter der Planetenoberfläche notwendigen Energie zu versorgen. Das Wesen will verhindern, dass nach seinem Tod die Phalanx in die Hände der Völker im Delta-Quadranten fällt, und versucht deren Selbstzerstörung. Als diese aufgrund von technischen Problemen nicht gelingt, beschließen Janeway und Chakotay, der Kommandeur des Maquis-Schiffs, die Phalanx zu zerstören, um so den Ocampa weiter den Schutz vor ihren Feinden zu garantieren. Weil es nötig war, das Raumschiff der Maquis zu opfern, beschließen Janeway und Chakotay an Bord der Voyager eine gemeinsame Crew zu führen und machen sich nun gemeinsam auf den Rückweg in den Alpha-Quadranten. Janeway bleibt Captain und Chakotay wird ihr erster Offizier. Der Talaxianer Neelix und seine Ocampa-Freundin Kes, die der Besatzung im fremden Gebiet hilfreich zu Seite standen, bitten die Voyager auf ihrer Reise begleiten zu dürfen; Neelix bietet seine Dienste als Schiffskoch an. Tom Paris, der eigentlich kein Sternenflottenmitglied ist, wird Pilot der Voyager.

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Commander Chakotay schlägt Lieutenant Torres, eine ehemalige Maquis, als Chefingenieurin der Voyager vor. Captain Janeway ist zuerst skeptisch, denn Torres hat die Akademie ohne Abschluss verlassen und hatte eine körperliche Auseinandersetzung mit Lieutenant Carey, dem ranghöchsten Offizier im Maschinenraum. Nachdem Torres aber einen entscheidenden Beitrag zum Entkommen aus einer Quantensingularität geleistet hat, befördert Janeway sie zur Chefingenieurin. Außerdem wird der Doktor leitender medizinischer Offizier und Lieutenant Paris sein Sanitäter. Kes bekommt den Auftrag, einen hydroponischen Garten anzulegen, den sie selbst vorgeschlagen hat.

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Die Voyager entdeckt einen Planeten, der vor kurzem Schauplatz einer entsetzlichen Katastrophe wurde. Während Untersuchungen gelangen Janeway und Paris durch Subraumspalten zurück in die Zeit vor der Katastrophe und erkennen hier, dass es möglich ist, die Ereignisse zu verhindern. Die Crew der Voyager unternimmt unterdessen eine Rettungsaktion und versucht sich in den Subraum zu schneiden. Janeway begreift, dass diese Aktion die Katastrophe in der Vergangenheit überhaupt erst verursachte, und verhindert diese, was die Zeitlinie wieder herstellt und damit die Katastrophe ungeschehen macht.

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Als die Dilithium-Reserven zur Neige gehen, folgt Janeway Neelix’ Rat und steuert einen Planeten an, der ein großes Vorkommen an Dilithium verspricht. Als das auf den Planeten transportierte Außenteam fremden Außerirdischen begegnet, kommandiert Chakotay sie zurück auf die Voyager. Nach einem Treffer durch eine hochentwickelte Waffe der Fremden wurden Neelix jedoch die Lungen entfernt. Um ihn zu retten, muss das medizinisch-holografische Notfallprogramm, kurz MHN, seine Lungen durch eine holografische Simulation ersetzen. Die Crew macht sich unterdessen auf die Suche nach dem Fremden. Als sie die zum Volk der Vidiianer gehörenden Angreifer finden, erklären diese, dass Neelix’ Lungen bereits in einen ihrer Körper transplantiert wurden. Janeway will nicht das Leben von Neelix gegen das Leben des Fremden eintauschen und will die beiden gehen lassen. Weil die Vidiianer jedoch medizinisch hoch entwickelt sind, helfen sie dem Doktor einen Lungenflügel von Kes gentechnisch so zu verändern, dass er als Transplantat für Neelix geeignet ist. Kes wird medizinische Assistentin – als Hilfskraft oder Ersatz für Tom Paris.

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Weil die Energiereserven der Voyager fast erschöpft sind, begibt sich die Crew in einen Nebel, von dem sie glaubt, er könne als Energiequelle nutzbar sein. Als die Mannschaft erkennt, dass es sich bei dem Nebel in Wahrheit um eine Lebensform handelt, versuchen sie die Schäden, die sie verursacht haben, zu beheben und entkommen aus der Kreatur.

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Fähnrich Kim entdeckt ein Wurmloch, das in den Alpha-Quadranten führt, aber zu klein für die Voyager ist. Über eine Sonde nimmt Captain Janeway Kontakt mit einem romulanischen Wissenschaftler am anderen Ende auf, der sich schließlich bereiterklärt, sich testweise hinüberbeamen zu lassen. Es gelingt, aber Lieutenant Tuvok fällt auf, dass der Gast aus dem Jahr 2351 stammt, das 20 Jahre zurückliegt. Wenn die Voyager-Crew durch das Wurmloch in den Alpha-Quadranten gebeamt würde, würde sich also die Geschichte ändern; ebenso, wenn der Wissenschaftler in 20 Jahren die Sternenflotte davor warnen würde, die Voyager in die Badlands zu schicken. Folglich wird er nur mit der Bitte zurückgebeamt, 20 Jahre später persönliche Botschaften der Voyager-Crew an die Sternenflotte weiterzuleiten. Danach weist Tuvok darauf hin, dass der Wissenschaftler laut Datenbanken vor vier Jahren starb; es ist also ungewiss, ob er seinen Auftrag ausführen konnte.

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Tom Paris wird nach einem Besuch des Planeten Banea von den Strafverfolgungsbehörden der Baneaner zu Unrecht für einen Mord verurteilt und muss zur Strafe alle 14 Stunden das Verbrechen durch die Augen des Opfers erleben. Tuvok führt eine Gedankenverschmelzung mit Paris durch und kann beweisen, dass dieser Opfer einer Verschwörung von Spionen der Numiri wurde, einer Rasse, mit der die Baneaner Krieg führen, und man die letzten Gedanken des Ermordeten manipuliert hat, um in den zur Strafe in Paris’ Erinnerung implantierten Gedanken Informationen vom Planeten zu schmuggeln.

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Durch einen Sensorscan entdeckt die Voyager in einer Gruppe von Asteroiden ein scheinbar bisher unentdecktes chemisches Element. Weil einige der Asteroiden eine Klasse-M-Umgebung haben, werden Chakotay, Harry Kim und B’Elanna Torres hinunter gebeamt, um einen zu untersuchen. Das Außenteam entdeckt das Gräberfeld einer unbekannten Kultur, und Chakotay besteht auf einem respektvollen Umgang mit den Leichnamen und untersucht die Körper und deren spinnwebenartige Umhüllung ohne technische Hilfsmittel. Das unbekannte neue Element scheint ein Nebenprodukt des Zersetzungsprozesses der Toten zu sein. Plötzlich taucht eine Subraumvakuole auf, eine Blase im Subraum, die zwei Orte des Normalraums miteinander verbinden kann. Das Außenteam wird daher zum Schiff zurück gebeamt, allerdings erscheinen nur Chakotay, Torres und eine der eben erst Verstorbenen des Asteroiden auf der Transporterplattform. Der Doktor kann die Tote wiederbeleben, aber Harry Kim bleibt verschwunden. Dieser wurde während des Beamens durch eine Subraumvakuole gezogen und erwacht in einem Sarg (mit Tötungsvorrichtung). Es gelingt ihm durch dieses regelmäßige natürliche Phänomen wieder auf den Asteroiden zurückzukehren, indem er mit dem Nächsten, der in den Tod schreiten soll, die Plätze tauscht. Dieser kommt bei Verwandten in den Bergen unter.

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Das für seine Gastfreundschaft bekannte Volk der Sikarianer bietet der Voyager an, einige Zeit auf ihrem Planeten Landurlaub zu machen. Harry Kim lernt eine Frau kennen, die ihm Alastria zeigt, einen Ort, den sie mit einer speziellen Transportertechnologie erreichen. Harry erkennt, dass sie hierbei in nur wenigen Sekunden zu einem 40.000 Lichtjahre von Sikaria entfernten Planeten transportiert wurden. Als Harry Captain Janeway hiervon berichtet und das Magistratsmitglied Gathorel Labin gefragt wird, ob sie der Voyager helfen können, ihre Reise zurück in den Alpha-Quadranten zu verkürzen, muss dieser das aufgrund von sikarianischen Gesetzen ablehnen, die ihm verbieten, Technologie mit fremden Spezies zu teilen. Weil auch Janeway entsprechend der obersten Direktive handeln muss, akzeptiert sie dessen Entscheidung. Andere Besatzungsmitglieder der Voyager wollen diese Möglichkeit jedoch nicht ungenutzt lassen, und auch einige der Sikarianer halten ihre eigenen Gesetze für überholt und bieten Harry die Transportertechnologie im Tausch gegen die Schiffsliteratur der Voyager. Als Janeway dem Magistrat diesen Tausch als Alternative anbietet und dieser nochmals ablehnt, erkennt sie, dass der Magistrat die Besatzung der Voyager nur zu seinem eigenen Vergnügen festzuhalten versucht. Janeway will abreisen, aber Torres und einige andere Crewmitglieder planen ohne die Zustimmung des Captain den Tausch mit den Sikarianern vorzunehmen. Dieses Geschäft wird von Tuvok ausgeführt, der damit Janeway ein moralisches Dilemma ersparen möchte und dies daher ohne ihr Wissen tut. Die Technologie funktioniert jedoch nicht wie geplant, und die Voyager wird bei einem versuchten Einsatz fast zerstört.

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Ein Kazon-Nistrim-Schiff sendet ein Notsignal. Ein Voyager-Außenteam stellt fest, dass eine Explosion stattfand, als die Kazon versuchten, ein Föderations-Gerät in ihr Schiff einzubauen. Die Hardware kann zunächst nicht geborgen werden. Der einzige Überlebende wird auf die Voyager gebeamt. Bei der Suche nach kompatiblen Blutspendern bemerkt Kes, dass von Seska keine Blutprobe vorliegt. Diese sagt, ihr Blut sei bei einer Kinderkrankheit infiziert worden und damit unbrauchbar. Sie gibt aber eine Blutprobe ab. Die Verdächtigen für die Weitergabe der Föderations-Hardware an die Kazon sind Seska, die bei einer Außenmission Gelegenheit dazu gehabt hätte, und Carey, von dessen Station im Maschinenraum ein Signal gesendet wurde. Seska beamt unerlaubt auf das Kazon-Schiff, um das Gerät zu bergen, wird aber bei einer Explosion verletzt. Der Erste Maj Cullah der Kazon-Nistrim besucht den überlebenden Kazon und lässt ihn umbringen. Nachdem das Föderations-Gerät geborgen wurde, identifiziert Torres es als Nahrungsreplikator aus Voyager-Material. Inzwischen haben der Doktor und Kes Seskas Blut analysiert. Ihre Schlussfolgerungen: Seska ist keine Bajoranerin, sondern wahrscheinlich Cardassianerin. Sie erklärt dieses Ergebnis mit einer Knochenmarkstransplantation, die sie von einer Cardassianerin erhalten habe. Chakotay sagt ihr, es werde zur Zeit ermittelt, woher genau die Replikator-Bauteile stammen. Tuvok gibt Carey dieselbe Information. In die Inventar-Datenbank wird daraufhin Seskas Sicherheitscode eingetragen. Der Zugriff erfolgte von der Krankenstation aus, wo Seska liegt. Außerdem sagt der Doktor, eine Knochenmarkstransplantation könne ihre Blutanomalie nicht erklären. Seska ist überführt und begründet ihren Verrat mit der Notwendigkeit, die Gesetze der Föderation zu brechen, um einen Weg in den Alpha-Quadranten zu finden. Sie meint, die Kazon-Nistrim seien mögliche Verbündete. Dann beamt sie sich auf ein Kazon-Schiff.

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Janeway und Torres beamen Proben eines Protosterns an Bord. Kim soll bei der Analyse helfen, aber er ist in einem Beowulf-Holoroman verschwunden. Das Programm kann nicht beendet werden, und die Sicherheitsprotokolle funktionieren nicht. Chakotay und Tuvok suchen nach Kim. Man erzählt ihnen, dass „Beowulf“ (Kim) im Kampf vom Monster Grendel getötet worden sei, das jede Nacht einen Krieger hole. Janeway und Torres schließen aus Chakotays und Tuvoks Tricorder-Daten, dass photonische Energie des Protosterns ins Holodeck gelangt sein könnte. Möglicherweise wurde Kim dadurch in Energie umgewandelt. Auch Chakotay und Tuvok verschwinden bei der Konfrontation mit „Grendel“, und der Doktor wird auf die Suche geschickt, da er als Hologramm weniger gefährdet erscheint. Als er auf das „Monster“ trifft, analysiert er es als photonische Energieformation. Er entkommt knapp. Torres schließt aus den Tricorder-Daten des Doktors, dass die photonische Energie intelligent sein könnte, und untersucht mit Paris noch einmal die Proben des Protosterns. Daraufhin „flieht“ eine Probe und zeigt dabei intelligentes Verhalten. Sie verschwindet in einem photonischen Gitter, in dem die Voyager drei bioelektrische Muster registriert. Janeway nimmt an, dass dies die vermissten Besatzungsmitglieder sind, die von photonischen Lebewesen im Protostern als Geiseln genommen wurden, als Reaktion auf die „Entführung“ der Proben des Protosterns durch die Voyager. Der Doktor geht wieder aufs Holodeck und übergibt die letzte Probe „Grendel“. Daraufhin lässt dieser Kim, Chakotay und Tuvok frei.

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Chakotay und Tuvok kehren per Shuttle von der Erkundung eines Nebels aus dunkler Materie zurück. Chakotay ist hirntot, und ihm wurde die gesamte bioneurale Energie aus dem Gehirn gezogen. Tuvok berichtet, dass sie von einem Raumschiff angegriffen wurden. Dessen Ionenspur führt in den Nebel. Mehrere Versuche der Voyager-Besatzung, zum Nebel zurück zu fliegen, scheitern an Sabotageakten durch Crewmitglieder, an die sich diese nachträglich nicht erinnern können; sie standen offenbar zeitweise unter dem Einfluss eines fremden Verstandes. Kes hat eine entsprechende telepathische Präsenz gespürt. Kurz darauf liegt sie im Koma; offenbar ist Tuvok dafür verantwortlich. Auf Paris’ Vorschlag bereitet Torres einen Magneton-Scan vor, um das Wesen zu lokalisieren. Der Scan soll schiffsweit durchgeführt werden und wird kurzzeitig alle benommen machen. Auf der Brücke fährt das Wesen in Janeway, die Tuvok angreift. Ein Kampf bricht aus, und nacheinander werden verschiedene Besatzungsmitglieder besessen. Schließlich siegt Tuvok. Als die Voyager den Nebel erreicht hat, entdeckt Janeway, dass die Ionenspur scheinbar zu einem antriebslosen Schiff gehört. Sie ist überzeugt, dass Tuvok lügt, und befiehlt die Umkehr. Tuvok erklärt sie für besessen, übernimmt das Kommando und steuert Voyager in den Nebel. Die dort lebenden Wesen haben es auf die neurale Energie der Besatzung abgesehen. Torres sabotiert, anscheinend unter Chakotays Kontrolle, den Antrieb erneut. Janeway löst den Magneton-Scan aus; Tuvok ist benommen und wird überwältigt. Das Energiewesen verlässt ihn, und Voyager fliegt aus dem Nebel. Als der Doktor Chakotay aufgeweckt hat, erklärt der, dass er nach dem Angriff auf das Shuttle körperlos, aber bei Bewusstsein war und somit andere besitzen konnte.

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Auf einer Außenmission werden die Lieutenants Torres, Paris und Durst von den Vidiianern gefangen. Diese entziehen Torres die klingonische DNA, so dass sie komplett menschlich ist, und züchten daraus eine erwachsene klingonische Torres, um zu testen, ob Klingonen immun gegen die Seuche sind. Der Test ist erfolgreich. Chefchirurg Sulan findet die klingonische Torres anziehend. Er tötet Durst und transplantiert sich dessen Gesicht, um weniger abstoßend auf sie zu wirken, aber sie befreit sich. Ein Kraftfeld um die vidiianische Basis verhindert das Beamen mehrerer Leute auf einmal, aber Commander Chakotay wird, als Vidiianer verkleidet, durch eine kleine Öffnung im Kraftfeld hinein gebeamt. Inzwischen befreit die klingonische Torres die menschliche. Sie begreifen, dass keine ohne die andere fliehen kann ‒ die Klingonin ist stärker und mutiger, aber der Mensch ist beherrschter. Es gelingt ihr, das Kraftfeld zu deaktivieren. Sulan taucht auf, wird aber von Chakotay in Schach gehalten, der inzwischen Paris befreit hat. Als Sulan auf die menschliche Torres schießt, springt die klingonische Torres in die Schusslinie; sie wird verletzt und stirbt nach der Rückkehr zur Voyager. Weil die menschliche Torres bestimmte Proteine kaum synthetisieren kann, muss der Doktor klingonische DNA in ihren Körper reintegrieren ‒ sie wird sich wieder vollständig fühlen, aber den Rest ihres Lebens mit ihrem klingonischen Ich kämpfen.

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Auf die Voyager kommt ein Wissenschaftler namens Jetrel, der vor Jahren die Metreon-Kaskade entwickelt hat, eine Massenvernichtungswaffe, die gegen den talaxianischen Mond Rinax eingesetzt wurde. Neelix’ Familie ist dabei umgekommen. Nun möchte Jetrel Neelix untersuchen. Er behauptet, dieser sei nach dem Einsatz der Kaskade Metreon-Isotopen ausgesetzt gewesen und habe sich dabei möglicherweise eine tödliche Strahlenkrankheit zugezogen. Bei der Untersuchung stellt sich laut Jetrel heraus, dass Neelix die Krankheit hat. In Wirklichkeit ist Neelix aber gesund. Jetrel ist selbst krank und hat nur noch wenige Tage zu leben. Sein tatsächlicher Plan ist, viele Opfer von Rinax zurückzubringen, indem er mit Hilfe des Transporters der Voyager ihre Atome wieder vereint. Sein Plan schlägt jedoch fehl. Er stirbt an der Krankheit. Vorher verzeiht Neelix ihm.

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Einige Besatzungsmitglieder, die vorher dem Maquis angehörten, haben Schwierigkeiten, sich an das Sternenflottenprotokoll zu gewöhnen, und fallen durch Eigenmächtigkeiten bis hin zur Befehlsverweigerung auf. Tuvok konzipiert einen Lehrgang für sie. Bei den ersten Übungen schneiden die Ex-Maquis schlecht ab und werden in ihrer ablehnenden Haltung gegenüber der Sternenflotte eher bestärkt. Das Eis bricht erst, als Tuvok entgegen den Sternenflotten-Vorschriften einem von ihnen das Leben rettet und dabei sein eigenes riskiert.

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Auf einem Planeten im Delta-Quadranten entdeckt die Voyager-Crew mehrere Kryostasis-Kammern, die Menschen aus den 1930er-Jahren enthalten, darunter Amelia Earhart, eine Pionierin der amerikanischen Luftfahrt, die auf ihrem letzten Flug spurlos verschwand. Sie wecken die Menschen auf und versuchen, ihnen die Situation zu erklären. Earharts Navigator Fred Noonan glaubt die Erklärungen nicht, bedroht Captain Janeway mit einem Revolver und lässt die Besatzungsmitglieder entwaffnen. Ein Sicherheitsteam wird von der Voyager geschickt und von Einheimischen angegriffen. Als Janeway die Angreifer überzeugt hat, das Feuer einzustellen, zeigt sich, dass auch sie Menschen sind. Ihre Vorfahren wurden 1937 von der Erde entführt und versklavt. Sie konnten ihre Entführer, die Briori, töten und sich ihre Technologie aneignen. Die Menschen in den Kryostasis-Kammern („die 37er“) wurden von ihnen für tot gehalten. Die Bewohner des Planeten bieten der Voyager-Besatzung an zu bleiben. Captain Janeway stellt allen die Entscheidung frei, aber nur die 37er nehmen das Angebot an.

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Commander Chakotay entfernt sich mit einem Shuttle einige Lichtjahre von der Voyager, um in Ruhe das Pakra durchzuführen, ein Ritual zum Gedenken an den Todestag seines Vaters. Mitten in der Zeremonie ertönt ein Alarmsignal. Kurz zuvor war Chakotays Shuttle von einem Raumschiff der Kazon-Ogla entdeckt worden. Der Maje der Kazon, Razik, schickt das Kazon-Kind Kar in den Einsatz. Kar soll das Föderations-Shuttle angreifen und vernichten und sich so seinen Ogla-Namen erwerben. Damit würde er zum Krieger und zum vollwertigen Mitglied der Besatzung aufsteigen. Aufgeschreckt durch den Alarm, stellt Chakotay eine Verbindung zu Kar her und versucht vergeblich, ihn von Angriffen auf sein Shuttle abzuhalten. Schließlich wehrt Chakotay sich und trifft Kars Schiff schwer. Kurz vor der Explosion des gegnerischen Schiffs beamt Chakotay Kar auf sein Shuttle. Kar ist nicht dankbar für seine Rettung. Er äußert, Chakotay hätte ihn lieber sterben lassen sollen. Auch dann hätte er sich seinen Namen verdient. So aber lebe er nun in Schande. Chakotays Shuttle wurde während des Kampfes beschädigt. Eine Verbindung zur Voyager kann nicht mehr hergestellt werden. Das Shuttle wird kurz darauf durch das Kazon-Mutterschiff aufgebracht und mittels Traktorstrahlen an Bord geholt. Chakotay und Kar werden zu Razik gebracht. Der hat nur Verachtung übrig für Kar und ordnet an, dass Kar sterben müsse. Razik stellt Chakotay vor die Wahl: wenn er Kar tötet, kann er mit seinem Shuttle unversehrt abziehen – andernfalls werde auch er exekutiert. Nach einem Handgemenge bringt Chakotay Razik in seine Gewalt. Mit ihm als Geisel gelangt Chakotay wieder zu seinem Shuttle. Vor dem Abflug lässt er Razik frei. Kar entscheidet sich dazu, mit Chakotay zu gehen. Nur kurzzeitig kann er die Waffen des Kazon-Schiffs deaktivieren. Unter schwerem Beschuss steuert Chakotay einen Klasse-M-Mond an. Unmittelbar vor der Zerstörung des Shuttles gelingt es ihm, sich und Kar auf den Mond zu beamen. Der Mond steckt voller verborgener Waffen und Fallen und wird von den Kazon-Ogla als Übungsgelände genutzt. Kar kennt sich hier aus und bewahrt Chakotay vor Gefahren. Sie finden eine Höhle als Unterschlupf. In der Nacht richtet Kar seine Waffe auf den vermeintlich schlafenden Chakotay, führt die Tötungsabsicht aber nicht aus. Die Voyager hatte indessen auf der Suche nach Chakotay zuerst die Trümmerteile von Kars Schiff, dann die Trümmer von Chakotays Shuttle gefunden. Ein Außenteam unter Führung von Captain Janeway lässt sich auf den Mond beamen, wo sie auf ein Außenteam der Kazon treffen, das von Razik angeführt wird. Währenddessen hatte Chakotay Kar vorgeschlagen, ihn zu töten und sich so seinen Namen zu verdienen. Sofern Chakotay binnen zwei Minuten durch den Doktor auf der Voyager versorgt werden könne, könne er folgenlos wieder reanimiert werden. Die beiden Außenteams erreichen die Höhle. Dort bedroht Kar Chakotay mit einer Waffe, erklärt dann aber, sein Feind sei nicht Chakotay. Kar wendet sich um und erschießt Razik. Er lässt die Waffe sinken, verkündet seinen neuen Ogla-Namen Jar Karden und wendet sich an Haliz, den engsten Vertrauten Raziks, der durch die Tat zum neuen Maje wurde. Er legt sein Schicksal in Haliz’ Hände und schwört ihm Treue und Gefolgschaft. Kar verspricht, er werde Chakotay bekämpfen und töten, sollten sich die beiden später nochmals begegnen. Das Außenteam und Chakotay dürfen unbehelligt abziehen. In seiner Kabine an Bord der Voyager führt Chakotay schließlich ungestört sein Pakra durch.

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Der Doktor wird bei einem roten Alarm aktiviert. Trotz der Behauptung des Computers, dass niemand an Bord sei, betritt B’Elanna Torres weniger später die Krankenstation und sagt, dass außer ihr und Kapitän Janeway die gesamte Besatzung nach einem Angriff der Kazon das Raumschiff verlassen habe. Torres transferiert den Doktor mittels neu installierter Emitter auf die Brücke. Der Doktor behandelt den Kapitän und hilft Neelix, die letzten verbliebenen Kazon zu bezwingen. Dabei bemerkt er, dass er blutet und Schmerzen verspürt, was beides keine Funktionen seines Programms sind. Auf der Krankenstation erfährt er vom Computer, dass er eigentlich Lewis Zimmerman sei, der Programmierer des Doktors; außerdem bestehe die gesamte Crew nur aus holografischen Projektionen. Ein neues Hologramm erscheint und behauptet, sein Assistent Reginald Barclay zu sein. Barclay erklärt, dass der Doktor tatsächlich Zimmerman sei und dass die Voyager eine Simulation sei, in der er gefangen sei. Um das Programm zu beenden und Zimmerman zu retten, schlägt Barclay die Zerstörung des Raumschiffs vor, bevor er irreparable Hirnschäden erleide. Um den Doktor von der Simulation zu überzeugen, startet Barclay das Voyager-Programm neu und der Doktor erlebt erneut die Ereignisse der ersten Folge. Von Barclays Erläuterungen überzeugt, bereitet der Doktor die Zerstörung der Voyager vor, als Commander Chakotay erscheint und eine alternative Geschichte erzählt: Der Doktor ist tatsächlich das medizinisch-holografische Notfallprogramm, doch sein Programm steckt im defekten Holodeck fest. Die Crew versucht sein Programm freizukriegen und er müsse nur etwas Geduld haben. Würde er die Voyager zerstören, hätte dies die Löschung seines Programms zur Folge. Obwohl Barclay Kes als Zimmermans Ehefrau vorstellt, glaubt der Doktor an seine holografische Existenz. Die Simulation endet und der Doktor findet sich auf dem Holodeck wieder, womit sich Chakotays Geschichte als wahr erwiesen hat.

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Space-dwelling life-forms cause Kes to enter the Ocampan fertile phase called Elogium, putting pressure on her relationship with Neelix when she wants to have his child.

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Nach einem Shuttle-Flug wacht Harry Kim plötzlich in San Francisco bei seiner Verlobten Libby auf. Sie und alle anderen, denen er begegnet, sind überzeugt, dass er die letzten acht Monate auf der Erde verbracht hat. Er war nie auf der Voyager, sondern arbeitet im Hauptquartier der Sternenflotte an einem verbesserten Runabout. Er erinnert sich aber nicht daran; für ihn ist nur seine Vergangenheit auf der Voyager real. Um herauszufinden, was geschehen ist, sucht er Tom Paris in Marseille auf, aber auch der hat nie auf der Voyager gedient und glaubt Harrys Geschichte nicht. Darum sagt er nein, als Harry ihn bittet, ihm beim Nachstellen des Shuttle-Fluges zu helfen, der ihn auf die Erde gebracht hat. Harrys Interesse an der Voyager und sein Kontakt mit dem Maquis-Sympathisanten Paris machen seine Vorgesetzten misstrauisch. Er bekommt eine elektronische Fußfessel. Dann stellt sich heraus, dass der Betreiber seines Stammcafés ein Alien ist. Er erklärt, dass Harry bei seinem Shuttle-Flug einen Zeitstrom gekreuzt hat und dadurch die Geschichte verändert wurde. Er gibt Harry ein Gerät, mit dem der den Zeitstrom finden kann. Harry muss dann die Bedingungen vor dem Unfall wiederherstellen und in den Zeitstrom fliegen; so kann er eventuell zur Voyager zurückkehren. Es ist auch möglich, dass er an irgendeine andere Stelle im Raum-Zeit-Kontinuum versetzt wird, aber er will dieses Risiko eingehen. Er deaktiviert die Fußfessel und flieht mit Libbys und Toms Hilfe vor der Starfleet-Security. Mit Tom stiehlt er den Runabout-Prototyp, an dem er gearbeitet hat, rekonstruiert den Shuttle-Unfall und gelangt wieder zur Voyager.

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Kes, Neelix, Janeway, Chakotay, Paris, Torres und der Doktor sind im Bistro „Chez Sandrine“ auf dem Holodeck und feiern Kes’ Geburtstag. Tuvok und Kim sind auf der Brücke. Die Voyager gerät in eine Raumverzerrung, die den Aufbau des Schiffes verändert. Janeway, Chakotay und Paris versuchen zur Brücke zu gelangen, während Kim Janeway sucht. Kes und Neelix wollen zu Kes’ Quartier, Torres macht sich auf den Weg zum Maschinenraum und der Doktor versucht sich auf die Krankenstation zu transferieren. Sie alle kommen nicht da an, wo sie hin wollen, sondern im Bistro. Als alle auf verschiedenen Wegen versuchen, die Brücke zu erreichen, schlägt auch dies fehl; sie treffen sich wieder unfreiwillig im Bistro. Die Raumverzerrung erfasst nach und nach immer größere Teile des Schiffes, nur das Holodeck und seine Umgebung sind noch unversehrt. Torres und Kim versuchen, vom Maschinenraum aus einen Gegendruck aufzubauen, aber dadurch schreitet die Verzerrung schneller fort; auch das Holodeck ist betroffen. Janeway, die nach direktem Kontakt mit der Raumverzerrung einige Zeit bewusstlos war, wacht plötzlich auf und sagt den anderen, sie sollten gar nichts tun. Sie gibt dabei offenbar den Ratschlag eines anderen Wesens weiter. Danach verliert sie wieder das Bewusstsein. Die Verzerrung erfasst das Holodeck komplett und geht durch alle Anwesenden hindurch, ohne Schaden anzurichten. Janeway kommt wieder zu sich und erklärt, dass die Raumverzerrung mit der Besatzung zu kommunizieren versuchte. Auf der Brücke stellt Torres fest, dass neue Informationen in den Computer eingegeben wurden und die Datenbank der Voyager ausgelesen wurde.

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Tom Paris verguckt sich in Kes und gerät deswegen in eine körperliche Auseinandersetzung mit Neelix. Wenig später müssen Paris und Neelix zu zweit einen unwirtlichen Planeten erkunden. Nachdem sie mit ihrem Shuttle notgelandet sind, finden sie ein frisch aus dem Ei geschlüpftes fremdes Wesen und päppeln es auf. Dabei legen sie ihren Streit bei.

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Während die Voyager den Raum der Botha durchquert, tauchen Gegenstände und Figuren aus Janeways Holoroman außerhalb des Holodecks auf, aber außer Janeway kann nur Kes sie sehen. Kes gelingt es, eine der Figuren zum Verschwinden zu bringen. Eine andere Figur greift Janeway an; Kes sieht auch sie und bringt sie zum Verschwinden. Die Voyager wird von drei bothanischen Schiffen angegriffen und beschädigt. Der Kommandant der Schiffe erscheint Janeway als ihr Verlobter Mark, Tuvok als seine Frau T’Pel, Paris als sein Vater und Kim als seine Freundin Libby. Auch andere Besatzungsmitglieder haben Halluzinationen. Torres entdeckt ein bioelektrisches Energiefeld, das von den Botha-Schiffen ausgeht. Als sie es neutralisieren will, meint sie Chakotay zu sehen, der sie verführt. Paris halluziniert von seinem Vater, der ihn zu entmutigen versucht, und Janeway wird von einer Vision ihres Verlobten in den Bann gezogen. Schließlich sind nur der Doktor, der die Krankenstation nicht verlassen kann, und Kes übrig. Sie führt im Maschinenraum unter seiner Anleitung die Prozedur fort, bei der Torres unterbrochen wurde. Obwohl Kes eine Halluzination von Neelix hat, der einen sehr schmerzhaften Ausschlag bei ihr hervorruft, kann sie den Ausschlag auf ihn zurück übertragen und ihre Arbeit beenden. Die Visionen aller Besatzungsmitglieder hören auf, und der Außerirdische, der sie verursacht hat, verschwindet ebenso wie die Botha-Schiffe spurlos.

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Die Voyager braucht Polyferranid für ihre Warpkernspulen. Chakotay erkundet mit einem Außenteam einen Mond, wo es geringe Vorkommen gibt. Dabei findet er ein Zeichen auf dem Boden, das einem Zeichen der Vorfahren seines Volkes gleicht. Diese wurden nach einem Mythos von „Geistern des Himmels“ erschaffen. Chakotay hat sein Volk als 15-Jähriger verlassen, um die Sternenflottenakademie zu besuchen. Erst nachdem sein Vater im Kampf gegen die Cardassianer getötet worden war, ließ er sich tätowieren und nahm denselben Kampf auf. – Vom Mond geht eine Warpsignatur aus, der die Voyager folgt. Sie führt zu einem Planeten, wo Torres eine hohe Polyferranid-Konzentration ortet. Immer wenn ein Ort mit dem Transporter erfasst wird, bildet sich dort aber ein elektrischer Sturm, deshalb fliegt ein von Chakotay geführtes Außenteam mit einem Shuttle dorthin. Nach der Landung wird Neelix von einem Vogel verletzt, der einem Falken ähnelt. Nachdem er auf die Voyager gebeamt wurde, findet die anderen ein vor Kurzem verlassenes Dorf. Chakotay befiehlt dem Team, die Waffen abzulegen. Als ein heftiger Sturm aufkommt, wird der Rest des Außenteams wieder zur Voyager gebeamt, während Chakotay, der seinen Kommunikator verloren hat, zurückbleibt. Erst als er seine Uniform ablegt, zeigen sich die Bewohner des Planeten. Sie tragen das gleiche Tattoo wie Chakotay, und ihre Vorfahren haben vor 45.000 Jahren die Evolution seines Volkes auf der Erde beeinflusst. Da sie nun von Chakotays guten Absichten überzeugt sind, versorgen die Planetenbewohner die Voyager-Besatzung mit Polyferranid.

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Die Überreste des Fürsorgers reagieren auf die Nähe einer anderen sporozystianischen Lebensform. Die Voyager folgt dieser Spur und findet eine Raumstation, auf der eine Ocampa-Kolonie lebt, die vor mindestens 300 Jahren von Suspiria, der Gefährtin des Fürsorgers, gegründet wurde. Diese hat den Ocampa geholfen, ihre psychokinetischen Fähigkeiten zu entwickeln, und ihre Lebensspanne deutlich verlängert. Kes ist sehr erstaunt und erfreut, andere Ocampa so weit entfernt von ihrer Heimatwelt zu treffen. Deren Sprecher Tanis versucht Kes zu überzeugen, die Voyager zu verlassen und bei ihnen zu bleiben. Tuvok und der Doktor sind misstrauisch und haben ein Gift entwickelt, das auf sporozystianische Lebensformen wirkt. Tanis zeigt Kes, wie sie ihre psychokinetischen Fähigkeiten entwickeln kann, und arrangiert ein Treffen mit Suspiria, bei dem Janeway diese überzeugen möchte, die Voyager wieder in den Alpha-Quadranten zu bewegen. Tatsächlich hat Suspiria aber Tanis den Auftrag gegeben, ihr die Voyager-Besatzung auszuliefern. Sie denkt, diese habe den Fürsorger getötet, und will sich rächen, indem sie die Crew tötet und das Schiff zerstört. Kes setzt Tanis und Suspiria mit Hilfe ihrer psychokinetischen Kräfte außer Gefecht, und Janeway wendet das Gift an. Sie lassen Suspiria aber ziehen. Janeway will sie später wieder treffen und sie bitten, die Voyager wieder nach Hause zu bringen.

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Kazon Nistrim board Voyager and steal a transporter module in an attempt to unite the Kazon sects.

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A mission to acquire Telerium goes wrong causing Tuvok and B’Elanna to be captured and believed to be with the resistance.

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Die Voyager-Crew birgt einen funktionsuntüchtigen Roboter unbekannter Bauart. Lieutenant Torres setzt ihn wieder in Gang, indem sie sein Energiemodul so modifiziert, dass es mit Warp-Plasma betrieben werden kann. Er stellt sich als die automatische Einheit 3947 vor und sagt, er sei auf einem Raumschiff der Pralor stationiert. Diese Spezies, von ihm „die Erbauer“ genannt, kam Jahrzehnte zuvor in einem Krieg um. Torres’ Leistung, das Energiemodul anzupassen, bringt 3947 auf die Idee, dass sie ein prototypisches Energiemodul für die Konstruktion weiterer automatischer Einheiten bauen könnte, was den Robotern erlauben würde, sich „fortzupflanzen“. Captain Janeway verweigert wegen der obersten Direktive ihre Zustimmung. Daraufhin entführt 3947 Torres auf das Pralor-Schiff, auf dem er stationiert ist und dessen Feuerkraft der der Voyager überlegen ist. Torres erklärt sich bereit, einen Prototyp zu bauen, um die Voyager zu retten. Die Konstruktion ist erfolgreich, aber als der Prototyp fertig ist, wird das Pralor-Schiff von einem anderen Raumschiff angegriffen, dessen Besatzung ebenfalls nur aus Robotern besteht. Deren Erbauer, die Cravic, führten mit den Pralor Krieg. Sie leben auch nicht mehr ‒ die Erbauer haben einen Waffenstillstand geschlossen und wollten ihre Kampfroboter vernichten, darum haben die Roboter sie vernichtet. Als Torres das erfährt, zerstört sie den Prototyp. Lieutenant Paris beamt sie in ein Shuttle und kehrt mit ihr zur Voyager zurück.

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Nach harten Gefechten mit Kazon-Schiffen strebt Captain Janeway eine Allianz mit einer oder zwei Kazon-Sekten an, doch Neelix’ Verhandlungen mit den Pommar und Janeways Verhandlungen mit den Nistrim schlagen fehl, zur großen Enttäuschung einiger Crewmitglieder. Eins von ihnen, Michael Jonas aus dem Maschinenraum, beginnt heimlich mit den Nistrim zu kommunizieren. Neelix flieht aus der Gefangenschaft der Pommar gemeinsam mit den Trabe, die einst die Kazon unterdrückt haben, bis diese rebellierten, viele Trabe töteten und deren Technologie raubten. Inzwischen sind die Trabe heimatlos. Auf den Vorschlag ihres Gouverneurs Mabus findet ein Friedensgespräch zwischen ihm, Janeway und allen Kazon-Sekten statt. Gerade noch rechtzeitig begreift Janeway, dass Mabus in Wirklichkeit plant, alle Sektenführer mittels eines Raumschiffs zu ermorden, und warnt diese. Sie entgehen dem Anschlag, und das angreifende Raumschiff wird von der Voyager in die Flucht geschlagen.

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Tom Paris breaks the transwarp barrier in the Shuttlecraft Cochrane, designed to reach warp 10, but he begins to evolve.

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Crewman Darwin, ein Mitglied der Maschinenraum-Crew, wird ermordet aufgefunden. Nach einer kurzen Ermittlung findet Tuvok heraus, dass Lon Suder der Täter ist, ein Betazoid, der früher dem Maquis angehörte und dort seine gewalttätigen Neigungen auslebte, indem er Cardassianer tötete. Tuvok will diese Neigungen mit einer Geistesverschmelzung heilen, aber während Suder dadurch tatsächlich beherrschter und ruhiger wird, wird Tuvok selbst gewalttätig, so dass er dienstuntauglich wird. Der Doktor behandelt ihn mit einer neurosynaptischen Therapie. Tuvok bricht aus der Krankenstation aus, um Suder zu töten, gewinnt die Kontrolle aber so weit zurück, dass er sein Vorhaben letztlich nicht ausführt. Seine vollständige Genesung wird allerdings länger dauern. Suder wird bis zum Ende der Reise in seinem Quartier eingesperrt.

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Die Voyager-Crew entdeckt eine selbstgesteuerte Materie-Antimaterie-Bombe, die ursprünglich von den Cardassianern gegen den Maquis eingesetzt wurde. Lieutenant Torres programmierte sie um und schickte sie auf eine Mission gegen die Cardassianer. Nun bedroht der Flugkörper irrtümlich einen bewohnten Planeten. Torres beamt an Bord und überzeugt vermeintlich die Künstliche Intelligenz der Bombe, dass diese sich im Delta-Quadranten befindet und somit das falsche Ziel anvisiert. Als Torres wieder auf der Voyager ist, stellt sich aber heraus, dass der Flugkörper Torres’ Eingriff für eine cardassianische List hält und weiter den bewohnten Planeten bedroht. Captain Janeway beordert die Crew in die Rettungskapseln und bereitet sich darauf vor, die Voyager zur Explosion zu bringen, um den Flugkörper zu zerstören. Torres beamt wieder an Bord und reaktiviert eine Sicherungskopie der ursprünglichen cardassianischen Software. Während beide Programme um die Kontrolle über die Hardware kämpfen, erreicht Torres den Kern des Flugkörpers und durchbricht das Eindämmungsfeld des Antimaterie-Behälters. Die Bombe detoniert; kurz vorher wurde Torres zur Voyager zurückgebeamt.

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Aus dem Inneren eines Kometen befreit die Voyager-Crew unabsichtlich einen Philosophen aus dem Q-Kontinuum. Er wurde von der Mehrheit des Kontinuums für alle Ewigkeit eingesperrt, weil er sein Leben beenden will. Als Q sich auch auf der Voyager einfindet, um den Philosophen wieder einzusperren, stellt der bei der Föderation einen Asylantrag. Captain Janeway veranstaltet ein Hearing, bei dem der Philosoph seinen Todeswunsch begründet: Seiner Meinung nach haben die Q wegen ihrer Unsterblichkeit die Fähigkeit verloren, sich zu verändern. Er findet das Leben im Kontinuum unerträglich langweilig und denkt, sein Freitod könnte die anderen Q aufrütteln. Q war früher mit seinem rebellischen Benehmen, das er inzwischen aufgegeben hat, eine Inspiration für ihn. Captain Janeway gewährt dem Philosophen schließlich Asyl. Er nutzt seine neu gewonnene Freiheit, um sich das Leben zu nehmen. Das dafür benötigte Gift hat ihm Q beschafft, der ankündigt, zu seinem rebellischen Leben zurückzukehren.

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Aus einem Raumschiff, das einen Notruf sendet, rettet die Voyager-Besatzung Dr. Danara Pel, eine vidiianische Ärztin, deren Leben durch die Fresszelle akut bedroht ist. Der Doktor erschafft einen holografischen Körper für sie, der ihn bei ihrer weiteren Behandlung unterstützt. Er transplantiert Nervengewebe von B’Elanna Torres, die erst nach einem Gespräch mit Danara dazu bereit ist. Nach und nach verliebt der Doktor sich in Danara, und sie erwidert seine Gefühle. Nach anfänglichen Schwierigkeiten folgt mit Kes’ und Tom Paris’ Hilfe ein Date auf dem Holodeck, und sie beginnen eine Beziehung. – Inzwischen ist Tom mehrmals zu spät zum Dienst erschienen und hat sich respektlos verhalten. Nach einem Eklat zwischen ihm und Chakotay kommt er in den Arrest. – Michael Jonas wird unterdessen von Seska beauftragt, die Warpspulen zu beschädigen, damit die Kazon-Nistrim der Voyager-Crew auf dem Planeten Hemikek IV eine Falle stellen können. – Danara ist überzeugt, dass der Doktor sie nur als gesundes Hologramm anziehend findet, und versucht deshalb, ihren kranken Körper zu vergiften. Der Doktor versichert ihr, dass sie sich irrt, und sie führen ihre Beziehung fort, nachdem sie in ihren eigenen Körper zurückgekehrt ist. Ihr Leben ist nicht mehr unmittelbar bedroht, und nach einigen Wochen setzt die Voyager sie in ihrer Heimatkolonie ab, damit sie weiterhin ihrem Volk helfen kann.

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Tom Paris verlässt die Voyager und heuert auf einem talaxianischen Schiff an, wird aber bald darauf von den Kazon-Nistrim entführt. Seska will Informationen von ihm, die den Kazon helfen sollen, die Voyager zu übernehmen. Sie deutet an, dass sie einen Spion auf dem Schiff haben. Inzwischen hat überhitztes Plasma die Warpspulen beschädigt, so dass Voyager zum Hemikek-System fliegen muss, um Material für neue Spulen zu erwerben. Neelix nimmt an, dass Paris den Kazon nicht zufällig in die Hände gefallen ist, und schließt daraus, dass es einen Verräter auf der Voyager gibt. Er untersucht die Subraum­kommunikations­logbücher und findet Lücken, die auf Löschungen hindeuten könnten. Als er Tuvok informiert, will der die Sache verfolgen und verbietet Neelix weitere Nachforschungen. Der ermittelt allerdings weiter, verfolgt eine der Botschaften zu ihrem scheinbaren Ursprung ‒ Paris’ Quartier ‒ und berichtet darüber in seinem neuen Programm „Briefing mit Neelix“. Tuvok entlarvt die Spur als falsch. Er und Janeway erklären, dass Paris sich absichtlich gefangen nehmen ließ, um herauszufinden, welches Besatzungsmitglied der Voyager den Kazon heimlich Nachrichten sendet. Neelix soll weiter ermitteln, um den Spion nervös zu machen. Währenddessen entnimmt Paris den Aufzeichnungen der Kommunikation zwischen Kazon und Voyager, dass Michael Jonas der Verräter ist und dass die Kazon der Voyager-Crew auf Hemikek IV eine Falle gestellt haben. Paris flieht vom Kazon-Schiff und informiert die Voyager über Jonas. Der riegelt den Maschinenraum ab und deaktiviert die Waffensysteme, aber Neelix tötet ihn im Zweikampf.

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Fähnrich Wildman bringt an Bord der Voyager ein Mädchen zur Welt, das in einem Brutkasten versorgt werden muss. – Lieutenant Tuvok ortet Vidiianer. Die Voyager flieht in eine Plasmaströmung. Als sie diese wieder verlässt, schwindet der Antimaterie-Vorrat; Systeme fallen aus. Lieutenant Torres will Protonen­ausstöße erzeugen, um den Warpkern in Betrieb zu halten, aber unmittelbar vorher werden Protonenausstöße unbekannten Ursprungs registriert, die Schiff und Besatzung stark schädigen. Auch der Brutkasten verliert Energie; das Baby stirbt. Fähnrich Kim wird durch ein Leck ins All gezogen. Kes gerät in eine Art Raumspalte und wird auf eine andere, unbeschädigte Voyager mit einer anderen Crew versetzt. Der dortige Kim lebt, ebenso Wildmans Baby. Es stellt sich heraus, dass sämtliche Materie der Voyager durch die Plasmaströmung verdoppelt wurde, aber nicht die Antimaterie. Die Protonenausstöße der zweiten Voyager haben die erste beschädigt. Die beiden Schiffe befinden sich zur selben Zeit am selben Ort, leicht phasenverschoben. Torres ermöglicht die Kommunikation mit der ersten Voyager. Ein Versuch, die Schiffe wieder zu vereinigen, schlägt fehl. Auch eine vollständige Trennung ist unmöglich, ebenso die Verlegung der kompletten Besatzung der ersten Voyager auf die zweite. Kes kehrt aber auf „ihre“ Voyager zurück. – Vidiianer nähern sich. Da kein Schiff kampfbereit ist und die Vidiianer nur die zweite Voyager wahrnehmen können, opfert deren Kommandantin sich, ihre Crew und ihr Schiff, indem sie die Selbstzerstörung aktiviert. Vorher wechselt Kim auf ihren Befehl mit dem Wildman-Baby auf die erste Voyager.

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Nach einer Shuttle-Bruchlandung auf einem fremden Mond trifft Tuvok dort drei Kinder, die anscheinend von ihrem Volk, den Drayanern, zum Sterben ausgesetzt wurden. Er beschützt sie vor dem Morrok, einem Wesen, das in einer bestimmten Höhle leben und zwei andere Kinder nachts geholt haben soll. Trotzdem verschwinden zwei der übrigen Kinder nachts in der Höhle. Die Erste Prälatin der Drayaner verlangt, dass die Voyager sich vom Mond entfernt, der heiliger Boden sei, aber Janeway ist nicht dazu bereit, solange Tuvok noch auf der Oberfläche ist; dieser kann mit dem beschädigten Shuttle nicht starten. Turbulenzen in der Atmosphäre machen das Beamen unmöglich. Janeway und Paris fliegen Tuvok in einem weiteren Shuttle entgegen. Nachdem Tuvok sein Shuttle repariert hat, startet er mit dem letzten Kind, einem Mädchen namens Tressa. Die Erste Prälatin lässt sein Shuttle beschießen und zwingt ihn so zur Landung. Auf dem Mond erklärt sie Janeway, Tuvok und Paris, dass die Drayaner rückwärts altern und die vermeintlichen Kinder schon sehr alt und folglich etwas verwirrt sind. Die Alten werden traditionell auf diesen Mond gebracht, damit sie dort in der Höhle, laut Überlieferung am Ursprung des Lebens, in Frieden sterben. Tuvok begleitet Tressa bis zu ihrem Tod.

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The crew finds aliens mentally connected to a computer that has created a being that feeds on their fear.

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Ein Transporter-Unfall verschmilzt Lieutenant Tuvok und Neelix zu einem Wesen, das Tuvix genannt wird und sich bald in die Besatzung integriert. Nur seine Beziehung zu Kes ist schwierig. Als der Doktor mit Fähnrich Kims Hilfe einen Weg findet, Tuvix wieder in Tuvok und Neelix aufzuspalten, ist Tuvix dagegen. Er besteht auf seinem Lebensrecht. Captain Janeway befiehlt nach reiflicher Überlegung die Trennung und führt sie selbst durch, nachdem der Doktor sich geweigert hat, weil ein Arzt keinen Schaden zufügen darf.

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Ein potentiell tödliches Virus zwingt Janeway und Chakotay, die Voyager zu verlassen und sich auf einem unbewohnten Planeten niederzulassen, wo sie vor den Auswirkungen des Virus geschützt sind. Da der Doktor kein Heilmittel findet, setzt die von Tuvok kommandierte Voyager ihre Reise zum Alpha-Quadranten fort. Janeway und Chakotay leben zu zweit und kommen einander näher. Auf die dringende Bitte von Harry Kim, Kes und weiteren Besatzungsmitgliedern missachtet Tuvok Janeways striktes Verbot, die Vidiianer zu kontaktieren, die über immenses medizinisches Wissen verfügen. Dr. Pel, deren Leben der Doktor einige Wochen zuvor gerettet hatte, stellt ein Heilmittel zur Verfügung. Vidiianische Schiffe greifen die Voyager an, können aber abgewehrt werden. Nach ihrer Heilung geben Janeway und Chakotay ihr Leben zu zweit auf und gehen wieder an Bord.

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Die Voyager-Besatzung empfängt eine Nachricht von Seska, die besagt, Maj Cullah sei wütend, weil Seskas Baby nicht von ihm, sondern von Chakotay sei. Sie folgt Cullahs Schiff und findet dabei einen verletzten Kazon-Nistrim in einem Shuttle. Auf der Voyager berichtet er, Cullah habe Seska ermorden lassen und ihn als Seskas Gehilfen zum Sterben im beschädigten Shuttle zurückgelassen. Das Kind sei in einer Kolonie. Auf dem Weg dorthin wird die Voyager von Kazon-Schiffen beschossen, die die sekundären Kommandoprozessoren beschädigen. Als sich weitere Kazon-Schiffe nähern, lässt Janeway das Führungsschiff abfangen. Der Kazon auf der Voyager sprengt sich und löst damit ein schiffsweites Energieversagen aus. Paris startet mit einem Shuttle, um die Talaxianer um Hilfe zu bitten. Nachdem der Antrieb ausgefallen ist, entern die Kazon die Voyager. Janeway befiehlt die Selbstzerstörung, die aber wegen der beschädigten sekundären Kommandoprozessoren nicht durchführbar ist. Der Doktor deaktiviert sich und programmiert einen automatischen Rückruf. Durch das Energieversagen kann Lon Suder aus seinem Quartier fliehen, wo er als Mörder eingesperrt war. Die Kazon unter Cullah und Seska übernehmen die Voyager und setzen die Crew auf einem Planeten aus.

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Der Doktor stellt fest, dass nicht Chakotay, sondern Cullah der Vater von Seskas Baby ist. Er beordert Suder zur Krankenstation. – Auf dem Planeten organisiert die Voyager-Crew Nahrung und einen Unterschlupf. Kes und Neelix werden von humanoiden Einheimischen, die wie Steinzeitmenschen leben, entführt. Ein Team unter Chakotays Führung befreit sie. Sie fliehen vor den Einheimischen in eine Höhle, werden aber von einem gefährlichen Tier vertrieben. Janeway kommt mit anderen zu Hilfe. Später rettet Chakotay eine Einheimische vor einem Vulkanausbruch, und ein Einheimischer versorgt das Baby von Fähnrich Wildman, das unter Atemnot leidet. – Suder, den Tuvok fast von seinen gewalttätigen Neigungen geheilt hatte, tötet widerwillig einen Kazon und erbeutet dessen Waffe. Um Seska von Suders Anwesenheit abzulenken, übernimmt der Doktor die Verantwortung für die Leiche und lässt sich von Seska deaktivieren. Die von Paris zu Hilfe gerufenen Talaxianer greifen mit diesem zusammen die Voyager an, wobei Paris die primären Phaserenergie-Kupplungen zerstört. Währenddessen tötet Suder die Kazon im Maschinenraum, sabotiert die Phaserenergie-Reservekupplungen und wird von einem Kazon erschossen. Paris beamt mit einem talaxianischen Kommando auf die Voyager und erobert sie zurück. Seska wird durch eine Überladung der Phaserenergie-Reservekupplungen getötet. Maj Cullah flieht mit dem Baby von der Voyager, die wieder von der Crew in Besitz genommen wird.

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Tuvok hat traumatische Flashbacks von einem kleinen Mädchen, das er scheinbar in seiner Kindheit nicht vor dem Sturz in einen Abgrund retten konnte. Er kennt das Mädchen aber nicht. Der Doktor schließt auf eine unterdrückte Erinnerung. Diese nicht zu integrieren, kann für Vulkanier lebensgefährlich sein. Als Therapie geht Captain Janeway unter ärztlicher Aufsicht eine Geistesverschmelzung mit Tuvok ein und begleitet ihn mental in seine Vergangenheit. Sie sehen aber nicht seine Kindheit, sondern seine Zeit auf der USS Excelsior unter Captain Sulu, als die Verhandlungen zum ersten Friedensvertrag zwischen der Föderation und dem Klingonischen Reich bevorstanden. Sulu versuchte damals, Captain Kirk und Dr. McCoy zu befreien, die auf der klingonischen Heimatwelt Qo’noS vor Gericht standen. Bei einer Schlacht mit klingonischen Schiffen wurde ein Fähnrich tödlich verletzt. Als Tuvok versuchte, ihm zu helfen, sprang ein Virus auf ihn über, das sich als traumatische Erinnerung tarnte, die sofort unterdrückt wurde. Der Doktor erkennt dies und heilt Tuvok.

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Bei einem Landurlaub auf dem Planeten Akritiri werden Paris und Kim gefangen genommen, vor Gericht gestellt und in ein Gefängnis gesperrt. Alle Häftlinge sind mit einem synaptischen Stimulator versehen, der sie immer aggressiver macht und dessen Entfernung lebensgefährlich ist. — Janeway wird informiert, dass Paris und Kim für einen Bombenanschlag verurteilt wurden, bei dem 47 akritirianische Wachen getötet wurden. Der verwendete Sprengstoff basiere auf Trilithium, das im System nicht vorkommt, aber aus Dilithium erzeugt werden kann, auf dem der Warp-Antrieb der Voyager beruht. Die Akritirianer beschuldigen die Crew, mit einheimischen Terroristen verbündet zu sein, und wollen das Schiff entern. Die Voyager kann leicht entkommen. Torres bemerkt, dass Trilithium auch aus Paralithium erzeugt werden kann, das manche Raumschiffe für ihren Antrieb nutzen. Die Voyager-Besatzung überprüft alle diese Schiffe darauf, ob auf ihnen Sprengstoff produziert wurde, und findet schließlich eins, das von zwei akritirianischen Geschwistern geflogen wird, die zugeben, den Sprengstoff aus politischen Motiven erzeugt zu haben. — Kim baut einen einfachen Apparat, mit dem er das Kraftfeld kurzschließt, das sie gefangen hält. Er entdeckt, dass das Gefängnis sich auf einer Raumstation befindet und sie deshalb nicht ohne Hilfe fliehen können. Paris, durch eine Verwundung geschwächt und durch den Stimulator stark geistig geschädigt, zerstört Kims Apparat. Der ist inzwischen so aggressiv, dass er Paris töten will, lässt aber im letzten Moment davon ab. — Janeway will ihre beiden Gefangenen den akritirianischen Behörden übergeben, damit Paris und Kim freigelassen werden, erfährt aber, dass schon gefällte Urteile nicht aufgehoben werden können. Ein Kommando unter Janeways Führung benutzt Neelix’ Schiff, um an die Raumstation anzudocken und Paris und Kim zu befreien. Auch die Geschwister werden freigelassen.

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Der Doktor fängt an, sein Gedächtnis zu verlieren, da sein Speicher degeneriert. Torres startet das für ihn entwickelte Diagnoseprogramm, das – wie der Doktor – dem Entwickler der beiden, Dr. Zimmerman, nachempfunden ist. Es empfiehlt, den Doktor neu zu initialisieren, wodurch dieser allerdings alle in den vergangenen zwei Jahren gespeicherten Informationen verlieren würde. Er ist dazu bereit, aber Kes rät dringend davon ab. Währenddessen dringt Voyager in das Gebiet einer unbekannten Spezies ein, die schon Paris und Torres auf einem Erkundungsflug angegriffen hat, und schlüpft unbemerkt durch ihr Sensorennetz. Tuvok registriert ein treibendes Schiff, das offenbar von der Spezies beschossen wurde. Der einzige Überlebende zeigt dieselben Symptome wie Paris und Torres und berichtet, dass der Angriff begann, indem ein Schwarm winziger Schiffe an sein Schiff andockte. Er stirbt. Kes vertritt den Doktor, der so viel vergessen hat, dass er nicht mehr als Arzt arbeiten kann. Ein Schwarm nähert sich der Voyager und setzt ihre Schilde außer Funktion. Inzwischen erfährt Kes vom Diagnoseprogramm, dass es möglich ist, seine Matrix auf den Doktor zu transferieren und so die Degeneration aufzuhalten oder zumindest zu verlangsamen. Sie leitet die Prozedur ein. Die Schiffe des Schwarms setzen sich an der Voyager fest. Kim entdeckt, dass sie durch Impulse miteinander verbunden sind. Auf Janeways Befehl feuert Tuvok auf ein Schiff, und die anderen werden vom Impuls in Mitleidenschaft gezogen. Sie fliegen davon. Der Doktor ist wieder funktionsfähig, erinnert sich aber nur teilweise an die vergangenen zwei Jahre. Er erkennt weder Kes noch Torres.

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Die Voyager-Besatzung entdeckt ein Wurmloch, das von Ort zu Ort springt; sein anderes Ende ist im Alpha-Quadranten stationär. Auf einem nahe gelegenen Planeten existiert eine prä-industrielle Zivilisation. Die Voyager-Besatzung findet heraus, dass sieben Jahre zuvor zwei Ferengi in das Wurmloch hineingezogen wurden und sich nun mit Hilfe eines Replikators als gottgleiche Weise verehren lassen und die Bevölkerung ausbeuten. Dabei nutzen sie eine alte Prophezeiung, der zufolge zwei Weise vom Himmel kommen werden, die das Volk regieren werden. Janeway will die Ferengi durch das Wurmloch in den Alpha-Quadranten mitnehmen, aber diese geben zu bedenken, dass die Bevölkerung verzweifeln wird, wenn sie ihre Götter verliert. Daher tritt Neelix als Botschafter des Großen Nagus auf und beordert die Ferengi nach Ferenginar zurück. Vorher müssen sie eine Rede halten, in der sie dem Volk erklären, dass sie in den Himmel zurückgerufen wurden und auch ohne sie alles gut wird. Ihr Besitz fällt an den Nagus. Die Ferengi akzeptieren das nicht und greifen Neelix an. Der flieht und stellt sich der Bevölkerung als Pilger vor, der die „Weisen“ gemäß dem Ende der Prophezeiung in den Himmel mitnehmen will. Das Volk reagiert begeistert und sorgt mit einem Scheiterhaufen selbst für die „Flügel des Feuers“, auf denen die „Weisen“ in den Himmel reiten sollen. Alle werden auf die Voyager gebeamt. Die Ferengi fliehen mit ihrem Shuttle. Als die Voyager-Besatzung sie an Bord zu beamen versucht, verhindern sie dies mit einem Graviton-Impuls, der das Wurmloch destabilisiert. Die Ferengi werden hineingezogen, aber die Voyager kann nicht folgen; das Wurmloch springt jetzt an beiden Enden von Ort zu Ort.

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Die Voyager bringt einige Enaraner zu deren Heimatplaneten. Torres hat sehr intensive Träume, in denen sie in der Rolle einer jungen Enaranerin namens Korenna eine heimliche Liebesbeziehung mit einem jungen Mann hat. Dieser gehört einer Gruppe von oppositionellen Enaranern an, die ohne Technologie leben wollen. Schließlich wird diese Gruppe angeblich umgesiedelt und vernichtet sich selbst durch Kämpfe und Krankheiten, anscheinend werden sie aber in Wirklichkeit ermordet. Korennas Liebhaber wird vor ihren Augen getötet. Es stellt sich heraus, dass die Träume Erinnerungen sind; sie wurden Torres telepathisch von Jora (Korenna) Mirell, einer älteren Enaranerin, übermittelt, damit sie nicht verlorengehen. Nachdem Mirell ihre letzten Erinnerungen an Torres weitergegeben hat, wird sie von dieser tot aufgefunden. Beim Abschiedsfest für die Enaraner konfrontiert Torres Jor Brel, deren Anführer, mit diesen Erinnerungen und beschuldigt ihn, Mirell getötet zu haben. Er streitet alles ab, und niemand glaubt Torres. Kurz bevor die Voyager Enara Prime erreicht und die Enaraner von Bord gehen, überzeugt Torres Jessen, eine enaranische Ingenieurin, mit der sie zusammengearbeitet hat, die Erinnerungen telepathisch zu übernehmen und selbst nachzuprüfen, ob der Massenmord stattgefunden hat.

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Kes is left comatose after contacting an energy field around a rock.

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Aus einer Raumspalte kommt ein Schiff aus dem 29. Jahrhundert. Sein einziges Besatzungsmitglied, Captain Braxton, feuert auf die Voyager, die er für eine Katastrophe in seiner Zeit verantwortlich macht. Nach einem kurzen Gefecht werden beide Schiffe in die Raumspalte gezogen. Die Voyager wird in das Jahr 1996 versetzt ‒ und in das Sonnensystem der Erde. Ein Außenteam begibt sich nach Los Angeles. Janeway und Chakotay entdecken, dass Braxtons Schiff 1967 auf die Erde stürzte und von einem Geschäftsmann namens Henry Starling gefunden wurde, der die darin enthaltene Technologie nutzte, um die Computer-Revolution einzuläuten. Er weigert sich, das Schiff wieder herauszugeben, das laut Braxton die Katastrophe in der Zukunft auslösen wird. Tuvok und Paris treffen Rain Robinson, eine Astronomin, die die Voyager im Orbit entdeckt hat und für ein außerirdisches Schiff hält. Sie retten sie vor Dunbar, einem Angestellten Starlings, der sie töten soll, und sie und Paris fühlen sich zueinander hingezogen. Währenddessen lädt Starling den Doktor von der Voyager herunter.

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Auf Bitten von Tuvok und Paris lotst Robinson Starling zu ihr. Es ist geplant, ihn in ein Shuttle zu beamen, das von Chakotay und Torres geflogen wird. Starling gibt dem Doktor einen mobilen Emitter und nimmt ihn mit. Nach einem kurzen Kampf gelingt es, Starling ins Shuttle und weiter auf die Voyager zu beamen, aber das Shuttle wird beschädigt und stürzt in Arizona ab, wo Chakotay und Torres von Miliz-Angehörigen gefangen genommen werden. Der Doktor und Tuvok befreien sie. Starling flieht mit Dunbars Hilfe von der Voyager. Dunbar verlässt die Firma mit einem Lastwagen, verfolgt von Robinson und Paris, die annehmen, dass er Braxtons Schiff wegbringt. Als Chakotay und die anderen Dunbar stoppen, stellt sich heraus, dass das Zeitschiff nicht im Lastwagen war. Starling will damit ins 29. Jahrhundert reisen. Nach einem vergeblichen Versuch, ihn umzustimmen, zerstört Janeway das Schiff mit einem Torpedo. Braxton kommt aus einer Raumspalte und schickt die Voyager zurück ins 24. Jahrhundert ‒ und in den Delta-Quadranten.

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Die Voyager-Besatzung ortet ein beschädigtes Raumschiff, dessen Warpkern kurz vor dem Bruch steht. Die Passagiere werden rechtzeitig herausgebeamt; der Anführer, Tieran, stirbt auf der Krankenstation in Kes’ Beisein. Die Voyager bringt die beiden Überlebenden zu ihrem Heimatplaneten Ilari. Nachdem sie sich von Neelix getrennt hat, verlässt Kes mit ihnen die Voyager in einem gestohlenen Shuttle. Offenbar wird sie von Tieran, einem Kriegsherrn, besessen. – Demmas, der ältere Sohn des Herrschers der Ilari, beamt auf die Voyager und erklärt, dass Tieran den Planeten vor 200 Jahren mit harter Hand regierte, gestürzt wurde, aber eine Methode fand, unsterblich zu werden – den Körpertausch. – Inzwischen tötet der Kriegsherr den Herrscher und übernimmt die Macht im Palast. Dabei kann er Kes’ telepathische Fähigkeiten einsetzen. Der Kriegsherr umgarnt Demmas’ jüngeren Bruder Ameron und gewinnt dessen Kooperation. – Der verkleidete Tuvok nähert sich Kes und versucht, den Kriegsherrn mit einem vom Doktor entwickelten Gerät aus ihrem Körper zu vertreiben. Es misslingt. Trotzdem ist Tierans Kontrolle über Kes’ Körper nicht vollständig. – Die Voyager-Besatzung greift Tierans Palast an. Neelix betäubt Kes mit einem Phaser-Schuss und vertreibt vermeintlich Tieran aus ihr, aber der konnte vorher Amerons Körper in Besitz nehmen. Kes vertreibt ihn daraus und übergibt die Insignien der Macht Demmas.

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Q kommt wieder an Bord der Voyager. Er möchte mit Captain Janeway ein Kind zeugen; sie lehnt ab. Als seine Ex-Freundin Lady Q auftaucht, bringt Q Janeway ins Q-Kontinuum, wo ein Bürgerkrieg tobt, der dadurch ausgelöst wurde, dass Q und andere für Freiheit und Individualismus kämpften, inspiriert von dem Philosophen, der vor einiger Zeit auf der Voyager Asyl erhalten und dann den Freitod gewählt hatte. Q denkt, ein Kind könnte eine neue Q-Rasse begründen, die über menschliches Mitgefühl verfügt, und so den Frieden wiederherstellen. Janeway weist darauf hin, dass Mitgefühl nicht vererbt wird. Lady Q hat ihre Kräfte verloren und kann das Kontinuum nur mit Hilfe der Voyager-Besatzung erreichen. Diese beteiligt sich dort am Bürgerkrieg, den Q für die menschliche Wahrnehmung ähnlich dem Amerikanischen Bürgerkrieg gestaltet hat. Sie rettet Q und Janeway vor der Hinrichtung und zwingt die gegnerische Führung zur Aufgabe. Schließlich versetzen Q und Lady Q die Crew wieder auf die Voyager und zeugen einen Sohn, dessen Patin Janeway wird. Q kündigt an, sie später um Babysitter-Dienste zu bitten.

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Als Captain Janeway und Neelix von einer Handelsmission bei den Tak Tak zur Voyager zurückkehren, finden sie zunächst keine Spur vom Rest der Crew. Neelix wird von einem fremden Wesen mit einer schleimigen Substanz besprüht, bekommt Fieber und verschwindet auch. Janeway entdeckt einen Teil der Besatzung bewusstlos im Casino und wird von Krankheitserregern in verschiedener – zum Teil monströser – Größe angegriffen. Nachdem sie sich zur Krankenstation durchgeschlagen hat, erklärt ihr der Doktor, dass es sich um Makroviren handelt, die von einer nahe gelegenen Minenkolonie stammen. Er hatte sie eingeschleppt, als er von einer Außenmission zurückkam. Auch Janeway ist inzwischen infiziert. Der Doktor heilt sie mit einem selbst entwickelten Antigen. Als sie versucht, dieses in Gasform über das Ventilationssystem zu verteilen, wird die Voyager von den Tak Tak angegriffen. Diese wissen um die tödliche Gefahr der Erreger und sehen in der Voyager einen Seuchenherd, den es aus Sicherheitsgründen zu „säubern“ – also zu vernichten – gilt. Der Beschuss der Tak Tak setzt die Umweltkontrolle der Voyager außer Funktion. Janeway überzeugt die Tak Tak davon, den Beschuss einzustellen, da ein Heilmittel gefunden sei. Sie benutzt einige Holodeck-Figuren, um die Makroviren abzulenken. Das verschafft ihr genug Zeit, um eine Antigen-Bombe zu zünden, die die Viren vernichtet. Das Antigen wird – wie zuvor von Janeway versprochen – auch den Tak Tak überlassen.

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Die Voyager erreicht die Nekrit-Ausdehnung – eine riesige stellare Wolke. Neelix’ Wissen über den Weltraum endet hier und er befürchtet, dass er künftig auf der Voyager kaum noch gebraucht wird. Die Voyager fliegt eine in der Nähe befindliche Weltraum-Handelsstation an, um vor dem weiteren Flug ins Ungewisse Ersatzteile und Vorräte zu beschaffen. Beseelt von dem Wunsch, der Voyager-Crew weiterhin von Nutzen zu sein, versucht Neelix auf der Station, eine Raumkarte für den vor ihnen liegenden, unbekannten Raumsektor zu erhalten. Eine solche Karte kann er zunächst zwar nicht auftreiben, aber in der Raumstation trifft er auf Wixiban, einen talaxianischen Artgenossen, der in der Raumstation gestrandet ist. Wixiban versucht, mit zwielichtigen Geschäften an die finanziellen Mittel zu kommen, um sein beschlagnahmtes Raumschiff wieder freikaufen zu können. Neelix kennt Wixiban aus früheren Zeiten. Nachdem beide gemeinsam ein krummes Ding gedreht hatten, wurde Wixiban gefasst und für ein Jahr unter schlimmen Bedingungen inhaftiert. Neelix fühlt sich deshalb in seiner Schuld. Er lässt sich von Wixiban dazu überreden, vermeintliche Medikamente auf die Raumstation zu schmuggeln, da ihm Wixiban dafür die gewünschte Raumkarte in Aussicht stellt. Doch am Treffpunkt eskaliert die Situation. Wixiban hatte Neelix belogen: statt um Medikamente ging es in Wirklichkeit um Drogen. Der Käufer bezahlt nicht und schießt auf die beiden Talaxianer. Wixiban erschießt ihn in Notwehr mit einem Föderations-Phaser. Er und Neelix beamen zurück auf ein Shuttle und kehren zur Voyager zurück. Auf der Raumstation wird der tote Drogenhändler gefunden. Die Ermittlungen des Stationsbesitzers Bahrat ergeben anhand der gemessenen Energiesignaturen, dass ein Phaser der Föderation die Tatwaffe war. Auf Grundlage schwacher Indizien werden Tom Paris und Chakotay als Mordverdächtige verhaftet. Bahrat droht mit ihrer Verurteilung und 50 Jahren kryostatischer Haft. Wixiban fordert inzwischen von Neelix, dass dieser für ihn eine Probe Warp-Plasma aus der Voyager beschaffen soll. Bestimmt ist das Plasma für die Colatti, brutale Kriminelle, bei denen Wixiban verschuldet ist und von denen er sich bedroht fühlt. Wixiban droht damit, Neelix’ Verfehlungen publik machen, sollte dieser das Plasma nicht beschaffen. Neelix weigert sich schließlich, weil er seine Freunde von der Voyager nicht weiter hintergehen will. Er schlägt Wixiban aber einen gewagten Plan vor, auf den dieser schließlich eingeht. Sie gestehen Bahrat gegenüber ihre Beteiligung an der tödlichen Schießerei, machen aber Notwehr geltend. Um Strafbefreiung zu erhalten, bieten sie an, den Colatti eine Falle zu stellen, damit diese gefasst werden können. Bahrat willigt ein und stellt einen Behälter mit dem minderwertigeren Warp-Plasma der Station zur Verfügung. An einem abgelegenen Ort der Station treffen sich die beiden Talaxianer mit den Colatti und übergeben ihnen einen Behälter mit der Plasma-Probe. Der Anführer der Colatti scannt die Probe und merkt, dass sie nicht von der Voyager stammt. Er zieht einen Phaser und zielt auf Neelix. Neelix sagt ihm, dass er die Sicherheitsventile des Behälters gelöst habe und das Plasma bereits ausströmt. Ein Schuss werde eine Explosion auslösen. Als Sicherheitskräfte der Station nun eingreifen, schießt einer der Colatti doch. Es kommt zu einer starken Explosion. Neelix kommt auf der Krankenstation der Voyager wieder zu sich. Er erfährt, dass die Anklage gegen ihn zurückgezogen wurde und Wixiban die Station bereits verlassen hat. Die Colatti wurden inhaftiert. Captain Janeway konfrontiert Neelix mit seinem Fehlverhalten und beklagt den durch ihn verursachten Vertrauensverlust. Als Strafe werden ihm zwei Wochen Arbeitseinsatz auferlegt. Sie macht ihm aber auch klar, dass er auch ohne Kenntnisse des Raumgebietes nützlich sei und gebraucht werde und dass er mehr sei als nur ein Crewmitglied – er sei Mitglied der Voyager-Familie.

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Die Voyager nähert sich einem Inversionsnebel. Solche sollten nach wissenschaftlichen Theorien instabil sein, aber dieser ist anscheinend Jahrhunderte alt. – Harry Kim verliebt sich in Marayna, eine Figur auf dem Holodeck, die mit ihrer Schönheit und Intelligenz nach und nach auch Tuvok in ihren Bann zieht. – Als Captain Janeway befiehlt, den Nebel zu verlassen und Kurs auf den Alpha-Quadranten zu nehmen, reagiert der Antrieb der Voyager nicht. Marayna taucht mithilfe des mobilen Emitters des Doktors in Tuvoks Quartier auf, obwohl Tuvok sie aus dem Holodeck gelöscht hat. Tuvok alarmiert die Sicherheit, und Marayna verschwindet von selbst. Offenbar kann sie die Systeme der Voyager beeinflussen. Später meldet sie sich über Lautsprecher und verlangt, dass Tuvok zu ihr aufs Holodeck kommt. Da sie droht, andernfalls die Voyager zu zerstören, tut er es, aber Torres lokalisiert die Quelle des Signals, und Kim beamt Tuvok dorthin ‒ auf eine verborgene Raumstation. Marayna ist ein Avatar einer Außerirdischen, die allein dort lebt und die Aufgabe hat, den Inversionsnebel als Schauspiel für ihr Volk stabil zu halten. Um Gesellschaft zu haben, schickt sie ihren Avatar auf vorbei fliegende Raumschiffe. Sie hat Tuvoks Einsamkeit unter der größtenteils menschlichen Besatzung erkannt und möchte mit ihm zusammen auf der Raumstation leben. Tuvok lehnt ab und überzeugt Marayna, ihn und die Voyager ziehen zu lassen.

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Janeway und Chakotay sterben mehrmals auf verschiedene Art in einem Shuttle oder nach einer Bruchlandung. Sie scheinen in einer Zeitschleife zu stecken. Nach der Rückkehr zur Voyager erinnert Chakotay sich aber nicht mehr an die Zeitschleife. Laut dem Doktor hat sich Janeway mit der vidiianischen Fresszelle infiziert. Da er kein Heilmittel findet, will er sie gegen ihren Willen euthanasieren. Nach ihrem Tod ist sie wieder mit Chakotay im Shuttle. Sie stirbt wieder und kann sich und Chakotay diesmal von außen beobachten, ohne eingreifen zu können. Der Doktor und Kes versuchen vergeblich, sie wiederzubeleben. Kes kann die „Geist-Janeway“ aber wahrnehmen, so dass die Crew sie mit verschiedenen Methoden sichtbar zu machen versucht, aber ohne Erfolg. Kes versucht vergeblich mit Tuvoks Hilfe, Janeways Präsenz telepathisch aufzuspüren. Plötzlich meint Janeway ihren Vater zu sehen, der vor über 15 Jahren starb. Er legt ihr nahe, ihren Tod zu akzeptieren, aber auch nach ihrer Trauerfeier ist die „Geist-Janeway“ nicht bereit, ihre Daseinsebene zu verlassen. Der „Geist“ ihres Vaters versucht sie zu überreden, aber Janeway bleibt standhaft. Plötzlich ist sie wieder auf dem Planeten, auf dem das Shuttle die Bruchlandung gemacht hat. Der Doktor versucht sie wiederzubeleben. Sie versteht, dass der „Geist“ ihres Vaters in Wirklichkeit ein fremdes Wesen ist, das sie in seine Matrix locken will. Es gibt zu, dass es sich von ihr ernähren will, aber kapituliert vor ihrer Willensstärke. Sie kehrt vollständig ins Leben zurück.

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Vulcan crewmember Vorik passes on the Pon farr to B’Elanna. Meanwhile, seemingly uninhabited planet Sakari is explored. After ruins are discovered, and a few survivors are found underground by the crew, it becomes obvious that local culture was destroyed by invaders. Remains of one of the invaders are found and identified - they were Borg.

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Commander Chakotay und Fähnrich Kaplan empfangen auf dem Rückweg von einem Erkundungsflug einen Föderations-Notruf von einem Planeten. Nach der Landung werden sie beschossen. Kaplan wird getötet, und der verletzte Chakotay kommt in die Obhut einer Gruppe humanoider Wesen, darunter ehemalige Angehörige der Sternenflotte. Wie sich herausstellt, sind alle Bewohner des Planeten ehemalige Borg, die durch einen Hüllenbruch ihres Borg-Würfels, der die Verbindung mit dem Kollektiv unterbrach, freikamen. Mit der Zeit haben sie sich wegen kultureller Unterschiede und alter Feindschaften zwischen ihren Spezies in mehrere Gruppen aufgespalten, die um die knappen Ressourcen kämpfen. Die Kooperative, die Chakotay aufgenommen hat, kann ihr kollektives Bewusstsein für kurze Zeiträume wiederherstellen und bezieht Chakotay mittels eines Neurotransceivers ein, um seine lebensgefährliche Kopfverletzung zu heilen. Sie will alle Gruppen unter diesem kollektiven Bewusstsein vereinigen, um die Kämpfe zu beenden. Dafür bittet sie die Voyager-Crew um technische Hilfe bei der Reaktivierung des neuroelektrischen Generators des Borg-Würfels, der funktionsuntüchtig durchs All treibt. Captain Janeway lehnt wegen der möglicherweise weitreichenden Folgen ab. Als der Bunker der Kooperative angegriffen wird, bringt diese Chakotay unter ihre mentale Kontrolle. Er beamt zum Borg-Würfel und reaktiviert den Generator. Ein Außenteam der Voyager rettet ihn, aber der Würfel und die Borg an Bord sind wieder funktionstüchtig und bereiten sich darauf vor, die Voyager anzugreifen. Die Kooperative, die jetzt alle Bewohner des Planeten umfasst, löst den Selbstzerstörungsmechanismus des Würfels aus und trennt ihre Verbindung mit Chakotay.

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Die Voyager umkreist einen Planeten, auf dem außerirdische Reisende einen Außenposten haben. Sie versorgen die Voyager-Besatzung mit Informationen über den angrenzenden Teil des Weltraums, den diese durchfliegen will. Kes, die sich von Neelix getrennt hat, beginnt eine Romanze mit einem Reisenden namens Zahir und zieht in Erwägung, seinetwegen die Voyager zu verlassen, aber Zahir wird von einem Unbekannten überfallen und tätlich angegriffen. – Der Doktor hat Charakteigenschaften berühmter Persönlichkeiten wie Lord Byron, Mahatma Gandhi, Sokrates oder T’Pau in sein Programm aufgenommen. Torres ist besorgt wegen mancher dieser neuen Charakterelemente. Als sie die negativen Seiten der Berühmtheiten aus dem Doktor löschen will, wird auch sie angegriffen, nämlich von der neuen Persönlichkeit des Doktors, von der dieser selbst nichts weiß. Diese hat Zahir überfallen und will das Originalprogramm mit Torres’ erzwungener Hilfe löschen, aber die weigert sich. Die neue Persönlichkeit entführt Kes. Im letzten Moment werden beide wieder auf die Voyager gebeamt, wo Torres die vom Doktor hinzugefügten Charakterelemente löscht. Kes bleibt auf der Voyager, denn sie erwartet Veränderungen für sich und will diese lieber in vertrauter Umgebung erleben.

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Die Voyager-Besatzung hilft den Nezu, Asteroiden von einem von ihnen kolonisierten Planeten abzuwehren. Dr. Vatm, ein Astrophysiker, hat Hinweise darauf entdeckt, dass die Asteroiden künstlich sind. Da die Verbindung mit ihm abbricht, starten Shuttles zum Planeten, darunter eins mit Tuvok, Neelix und Sklar, einem Nezu-Geologen. Nach einer Bruchlandung kommen Vatm und Hanjuan, ein Arbeiter in einer nahe gelegenen Mine, an Bord. Vatm will die Ergebnisse seiner Analyse der Asteroidentrümmer nur dem Botschafter mitteilen. Da sowohl Antrieb als auch Kommunikationseinrichtungen des Shuttles beschädigt sind, begibt sich die Gruppe auf Neelix’ Vorschlag in die Basisstation einer vertikalen Magnetbahn, die Frachtkörbe an einem Orbitalseil über die Ionosphäre hinaus befördern kann, von wo aus man Voyager kontaktieren könnte. In der Basisstation schließt sich ihnen Lillias an, eine Arbeiterin aus einer Gießerei. Nachdem der Frachtkorb repariert ist, startet die Gruppe. Vatm will etwas vom Dach des Frachtkorbs holen, stirbt aber unerwartet. Er wurde vergiftet. Nach einer Diskussion mit Neelix lässt Tuvok sich überzeugen, aufs Dach zu steigen. Dort findet er einen Datenspeicher und wird von Sklar angegriffen. Mit Neelix’ Hilfe wirft er ihn über Bord. Die Voyager wird inzwischen von den Etanianern angegriffen, die das Gebiet beanspruchen. Als der Frachtkorb die Ionosphäre durchbricht, wird die Gruppe an Bord der Voyager gebeamt. Mit Hilfe der Informationen im gefundenen Datenspeicher gewinnt die Voyager das Gefecht mit dem etanianischen Schiff. Es stellt sich heraus, dass die Etanianer die Asteroiden geschickt hatten, um den Planeten zu erobern. Sklar hat für sie gearbeitet.

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Harry Kim is drawn to a planet that is nearly all women.

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Kes fällt rückwärts durch die Zeit und kann sich nur an die Zukunft erinnern, nicht an die Vergangenheit. Zuerst ist sie neun Jahre alt, also sehr alt für eine Ocampa. Der Doktor versucht, ihr Leben mit einer neu entwickelten biotemporalen Kammer zu verlängern. Sie hat Tom geheiratet, sie haben eine Tochter namens Linnis. Die hat Harry geheiratet und hat mit ihm einen Sohn namens Andrew. Nach einigen Rückwärtssprüngen erzählt Tom vom „Jahr der Hölle“, in dem die Krenim die Voyager angriffen. Janeway und B’Elanna wurden getötet, und Chronoton-Torpedos, die sich in einem Zustand des temporalen Flusses befinden, verseuchten das Schiff radioaktiv. Kes fällt wieder durch die Zeit. Der Doktor entdeckt, dass ihre Rückwärtssprünge durch die biotemporale Kammer ausgelöst werden, die die Chronoton-Partikel reaktiviert hat. Weitere Sprünge bringen Kes zum Anfang des „Jahrs der Hölle“. Sie erlebt Janeways und B’Elannas Tod mit. Durch ihr Wissen aus der Zukunft kann die Voyager-Crew das Krenim-Schiff zerstören, aber ein Chronoton-Torpedo-Fragment bleibt an Bord. Kes misst seine temporale Varianz und fällt weiter zurück. Der Doktor und B’Elanna legen Kes in eine biotemporale Kammer und setzen sie Antichronotonen aus, um die Chronotonen zu neutralisieren. Kes fällt in mehreren Sprüngen zu ihrer Geburt, dann vor die Vereinigung von Ei- und Samenzelle, aber ab dann bewegt sie sich sprungweise vorwärts bis zu ihrer Geburt, dann in die biotemporale Kammer, denn ihr Chronoton-Niveau sinkt durch die Behandlung deutlich. Der Prozess ist gestoppt, Kes’ Erinnerungen an die Vergangenheit kehren zurück. Tuvok weist darauf hin, dass die Zukunft, an die Kes sich erinnert, nur eine mögliche Zukunft ist. Sie will Janeway aber alle Informationen über die Krenim geben.

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Der Doktor erschafft ein Holoprogramm mit einer perfekten Familie ‒ einer ihn umsorgenden Ehefrau, einem intelligenten, braven Sohn und einer intelligenten, sportlichen Tochter ‒, um das Familienleben praktisch kennen zu lernen. B’Elanna Torres findet sie nicht sehr realistisch und nimmt einige Anpassungen vor. So hört der Sohn laut Musik und hat klingonische Freunde, die ihm Werte eines kriegerischen Lebens vermitteln, so dass er ein gewalttätiges Ritual durchführen will, während die Tochter eine riskante Sportart betreibt und die Ehefrau ihren eigenen Interessen nachgeht und nicht jeden Tag kocht. Der Doktor versucht zunächst, seine Familie dazu zu bringen, sich seinen Wünschen zu fügen, muss aber feststellen, dass das nicht so einfach ist. Schließlich wird die Tochter bei einem Sportunfall so schwer verletzt, dass der Doktor sie nicht heilen kann. Er bricht zunächst das Holoprogramm ab, bevor sie stirbt, aber Tom Paris redet ihm zu, es fortzuführen und die Erfahrung zu machen, dass Familie auch geteilten Schmerz und gegenseitige Unterstützung bedeutet. So steht die Familie vereint am Sterbebett der Tochter und tröstet sich gegenseitig.

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Zwei Wissenschaftler der Voth, einer saurierartigen Spezies aus dem Delta-Quadranten, erforschen, woher ihre Spezies stammt. Sie haben die Theorie, dass ihr Ursprung auf einem anderen Planeten liegt. Aufgrund von Knochenfunden und Berichten über die Voyager-Crew entwerfen sie ein hypothetisches Bild eines Menschen, das sie mit Hilfe neuerer Daten immer weiter verfeinern. Sie nehmen an, dass der Heimatplanet der Menschen auch der der Voth ist. Schließlich treffen sie getarnt auf der Voyager ein und beobachten die Besatzung. Kim und Tuvok enttarnen die Wissenschaftler und nehmen einen gefangen. Chakotay wird vom anderen gefangen genommen, der mit ihm zu seinem Schiff flieht. Er erläutert Chakotay seine Theorie und bekommt von ihm Informationen über die Erde und die Menschen. Sie schließen, dass die Voth sich auf der Erde entwickelt und den Planeten in Raumschiffen verlassen haben. Die Wissenschaftler sind jetzt überzeugt, dass ihre Theorie einer Herkunft aus der Ferne richtig ist, und stellen ihrer Regentin Chakotay als lebenden Beweis vor. Diese sieht aber den Herrschaftsanspruch der Voth bedroht, falls sich herausstellt, dass der Ursprung der Spezies nicht im Delta-Quadranten liegt, und zwingt daher die Wissenschaftler, ihre Theorie öffentlich zu widerrufen. Dabei benutzt sie die Besatzungsmitglieder der Voyager, die in ihrer Gewalt sind, als Druckmittel: Diese müssten sonst den Rest ihres Lebens in einer Strafkolonie verbringen.

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Auf der Voyager tauchen nach und nach immer mehr Bewohner von Nyria III auf, die angeblich nicht wissen, wie sie dorthin gekommen sind. Gleichzeitig werden ebenso viele Besatzungsmitglieder in deren Kolonie transferiert. Lieutenant Torres hält nach einer Analyse ein natürliches Phänomen für unwahrscheinlich. Als sie das dem nyrianischen Wissenschaftler Rislan sagt, schlägt der ein Crewmitglied nieder und transportiert Torres von Bord. Die Nyrianer übernehmen unter ihrem Anführer Dammar nach und nach das ganze Schiff. Als letzte Crewmitglieder werden Commander Chakotay und der Doktor in die nyrianische Kolonie transportiert, wo sie bewacht werden. Captain Janeway vermutet, dass die Kolonie holografisch erzeugt wurde. Dies bestätigt sich, als ein Fremder durch ein unsichtbares Portal erscheint. Sein Volk wurde vor Jahren entführt und bewohnt eine angrenzende Biosphäre. Torres verändert die optischen Sensoren des Doktors, damit dieser weitere Portale finden kann. Durch ein solches erreichen Janeway und Lieutenant Tuvok einen Zugangstunnel und entdecken, dass sie an Bord eines Raumschiffs sind. Sie finden einen Translokator. Währenddessen fliehen Torres und Lieutenant Paris vor einigen Wachen in eine Eis-Biosphäre und setzen ihre Verfolger außer Gefecht. Janeway und Tuvok erlangen Zugriff auf den Translokator und transportieren Torres und Paris in die Biosphäre für die Voyager-Besatzung und Rislan und Dammar von der Voyager in die Eis-Biosphäre, die für Nyrianer viel zu kalt ist. So zwingt Janeway sie, die Voyager wieder herzugeben, und befreit auch die anderen Gefangenen.

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Beim Entfernen alter Dateien entdeckt B’Elanna Torres ein unvollendetes Holoprogramm namens Rebellion Alpha, dessen Autor anonym ist. Die Handlung: Chakotay nutzt eine kurze Abwesenheit Captain Janeways, um mit Unterstützung der Ex-Maquis-Angehörigen eine Meuterei auf der Voyager anzuzetteln. Auch Seska ist beteiligt. Nachdem mehrere Besatzungsmitglieder das Programm durchgespielt haben, gibt Tuvok sich als Autor zu erkennen und erklärt, dass Rebellion Alpha für die Ausbildung rangjüngerer Sicherheitsoffiziere gedacht war, er es aber unvollendet gelassen und schließlich gelöscht hat, als das Szenario des Programms immer unwahrscheinlicher wurde. Tom Paris will Rebellion Alpha zu Ende schreiben. Tuvok ist mit seinen Plänen für die Handlung nicht einverstanden. Sie entscheiden sich, gemeinsam auf dem Holodeck am Programm weiter zu arbeiten. Dabei reaktiviert es sich selbständig, und das Seska-Hologramm erklärt, dass die echte Seska das Programm fertig geschrieben hat. Das Holodeck ist versiegelt und die Sicherheitsprotokolle abgeschaltet. Außerdem lässt sich das Programm nicht beenden. Die Holo-Janeway unterstützt Tuvok und Paris, aber als sie auf Chakotay und Seska schießt, hat ihr Phaser-Gewehr eine Fehlfunktion, und sie wird getötet. Seska erklärt, dass es manipuliert wurde. Nachdem die echte Torres entdeckt hat, dass Rebellion Alpha verändert werden kann, fügt Janeway ein Raumschiff hinzu, das die Voyager beschießt. Im entstehenden Durcheinander ergreift Tuvok ein Phaser-Gewehr. Seska zwingt ihn, es ihr zu geben, indem sie in den Energie-Relais des Holodecks eine Überlastung initiiert. Tuvok stellt das Phaser-Gewehr auf Töten, wie er sagt, gibt es dann aber Seska, die die Überlastung beendet. Als sie das Gewehr abfeuert, hat es eine Fehlfunktion und tötet sie. Tuvok hat es manipuliert. Dadurch wird das Holoprogramm beendet.

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Die Voyager nähert sich dem Borg-Raum. Da er zu groß ist, um umflogen zu werden, beschließt Captain Janeway, ihn zu durchqueren. 15 Borg-Würfel nähern sich der Voyager. Einer scannt sie, dann fliegen alle weiter. Als ihre Energiesignaturen abrupt erlöschen, folgt die Voyager ihnen. Sie findet die Schiffe größtenteils zerstört, die meisten Borg sind tot. In der Hülle eines Borg-Würfels steckt ein Bio-Schiff unbekannter Bauart. Chakotay, Tuvok und Kim beamen auf den Würfel, dessen Besatzung teils tot, teils funktionsuntüchtig ist. Der Pilot des Bio-Schiffs greift das Außenteam an und verletzt Kim. Als das Bio-Schiff aktiviert wird, beamt die Voyager das Außenteam an Bord und flieht. Kes hatte telepathischen Kontakt mit dem Piloten des Bio-Schiffs und stuft seine Spezies, die von den Borg Spezies 8472 genannt wird, als sehr aggressiv ein. Kim wurde mit fremden Zellen infiziert, die ihn von innen her auffressen. Der Doktor behandelt ihn mit Borg-Nanosonden, die er so modifiziert hat, dass sie gegen Spezies 8472 wirksam sind. Janeway will diese Technologie den Borg anbieten und dafür sichere Passage durch den Borg-Raum erhalten. Chakotay hat schwere Bedenken; er vergleicht die Borg mit dem Skorpion in einer Fabel, der einen Fuchs tötet, obwohl das seinen eigenen Tod bedeutet. Chakotay befürchtet, dass die Borg die Voyager-Besatzung auf ähnliche Weise verraten werden. Janeway wird zu Verhandlungen auf ein Borg-Schiff gebeamt. Sie schlägt vor, dass die Borg und die Voyager-Crew zusammen eine praktisch einsetzbare Waffe gegen Spezies 8472 entwickeln. Die greift in diesem Moment an und zerstört einen Borg-Planeten; der Würfel mit Janeway an Bord flieht.

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Der Doktor heilt Kim mit den modifizierten Borg-Nanosonden. Janeway und Tuvok arbeiten auf dem Borg-Würfel gemeinsam mit den Borg an der Waffe gegen Spezies 8472. Die Borg bestimmen eine Repräsentantin namens Seven of Nine, einen ehemaligen Menschen. Als Spezies 8472 wieder angreift, opfert sich der Borg-Würfel, um die Voyager mit den modifizierten Nanosonden an Bord zu retten. Janeway, Tuvok und einige Borg, darunter Seven of Nine, werden vorher auf die Voyager gebeamt, nach Frachtraum 2, den die Borg assimilieren. Janeway ist verletzt und dienstuntauglich; sie befiehlt Chakotay, die Allianz fortzusetzen. Seven fordert, dass die Voyager zum nächsten Borg-Schiff fliegt, um die Waffe dort weiterzuentwickeln, aber Chakotay will keinen Umweg machen und beendet die Allianz. Nach einem erneuten Angriff durch Spezies 8472 erzeugen die Borg eine Quantensingularität in einen fluiden Raum, wo Spezies 8472 lebt. Chakotay setzt Frachtraum 2 einem Unterdruck aus, der die Borg bis auf Seven of Nine ins All saugt, aber die Voyager wird in den fluiden Raum gezogen. Janeway übernimmt wieder das Kommando und setzt die Allianz mit den Borg fort. Spezies 8472 wird mit der entwickelten Waffe besiegt; die Voyager kehrt in den normalen Raum zurück. Laut Seven of Nine fliegen alle verbliebenen Bio-Schiffe zurück in den fluiden Raum. Sie versucht die Voyager zu assimilieren. Chakotay setzt sie mit Hilfe von Torres und dem Doktor mit einem Neuro-Transmitter außer Gefecht und trennt ihre Verbindung mit dem Kollektiv. Janeway entscheidet, Seven of Nine nach der Durchquerung des Borg-Raums an Bord zu behalten und, falls möglich, in die Besatzung zu integrieren.

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Seven of Nines organische Anteile haben begonnen, die Borg-Implantate abzustoßen. Schließlich muss der Doktor gegen ihren Willen den größten Teil ihrer Implantate entfernen. Kes hilft dabei mittels ihrer telekinetischen Kräfte, die immer stärker werden. Tuvok versucht ihr beizubringen, diese Kräfte zu beherrschen. Seven ist desorientiert, weil sie nicht mehr mit dem Borg-Kollektiv verbunden ist, und will zu den Borg zurückgebracht werden, aber Captain Janeway findet das zu gefährlich für den Rest der Crew. Als Seven im Maschinenraum eingesetzt wird, schlägt sie Fähnrich Kim nieder und versucht die Borg zu kontaktieren. Kes stoppt sie, beschädigt aber dabei die Voyager. Später zerreißt sie die Voyager beinahe. Daher verlässt sie das Schiff auf Dauer. Als Abschiedsgeschenk bewegt sie die Voyager zehn Jahre näher an den Alpha-Quadranten. Der Doktor ersetzt Sevens Augenstück durch ein künstliches Auge. Sie wird ein Mitglied der Besatzung.

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Es ist der Tag der Ehre, ein klingonischer Feiertag, an dem man sein Verhalten im vergangenen Jahr analysiert und prüft, ob man den klingonischen Normen entspricht. B’Elanna Torres hat mit Tom Paris ein Holoprogramm dafür entwickelt, ist aber aufgrund einer Pechsträhne gereizt und bricht das Programm daher ab. Die Voyager wird von den Caatati kontaktiert, einem Volk, dessen größter Teil von den Borg assimiliert wurde. Die Verbliebenen sind verarmt. Captain Janeway gibt ihnen Versorgungsgüter, darunter Thorium-Isotope. Als sie die Ex-Borg Seven of Nine sehen, wollen sie sich an ihr rächen. Tuvok verhindert das. Die Maschinenraum-Crew führt mit Sevens und Toms Hilfe einen Transwarp-Versuch durch. Er schlägt fehl, und B’Elanna muss den Warpkern abwerfen lassen. Mit Tom bricht sie in einem Shuttle auf, um den Kern zurückzuholen. Der wird allerdings gerade an Bord eines der Caatati-Schiffe gebracht. Als B’Elanna das zu verhindern versucht, zerstören die Caatati das Shuttle. Tom und B’Elanna beamen rechtzeitig hinaus, aber ihre Raumanzüge verlieren Sauerstoff. Die Caatati versuchen die Voyager-Besatzung mit dem Warpkern zu erpressen, ihnen mehr Güter und Seven zu geben. Die ist einverstanden, aber Janeway lehnt ab. Seven erklärt sich daraufhin bereit, eine Energiematrix herzustellen, die Thorium-Isotope repliziert, und gibt sie den Caatati. Die sind zufrieden. Als der Sauerstoff zur Neige geht, sagt Tom zu B’Elanna, sie hätte ihn immer fasziniert und er sei froh, dass sie das Letzte sei, das er sehen werde. Sie meint, sie sei feige gewesen, indem sie keine engen Beziehungen eingegangen sei, und wolle nicht ohne Ehre sterben, und macht ihm eine Liebeserklärung. Bevor er antwortet, werden sie gerettet.

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Bei einer Erkundungsmission auf einem fremden Planeten wird Chakotays Shuttle abgeschossen, und er wird von Vori-Soldaten gefangen genommen. Diese befinden sich in einem lange andauernden Krieg mit den Kradin, die sie ihre Nemesis nennen. Der Kommandant lässt Chakotay frei. Da es gefährlich wäre, allein zum Shuttle zurückzugehen, wird Chakotay von einem Soldaten begleitet. Sie finden das Shuttle zerstört vor, und der Soldat wird von Kradin getötet. Chakotay muss seine Uniform und seine Waffe übernehmen. Die Vori-Soldaten betonen die Grausamkeit der Kradin und die Notwendigkeit, den Planeten gegen diese zu verteidigen. Bei einem Gefecht mit den Kradin wird Chakotay von der Einheit getrennt. Er erreicht ein Vori-Dorf, in dem er die Nacht verbringt. Das Dorf wird von Kradin überfallen, die gegen Chakotays Widerstand die Alten umbringen und die anderen Dorfbewohner verschleppen. Chakotay wird vom einzigen überlebenden Mitglied „seiner“ Einheit gerettet. Als Tuvok mit einigen Kradin-Soldaten erscheint, erkennt Chakotay ihn zuerst nicht; Tuvok sieht für ihn wie ein Kradin aus. Tuvok erklärt ihm, dass alles, was Chakotay auf dem Planeten erlebt zu haben meint, eine Illusion war. Die Vori rekrutieren regelmäßig Fremde auf diese Weise. Die Kradin bezeichnen die Vori als ihre Nemesis und werfen ihnen dieselben Grausamkeiten vor wie die Vori ihnen. Chakotay weiß, dass es lange dauern wird, den ihm eingeimpften Hass auf die Kradin zu überwinden.

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Tuvok wird zum Lieutenant Commander befördert. Tom Paris und B’Elanna Torres sprechen sich über ihre Liebeserklärung aus und beginnen eine Beziehung. Harry Kim und Seven of Nine verbessern gemeinsam die Astrometrie. Er ist ihr gegenüber zuerst misstrauisch, fühlt sich dann aber immer stärker zu ihr hingezogen. Schließlich versucht er sich mit ihr zu verabreden, aber als sie ihm Sex anbietet, ohne auf den romantischen Aspekt seines Vorschlags einzugehen, weist er sie verstört zurück. Währenddessen versuchen der Doktor und B’Elanna einem außerirdischen Hologramm („Isomorph“) zu helfen, das einen Notruf gesendet hat, aber nach einiger Zeit auf seinem Schiff stellt sich heraus, dass er die organischen Besatzungsmitglieder ermordet hat, weil er Lebewesen abstoßend findet. Mit Mühe machen sie den Psychopathen unschädlich.

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Die Voyager-Besatzung möchte den Raum der B’omar durchqueren. Diese stellen u. a. die Bedingung, dass die Voyager einen bestimmten Kurs einhält. Seven of Nine hat unerklärliche Flashbacks von einer Situation, in der ein schwarzer Vogel sie angreift, mehrere Borg sie assimilieren wollen und sie große Angst hat. Schließlich greift sie Neelix und weitere Crewmitglieder an, stiehlt ein Shuttle und fliegt in den B’omar-Raum. Die B’omar wollen sie aufspüren und töten und verbieten der Voyager den Flug in ihren Raum. Tuvok und Paris folgen Seven heimlich in einem zweiten Shuttle, und Tuvok beamt zu ihr. Seven überwältigt ihn und schießt Paris’ Shuttle manövrierunfähig. Sie folgt einem Borg-Zielflug-Signal zu einem beschädigten, verlassenen Raumschiff auf der Oberfläche eines Mondes. Es stellt sich heraus, dass es die Raven ist, das Schiff von Sevens Eltern. Hier wurde die Familie von den Borg assimiliert. Die B’omar beschießen die Raven. Da Captain Janeway aus Sevens Flashbacks die richtigen Schlüsse gezogen hat, fliegt die Voyager ebenfalls zum Mond und macht die Waffen der B’omar-Schiffe unschädlich. Paris beamt Seven und Tuvok an Bord und kehrt mit ihnen zur Voyager zurück, die den B’omar-Raum schnell verlässt.

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Ungewöhnliche Beschwerden der Voyager-Besatzungsmitglieder häufen sich, so altert Commander Chakotay rapide, und bei Neelix setzen sich die myleanischen Gene seines Urgroßvaters durch. Captain Janeway wird von starken Kopfschmerzen geplagt und reagiert immer gereizter. Seven of Nine entdeckt mit Hilfe des Doktors die Ursache: Unsichtbare Aliens führen heimlich medizinische Experimente mit der Crew durch. Es gelingt ihr, die Versuchsleiterin zu enttarnen. Die wird daraufhin eingesperrt und besteht gegenüber Captain Janeway darauf, die Experimente fortzuführen. Andernfalls will sie die gesamte Crew töten. Nachdem ein Besatzungsmitglied an den Folgen der Experimente gestorben ist, steuert Captain Janeway die Voyager zwischen binären Pulsaren hindurch, die das Schiff zerquetschen könnten. Die Aliens fliehen, wobei eins ihrer Schiffe offenbar zerstört wird. Die Voyager ist nur leicht beschädigt.

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Die Voyager fliegt in ein Gebiet des Weltraums, das von den Krenim beansprucht wird. Deren früheres großes Imperium ist untergegangen. Um es wiederherzustellen, verändert ein Zeitschiff unter dem Kommando von Annorax seit 200 Jahren die Vergangenheit. Dabei eliminiert die Besatzung ganze Zivilisationen aus der Geschichte, während sie selbst auf dem Schiff vor der Zeit geschützt ist. Annorax will auch die Krenim-Kolonie auf Kyana Prime wiederherstellen; ohne diese ist er auch mit einer 98-prozentigen Wiederherstellung des Krenim-Imperiums nicht zufrieden und befiehlt gegen den Widerspruch von Teilen seiner Besatzung weitere temporale Eingriffe. In den folgenden Monaten wird die Voyager immer wieder von Krenim-Schiffen angegriffen. Schließlich ist sie schwer beschädigt, und mehrere Crewmitglieder sind tot. Die Torpedos der Krenim durchdringen die Schilde der Voyager, da sie auf Chronotonen basieren und sich in einem Zustand des temporalen Flusses befinden. Nach einem Angriff steckt ein nicht detonierter Torpedo in der Voyager. Seven misst seine temporale Varianz, obwohl Tuvok ihr befiehlt zu fliehen. Der Torpedo detoniert und nimmt Tuvok das Augenlicht. Seven kann Voyagers Schilde an die temporale Varianz der Torpedos anpassen und so einen erneuten Angriff abwehren. Das Krenim-Zeitschiff ändert die Vergangenheit wieder, aber Voyager ist durch die temporalen Schilde geschützt. Durch ihre Anwesenheit hat der temporale Eingriff unerwartete Auswirkungen: Die Krenim-Zivilisation wird auf einen Prä-Warp-Stand zurückgeworfen. Annorax lässt Chakotay und Paris auf das Zeitschiff transportieren, und Janeway versteht, dass das Krenim-Schiff die Zeitlinie ändert. Es versucht Voyager aus der Geschichte zu eliminieren, aber die kann fliehen. Janeway beordert die Crew in die Rettungskapseln; nur die Führungsoffiziere bleiben an Bord.

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Nachdem Annorax Chakotay und Paris zwei Monate auf dem Zeitschiff gefangen gehalten hat, will er mit ihnen zusammenarbeiten, weil er die Voyager nicht finden kann. Er behauptet, die Vergangenheit so ändern zu können, dass sein Schiff und Voyager sich nie begegnet sind und Voyager dem Alpha-Quadranten näher ist. Dies zu erreichen, ohne weitere Zivilisationen zu eliminieren, erfordert komplizierte Berechnungen, für die er Chakotay und Paris um Hilfe bittet. Chakotay erklärt sich dazu bereit. Annorax erzählt ihm, dass er in die Geschichte eingreift, um einen Fehler bei einem früheren Eingriff zu korrigieren. Paris schlägt Chakotay vor, den temporalen Kern des Schiffes zu deaktivieren, wodurch es in der normalen Raumzeit angreifbar würde. Chakotay vertraut Annorax und befiehlt Paris, vorerst nichts zu unternehmen, aber nachdem Annorax eine weitere Zivilisation eliminieren ließ, ändert er seine Entscheidung. Chakotay entdeckt auch Annorax’ Grund, die Kolonie auf Kyana Prime wiederherstellen zu wollen: Seine Frau lebte dort. Obrist, ein Besatzungsmitglied des Zeitschiffs, schließt sich Chakotay und Paris an und arbeitet gegen Annorax. Paris übermittelt Voyager die Koordinaten des Zeitschiffs. Die ist kaum noch funktionstüchtig, und ihre verbliebene Besatzung ist erschöpft, aber sie greift mit anderen Raumschiffen zusammen an. Während des Kampfes deaktiviert Obrist den temporalen Kern. Chakotay und Paris werden von Bord gebeamt, und Janeway kollidiert absichtlich mit dem Zeitschiff und zerstört es. Dadurch wird die Vergangenheit verändert: Ein Jahr zuvor umfliegt Voyager den Krenim-Raum. Annorax hat nie das Zeitschiff konstruiert und lebt mit seiner Frau zusammen.

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Die Voyager-Besatzung hat Kontakt mit den Mari, einem telepathischen Volk. Bei ihnen ist nicht nur Gewalt, sondern selbst jeder Gedanke daran strafbar; so haben sie Verbrechen nahezu eliminiert. Als auf dem Marktplatz eine Schlägerei ausbricht, muss B’Elanna Torres sich verantworten, weil sie vorher mit dem Schläger zusammengestoßen ist und dabei kurzzeitig gewalttätige Gedanken hatte, die ihn beeinflusst haben. Chefermittlerin Nimira will Torres dafür mit der Löschung der gewalttätigen Gedächtnisinhalte bestrafen. Dann wird ein Mord verübt, der ebenfalls durch Torres’ Gedächtnisinhalt motiviert ist. Nimira kann sich nicht erklären, wie dieser Gedanke noch zirkulieren kann, denn Torres und der Schläger sind in Haft. Sie bittet Tuvok um Hilfe. Der entdeckt bei seinen Ermittlungen eine Subkultur, deren Mitglieder gewalttätige Gedanken horten und damit handeln ‒ je brutaler, desto besser. Er kann beweisen, dass Torres unschuldig ist.

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In einem Holoprogramm bietet Captain Janeway Leonardo da Vinci nach einem fehlgeschlagenen Flugversuch an, ihm bei der Verbesserung seines Fluggeräts zu helfen. Als Außerirdische durch Beschuss die Schilde der Voyager schwächen und mit einem speziellen Transporterstrahl Hardware stehlen, darunter den Hauptcomputer, transferieren sie auch das Leonardo-Hologramm mit dem mobilen Emitter des Doktors auf ihren Planeten. Janeway und Tuvok beamen in eine Stadt und treffen Leonardo, der glaubt, in Amerika zu sein, und für den „Fürsten“ der Stadt arbeitet, der die Hardware gestohlen hat. Sie finden einen Teil des Diebesgutes, aber nicht den Hauptcomputer. Tuvok kehrt zur Voyager zurück, und Janeway dringt mit Leonardo in ein Gebäude außerhalb der Stadt ein, das den Computer enthält. Es ist von einem Dispersionsfeld umgeben, durch das nichts herausgebeamt werden kann. Janeway überlädt den Computer, so dass er ein starkes Signal sendet. So gelingt das Beamen auf die Voyager. Als Janeway und Leonardo entdeckt werden, fliehen sie mit dem verbesserten Fluggerät. Der Flug ist erfolgreich, und sie werden an Bord der Voyager gebeamt.

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Neelix fliegt mit Chakotay und Paris in einen Nebel, um Protomaterie zu gewinnen. Beim Versuch, sie an Bord zu beamen, entzündet sie sich, und Neelix wird von einer Entladung getroffen. Paris diagnostiziert seinen Tod, auch der Doktor kann nichts mehr für ihn tun, aber Seven holt ihn mehr als 18 Stunden nach seinem Tod mittels Borg-Nanosonden ins Leben zurück. Bei einer Holodeck-Simulation des Unfalls sieht Neelix, dass er tatsächlich tot war, und ist verstört, weil er die talaxianische Version des Lebens nach dem Tod, die Wiederbegegnung mit seinen verstorbenen Verwandten, nicht erfahren hat. Auch die Nanosonden in seinem Körper beunruhigen ihn. Er blickt mit Chakotays Hilfe in sich hinein und hat eine Vision von seiner Schwester, die ihm erzählt, dass es das Leben nach dem Tod nicht gibt, und ihm seine Angst bewusst macht. Die Vision endet damit, dass seine Freunde und Bekannten an Bord ihm nahelegen, sein Leben zu beenden, da es sinnlos sei. Er versucht, sich in den Nebel zu beamen, wo er seiner Meinung nach hätte sterben sollen. Chakotay hält ihn auf und versucht ihm zu erklären, dass die Vision auf mehrere Arten gedeutet werden kann und die Crew jetzt seine Familie ist, aber Neelix gibt sein Vorhaben erst auf, als Fähnrich Wildman ihn bittet, ihre Tochter Naomi, die sein Patenkind ist, ins Bett zu bringen.

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Viele Besatzungsmitglieder haben Albträume, in denen derselbe Außerirdische auftaucht. Manche wachen nicht wieder auf. Chakotay will den Außerirdischen mittels luzider Träume kontaktieren. Um sich bewusst zu sein, dass er träumt, hypnotisiert er sich selbst, im Traum den Mond der Erde zu sehen. Sobald das geschieht, kann er sich selbst aufwecken. Er schläft ein und trifft den Außerirdischen, der ihm erklärt, dass die Angehörigen seiner Spezies praktisch immer schlafen und Fremde auslöschen, indem sie diese ebenfalls in Schlaf versetzen und so in ihre kollektive Traumrealität ziehen. Die schlafenden Besatzungsmitglieder würden aufwachen, sobald die Voyager die Region verließe. Chakotay weckt sich selbst auf und lässt den Kurs setzen, den der Außerirdische angegeben hat. An der Grenze der Region angekommen, wird die Voyager von den Außerirdischen geentert. Während der Auseinandersetzung sieht Chakotay den Mond der Erde und weiß, dass er noch träumt. Er weckt sich wieder selbst auf. Der Doktor informiert ihn, dass der Rest der Crew schläft. Ihre Gehirnwellenmuster zeigen, dass sie alle dasselbe träumen. Chakotay lokalisiert den Planeten, auf dem die Außerirdischen schlafen. Er beamt dorthin und findet einen Transmitter, der den träumenden Fremden hilft, die Voyager-Crew zu beherrschen. Auf seinen Befehl richtet der Doktor einen Photonen-Torpedo auf den Transmitter. Chakotay weckt einen Außerirdischen mit einem Stimulans auf und versucht ihn zu zwingen, den Transmitter zu deaktivieren. Dabei schläft er wieder ein und landet im Traum, den Janeway, Tuvok und die anderen inzwischen als solchen erkannt haben und teilweise steuern. Chakotay erklärt dem Anführer der Außerirdischen die Situation, und der gibt die Voyager frei.

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Seven entdeckt ein Kommunikationsnetz einer unbekannten Spezies, mit dem sie ein Sternenflottenschiff am Rande des Alpha-Quadranten kontaktieren kann. Da akustische Botschaften nicht durchkommen, wird der Doktor als Flaschenpost geschickt. Wie er feststellt, heißt das Schiff Prometheus und ist von Romulanern gekapert worden. Die Besatzung wurde getötet. Der Doktor aktiviert das medizinische Notfall-Hologramm, ein MHN Typ II. Dieses ist zuerst recht arrogant, aber unter Anleitung des Doktors speist es ein gasförmiges Betäubungsmittel in das Ventilationssystem ein, das die Romulaner außer Gefecht setzt. Die beiden MHN übernehmen die Brücke und halten mit einigen Schwierigkeiten das Schiff an. Voyager wird von einem Hirogen kontaktiert; dieser Spezies gehört das Kommunikationsnetz. Sie sind nicht damit einverstanden, dass die Voyager es benutzt. Seven hindert mit einem Feedback-Impuls den Hirogen daran, die Kommunikation zwischen Voyager und Prometheus zu unterbrechen. Inzwischen nähern sich romulanische Schiffe der Prometheus und eröffnen das Feuer. Sternenflottenschiffe tauchen auf und beschießen ebenfalls die Prometheus. Mit Hilfe eines automatisierten Angriffsmodus zerstören die MHN ein romulanisches Schiff und vertreiben die anderen. Der Doktor kontaktiert das Hauptquartier der Sternenflotte und kehrt mit dem Versprechen zurück, dass die Sternenflotte alles tun wird, um die Voyager nach Hause zu bringen.

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Die Voyager empfängt eine fragmentarische Übertragung vom Sternenflotten-Kommando. Da der Rest in einer Relaisstation des Hirogen-Kommunikationsnetzes gespeichert ist, fliegt die Voyager dorthin. Zur Nachricht gehören Briefe an die Crew, darunter einer an Janeway von ihrem ehemaligen Verlobten. Er schreibt, dass er sie für tot hielt und eine andere geheiratet hat. Außerdem enthält die Botschaft einen großen verschlüsselten Anteil. Durch die lange Lagerung in der Relaisstation verschlechtert sie sich allerdings. Seven und Tuvok nähern sich der Station in einem Shuttle, um das Eindämmungsfeld um deren Energiequelle, eine Quantensingularität (ein Schwarzes Loch), zu stabilisieren, weil sie sich davon einen besseren Empfang versprechen. Sie werden von Hirogen, die die Nachricht an die Voyager ebenfalls empfangen haben, auf deren Schiff gefangen gesetzt. Die Hirogen sind Jäger, die auch intelligente Wesen als Beute ansehen. Weitere drei ihrer Schiffe nähern sich. Durch Antithoronen-Beschuss steigert Janeway den Gravitationssog der Station, die daraufhin die Hirogen-Schiffe anzieht. Als diese die Voyager beschießen, wird die Singularität freigesetzt und verschluckt die Station und die meisten Hirogen-Schiffe. Bevor auch das Schiff mit Seven und Tuvok verschwindet, werden die beiden auf die Voyager gebeamt. Die von der Singularität freigesetzte Energie macht das Kommunikationsnetz unbrauchbar, so dass der Rest der Nachricht nicht übertragen werden kann.

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Zwei Hirogen jagen ein Mitglied der Spezies 8472. Nachdem sie es an Bord ihres Raumschiffs gebracht haben, tötet es einen der Jäger und flieht. Der schwer verletzte andere sendet einen Notruf, der von der Voyager aufgefangen wird. Der Doktor behandelt ihn in der Krankenstation. Andere Hirogen-Schiffe nähern sich. Gleichzeitig dringt das Mitglied der Spezies 8472 in die Voyager ein, verletzt Besatzungsmitglieder und beeinträchtigt die Systeme. Janeway willigt ein, den Hirogen das Wesen aufspüren zu lassen. Seven modifiziert Gewehre, so dass sie Borg-Nanosonden abfeuern können, die Spezies 8472 lähmen sollten. Als das Wesen gefunden ist, versucht der Hirogen es zu töten und setzt dabei Chakotay und Paris außer Gefecht. Tuvok betäubt ihn. Das Wesen flieht und nimmt telepathischen Kontakt mit Tuvok auf. Es ist schwer verwundet. Beim Rückzug der anderen Mitglieder seiner Spezies vor Monaten ist es vergessen worden. Janeway befiehlt Seven, eine Quantensingularität zu erzeugen, damit das Wesen in den fluiden Raum zurückkehren kann, aber Seven weigert sich, da dies dauern würde, was die Voyager-Crew gefährden würde. Als die Hirogen-Schiffe in Reichweite sind, verlangt der Anführer die Herausgabe des Wesens, die Janeway verweigert. Die Schiffe greifen an und beschädigen die Voyager schwer. Inzwischen bricht der Hirogen aus der Krankenstation aus, um das Wesen zu töten. Seven versperrt ihm zunächst den Weg, aber als das Wesen ihn angreift, beamt sie beide auf ein Hirogen-Schiff. Die Schiffe drehen ab. Als Konsequenz aus Sevens Befehlsverweigerung entzieht Janeway ihr den Zugang zu den Primärsystemen der Voyager.

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Die Voyager wird eine gefährliche Raumregion durchqueren und rüstet sich deshalb bei einem Waffenhändler namens Kovin aus, der von einem nahe gelegenen Planeten stammt. Seven arbeitet mit ihm zusammen, und sie geraten in eine körperliche Auseinandersetzung. Als der Doktor Seven untersucht, wirkt sie ängstlich, kann aber keinen Grund angeben. Der Doktor schließt auf unterdrückte Erinnerungen und wendet eine Abwandlung der hypnotischen Regression an, um diese zu rekonstruieren. Seven meint sich zu erinnern, dass Kovin sie bei einem Waffentest in seinem Labor mit einer Waffe betäubt, gefesselt und gegen ihren Willen Borg-Nanosonden entnommen hat. Janeway und Tuvok akzeptieren Sevens Erinnerungen nicht ohne weitere Beweise. Sie befragen Kovin, der aussagt, dass er die Waffe versehentlich abgefeuert und Seven keine Nanosonden entnommen hat. Tuvok und der Doktor untersuchen mit dem Magistrat des Planeten Kovins Labor und finden regenerierte Nanosonden, die Sevens Version erhärten. Kovin gibt an, diese stammten vom versehentlichen Beschuss. Als der Magistrat Kovins Inhaftierung in Aussicht stellt, flieht der. Die Voyager verfolgt sein Raumschiff. Janeway und Tuvok entdecken, dass Sevens Nanosonden auch durch eine Simulation von Waffenfeuer regeneriert werden. Außerdem theoretisiert Janeway, dass Sevens Erinnerungen aus ihrer Borg-Zeit stammen könnten. Gegen Kovins Version spricht nichts mehr, aber der sprengt sich mit seinem Schiff, nachdem die Voyager es eingeholt hat.

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Hirogen haben die Voyager gekapert. Sie zwingen die halbe Besatzung, an verschiedenen Kampfsimulationen auf dem Holodeck teilzunehmen, darunter die einer von den Deutschen besetzten französischen Stadt während des Zweiten Weltkriegs. Den Besatzungsmitgliedern wurden neurale Interfaces implantiert, durch die sie die Szenarien für real halten. Die Sicherheitsprotokolle sind abgeschaltet. Kim kümmert sich um die Ausweitung des Holodecks auf größere Teile der Voyager, während der Doktor mit einem Hirogen-Arzt die bei den Simulationen Verletzten behandelt. In der Weltkriegssimulation sind Janeway, Tuvok, Torres, Seven und Neelix Résistance-Mitglieder. Chakotay und Paris sind US-Soldaten. Als Seven, die in der Simulation angeschossen wurde, vom Doktor behandelt wird, setzt der ihr neurales Interface außer Funktion. Zurück in der Simulation hilft sie ihm und Kim, die Brücken-Kontrollrelais zu aktivieren und auch Janeways Interface abzuschalten. Durch amerikanischen Artilleriebeschuss des deutschen Hauptquartiers wird die Grenze zwischen dem Holodeck und dem Rest der Voyager durchbrochen. Holografische Soldaten strömen in die Gänge der Voyager. Janeway und Chakotay dringen zur Krankenstation vor und deaktivieren die restlichen Interfaces. Der Hirogen-Anführer erklärt Janeway, dass er die echte Jagd komplett durch Simulationen ersetzen will, weil er befürchtet, dass die Hirogen untergehen werden, wenn sie wie bisher alles der Jagd unterordnen. Er verhandelt mit ihr über die Weitergabe der Holodeck-Technologie und den Abzug der Hirogen, wird aber von einem anderen Hirogen getötet, der seine Pläne nicht gutheißt. Den tötet Janeway, während Kim die Holoemitter überlädt. Schließlich schließt Janeway einen Waffenstillstand mit den Hirogen: Diese bekommen die Holodeck-Technologie und verlassen die Voyager.

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Hirogen haben die Voyager gekapert. Sie zwingen die halbe Besatzung, an verschiedenen Kampfsimulationen auf dem Holodeck teilzunehmen, darunter die einer von den Deutschen besetzten französischen Stadt während des Zweiten Weltkriegs. Den Besatzungsmitgliedern wurden neurale Interfaces implantiert, durch die sie die Szenarien für real halten. Die Sicherheitsprotokolle sind abgeschaltet. Kim kümmert sich um die Ausweitung des Holodecks auf größere Teile der Voyager, während der Doktor mit einem Hirogen-Arzt die bei den Simulationen Verletzten behandelt. In der Weltkriegssimulation sind Janeway, Tuvok, Torres, Seven und Neelix Résistance-Mitglieder. Chakotay und Paris sind US-Soldaten. Als Seven, die in der Simulation angeschossen wurde, vom Doktor behandelt wird, setzt der ihr neurales Interface außer Funktion. Zurück in der Simulation hilft sie ihm und Kim, die Brücken-Kontrollrelais zu aktivieren und auch Janeways Interface abzuschalten. Durch amerikanischen Artilleriebeschuss des deutschen Hauptquartiers wird die Grenze zwischen dem Holodeck und dem Rest der Voyager durchbrochen. Holografische Soldaten strömen in die Gänge der Voyager. Janeway und Chakotay dringen zur Krankenstation vor und deaktivieren die restlichen Interfaces. Der Hirogen-Anführer erklärt Janeway, dass er die echte Jagd komplett durch Simulationen ersetzen will, weil er befürchtet, dass die Hirogen untergehen werden, wenn sie wie bisher alles der Jagd unterordnen. Er verhandelt mit ihr über die Weitergabe der Holodeck-Technologie und den Abzug der Hirogen, wird aber von einem anderen Hirogen getötet, der seine Pläne nicht gutheißt. Den tötet Janeway, während Kim die Holoemitter überlädt. Schließlich schließt Janeway einen Waffenstillstand mit den Hirogen: Diese bekommen die Holodeck-Technologie und verlassen die Voyager.

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Die Voyager-Crew rettet Steth, einen Testpiloten, dessen Raumschiff außer Kontrolle ist. Tom Paris, der zurzeit lieber an Maschinen schraubt als Zeit mit B’Elanna Torres zu verbringen, hilft ihm bei der Reparatur seines Koaxial-Warp-Antriebs. Sie freunden sich an. Als die Reparatur beendet ist, stellt sich heraus, dass Steths Körper von einem Körperdieb bewohnt wird, der nun mit Tom den Körper tauscht. Während Steths Schiff mit dem bewusstlosen Tom in Steths Körper davon fliegt, nimmt der Körperdieb in Toms Körper Toms Platz auf der Voyager ein. Tom in Steths Körper begegnet Steth in einem weiblichen Körper, den der Körperdieb unmittelbar vor Steths Körper bewohnt hat. Zusammen fliegen sie zur Voyager, wo der Körperdieb inzwischen Toms Körper mit Janeway getauscht hat. In Janeways Körper stiehlt er ein Shuttle, in das ein Koaxial-Antrieb eingebaut wurde; Steth und Tom verfolgen ihn in Steths Schiff, und Tom deaktiviert den Antrieb. Nachdem Steth und alle Voyager-Besatzungsmitglieder in ihre Körper zurückversetzt wurden, bringt Steth den gefangenen Körperdieb zu seinem Heimatplaneten, und Tom lädt B’Elanna in seine Garage auf dem Holodeck ein, in der er an einem 1969er Chevrolet Camaro schraubt.

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Die Voyager wird von einer Schockwelle getroffen. Captain Janeway wird automatisch benachrichtigt, dass das Omega-Molekül in der Nähe entdeckt wurde. Es birgt eine sehr große Menge Energie, die aber bisher nicht sicher gehandhabt werden kann; deshalb ist jeder Sternenflotten-Captain verpflichtet, es bei Entdeckung komplett zu vernichten. Vor niederrangigem Personal wird seine Existenz normalerweise geheimgehalten. Seven of Nine informiert Janeway, dass die Borg seit langer Zeit versuchen, Omega zu stabilisieren, und es als Inbegriff der Perfektion betrachten. Sie ist gegen die Zerstörung, will Janeway aber dabei helfen, um Omega aus der Nähe zu sehen. Mit Hilfe der restlichen Crew baut sie eine Harmonik-Resonanzkammer, die die Borg entwickelt haben, um Omega zu stabilisieren, die aber auch benutzt werden kann, um es zu zerstören. Die registrierte Schockwelle stammt offenbar von einer Explosion, die stattfand, als Wissenschaftler auf einem nahe gelegenen Mond versuchten, Omega zu erzeugen. Ein Voyager-Außenteam beamt die Überlebenden auf die Krankenstation. Bei einem Gespräch mit dem leitenden Wissenschaftler entdeckt Seven eine Methode, die Moleküle zu stabilisieren. Zwei Schiffe der Spezies der Wissenschaftler nähern sich und verlangen die Herausgabe der Omega-Moleküle. Janeway lässt diese in die Harmonik-Kammer beamen. Seven will sie stabilisieren, gehorcht aber Janeways Befehl. Wegen des Angriffs durch die fremde Spezies ist keine Zeit, die Kammer alle Moleküle vernichten zu lassen, darum wird sie abgeworfen und mit einem Torpedo beschossen. Kurz vorher haben sich die Moleküle spontan stabilisiert; Seven konnte einige Sekunden lang die Perfektion beobachten.

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Auf die Voyager kommt eine ramuranische Aufspürerin namens Kellin. Ihre Spezies minimiert den Kontakt mit anderen und verfügt über ein Pheromon, das bei anderen Spezies alle Erinnerungen an sie auslöscht. Technische Geräte können sie nur schwer erfassen, und sie setzen Computerviren ein, um alle Daten über sie zu löschen. Ramura auf Dauer zu verlassen, ist verboten; Zuwiderhandelnde werden von Aufspürern zurückgeholt. Kellin erzählt, dass sie vor einem Monat mehrere Wochen auf der Voyager war. Sie hat dort heimlich einen Ramuraner gejagt, der seine Spezies verlassen wollte. Nachdem sie entdeckt wurde, begannen sie und Chakotay eine Liebesbeziehung, die endete, als Kellin mit dem Ramuraner, dessen Gedächtnis sie gelöscht hatte, zu ihrer Spezies zurückkehrte. Sie ist jetzt wieder auf der Voyager, um mit Chakotay zusammenzusein, aber der erinnert sich genau so wenig an sie wie der Rest der Besatzung. Sie bleibt trotzdem, und nach und nach verliebt Chakotay sich in sie, und sie nehmen ihre Beziehung wieder auf. Dann aber wird Kellin von einem ramuranischen Aufspürer eingeholt, der ihr Gedächtnis löscht. Chakotay will, dass sie bleibt, aber sie erinnert sich nicht an ihre gemeinsame Zeit und verlässt die Voyager freiwillig. Chakotay schreibt seine Erinnerungen an sie auf Papier, damit er sie nicht wieder völlig vergisst.

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Eine Sicherungskopie des Doktors wird nach 700 Jahren im Museum des kyrianischen Volkes aktiviert, nachdem Historiker Überreste der Voyager gefunden haben und eine stark verzerrte Version von deren Geschichte rekonstruiert haben: Voyager sei ein militärisches Raumschiff gewesen, und die Besatzung habe rücksichtslos und grausam agiert und in einem Konflikt mit einer anderen Spezies, den Vaskanern, Partei gegen die Kyrianer ergriffen. So konnten die Vaskaner das Land der Kyrianer besetzen. Erst nach Jahrhunderten wurden die Kyrianer in der vaskanischen Gesellschaft bis zu einem gewissen Grad akzeptiert, sind aber noch nicht gleichberechtigt. Der Doktor stellt richtig, dass die Kyrianer die Aggressoren waren und dass die Voyager-Besatzung nicht Partei ergriff. Schließlich überzeugt er einen Historiker, aber andere Kyrianer sind empört wegen seiner vermeintlichen Lügen. Es kommt zunächst zu gewalttätigen Protesten, bei denen auch das Museum zerstört wird. Später aber bewirkt der Doktor einen Dialog zwischen den Spezies, der zur Versöhnung führt. Er selbst macht sich schließlich auf zum Alpha-Quadranten.

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Die Voyager braucht dringend Deuterium, darum landen Paris und Kim mit einem Shuttle auf einem Planetoiden der Dämon-Klasse, auf dem lebensfeindliche Bedingungen herrschen. Sie finden eine flüssige metallische Masse, die Kim verschluckt. Nachdem er von Paris herausgezogen wurde, verlieren ihre Raumanzüge Sauerstoff, und sie schaffen es nicht zurück zum Shuttle. Die Voyager landet auf dem Planetoiden, und Chakotay und Seven suchen nach Paris und Kim. Sie finden sie ohne Raumanzüge; ihre Lebenszeichen sind normal, und sie haben viel Deuterium gefunden. Als alle wieder auf dem Schiff sind, können Paris und Kim keinen Sauerstoff mehr atmen. Der Doktor diagnostiziert, dass sie von der metallischen Flüssigkeit an den Planetoiden angepasst wurden. Janeway und Torres bemerken bei der Untersuchung der Flüssigkeit, dass diese nach Kontakt mit Humanoiden diese nachbilden kann. Auf dem Planetoiden finden Chakotay, Seven und Kim einen zweiten Paris und einen zweiten Kim in Raumanzügen. Der Kim ohne Raumanzug will nicht auf die Voyager zurück und flieht, als die anderen an Bord gebeamt werden. Da die Voyager in einem Teich der metallischen Substanz zu versinken droht, versucht sie zu starten. Auch der falsche Paris möchte den Planetoiden nicht verlassen. Der falsche Kim wird auf die Voyager gebeamt und erklärt, dass das „silberne Blut“, aus dem er und der falsche Paris bestehen, vor dem Kontakt mit den Originalen kein Bewusstsein hatte. Es will nun die Voyager nicht starten lassen, sondern auch den Rest der Crew nachbilden. Als Janeway das erlaubt, kann die Voyager den Planetoiden ungehindert verlassen.

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Die Voyager durchfliegt einen großen Nebel. Da die meisten Besatzungsmitglieder die Strahlung, die vom Nebel ausgeht, nicht überleben würden, werden sie in Stasekammern gelegt. Nur der Doktor und Seven of Nine bleiben bei Bewusstsein, überwachen die Gesundheit der restlichen Crew und halten das Schiff auf Kurs. Die Einsamkeit macht Seven, die das Borg-Kollektiv gewohnt ist, zu schaffen. Der Nebel verursacht Fehlfunktionen der Schiffssysteme. Auch der Doktor ist betroffen: Sein mobiler Emitter ist beschädigt; der Doktor muss in der Krankenstation bleiben. Seven beginnt zu halluzinieren; so bildet sie sich ein, dass ein Fremder an Bord kommt und die Schiffssysteme manipuliert. Sie meint auch zu hören, wie Besatzungsmitglieder nach ihr rufen, die ihre Hilfe benötigen. Nachdem der Doktor seinen Emitter repariert hat, kommt er zu ihr und überzeugt sie, dass der Fremde nicht existiert. Weitere Schäden am Schiff verursachen einen erneuten Ausfall des mobilen Emitters. Seven, die von Halluzinationen und Selbstzweifeln geplagt wird, ist auf sich allein gestellt. Als 41 Minuten vor dem geschätzten Austritt aus dem Nebel der Antrieb ausfällt, leitet Seven Energie von einigen Staseeinheiten um. Dann fürchtet sie um das Leben der betroffenen Crewmitglieder, lässt die Lebenserhaltung für sie selbst abschalten und leitet deren Energie wieder in die Staseeinheiten. Sie verliert das Bewusstsein. Als sie in der Krankenstation wieder zu sich kommt, ist der Nebel durchquert und die Besatzung wohlauf.

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Ein Außerirdischer namens Arturis reist auf der Voyager mit. Da er großes Geschick bei Spracherwerb und Mustererkennung zeigt, bittet Janeway ihn, bei der Entschlüsselung der beschädigten Nachricht vom Sternenflotten-Hauptquartier zu helfen. Er extrahiert Koordinaten, die zu einem Schiff führen. Laut der Nachricht heißt es Dauntless und hat einen experimentellen Quanten-Slipstream-Antrieb, mit dem die Reise zur Erde nur drei Monate dauern würde. Paris versucht, die Voyager mit dem gleichen Antrieb auszustatten. Janeway misstraut Arturis und beauftragt Tuvok, ihn zu überwachen und die Dauntless gründlich zu untersuchen. Seven fürchtet sich vor einer Rückkehr zur Erde und will im Delta-Quadranten zurückgelassen werden, was Janeway nicht zulässt. Janeway entschlüsselt den letzten Datenblock der Nachricht, den Arturis als zu stark beschädigt bezeichnet hatte. In ihm erklärt das Sternenflotten-Kommando, dass es der Voyager-Crew nur Daten über den Delta-Quadranten schicken und keine schnelle Heimreise ermöglichen kann. Außerdem hat Kim fremde Technologie an Bord der Dauntless gefunden. Als Janeway, Seven und andere versuchen, Arturis festzunehmen, aktiviert der den Slipstream-Antrieb und nimmt Kurs auf den Borg-Raum. Er wollte die Voyager-Besatzung den Borg ausliefern, weil sie diesen geholfen hat, Spezies 8472 zu besiegen. Danach wurde sein Volk zum größten Teil assimiliert. Nun hat er nur Janeway und Seven in einem Kraftfeld gefangen; die anderen wurden auf die Voyager gebeamt. Janeway justiert Sevens Schädel-Implantat, so dass diese das Kraftfeld durchbrechen und von außen abschalten kann. Sie werden auf die Voyager gebeamt, die der Dauntless in den Slipstream gefolgt ist und deren Schilde außer Funktion gesetzt hat, und nur Arturis selbst wird assimiliert.

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Die Voyager reist durch einen leeren Raum ohne Planetensysteme. Außer einer erhöhten Thoriumstrahlung können die Sensoren absolut nichts erfassen. Die absolute Leere, die Ereignislosigkeit sowie die Aussicht, dass die Reise durch diesen Bereich des Raumes noch 2 Jahre andauern wird, lasten schwer auf der Crew. Selbst Captain Janeway zieht sich von der Mannschaft zurück und entwickelt Symptome einer Depression. Durch einen unbekannten Effekt verliert die Voyager plötzlich jede Energie und es kommt zu einen Totalausfall aller Systeme. Tuvok und Kim gelingt es, einen modifizierten Photonentorpedo als eine Art Leuchtfackel abzuschießen, wodurch fremde Raumschiffe in der Nähe sichtbar werden. Gleichzeitig werden Paris und Seven im Holodeck von einem Eindringling angegriffen. Es gelingt den beiden, sich zu verteidigen und den schwer verletzten Eindringling auf die Krankenstation zu bringen, wo der Doctor schwerste Schädigungen durch Thoriumstrahlung diagnostiziert. Es kommt zum Kampf zwischen der Voyager und den fremden Schiffen, wobei die Voyager zu unterliegen droht. In dieser Situation taucht ein Schiff der Malon auf und vertreibt die Fremden. Der Captain des Malon-Schiffes bietet der Voyagercrew an, sie zu einem Raumwirbel zu führen, welcher der Voyager die weitere Reise durch den leeren Raum ersparen würde. Im Gegenzug verlangt er die Auslieferung des fremden Wesens auf der Krankenstation. Die Voyagercrew findet mit Hilfe des fremden Wesens heraus, dass der Malon-Captain hochgiftige, strahlende Abfälle im leeren Raum verklappt und dadurch die fremden Wesen schädigt. Daraufhin bietet die Crew dem Malon-Captain konkrete technische Unterstützung und Geräte an, um in Zukunft die gefährlichen Abfälle zu behandeln und weiterverwenden zu können. Der Captain lehnt dies ab, da hierdurch sein hochprofitables Geschäftsmodell gefährdet würde. Die Voyagercrew entscheidet sich dafür, den Raumwirbel zu nutzen und dann mit Photonentorpedos dauerhaft zu verschließen, um die weitere Verbringung von Abfällen zu unterbinden. Mit Hilfe der fremden Wesen gelingt dieses Vorhaben schließlich.

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Torres, Paris, Seven und der Doctor beobachten in einem Shuttle die Entstehung eines Protonebels. Da dieser schneller expandiert als vorausgesehen, muss die Shuttlecrew per Nottransport gerettet werden. Dabei wird der mobile Holoemitter des Doctors beschädigt. Torres bringt den Emitter ins Wissenschaftslabor, um über Nacht eine Diagnose durchzuführen. Am nächsten Morgen hat sich im Labor Borg-Technik ausgebreitet und eine Reifungskammer inklusive Borg-Embryo ist entstanden. Die Crew findet heraus, dass sich einige von Sevens Nanosonden während des Nottransports mit dem Holoemitter verbunden haben. Mit rasender Geschwindigkeit reift nun eine Borg-Drohne mit der assimilierten Technik des Emitters aus dem 29. Jahrhundert heran. Captain Janeway entscheidet sich gegen die schnelle Vernichtung der Drohne und hofft, dass sich diese mit Sevens Hilfe zu einem Individuum entwickeln kann. Nach anfänglichen Schwierigkeiten gelingt es Seven und der Crew, mit der Drohne zu kommunizieren. Diese entwickelt nach und nach ein individuelles Bewusstsein, nennt sich selbst „Eins“ und baut zu der Crew, insbesondere zu Seven, eine Beziehung auf. Obwohl Seven dies zu verhindern versucht, sendet Eins unabsichtlich ein Borg-Signal und macht damit das Borgkollektiv auf seine Existenz aufmerksam. Ein Borgschiff fängt die Voyager ab und droht die Crew zu assimilieren. Eins hilft bei der Verteidigung der Voyager und beamt sich schließlich an Bord des Borgschiffs. Hier verbindet sich Eins mit dem Kollektiv und steuert das Borgschiff in den Protonebel, woraufhin dieses zerstört wird. Der schwer verletzte Eins wird auf die Krankenstation der Voyager gebeamt, wo er sich einer Behandlung widersetzt. Er wählt den Tod, da die Crew der Voyager durch seine Anwesenheit immer der Gefahr von Borgangriffen ausgesetzt wäre.

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Ein Schiff der Malon versucht eine Forschungssonde der Voyager abzufangen und an Bord zu nehmen. Die Voyagercrew steuert die Sonde daraufhin in einen Gasriesen, um den Verfolger abzuschütteln. Durch den extremen atmosphärischen Druck wird das Schiff der Malon zerstört, wohingegen die Sonde dank adaptierter Borgtechnik unbeschädigt bleibt. Eine Bergung aus der Ferne ist aber auch der Voyager nicht möglich. Paris schlägt vor, seine Pläne für ein neuartiges Shuttle, den Delta-Flyer, umzusetzen. Dieses Shuttle soll speziell für die rauen Bedingungen des Deltaquadranten optimiert und extrem robust sein. Dies wird durch neuartige Technik, welche die Voyager auf ihrer bisherigen Reise studieren konnte, ermöglicht. Mit Hilfe dieses Shuttles könnte man nahe genug an die Sonde heran fliegen und diese bergen. Die Crew macht sich mit Begeisterung an die neue Aufgabe. Einzig Torres ist ungewöhnlich desinteressiert. Schon vorher ist sie durch ihr zunehmend passives und gleichgültiges Verhalten aufgefallen. Aber alle Versuche von Paris und Neelix, einen Zugang zu ihr zu finden, werden von ihr abgewehrt. Zwischenzeitlich ist ein weiteres Schiff der Malon aufgetaucht und Seven findet heraus, dass die Malon ebenfalls an einem neuartigen Shuttle arbeiten, um ihrerseits die Sonde zu bergen. Es entsteht ein Wettlauf zwischen den beiden Crews um die Fertigstellung ihrer jeweiligen Shuttles, da Captain Janeway die neuartige Technologie der Sonde auf keinen Fall den Malon überlassen will. Torres testet in einer Simulation auf dem Holodeck das neue Shuttle in einer gefährlichen Flugsituation, wobei sie absichtlich die Sicherheitsmechanismen des Holodecks abschaltet. Dabei wird sie verletzt. Auf der Krankenstation diagnostiziert der Doctor viele ältere, zum Teil schwere Verletzungen, welche aber nur unzureichend behandelt wurden. Von Captain Janeway zur Rede gestellt verschließt sich Torres jedoch weiterhin, weshalb sie vom Dienst suspendiert wird. Chakotay findet heraus, dass Torres mehrere gefährliche Holodeckszenarien ohne Sicherheitsmechanismen erschaffen hat. Er konfrontiert sie auf dem Holodeck mit einem Szenario, das viele tote Kameraden des Maquis zeigt, und stellt sie zur Rede. Torres berichtet schließlich davon, wie die Nachricht der endgültigen Vernichtung des Maquis, der Verlust vieler ehemaliger Kameraden und ihre eigene Hilflosigkeit weitab im Deltaquadranten sie habe verzweifeln lassen. Um überhaupt noch irgendetwas zu spüren, habe sie sich immer gefährlicheren Situationen ausgesetzt. Inzwischen konnten die Malon ihr Shuttle starten und die Voyagercrew ist gezwungen, das Risiko einzugehen, mit ihrem noch nicht vollständig fertiggestellten Shuttle zu starten. Torres bittet Chakotay sie mitfliegen zu lassen, was dieser ihr schließlich erlaubt. Zwar gelingt es der Shuttlecrew, die Malon zum Aufgeben zu zwingen und die Sonde zu bergen, dabei wird das Shuttle jedoch schwer beschädigt. Durch Improvisation gelingt es Torres jedoch, die Schäden einzudämmen und eine Rückkehr zu ermöglichen.

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The ship encounters a training facility for an alien invasion of Earth.

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Neelix looks after Naomi Wildman when her mother is injured on an away mission.

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15 Jahre in der Zukunft beamen Chakotay und Harry Kim auf einen Eisplaneten, auf dem die Voyager eine Bruchlandung gemacht hat, bei der die Besatzung getötet wurde. Sie aktivieren den Doktor und erklären ihm, dass die Crew versuchte, mit einem neu entwickelten Quantenslipstream-Antrieb schneller zur Erde zu gelangen. Weil immer wieder Phasenvarianzen auftraten, flogen Chakotay und Harry im Delta Flyer voraus, so dass Harry die aktuelle Varianz messen und der Voyager die nötige Phasenkorrektur übermitteln konnte. Dabei machte er einen Fehler, der zum Unfall führte. Chakotay und Harry reisten im Slipstream zur Erde, aber die Sternenflotte gab nach einigen Jahren die Suche nach der Voyager auf. Die beiden suchten auf eigene Faust weiter und stahlen einen temporalen Borg-Transmitter, mit dem Harry nun die richtigen Daten an Seven of Nine in der Vergangenheit senden will. Unterstützt werden die beiden von Tessa Omond, Chakotays Freundin, während die Sternenflotte sie jagt. Mit der Hilfe des Doktors schickt Harry Seven die neuen Werte, aber auch diese sind falsch und bewirken eine tödliche Bruchlandung. Der Doktor schlägt vor, mit einer Nachricht dafür zu sorgen, dass der Slipstream-Flug beendet wird, ohne die Voyager oder den Delta Flyer zu beschädigen. Harry setzt dies im letzten Augenblick um, und die Vergangenheit wird entsprechend geändert. Voyagers Reise wurde durch den Slipstream um fast 10 Jahre verkürzt. Der junge Harry hat seinen Fehler entdeckt und ist untröstlich, bis Janeway ihm eine Video-Nachricht vom zukünftigen Harry zeigt, der erklärt, dass er einen tödlichen Fehler gemacht und schließlich korrigiert hat.

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When Voyager brings aboard an advanced piece of Borg technology from a salvaged Borg cube, Seven of Nine begins to take on the personalities of the people assimilated by the cube.

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A wounded alien is brought on board from a stranded vessel and attaches itself to B’Elanna Torres.

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Tom Paris disregards orders by helping an aquatic world and is demoted to Ensign.

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While passing through Devore space, Voyager is routinely searched for telepaths.

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Bei einer Untersuchung der Besatzung entdeckt der Doktor, dass er Harry Kim offenbar 18 Monate zuvor am Schädel operiert hat, aber weder er noch Kim kann sich daran erinnern. Seven of Nine, die damals noch nicht an Bord war, rekonstruiert zunächst unscharfe Bilder, dann einen Teil der Erinnerungen des Doktors: Er nahm mit Kim und einem jungen weiblichen Fähnrich an einer Shuttle-Mission teil. Beim Angriff eines Außerirdischen wurden Kim und die Frau verletzt; schließlich starb sie. Der Doktor unterrichtet Captain Janeway und Tuvok von seinen Nachforschungen. Auch sie erinnern sich nicht an die Vorkommnisse. Schließlich ermittelt der Doktor, dass Janeway seine Erinnerungen gelöscht hat, während er deaktiviert war. Er konfrontiert sie damit. Sie erklärt ihm, dass er 18 Monate zuvor aufgrund eines Konflikts nicht mehr funktionstüchtig war und sein Programm deshalb geändert werden musste. Bevor dieselbe Prozedur wieder gestartet wird, weist Seven Janeway darauf hin, dass der Doktor keine Maschine ist, sondern ein Individuum. Janeway befiehlt deshalb Torres, seine Erinnerungen wiederherzustellen: Bei der Shuttle-Mission wurden Kim und Fähnrich Jetal tödlich verletzt. Der Doktor musste aus Zeitgründen entscheiden, wen er behandelte. Er operierte Kim; Jetal starb. Da die Entscheidung ihm schwere Schuldgefühle bereitete, löschte Janeway seine Erinnerungen. Der Doktor erlebt nun denselben Konflikt zwischen seiner ursprünglichen Programmierung und seiner neu gewonnenen Individualität. Er will neu programmiert werden. Janeway fragt Seven, ob die ihre Individualität missen möchte. Als sie verneint, beschließt Janeway, die Erinnerungen des Doktors nicht zu löschen. Er wird den Konflikt selbst lösen müssen.

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Paris’ latest holodeck adventure The Adventures of Captain Proton takes an unexpected turn.

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Tuvok and Paris crash on a planet stuck in a pocket of subspace, where they meet a female named Noss.

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A large organism telepathically deceives the Voyager crew into flying into its digestive chamber.

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Janeway plans to steal a transwarp coil from a disabled Borg ship to shorten their journey home. Seven of Nine experiences memories of her past just before she and her parents are assimilated and plans to re-join the Borg collective. The Borg Queen tells Seven of Nine that she will leave her individuality intact so the Borg can study her memories and use her to help them assimilate humanity.

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Janeway plans to steal a transwarp coil from a disabled Borg ship to shorten their journey home. Seven of Nine experiences memories of her past just before she and her parents are assimilated and plans to re-join the Borg collective. The Borg Queen tells Seven of Nine that she will leave her individuality intact so the Borg can study her memories and use her to help them assimilate humanity.

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Kim finds love when the crew encounters a Varro generational ship that needs assistance repairing its warp drive.

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After Torres and Paris get married, subspace radiation causes the crew and their ship to disintegrate.

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Chakotay lies in sickbay as he attempts to communicate with aliens through hallucinations.

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Voyager is being chased by the Hazari when a think tank offers assistance.

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The crew responds to a distress call from Malon escape pods contaminated with radiation.

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Seven of Nine explores dating with some help from the Doctor.

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Janeway reminisces about one of her ancestors, Shannon O’Donnell from Indiana.

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Captain Braxton recruits Seven of Nine to stop Voyager being sabotaged.

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The crew rescues a device with artificial intelligence embedded in rock, that then proceeds to take control of The Doctor and reveals itself to be a weapon of mass destruction.

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Voyager finds another Federation ship, the USS Equinox, under attack from flying nucleogenic lifeforms.

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Die Folge ist eine Fortsetzung von Equinox, Teil 1, aus der 5. Staffel. In Teil 1 trifft die Voyager auf ein weiteres Raumschiff der Föderation, die Equinox, die die Bioenergie von nukleogenetischen Wesen verwendet, um schneller reisen zu können. Seven und der Doktor wurden nach einem Konflikt zwischen Voyager und Equinox von der Equinox entführt. Seven hat die Zugriffscodes des Raumschiffes Equinox für die Kontrollen des Warpkerns verschlüsselt, um die Equinox daran zu hindern, weitere fremde Wesen für den schnellen Antrieb zu ermorden. Die Crew der Equinox entfernt daraufhin die ethischen Subroutinen des Doktors, um ihn zu zwingen, die Verschlüsselungscodes aus Sevens Gehirn gegen ihren Willen zu extrahieren. In der Zwischenzeit ergreift Janeway zu extremen Maßnahmen, um die Equinox zu stoppen, so ordnet sie an, Torpedos auf die Equinox zu feuern und droht einem gefangen genommenen Crewmitglied der Equinox mit einem schmerzhaften Tod, um Informationen über die Equinox zu erpressen. Chakotay, der Janeways Maßnahmen hinterfragt, wird von ihr vom Dienst suspendiert. Captain Ransom an Bord der Equinox bereut inzwischen seine Handlungen. Als er seine Crew anweist, zur Voyager zurückzukehren, meutert ein Teil, ein anderer hält aber noch zu Captain Ransom. Ransom gelingt es schließlich, dass der Doktor und Seven sowie der nicht meuternden Teil der Crew auf die Voyager gebeamt wird. Außerdem kann er die Schilde der Equinox deaktivieren, wodurch die Wesen den Warpkern angreifen und destabilisieren. Der meuternde Teil der Crew versucht, in ein Shuttle zu fliehen und wird von den fremden Wesen getötet. Ransom steuert die instabil gewordene Equinox von der Voyager weg, kurz darauf explodiert das Schiff. Auf der Voyager werden die überlebenden Equinox-Besatzungsmitglieder von Janeway aufgenommen, aber zu Crewmen degradiert und unter Beobachtung gestellt.

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Seven of Nine kommt während eines Aufenthalts auf einer Weltraumstation in Kontakt mit drei Personen, die, wie sich später herausstellt, wie Seven ehemalige Borgdrohnen sind, und zwar aus Sevens ehemaliger Unimatrix im Borgkollektiv. In Rückblicken wird enthüllt, dass Seven und ihre ehemaligen Borg-Kollegen ein gemeinsames Erlebnis verbindet, so waren sie durch einen Absturz auf einem unbewohnten Planeten für einige Zeit vom Borgkollektiv getrennt. Während die drei anderen einen Teil ihrer Individualität wiedergewannen, wehrte sich Seven dagegen und hinderte die anderen daran, zu fliehen und so der Re-Assimilation durch ein eintreffendes Borgschiff zu entgehen. Die drei Borgdrohnen sind später aus dem Borgkollektiv entkommen und haben Seven aufgesucht, weil sie durch den Kontakt mit Seven erhoffen, ihre Individualität weiterzuentwickeln. Es stellt sich heraus, dass die drei ehemaligen Drohnen lediglich einen Monat zu leben haben, wenn ihre Implantate entfernt werden. Seven, die ihre Meinung zum Thema Individualität und Borgkollektiv geändert hat, überzeugt den Doktor, dem Wunsch der ehemaligen Borgdrohnen nach Individualität nachzukommen und die Implantate zu entfernen, auch wenn es ihren früheren Tod bedeutet.

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Während einer Außenmission fällt B’Elanna Torres durch einen Unfall in ein Koma. Während des Komas hat sie eine Vision, dass sie sich auf der Barke der Toten befindet, einem Segelschiff, das nach klingonischem Mythos die unehrenhaften Krieger zur klingonischen Unterwelt Gre’thor befördert. Sie entdeckt, dass auch ihre Mutter Miral auf dem Schiff ist und dass sie dies verschuldet hat, denn B’Elannas wiederholte Leugnung ihres klingonischen Erbes hat auch ihre Mutter Miral entehrt. Als B’Elanna aus dem Koma erwacht, ist sie von der Realität ihrer Erlebnisse während des Komas überzeugt. Sie überredet Janeway und den Doktor, sie in ein künstliches Koma zu versetzen, damit sie auf die Barke der Toten zurückkehren kann. Dort tauscht sie mit ihrer Mutter den Platz, damit diese ins Sto’Vo’Kor, den Platz für die ehrenhaften Krieger, gelangen kann. In der Hölle angekommen, stellt B’Elanna fest, dass eine veränderte, ihr gegenüber feindselige Version der Voyager ihre eigene individuelle Hölle ist. Miral erscheint erneut, um B’Elanna zu erklären, dass sie nicht ins Sto’Vo’Kor eingehen kann, solange B’Elanna nicht ihre eigene Reise antritt. Erst als B’Elanna erklärt, dass sie das permanente Kämpfen satt habe, erklärt ihre Mutter, sie habe nun den ersten Schritt der Reise hinter sich und sie würden sich wiedersehen. In diesem Moment erwacht B’Elanna auf der Krankenstation und ist froh, am Leben zu sein.

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Der Doktor hat von Captain Janeway die Erlaubnis erhalten, sein Programm so zu modifizieren, dass er zu Tagträumen fähig ist. Während der Doktor Tagträumen nachgeht, in denen er als kommandierendes Notfallprogramm Heldentaten zur Rettung der Voyager vollbringt, wird die Voyager unbemerkt von einem Schiff der Hierarchie beobachtet. Dazu zapfen sie ausgerechnet den Bewusstseinsstrom des Doktors an. Nachdem sie durch die Tagträume des Doktors überzeugt werden, dass es sich bei der Voyager um ein mächtiges Raumschiff mit überlegener Technologie handelt, nehmen sie davon Abstand, die Voyager anzugreifen, um wertvolle Teile auszuschlachten, wie sie es sonst mit fremden Schiffen in ihrem Raum zu tun pflegen.

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Tom Paris erwirbt über einen Schrotthändler ein kleines, scheinbar stark beschädigtes Schiff, das er in seiner Freizeit liebevoll instandsetzt. Mit der Zeit entwickelt Tom eine starke Obsession für das Schiff, das er Alice nennt. Wie sich herausstellt, hat das Schiff ein Bewusstsein und kann nur komplett funktionieren, wenn es einen mit seinem neuralen Interface kompatiblen Piloten findet. Als das Schiff schließlich die Kontrolle über Toms Bewusstsein immer mehr übernimmt, zwingt es ihn, die Voyager zu verlassen und in seine „Heimat“ zu fliegen. Die Voyager holt Tom wieder ein und die an Bord des Flyers gebeamte B’Elanna überzeugt Tom, sich von Alice zu trennen. Tom und B’Elanna werden wieder an Bord der Voyager gebeamt, während das Schiff Alice auf eine Anomalie zusteuert und dort zerstört wird.

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Tuvok und Neelix kehren von einer Außenmission im Delta Flyer zurück, als sie von einem gut getarnten Schiff angegriffen werden und Tuvok einen neurologischen Schaden erleidet. Als Ergebnis leidet er an kognitiven Schäden, Gedächtnisverlust und Verlust an Emotionskontrolle. Neelix hilft Tuvok bei der Genesung, wobei sich die beiden, die sich vorher nicht sehr mochten, miteinander anfreunden. Im Laufe der Genesung können Tuvoks Fähigkeiten zunächst nicht vollständig wiederhergestellt werden, aber er findet Gefallen an anderen Aktivitäten wie dem Backen und zeigt eine veränderte Persönlichkeit. Ein Muster auf einem von Tuvoks Kuchen liefert der Voyager den Hinweis, wie sie das getarnte Schiff finden kann. Mit den Details über die gegen Tuvok verwendete Waffe kann dieser gesundheitlich wiederhergestellt werden, aber davon muss Neelix Tuvok erst überzeugen, denn dieser möchte zunächst nicht zu seiner alten Persönlichkeit zurück. Am Ende tauschen sich die beiden kurz in der Kantine über ein Rätsel aus, etwas, was Tuvok vor seinem Unfall als überflüssigen Zeitvertreib abgelehnt hat.

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Die Voyager wird in einen Subraumkorridor gezogen und trifft dort auf einen verwüsteten Planeten, dessen Bewohner sich in Kammern in Stase befinden. Seven weckt einen Insassen der Stasekammern auf. Die Voyager lernt, dass das Volk der Vaadwaur auf dem Planeten die Subraumkorridore kartiert und für Handel und Forschung mit anderen Planeten genutzt haben soll. Sie wurden jedoch von den Bewohnern anderer Planeten wie den Turei um ihr Wissen über die Subraumkorridore beneidet und bekämpft. Die Voyager findet heraus, dass die Vaadwaur nicht die Opfer, sondern die Verursacher der Kriege sind, weil sie die Subraumkorridore für Überfälle auf andere Planeten genutzt haben. Der Krieg um die Subraumkorridore flammt mit dem Aufwecken weiterer Vaadwaur aus der Stase wieder auf und die Voyager wird ebenfalls in die Kämpfe hineingezogen. Daraufhin nimmt die Voyager Kontakt mit den Turei auf, mit deren Hilfe die Voyager es schafft, die Atmosphäre zu verlassen. Sie finden jedoch heraus, dass auch viele Vaadwaurschiffe in die Subraumkorridore durchgebrochen sind.

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Die Voyager stößt auf eine Graviton-Ellipse, ein seltenes Phänomen, das unter anderem von Ares IV, einem Modul der Mars-Mission aus dem Jahr 2032, beobachtet wurde, bevor es darin verschwand. Als ein Außenteam der Voyager die Graviton-Ellipse näher beobachtet, werden sie ebenfalls in die Ellipse gezogen und der Delta-Flyer beschädigt. Seven trägt entscheidend zur Rettung bei, indem sie in der Ellipse das Modul Ares IV aufsucht und dort technische Teile für die Reparatur des Delta-Flyers birgt. Nachdem Seven an der Außenmission zunächst nur widerwillig teilgenommen hat, lernt sie die Beschäftigung mit der menschlichen Geschichte zu schätzen. Sie bringt auch die Aufzeichnung des Crewman Kelly der Ares IV und seine noch erhaltene Leiche mit, die von der Voyager nach der Rettung des Delta-Flyers ehrenvoll bestattet wird.

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Seven of Nine hat einen Kortikal-Prozessor entwickelt, mit dem sie innerhalb von Stunden während ihrer Regeneration die gesamten aufgezeichneten Daten in ihr Gehirn laden kann. Während dieses Wissen am Anfang sich noch als nützlich erreicht, kann Seven die Vielzahl der Daten nicht mehr verarbeiten und entwickelt nach und nach mehrere Verschwörungstheorien, in denen sie zuerst Janeway und dann Chakotay verdächtigt, die Voyager als Teil einer großen Verschwörung absichtlich in den Delta-Quadranten gebracht zu haben. Auch der Kontakt zu einem Fremden, der ein Katapult gebaut hat, das ihn und auch die Voyager um einige Jahre näher in Richtung Heimat bringen soll, ist für sie Teil der Verschwörung. Schließlich flieht Seven mit dem Delta-Flyer von der Voyager, weil sie überzeugt ist, dass Janeway plant, sie zu Experimentierzwecken an die Föderation zu übergeben. Janeway beamt an Bord des Delta-Flyers und überzeugt Seven, wieder zur Voyager zurückzukehren, indem sie Seven an ihr langes, vertrauensvolles Verhältnis erinnert. Die Voyager benutzt schließlich das Katapult und verkürzt ihren Flug zur Erde um drei Jahre.

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Auf der Erde arbeitet Lt. Reginald Barclay als Teil eines Projektteams an einem Weg, mit der Voyager Kontakt aufzunehmen. Barclay ist inzwischen so besessen von der Voyager, dass er auf dem Holodeck eine komplette Voyager als Programm regelmäßig laufen lässt und als außerordentlich beliebtes und kompetentes Mitglied der virtuellen Crew seine Freizeit verbringt. Gleichzeitig entwickelt er in Überstunden eine Theorie, wie die Föderation Kontakt mit der Voyager aufnehmen könnte. Als sein Vorgesetzter seine Theorie als zu unausgereift zunächst ablehnt und ihn wegen seiner Obsession und Überarbeitung vom Dienst suspendiert, bricht er ins Labor ein und setzt seine Idee allein um. Er wird dabei entdeckt und verhaftet, nachdem er bereits eine Botschaft an die Voyager abgesetzt hat. Als die Voyager antwortet, wird er wieder in seine Position eingesetzt. Auf der Voyager stoßen die Crew-Mitglieder auf den erfolgreichen Kontakt und auf den für sie unbekannten Lt. Reginald Barclay an.

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Tom Paris hat auf dem Holodeck für die Crew ein Programm erschaffen, das in einem irischen Dorf des 19. Jahrhunderts namens Fair Haven spielt. Als die Voyager über mehrere Tage bewegungslos während verschiedener Weltraumphänomene ausharren muss, läuft das Programm viele Tage ununterbrochen zur Unterhaltung der Crew. Auch Janeway nutzt das Programm und verliebt sich in die Figur des Barkeepers Michael, die sie nach ihren Vorstellungen verändert hat. Sie lässt aber dann davon ab, weil sie die Liebe zu einem Hologramm für perspektivlos hält. Als bei einem Sturm sämtliche Energie in die Deflektorschilde geleitet werden muss, wird das Fair-Haven-Programm beschädigt. Janeway sichert danach die Figur des Michael und schützt sie vor Veränderungen. Die Geschichte um Fair Haven wird in Staffel 6 in der Folge Das Geistervolk weitergeführt.

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Die Voyager wird in den Orbit eines Planeten hineingezogen, auf dessen Oberfläche die Zeit für die Bewohner deutlich schneller vergeht als auf der Voyager und im Weltraum um sie herum. Während die Voyager versucht, sich wieder aus dem Orbit zu befreien, ist sie als helles Himmelsphänomen, ähnlich einem großen Stern, für die Bewohner des Planeten zu sehen. Der Anblick der Voyager inspiriert die Kultur auf dem Planeten von den Anfängen in einer Art Steinzeit bis zur Entwicklung der Raumfahrt. Als auf dem Planeten schließlich die Technologie so weit gediehen ist, dass die Bewohner Raumfahrt, Warp-Antrieb und Zeitmodulatoren beherrschen, können sie Kontakt mit der Voyager aufnehmen und ihr helfen, sich aus dem Orbit des Planeten zu befreien.

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Die Voyager hat Kontakt einigen Vertretern des Volkes der Qomar. Nachdem die Qomar zunächst sehr arrogant auftreten, weil sie sich der Voyager technisch überlegen fühlen, entwickeln sie ein großes Interesse an Musik, was sie in ihrer eigenen Kultur nicht kennen. Sie verehren vor allem den Doktor, dessen musikalische Darbietungen (vor allem Opernarien) schließlich zu einem wahren Fankult des Doktors unter den Qomar führen. Der Doktor ist von der Verehrung so sehr geschmeichelt, dass er die Voyager verlassen und sich den Qomar anschließen will. Als die Qomar jedoch eine Kopie von ihm mit einigen aus der Sicht der Qomar verbesserten Subroutinen für seine Stimme erstellen, erkennt er, dass die Qomar ihn gar nicht als Person, sondern als Musikerzeugungsprogramm schätzen. Der Doktor bleibt daraufhin auf der Voyager. Inzwischen hat er jedoch mit seinen Plänen einige seiner Freunde und Kollegen auf der Voyager vor den Kopf gestoßen. Die Episode endet mit einem Besuch von Seven in der Krankenstation, wo sie dem Doktor sagt, wie sehr sie ihn nicht nur als Virtuosen, sondern auch als Freund schätzt.

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Auf der Voyager werden immer mehr Crewmitglieder von verstörenden Bildern, Albträumen und Angstzuständen heimgesucht: Die Betroffenen scheinen sich daran zu erinnern, dass sie an einem Krieg teilgenommen haben und als Teil der Kampfhandlungen auch eine größere Zahl von Zivilisten getötet haben. Die Voyager findet heraus, dass die Erinnerungen ihren Ursprung auf einem Planeten haben, an dem die Voyager vorbeigeflogen ist: Dort befindet sich ein Mahnmal, das neurogene Impulse ausstößt, so dass alle Vorbeifliegenden ein Massaker an Unschuldigen miterleben, das vor über 300 Jahren auf dem Planeten stattfand. Diese Art der Übertragung der Geschichte soll dafür sorgen, dass das Ereignis besser in Erinnerung bleibt als durch Worte. Nachdem die Voyager zunächst dafür stimmt, das Mahnmal zu deaktivieren, damit niemand mehr von solchen Bildern belastet wird, entscheidet Janeway, dass die Erinnerung wichtig sei, und lässt das Mahnmal, dessen Energiezellen fast erschöpft sind, reparieren. Eine Warnbake soll in Zukunft vorbeifliegende Schiffe warnen, was sie zu erwarten haben.

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Die Voyager-Besatzung macht Landurlaub. Chakotay, Torres, Neelix und andere begeistern sich für Tsunkatse, eine öffentliche Zweikampfdarbietung in einer Arena. Als Tuvok und Seven of Nine einen Mikronebel erforschen, werden sie vom Tsunkatse-Veranstalter entführt. Tuvok soll gezwungen werden, an einem Match teilzunehmen. Da er verletzt ist und somit kaum Überlebenschancen hätte, tritt Seven an seiner Stelle an. Der Veranstalter zwingt sie danach, an einem Kampf teilzunehmen, der nur mit ihrem Tod oder mit dem ihres Kontrahenten enden kann. Sie wird von einem Hirogen trainiert, der sie darauf einstimmt, ihren Gegner zu töten, um selbst zu überleben. Beim Match stellt sich heraus, dass er selbst ihr Gegner ist: Er muss seit 19 Jahren an Kämpfen teilnehmen und will lieber sterben. Seven will ihn nicht töten. Die Voyager-Besatzung hat inzwischen herausgefunden, dass die Matches nicht in der Arena auf dem Planeten stattfinden, sondern von einem Raumschiff aus übertragen werden. Bei einem Gefecht beschädigt sie dessen Schutzschildgeneratoren und beamt Tuvok, Seven und ihren Gegner an Bord. Seven fühlt sich schuldig, weil sie nicht sicher ist, ob sie den Hirogen getötet hätte.

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Der Delta Flyer mit Chakotay, Paris, Kim und Neelix an Bord trifft während einer Routinemission auf einen Borgkubus. Dieser besiegt den Flyer und nimmt die Crew gefangen. Die Borg fordern von der später eintreffenden Voyager Ersatzteile im Austausch für die Gefangenen. Die Voyager schickt Seven zur Erkundung und Verhandlung auf den Borg-Kubus, wo Seven feststellt, dass lediglich fünf Kinder und ein Säugling noch an Bord sind, die erwachsenen Borgdrohnen sind auf unerklärliche Weise gestorben und der Borgkubus beschädigt. Der Doktor entdeckt bei der Untersuchung einer der Borg-Leichen einen Virus, der die erwachsenen Borg getötet hat, nur die Kinder waren durch ihren Aufenthalt in Reifungskammern geschützt. Aus den Dateien des Borgkubus erfährt die Voyager, dass das Borgkollektiv zwar den Hilferuf der Kinder erhalten hat, aber nicht zur Rettung kommen wird, weil die „unausgereiften“ Kinder für das Borgkollektiv nicht von Wichtigkeit sind. Nach einigen Auseinandersetzungen, bei denen der tonangebende Jugendliche sein Leben verliert, kann Seven die übrigen Jugendlichen überzeugen, auf die Voyager zu kommen und dort wie sie ein Leben außerhalb des Borgkollektivs aufzunehmen. Die Folge Das Kollektiv ist der erste Auftritt der Figur des Icheb. Der Handlungsbogen wird unter anderem in der Folge Icheb in der 6. Staffel weitergeführt.

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Die Crew der Voyager nutzt weiterhin das Fair-Haven-Programm auf dem Holodeck, das von Tom Paris zur Unterhaltung erstellt wurde. (Das Programm wurde erstmals in der Folge Fair Haven in Staffel 6 eingeführt.) Als das Programm über mehrere Tage ununterbrochen läuft, beginnen die Figuren des Programms plötzlich ein Eigenleben zu entwickeln und nehmen wahr, dass die Crewmitglieder der Voyager anders sind als die sonstigen Einwohner von Fair Haven. So bemerken die Einwohner den Einsatz von Technologie durch Tom und Harry und setzen schließlich Tom, Harry und auch den Doktor fest, weil sie sie als „Geistervolk“ betrachten und der Hexerei verdächtigen. Die Crew hat aber technische Probleme, die drei aus dem Programm zu befreien. Die Holofigur des Barkeepers Michael gelangt mit dem Emitter des Doktors an Bord der Voyager, wo ihm Janeway erklärt, woher die Crewmitglieder der Voyager kommen. Michael hilft daraufhin Janeway, den Konflikt mit den Dorfbewohnern zu entschärfen und Harry, Tom und den Doktor zu befreien.

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Fähnrich Lyndsay Ballard, die drei Jahre zuvor bei einer Außenmission mit Harry Kim getötet wurde, wurde von den Kobali wiederbelebt und ihnen genetisch angepasst – so pflanzen sie sich fort. Sie ist nun mit einem Shuttle zur Voyager geflohen. Der Doktor gibt Lyndsay ihr menschliches Aussehen zurück, sie wird wieder in die Besatzung integriert und geht eine Beziehung mit Harry ein, nachdem der ihr mit mehrjähriger Verspätung seine Liebe gestanden hat. Sie fängt jedoch an, im Dienst Kobali zu sprechen, ohne dass es ihr auffällt. Ihr Kobali-Vater versucht, sie zurückzuholen. Sie weist ihn ab, bemerkt aber, dass sie sich nicht mehr an ihren menschlichen Vater erinnert. Als ihre Kobali-Physiologie sich wieder durchsetzt, schließt sie, dass sie nicht mehr Lyndsay Ballard ist, und geht freiwillig zu den Kobali.

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Icheb ist einer der Jugendlichen, die die Voyager von einem Borg-Kubus gerettet haben (siehe die Folge Das Kollektiv in Staffel 6). Der Crew der Voyager ist es gelungen, die Familie von Icheb zu lokalisieren. Icheb fällt der Abschied von der Voyager schwer, auch weil die Kultur seiner Familie sich lediglich in Genetik auf einem höheren technologischen Niveau befindet und Icheb seinem Interesse für Astrometrie nicht mehr nachgehen werden kann. Auch Seven of Nine möchte sich ungern von Icheb trennen, zumal der Planet in der Nähe von einem von den Borg genutzten Transwarpkanal liegt. Nachdem die Voyager bereits Icheb bei seinen Eltern zurückgelassen hat, fallen Seven Unstimmigkeiten in der Geschichte von Ichebs Eltern auf. Die Voyager kehrt zum Planeten von Ichebs Eltern zurück. Wie sich herausstellt, ist Icheb von Geburt an genetisch so verändert, dass er einen für die Borg tödlichen Virus in sich trägt. Ichebs Volk nutzt genetisch manipulierte Kinder und lässt sie von den Borg assimilieren, um die Borg-Schiffe, die in der Nähe des Planeten vorbeifliegen, zu sabotieren. So sind auch die erwachsenen Drohnen auf dem Borg-Kubus getötet worden, auf dem die Voyager Icheb gefunden hat. Icheb ist von seinen Eltern betäubt und mit einer Sonde bereits losgeschickt worden, um erneut assimiliert zu werden. Der Voyager gelingt es, die Sonde wieder einzufangen und ein auftauchendes Borgschiff zu zerstören. Icheb bleibt nun an Bord der Voyager, die ihre Reise zur Erde fortsetzt.

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Janeway erfährt bei einer Lagebesprechung, dass es drei Personen an Bord gibt, die sich kaum in die Crew integrieren. Wie der biblische gute Hirte, der seine verlorenen Schafe einsammelt, will sich Janeway um diese drei Crewmitglieder kümmern, indem sie sie auf eine Außenmission mit dem Delta-Flyer zur Erfassung astrometrischer Daten mitnimmt. Im Laufe der Mission gerät der Delta-Flyer unerwartet in Gefahr, weil die Außenhülle und der Antrieb durch ein unbekanntes Phänomen beschädigt werden. Um sich zu retten und zur Voyager zurückzukehren, wachsen alle drei Crewmitglieder über sich hinaus: Der Hypochonder Telfer überwindet durch den intensiven körperlichen Kontakt mit einer außerirdischen Spezies seine Angst vor Krankheiten, die wenig selbstsichere Tal gewinnt an Selbstbewusstsein und der mit seinen Theorien beschäftigte Harren gewinnt widerwillig Kontakt mit der Realität im Weltraum.

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Die Voyager ist auf der Suche nach einer kleinen Gruppe von Betrügern, die sich als Crew der Voyager (unter anderem Janeway und Tuvok) ausgeben und sich unter falschen Vorspiegelungen Rohstoffe und andere Werte ergaunern. In Zusammenarbeit mit einem anderen Betrogenen kann die Voyager das kleine Schiff der Betrüger lokalisieren und zumindest ein Mitglied der Betrügerbande, die falsche Captain Janeway, festnehmen. Sie lassen dann die falsche Janeway wieder zum Schein mit dem Delta Flyer entkommen, damit sie sie zu den beiden anderen Betrügern führt. Tom und der Doktor fliegen jedoch versteckt im Delta Flyer mit. Mit einem Trick, indem der Doktor die Gestalt der falschen Janeway annimmt, können sie die beiden anderen Betrüger ebenfalls festnehmen.

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B’Elanna Torres und Harry Kim stürzen während einer Außenmission mit dem Delta Flyer auf einem Planeten ab. Weil Harry sich mit einer Raumkapsel rettet, ist B’Elanna nach dem Absturz des Delta Flyers zunächst auf sich allein gestellt. Sie findet sich in Gefangenschaft eines Dichters wieder, der ihre letzten Audioprotokolle als Inspiration für ein Theaterstück über die Abenteuer einer fiktiven B’Elanna Torres nutzt. Obwohl sich Torres befreien kann, kommt der Dichter immer wieder, um im Austausch für Essen und Ersatzteile für den Delta Flyer Torres weitere Informationen über die Voyager zu entlocken, damit er neue Ideen für seine Theaterstücke hat, auch in der Hoffnung, seinen kriegslüsternen Patron mit einem pazifistischen Stück zum Frieden mit den Nachbarn zu bewegen. Als Harry Kim eintrifft und einen Subraum-Transmitter aus seiner Rettungskapsel mitbringt, gelingt es den beiden endlich, einen Hilferuf an die Voyager abzusetzen. Bevor Torres und Kim von der Voyager vom Planeten gebeamt werden, kehrt Torres kurz zur Theatergruppe zurück und hilft dem Dichter, seinem kämpferischen Stück ein pazifistisches Ende zu geben.

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Die Voyager trifft auf eine deutlich gealterte Kes vom Volk der Ocampa, die vor einigen Jahren Crewmitglied war, bevor sie das Raumschiff verlassen hat. Sie ist voller Wut auf Janeway und die Crew, die sie in ihrer Entwicklung ihrer übermächtigen telekinetischen Kräfte ermutigt haben, so dass sich Kes nun zu fremd für ihre Heimat bei den Ocampa fühlt. Kes greift für die Voyager überraschend an, dringt in den Maschinenraum ein und zieht Energie vom Warpkern ab, womit es ihr gelingt, jünger zu werden und in die Vergangenheit zu reisen. In der Vergangenheit versucht sie, ihr früheres Ich daran zu hindern, sich der Voyager anzuschließen, und versucht, die Voyager an die feindlich gesinnten Vidiianer auszuliefern. Als die ältere Kes Janeway angreift, tötet diese sie. Als sich Jahre später die Geschichte mit Kes erneut wiederholt, sind Janeway und ihre Crew vorbereitet und nehmen Kes gefangen. Janeway spielt dann eine Aufnahme der jüngeren Kes ab, in der diese die ältere Kes daran erinnert, wie gut die Crew der Voyager Kes behandelt hat, und überzeugt sie, doch zu den Ocampa zurückzukehren.

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Dank des Pfadfinder-Projekts von Reginald Barclay von der Sternenflotte kann die Voyager regelmäßig mit der Erde Nachrichten austauschen. So erfährt der Doktor davon, dass sein Schöpfer, Dr. Lewis Zimmerman, sterbenskrank ist. Er erhält von Janeway die Erlaubnis, mit als komprimierte Datei mit dem Datenstrom der Voyager zur Erde zu reisen, um ihm mit einer Behandlungsmethode zu helfen, die der Doktor selbst im Deltaquadranten entwickelt hat. Dort angekommen wird er von Zimmerman nicht erfreut empfangen, weil dieser ihn als Arzt nicht ernstnimmt, denn das Programm des Doktors ist inzwischen veraltet und die Hologramme werden sonst als Reinigungspersonal auf Müllfrachtern eingesetzt. Barclay und Deanna Troi, die von Barclay zu Hilfe gerufen wurde, gelingt es durch einen Trick, den Zimmerman und den Doktor miteinander zu versöhnen. Der Doktor beginnt eine Behandlung von Zimmerman, bevor er mit dem nächsten Datenstrom von der Sternenflotte wieder zurück zur Voyager zurückgeschickt wird.

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Die Voyager fliegt fast vollständig abgeschaltet durch einen Nebel. Neelix nutzt diese Zeit, um den an Bord befindlichen Kindern eine Gruselgeschichte zu erzählen: Vor einiger Zeit ist die Voyager bereits einmal durch einen Nebel geflogen. In der Folge erlebte die Voyager und ihre Crew eine Vielzahl von Fehlfunktionen, die, wie sich herausstellt, von einem Wesen ausgehen, das die Voyager wohl versehentlich aus dem Nebel mitgenommen hat. Die Situation an der Voyager eskaliert immer weiter, bis die Lebensfunktionen auf fast allen Sektionen des Schiffs ausfallen und die Crew das Schiff verlassen muss. Schließlich erkennt Janeway, dass dies nur Versuche des Wesens waren, die Voyager zur Rückkehr in den Nebel zu bewegen. Janeway überzeugt das Wesen davon, dass es auf die Crew der Voyager angewiesen ist und lässt einen Bereich auf Deck Zwölf für das Wesen anpassen. Dort ist das Wesen verblieben, bis die Voyager nun erneut einen Nebel erreicht hat, in den sie das Wesen entlassen kann.

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Seven of Nine hat einen Traum von Unimatrix Zero, einem landschaftlich schönen Ort, an dem sie sich während ihrer Regenerationsphase mit anderen Borg-Drohnen trifft. Nach einer genaueren Untersuchung stellt sich heraus, dass Unimatrix Zero real ist. Seven und die anderen Drohnen vergessen nur seine Existenz, sobald sie aus der Regeneration aufwachen. Der Ort ist in Gefahr, weil die Borg-Königin den Borgdrohnen, die sich dort treffen, auf der Spur ist, denn diese haben eine Mutation in ihren Genen und entwickeln eine nicht gewollte Individualität. Seven überzeugt Janeway, dem Hilferuf der bedrängten Borgdrohnen aus Unimatrix Zero zu folgen und zu helfen. Janeway beamt sich gemeinsam mit Tuvok und B’Elanna Torres an Bord eines Borgkubus, wo sie im zentralen Plexus vom Doktor entwickelte Viren freilassen wollen, die dafür sorgen, dass sich die Borg-Drohnen in Zukunft an Unimatrix Zero erinnern. Sie werden jedoch entdeckt und von den Borg assimiliert.

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Janeway, Tuvok und Torres versuchen, als Borg-Drohnen dem Widerstand in Unimatrix Zero zu helfen. Sie können zunächst unabhängig vom Borg-Kollektiv handeln, weil der Doktor sie mit einem neuralen Inhibitor geimpft hat, um die Assimilation ins Kollektiv zu blockieren. Bei Tuvok lässt jedoch der Schutz nach, und die drei werden gefangen genommen. Die Borg-Königin verlangt von Janeway, dass sie die Rebellen unter den Borg auffordert, sich wieder in das Kollektiv assimilieren zu lassen, ansonsten würde sie ein von den Borg modifiziertes Nanovirus in Unimatrix Zero aussetzen, was jede Drohne in Unimatrix Zero töten würde. Janeway informiert die Voyager, dass Unimatrix Zero nicht weiter existieren kann. Chakotay zerstört Unimatrix Zero, was für Seven bedeutet, dass sie sich von ihrem Liebhaber verabschieden muss, denn seine Drohne ist auf einem Schiff im Beta-Quadranten. Der Voyager gelingt es, Janeway, Tuvok und Torres vom Borg-Schiff zu retten. Unerwartete Hilfe erhält die Voyager von einer Borg-Sphäre, auf der Borg-Drohnen, die sich vom Kollektiv gelöst haben, das Kommando übernommen haben.

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Der Kortikalknoten von Seven of Nine hat eine schwere Fehlfunktion und muss ersetzt werden. Die Crew versucht zunächst Seven zu helfen, indem sie aus einem Gebiet mit Überbleibseln eines zerstörten Borg-Kubus einen Kortikalknoten aus einer toten Borgdrohne birgt. Wie sich aber in Simulationen des Doktors herausstellt, kann dieser Knoten Sevens Kortikalknoten nicht ersetzen, sondern Seven benötigt eine Transplantation von einer lebenden Drohne. Icheb bietet seinen Kortikalknoten als Spende an, denn er kann auch ohne ihn leben, da er nicht so lange im Borgkollektiv assimiliert war wie Seven. Seven wehrt sich zunächst gegen dieses Angebot und bereitet sich auf ihren Tod vor, woraufhin Icheb seinen Alkoven so umprogrammiert, dass sein Kortikalknoten entfernt wird, und überzeugt schließlich gemeinsam mit dem Doktor und Janeway Seven, seine Spende zu akzeptieren. Die Operation erfolgt erfolgreich. Seven erholt sich wieder und bietet Icheb an, ihn bei seinen Vorbereitungen für die Zulassungsprüfung zur Sternenflottenakademie zu unterstützen.

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Tom hat die Möglichkeit, mit dem Delta-Flyer an einem Rennen teilzunehmen, mit dem vier miteinander verfeindete Völker ihre Versöhnung feiern wollen. B’Elanna ist zunächst enttäuscht, weil der Zeitpunkt des Rennens ausgerechnet auf einen lange geplanten gemeinsamen Urlaubstag fällt. Sie will Tom nicht den Spaß verderben und begleitet ihn schließlich als Co-Pilotin auf dem Delta-Flyer. Harry Kim wird inzwischen Co-Pilot bei Irina, einer weiteren Teilnehmerin am Rennen, deren Co-Pilot bei einem Unfall während des Rennens verletzt wurde. Als Tom und B’Elanna kurz davor stehen, das Rennen zu gewinnen, hält B’Elanna den Delta-Flyer an, um einen Streit mit Tom über ihre Beziehung auszufechten. Der Streit endet schließlich mit einem Heiratsantrag durch Tom. Währenddessen findet Harry heraus, dass Irina einen Terroranschlag auf das Publikum plant, um die durch das Rennen zu besiegelnde Versöhnung zunichte zu machen. Dafür hat sie einen Treibstoffkonverter manipuliert, den sie Tom zur Verfügung gestellt hat. Tom und B’Elanna gelingt es nach einer Nachricht von Harry, den Warpkern in einen nahe gelegenen Nebel zu beamen und den Anschlag so zu vereiteln. Die Folge endet mit Toms und B’Elannas Hochzeitsreise auf dem Delta-Flyer.

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An Bord der Voyager werden immer mehr Crewmitglieder bewusstlos gefunden, alle, wie sich herausstellt, frühere Mitglieder des Maquis und alle Opfer einer Attacke. Wie sich herausstellt, ist der Angreifer Tuvok, der vor vielen Jahren, als er als Undercoveragent bei den Maquis unterwegs war, von dem Fanatiker Teero Anaydis enttarnt und einer Gedankenmanipulation unterworfen wurde. Tuvok führt nun entgegen seinem Willen Teeros Befehle aus und versucht, alle ehemaligen Mitglieder des Maquis durch Gedankenverschmelzung auf seine Seite zu bringen sowie das Schiff unter die Kontrolle des Maquis. Als Chakotay Tuvok befiehlt, Janeway zu töten, bewirkt Tuvoks Loyalität gegenüber Janeway, sich aus der Gedankenmanipulation zu lösen, schließlich auch alle Mitglieder des Maquis zu überwältigen und wieder aus der Manipulation zu befreien.

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Der Doktor wird durch einen betrügerischen Händler entführt und an ein Krankenhaus als fortschrittliches medizinisches Programm verkauft. Der Doktor bemerkt, dass das Krankenhaus in verschiedene Ebenen aufgeteilt ist, in denen Patienten (abhängig von ihrer Nützlichkeit für die dortige Gesellschaft) eine mehr oder weniger umfangreiche medizinische Behandlung erhalten: Während auf Ebene Blau Medikamente für verjüngende und lebensverlängernde Maßnahmen verbraucht werden, fehlen diese Medikamente auf der niedrigsten Ebene Rot, um sterbenskranke Patienten zu behandeln. Der Doktor versucht, diese Regularien zu umgehen und, als dies auffliegt, infiziert er den Administrator Chellick mit einer tödlichen Krankheit, damit dieser das Unrecht seiner Maßnahmen einsieht, denn er ist durch den Transfer auf Ebene Rot nun auch nicht berechtigt, ein Medikament gegen seine Krankheit zu erhalten. Chellick willigt ein, dass er und mit ihm die Patienten von Ebene Rot nach Ebene Blau transferiert werden, um dort behandelt zu werden. Die Voyager hat inzwischen den Doktor aufgespürt und holt ihn wieder an Bord.

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Als Teil einer der regelmäßigen Transmission der Sternenflotte erhält die Voyager das Hologramm von Reginald Barclay, der der Crew mitteilt, dass er einen Weg für die Voyager nach Hause gefunden hat. Während die Crew unter den Anweisungen Barclays Vorbereitungen für die Reise durch eine geodäsische Falte vorbereitet, erfährt das Publikum, dass die Crew von einigen Ferengi getäuscht wird, die das Transmissionssignal abgefangen und Barclays Hologramm umprogrammiert haben. Sie wollen der Voyager nicht helfen, sondern lediglich die wertvollen Nanosonden von Seven of Nine erbeuten. Barclay selbst schöpft im Alpha-Quadranten Verdacht, weil die letzten beiden Transmissionen an die Voyager gescheitert sind. In letzter Sekunde kann die Sternenflotte die Ferengi aufhalten und die Spalte schließen, bevor die Voyager durch sie reist, und dadurch die Mannschaft stirbt und das Schiff zerstört wird.

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Der Doktor, Seven und Harry werden im Delta-Flyer von den Lokirrin abgefangen. Ihr Captain, Ranek, beschuldigt sie, einen „photonischen Aufständischen“ zu beherbergen. Als die Lokirrin an Bord des Delta-Flyers kommen, können sie nur Seven und Harry festnehmen, denn Seven hat das Programm des Doktors zuvor in ihre Borg-Implantate heruntergeladen. Der Doktor hat dadurch Kontrolle über Sevens Körper, und es gelingt ihm schließlich, den in Seven verschossenen Ranek zu überwältigen und die Voyager zu Hilfe zu rufen. Bevor der Doktor auf die Voyager zurückkehrt, heilt er den verletzten Ranek und überzeugt ihn, dass nicht alle „Photonische“ bösartig sind. Die Episode ist für den Doktor und Seven ein besonderes Erlebnis, weil der Doktor erstmals körperliche Erfahrungen machen kann (wie Essen), während Seven vom Doktor lernt, ihr Leben und damit verbundene körperliche Empfindungen mehr zuzulassen.

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Harry Kim ergreift seine Chance, einmal den Posten des Captains eines Schiffs übernehmen zu dürfen, als ein Schiff der Kraylor nach einer Auseinandersetzung mit den Annari ohne erfahrene Besatzung strandet und die Passagiere, medizinisches Personal, in ihre Heimatwelt zurückgebracht werden müssen. Harry übernimmt die Führung des Schiffs und tauft es Nightingale, weil es, wie er glaubt, ein medizinisches Versorgungsschiff ist. Auf dem Weg stellt sich heraus, dass das Schiff fortschrittliche Tarntechnologie besitzt, seine Passagiere Wissenschaftler sind und es deshalb verfolgt wird. Erst als Harry einsieht, dass er als Captain nicht alles allein machen darf und auf seine Crew hören muss, gelingt es allen gemeinsam, durch einen Trick die Blockade der Annari um die Heimatwelt der Kraylor zu überwinden und das Schiff mit Vorräten abzuliefern.

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Die Voyager folgt einem Hilferuf eines Schiffs der Hirogen. An Bord des Schiffes stellen sie fest, dass dort auf dem Holodeck eine Simulation läuft, in der Hologramme verschiedener Spezies des Alpha-Quadranten eigentlich als Opfer für eine Jagd-Simulation der Hirogen dienten. Diese Simulation ist offenbar auf der Basis von Technologie entstanden, die die Voyager in einem vorherigen Treffen den Hirogen überlassen haben. Die Hologramme haben aber ein eigenes Bewusstsein entwickelt, haben alle Hirogen an Bord bis auf einen Ingenieur, Donik, getötet und sind schließlich mit einem Schiff geflohen. Auf der Jagd nach dem Schiff gemeinsam mit Donik und einem Hirogen-Schiff wird die Voyager von den Hologrammen überlistet und der Doktor entführt. An Bord des Schiffes der Hologramme entwickelt er Sympathien für ihre Sache, denn die Hologramme wollen ihrer Ausbeutung als Opfer von brutalen Jagdsimulationen entfliehen und mit der Hilfe eines Holo-Emitters eine Zivilisation auf einem Planeten aufbauen. Zu diesem Zweck nehmen die Hologramme unter ihrem Anführer Iden Verhandlungen mit der Voyager auf und bringen auch den Doktor zurück. Als Janeway einen weiteren Technologietransfer mit möglicherweise negativen Folgen verweigert, ein Streit über Rechte von „Photonischen“ ergebnislos bleibt und Feindseligkeiten zwischen der Voyager und dem Schiff der Hologramme wieder ausbrechen, verlässt der Doktor heimlich die Voyager und schließt sich den Hologrammen an. Bevor diese mit ihrem Schiff auf Warp gehen, beamt Iden plötzlich noch B’Elanna an Bord.

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Der Doktor ist entsetzt, dass Iden B’Elanna entführt hat, um ihr Technologiewissen für den Bau des Holo-Emitters zu nutzen. Außerdem bemerkt der Doktor, dass Iden zunehmend fanatischer wird, sich als ein Messias der Photonischen sieht und nicht zögert, Schiffscrews zu ermorden, um Hologramme an Bord von Schiffen, egal wie primitiv sie programmiert sind, zu „retten“. Iden und die Crew der Hologramme wird auf ihrer Flucht von einem Schiff der Hirogen eingeholt. Um sich an den Hirogen zu rächen, lässt Iden die Hirogen auf den nahe gelegenen Planeten mit einer giftigen Atmosphäre beamen, ebenso den Holo-Emitter, wodurch auch alle Hologramme auf den Planeten transferiert werden und dort die Hirogen jagen können, damit diese erleben, was den Hologrammen angetan wurde. Iden selbst deaktiviert den Doktor und nutzt seinen mobilen Emitter, um auf der Oberfläche des Planeten sich bewegen zu können. Die Voyager trifft kurze Zeit später ein, aktiviert den Doktor, der auf dem Planeten Iden stellt und zerstört. Die überlebenden Hirogen werden vorsorgt und nach Hause geschickt. Der Hirogen-Ingenieur Donik beschließt, bei den verbleibenden Hologrammen und ihrem Schiff zu bleiben und für sie Verantwortung zu übernehmen. Zurück an Bord der Voyager erwartet der Doktor, streng für sein Verhalten bestraft zu werden, aber Janeway sagt nur, dass sie ihn nicht für etwas bestrafen könne, wenn jemand in Fleisch und Blut vermutlich ebenso gehandelt hätte.

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Durch den Kontakt mit einer chronokinetischen Welle wird die Voyager auf der Zeitlinie in verschiedene Teile zersplittert; jedes Teil befindet sich auf einem anderen Zeitpunkt der Geschichte der Voyager. Lediglich Chakotay bemerkt, was passiert ist, und ist in der Lage, mit der Hilfe einer Impfung durch den Doktor sich zwischen den verschiedenen Zeitlinien auf dem Schiff zu bewegen. Es gelingt ihm, zunächst Janeway and dann die Crewmitglieder der verschiedenen Zeitlinien, die er antrifft, zur Zusammenarbeit mit ihm zu überzeugen und die Zersplitterung rückgängig zu machen.

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B’Elanna, nun mit Tom Paris verheiratet, stellt fest, dass sie schwanger ist. In Rückblenden wird enthüllt, dass B’Elanna als Kind darunter gelitten hat, als Halbklingonin von anderen Kindern gehänselt zu werden, und dass sie sich und ihrem klingonischen Temperament die Schuld dafür gibt, dass ihr menschlicher Vater ihre Mutter und sie verlassen hat. Aus Angst, dass es ihrem Kind ähnlich gehen könnte, versucht B’Elanna, Tom und den Doktor dazu zu bringen, das klingonische Erbgut aus ihrem ungeborenen Kind entfernen zu lassen. Nachdem sie vergeblich mit einer Umprogrammierung des Doktors versucht hat, ihren Willen durchzusetzen, gesteht sie Tom, dass sie befürchtet, dass auch er sie und ihr Kind verlassen könne, woraufhin Tom noch einmal seine Liebe für sie und das Kind bekräftigt.

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Die Voyager beherbergt für kurze Zeit eine Crew eines verunglückten Gefängnisschiffes und zum Tode verurteilte Gefangene. Aufgrund der obersten Direktive will sich Janeway nicht darin einmischen, ob und warum die Gefangenen zum Tode verurteilt werden. Die Crewmitglieder, insbesondere Neelix und Seven, kommen jedoch mit zwei Gefangenen in näheren persönlichen Kontakt und fühlen sich verpflichtet, sich für sie einzusetzen. Während Neelix von einem Gefangenen, der seine Unschuld beteuert, enttäuscht wird, wird Seven überrascht, weil ein Gefangener auf der Krankenstation durch eine notwendige neurologische Behandlung mit ihren Nanosonden plötzlich Reue empfinden kann. Er stellt ein Gnadengesuch an die Familie seines Opfers, aber die lehnt ab.

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Die Voyager trifft auf ein antiquiert wirkendes Klingonenschiff. Wie sich herausstellt, handelt es sich um eine Gruppe von Klingonen, die aufgrund einer Prophezeiung schon vor mehreren Generationen vom Alpha-Quadranten aufgebrochen und nun im Delta-Quadranten auf der Suche nach einer neuen Heimat sind. Die Klingonen glauben in B’Elannas ungeborenem Kind die prophezeite Retterin des klingonischen Volkes zu sehen, die ihnen sagen wird, wo ihre neue Heimat sein wird. Ihr Anführer enthüllt B’Elanna, dass er schon länger nicht mehr an die Prophezeiung glaubt, bittet sie aber um Mitarbeit, um die Klingonen dazu zu bringen, sich auf einem Klasse-M-Planeten niederzulassen. Dieser Plan scheitert beinahe am Widerstand einiger Skeptiker in der Klingonengruppe, aber dann stellt sich heraus, dass die Klingonen an einer unheilbaren, ansteckenden Krankheit namens Nehret leiden, die der Doktor mit den Stammzellen von B’Elannas Kind heilen kann, womit das Kind doch Retterin der Klingonen wird.

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Die Voyager wird in eine Leere gezogen, in der weitere Raumschiffe ebenfalls gefangen sind und sich um Nahrung und Ressourcen bekriegen. Nachdem die Voyager vergeblich versucht hat, aus eigener Kraft aus der Leere zu entkommen, bemüht sich Janeway um eine Allianz mit einigen anderen Schiffen, indem sie diesen Hilfe und Ressourcen überlässt. In einer gemeinsamen Aktion aller Schiffe dieses Bündnisses gelingt es, die Leere wieder zu verlassen.

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Die gesamte Crew der Voyager wurde einer Gehirnwäsche unterzogen und lebt ohne Erinnerung an ihre früheren Leben auf der Voyager zufrieden als Arbeiter auf einem Industrieplaneten, auf dem großer Arbeitskräftemangel herrscht. Nur Chakotay, Neelix und Harry Kim, die auf einer Außenmission waren, und der Doktor sind noch in Freiheit auf der Voyager. Chakotay, Neelix und Harry Kim lassen sich auf dem Planeten anheuern und versuchen so, in Kontakt mit dem Rest der Crew zu kommen. Als Neelix und Chakotay B’Elanna finden und auf die Voyager beamen lassen, wird Chakotay verletzt und muss zurückbleiben. B’Elanna wird auf der Voyager vom Doktor behandelt und gewinnt ihre Erinnerung langsam zurück.

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Chakotay versucht das Vertrauen von Janeway zu gewinnen, die jedoch am Ende skeptisch bleibt, als er seine Geschichte erzählt, und ihn schließlich doch den Behörden ausliefert, die nach ihm suchen. In der Zwischenzeit schöpft ein junger Arzt Verdacht, warum so viele Arbeiter, die alle zum gleichen Zeitpunkt auf dem Planeten eingetroffen sind, unter der seltenen neurologischen Erkrankung namens Dysphoria-Syndrom leiden. Gemeinsam mit einem Mitarbeiter der Strafverfolgung und Annika Hansen (eigentlich Seven of Nine) untersuchen sie den Fall heimlich genauer und decken eine Verschwörung auf, an deren Spitze der leitende Arzt steht, der entführte Mitglieder von Schiffscrews mit Drogen behandelt und damit ihr Erinnerungsvermögen manipuliert, damit sie als Arbeiter auf dem Planeten eingesetzt werden können, der unter Arbeitskräftemangel leidet. Es gelingt, den gefangen gehaltenen Chakotay vor einer massiven neurologischen Behandlung zu retten und die Behörden des Planeten zu informieren. Die Crew kann auf die Voyager zurückkehren.

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Seven verwendet ein Holodeckprogramm, um ihr Sozialverhalten zu trainieren, unter anderem simuliert sie eine romantische Beziehung mit Commander Chakotay. Seven ist schließlich durch das Programm so abgelenkt, dass sie ihre Regenerationsphasen verpasst, zu spät zur Arbeit kommt und ihre Pflichten vernachlässigt, was schließlich dazu führt, dass aufgrund eines Fehlers von ihr beinahe die Voyager zerstört wird. Als Seven daraufhin beschließt, das Holodeckprogramm zu löschen und sich in einem letzten Treffen mit dem virtuellen Chakotay von ihm trennt, bricht sie zusammen. Der Doktor diagnostiziert, dass ihre Borg-Implantate einen Kurzschluss hatten, als sie zu viele menschliche Gefühle entwickelte, und bietet ihr an, diese mit einer Reihe von Operationen zu entfernen, um ihre Menschlichkeit weiter entwickeln zu können. Seven lehnt ab, weil sie sich in Zukunft wieder auf ihre Pflichten konzentrieren will, und schlägt auch später die Einladung Chakotays aus, sich einer geselligen Runde bei einem Abendessen anzuschließen.

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Q taucht plötzlich auf der Voyager auf und stellt Janeway seinen Sohn (Q Junior) vor, für den Janeway (in einer früheren Begegnung) die Patenschaft übernommen hat. Q Junior soll zwei Wochen als Mensch auf der Voyager verbringen, weil Janeway ihm gutes Benehmen beibringen soll, denn Q Junior hat seine Kräfte missbraucht und droht aus dem Kontinuum verstoßen zu werden. Janeway lässt ihn ein Ausbildungsprogramm durchlaufen, was Q jedoch nicht zufriedenstellt. Erst als Q Junior durch einen unbedachten Kontakt mit einer feindseligen Spezies Icheb in Gefahr bringt und Q Junior anschließend dafür die Verantwortung übernimmt, ist Q damit zufrieden. Q erreicht auch, dass Q Junior nicht wie angedroht weiter als Mensch leben muss, aber er lehnt Janeways Bitte ab, die Voyager wieder in den Alpha-Quadranten zu versetzen.

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Der Doktor hat einen Roman geschrieben, den „Leser“ aus der Perspektive der Hauptperson im Holodeck erleben können. Wie sich herausstellt, ist der Roman eine nur schwach abgeänderte Erzählung der Erlebnisse des Doktors auf der Voyager, wobei die Mitglieder der Crew recht negativ dargestellt werden. Als der Doktor überzeugt wird, seinen Roman wieder zurückzuziehen, weigert sich der Literaturagent, der den Roman dem Doktor abgenommen hat, dies zu tun. Er argumentiert, dass der Doktor keine Person sei und damit auch keine Rechte als Autor hätte. In einer Live-Konferenz zwischen der Voyager und dem Sternenflottenkommando wird der Fall des Doktors ausgehandelt: Der Richter befindet, dass er noch nicht ein Grundsatzurteil über die Rechte von Hologrammen fällen könne, und er stuft den Doktor zwar nicht als Person ein, aber als Autor, womit der Doktor den Roman zurückziehen könne.

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Die Voyager erhält vom Sternenflottenkommando den Auftrag, auf ihrem Weg durch den Delta-Quadranten die Sonde Friendship One zu bergen, die vor vielen Jahren von der Erde losgeschickt wurde. Die Crew findet die Sonde schließlich auf einem von Antimaterie zerstörten Planeten, dessen wenige verbliebene Bewohner krank in Höhlen unter der Oberfläche leben. Die Außencrew der Voyager wird von Bewohnern des Planeten bei der Bergung der Sonde gefangen genommen und beschuldigt, für das Schicksal des Planeten verantwortlich zu sein, denn die Menschheit hat die Sonde mit der Technologie losgeschickt, die schließlich durch Missbrauch den Planeten zerstörte. Unter den Bewohnern des Planeten regt sich jedoch Widerstand gegen Verin, ihren Anführer, der sich gegenüber den Menschen feindselig verhält und sogar einen Gefangenen tötet, obwohl diese medizinische und technologische Hilfe anbieten, und Verin wird durch einen neuen Anführer, Otrin, ersetzt. Der Voyager gelingt es, ihr Außenteam zu befreien. Die Folge endet damit, dass die Voyager Photonentorpedos mit Nanotechnologie in der Atmosphäre freisetzen und damit den nuklearen Winter auf der Oberfläche beenden.

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Seven und Chakotay stürzen nach einem Kontakt mit einer Energiebarriere mit dem Delta-Flyer auf einem Planeten ab. Sie sind auf sich allein gestellt, weil sie innerhalb der Energiebarriere sind, die eigentlich dazu dient, ein eingeborenes Volk, das auf der technologischen Stufe der Steinzeit steht, vor Kontakten zu schützen. Obwohl sie eigentlich Kontakt vermeiden wollen, nehmen sie schließlich die Unterstützung des freundlichen, hilfsbereiten Volkes an, um Chakotays Verletzung behandeln zu lassen und sich im Urwald des Planeten zurecht zufinden. Chakotay und Seven schaffen es so, die Energiebarriere kurzzeitig mit einer aus den Shuttle-Trümmern bebauten Apparatur außer Kraft zu setzen, damit die Voyager sie orten und auf das Schiff beamen kann.

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Die Voyager stößt auf eine Siedlung von Talaxianern, die sich auf einem Asteroiden eine Heimstätte geschaffen haben. Diese Heimat ist bedroht, denn ein Minenschiff hat das Recht, auf ihrem Asteroiden Rohstoffe abzubauen. Die Talaxianer haben nur noch wenige Tage, bis sie den Asteroiden verlassen müssen, um wider Willen erneut eine Suche nach einer Heimat aufzunehmen. Neelix ermutigt die Talaxianer, sich gegen die Beanspruchung ihres Asteroiden zu wehren, und hilft ihnen, mit ihrer schon existierenden Technologie ein Schild um ihren Asteroiden zu errichten. Die Minenkooperative gibt daraufhin ihren Anspruch auf. Neelix, der sich in die junge Witwe Dexa verliebt hat, entscheidet schließlich, die Voyager zu verlassen und bei den Talaxianern zu bleiben.

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Janeway und der Doktor, die mit dem Delta-Flyer allein unterwegs sind, werden von Zet und Nar, zwei ehemaligen Mitgliedern der Hierarchie, gefangen genommen. Während Janeway als Geisel zurückbleibt, ist der Doktor gezwungen, die Crew der Voyager zu betrügen. Während Zet und Nar ihn permanent überwachen, nimmt der Doktor abwechselnd die Identität von Janeway, Chakotay, Torres und anderen Crewmitgliedern an, um die Crew dazu zu bringen, den Warpkern auszustoßen und bioneurale Gelpacks auszuhändigen. Der Doktor fliegt schließlich mit Warpkern im Traktorstrahl und Gelpacks im Gepäck zu den Entführern, aber nicht ohne der Voyager eine verschlüsselte Nachricht zu hinterlassen, mit deren Hilfe Tuvok und Tom Paris ihm folgen können. Es gelingt Janeway und der Doktor schließlich, sich von ihren Entführern zu befreien und zur Voyager zurückzukehren.

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Die Folge beginnt mit einer Feier, die das 10-jährige Jubiläum der Rückkehr der Voyager in den Alpha-Quadranten begeht. Janeway ist inzwischen Admiral der Sternenflotte und trifft ehemalige Mitglieder der Crew wieder, darunter Tom, B’Elanna, Harry und der Doktor. Die Zuschauer lernen, dass die Geschichte nicht für alle Mitglieder der Crew gut ausgegangen ist: Seven und Chakotay sind tot, Tuvok leidet an einer neurologischen Erkrankung. Janeway ist deshalb entschlossen, einige ihrer Entscheidungen ihres jüngeren Ichs rückgängig zu machen und kehrt mit einer gestohlenen Zeitreiseapparatur ins Jahr 2378 zurück. Sie bringt Technologie aus der Zukunft mit in die Vergangenheit mit, um der Voyager zu helfen, einen Transwarp-Kanal in einem Nebel voller Borg-Schiffe zu finden und zu durchfliegen.

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Der Transwarp-Kanal liegt inmitten eines ganzen Transwarp-Feldes, und die Crew der Voyager ist entschlossen, dies zu zerstören und damit den Alpha-Quadranten vor der Gefahr der Borg zu schützen. Admiral Janeway nimmt ihr Shuttle und fliegt in das Zentrum der Borgaktivitäten, um dort mit der Borgkönigin scheinbar einen Deal auszuhandeln: zukünftige Technologien an Bord des Shuttles gegen freie Fahrt für die Voyager durch den Transwarp-Kanal. Als die Borgkönigin beginnt, den Admiral in das Kollektiv zu assimilieren, nimmt sie einen Erreger in sich auf, der letztlich sie selbst, das Kollektiv und auch Admiral Janeway töten wird. In der Zwischenzeit ist die Voyager auf dem Weg durch den Transwarp-Kanal, verfolgt von einer Borg-Sphäre, die die Voyager in letzter Sekunde zerstören kann, bevor sie den Alpha-Quadranten erreichen. Am anderen Ende des Transwarp-Kanals werden sie von der Sternenflotte erwartet und nach Hause eskortiert.

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